| Id Trinity | TRINITY_DN47807_c6_g1_i8 |
|---|---|
| Name Transcript | Ll_transcript_441237 |
| Sequence | GTCATATTTTGATGTTGCAGTGGCGGAAAAAGCTTCATTAGGATTTGATCTCCAAAATTTAATTCAAGCTTACATTCGTTCAATCATGAATTGTAATGAA ACGTTGATTCCATGGGGTTTCTTTTGCTCAATCAGTTAGAAGCTTATGTGATGTTGTCTTTCTCAACTCCCTCAACCTTGTATTAAGGGAGATGTTATTG CCATCAAGATTTTGTTAGTTGATTCTCAAATCGGGCTCCAAAGATGCAAGAACAACCTCTATGGTAGGTTAATCCTTTCGAAAGGGGACACCCCACTTAA GTTCAATGATCTAAAATCAAAGCCTTTCTCTCTGTGAAGTAAGATTGGTAAGTGGTCTATGATCTCATTGGGTAAGGGTTTTTATGATTTCTCTTTCTCT TCTTTAGAAGACATGAGAAGTGTGTGTTCTATCGGTTCATGGAGCCTTAAATCGGGCTTTCTTCGATTATCCCTCTGGACCCCAGATTTTAACCCAAATG ATCAAAAATCTTCTCAGGCTCAATGTTGGGTAAAGATTCATAATCTCACCCAAGAATATTGGAGCCCAAGGATTATTTTTTCGATTGTAGGGGGGATTGG AACCCCAATCTCCCTGGATGAGGCAACTAAAAATTGCACTTTTGAGCATTTTGCTGAAGCATTAGTGGAGATAAATCTCGAGGCAGATCTGCCAAGCCAA ATCCTAGTGGAAAGAGATGGATTTGCTTTCTTTGTCCAAATAGAATATGAAAACATTCCAGATTTGGTTGTCAATCTATTGGGCACATAATCACCAATTG CATGAAGGTTGTAAAAAAGGTGACAACAGAGGAAGGGATTAAAAATATGCCCAAGAAGCATCAACCGGAAGAGAAGGTGCAAAAGGTTGTTGAGAAGAAT GATTTAATTATCAATCTCATAATTGAAGAAGATGTTAATACTGATAGCCTTGAAAGGGTGGGTCTAACTCCAGAAACTAGCACTCGAATTCAGAGTACTA GAGCTGAGGTGTTGATAAATGAAGCAGAGGAAAATGTTAATGATAATGCAATAGTAAATGCCTTCCAGGGACAGTGTGACAATTTTGTTGTTCAAGAAAC TCTCAATATAGACAATCAGGTGGCTGCAAATGACATGAGAATCATGGGGAAACTCTGGGCTGATGAAGACAGTGCAGAAGAAGTGGAGGTCAAAGAGAGA TTAACCCTTGCTCTGAGTAAATCTCGGAAGAAAAAAATGAATAAAAAAAATTCCCAGGAAAGAGTTCATTTCACCCGAAGGGGCGGTTATCTTAACATTT CGCAATGAAAGTTTTATTCTGGAATTGTAGAGGGTTGGGGAATCTTAAAACTAGACTAGTTTTAAAAATTGTGTTTATCTAATAAACCAGATTTTGTGTT TATTGCAGAACCCATGGTCTCTGCTGATAGTATTAGCAATAGTTTCTAGGCTGAATTGAGTCTCAAGTTGTTGGTGGTTAACAATAAAGGTGGTCAATTG CCTAGTTTATGGATCCTTTGCAGAATTGGTTTCTCTCCTGTTCTGATTCTCAACTCAAGTCAACAGGTTTCTATCTCGGTTGCTTGGGAAAATCAGATGT TCTTCATTTGTGCAGCATACGCTAGCACCAGATATTTTAATGTTGTGTTAGAGGTTGATGAGTGTAGAGGGCCAAGGATTCCTCCTAGAATCCCTTCTAA GGAATTCAAATCTTTTTCTGACAATGTTGGTCTTCTCCATTTACTGACAAGAGGGGCTTTCTTCACGTAGACAAGTAGAAGGAGAGGAGGTGATCTTACT GAAAAAAGGCTTGACAAAGCCTTATGGAATGGTGTTTGGTTAAACTCTTGGAATCAAATTTCCTATTGTTCCTTGTTAAGAACAGCTTATGATCACCACC CTCTGCTCCTTGTCGCTTCCTCTTGCACTACAACCAGGCCAACTCCTTTTAGATTCCATAGAATGTGGTTGAAGAATTTAGTGTGCAGAAGATTGGTGAC AGAGGTATGGAATAGAAATTTAATAGGATGTCCAATGTTTGTGCTGCACTAGAAGCTAAAGTGCCTCAAAAAATATTTGAAAACTTGGAATTATCAAGTT TTTGGAAACATTCATCTTAGGGTGGATAAGGCTAAAGAGGATGTTGTAATCCAGTGCAGAATTGATGAAAATGAGCCAGAACAAGAGTTGTTAGACCAAG AGGACTTGGCTCAATTTGAGCTATTGTAGGCCTTGATGATTGAAGAGGAATTTTGGAAAGAGAAGTCTAGATTGAATTGGAAAATTAATGGGGACAAAAA TACTAAATTCTTCCATAAGGTTGCTAAAATCAGGCAAGCAACCAAGTCTCTCTCTCTGTTAAAGGATGGTGATAGAATCTTAGTCTCTCAGGAGGACATT GCTCATCATGTGGTGAATTACTTCAAGGATCTATTCAACACTCCAAACATCACAATTCAATCTTAGTCTCTCAGGAGGACATTGCTCATCATGTGGTGAA TTACTTCAAGGATCTATTCAACACTCCAAACATCACAATTCAGACTGATCTAATTCATAAAGTAGTCCCTCATTTGGTTTCTGGTGATGATAATAGATTG CTCACTAATAGGGATGGCAATAAAACCCGAACACGTGGGTACCCGTCCGAACCCAACCCGAAGTTAACGGGAAAACCCGTTGTTATTGGGTTCGGGGAAA ACCTGTTGTTATTGGGTTCGGGGAAACCCGCTGTTATTGGGTCCGGGTTTGGTACAACTAATACCCTAACCCGAACCCGCCCCAAACCCGTTAGATACAA TATAGCTATACCTAAAATCCTAAATTAGAAACACTCTCTCACATAACAACATTTTCTCACCGTGATTGTGTTATTGTATTATGAGTTGGACAATTAAACT ATTCAATTGAATTATGTATCATTCTAATAGTAAAACAGTGATGATATTGAGGATTAGTGAATTATTAGAGTTATTGTGATGCGTAGTGTATTTTTTATTT TCGGGTTTTCCCATTCGGTTCGGGTTACCCGAAACCCGATGGGTTTGGGGATGGTATTCTTTTTTTAAACCTGTTGAGTTTGGGTTTAGGTTTGGCTTCG GGTTCGGGTTTGGGTTCTATCTTTCGGGTTCGGGTAAGCATAAACCCGACCCCAACCCGCCTCGTTACCATTCCTACTCACTAAGACTCCAAATAAGGAG GAAATTAAGTCTGTTGTGTTTGCAATGAATGGGGAGGGGCTCCAGGTCTCGATGGATTTGGGGTTGTTTCTACCAGGCTTTTGGGACATAGTGGAAAAGG ATGTCTGCAACTATGTGCTTCAATTTTTCAACCATGGTTGGCTTCTTCCTAATTTAAATTACAATTCAGTGGTTTTAATGCCTAAATTCAATGGAGAGGA TAAGGTAGGGGATTATAGACCTCTTGCTCTCGCCAATTTTCAATTCAAGATTATTACAAAAGTGTTTGTTGACAGATTAGCCATCATTGCCCCTAGTATC ATCTCTACTCAAAAAAGAGGTTCCATTAAAGGTAGGAAAATTCAGGATTGTATCTGCTTGGCCTGGGAAGCAGTTAATTTGCTTGATCATAAGACCTTTG GTGGGAATCTTGCTATAAAAATTGATATTAAAAAAGCTTTTGATACTATTGACTAGAATTTTCTCTTAAATACTCTAAATGCTTTTGGTTTCAATCAGAA ATTTTGTAGCTGGATAAAACTTATTCTCCAATCTGCCAAGCTTTCCATTAATGTAAATGGGCAGAGTGTTGGTTTCTTTAATTGTAGTAGAGGGGTTAGG AAAGGTAATCCTCTATCTCCTTTAATTTTTTGCATTGCTGAAGACGCCTTAAGTAGTGGGTTGTTGAAATTGGTTTTGATGGTTGCTTAAATCCTATCTC TGGCCTTGCTTCAGTGCAAACTCCAAGCCATGTTCTTTATGCTGATGACATATTGATATTCTGCAAAGGTATCAAAAGGAATTTATTAGCTTTAAAGCAG CTTTCGGAGGAATATGCTCAAAATTATGGTCAACACATAAATGTTAGTAAATGCAAGTTCTACTCAACAACTGCTGATGAGTGCAAAATATATCTACTTT TCATACATTTTTTTGGCACTCGTCTTAATCAAAACCAACTTAAATTAACATTTTTTAGGTGAATTTTGCATGATTGAATAAATTAGTTCTTTATTACTTC TTACCCTAGTTTTGTTTGAGTTTTGTAGGAAATTGAAAATCAAATCATCAATTCAAAGATGGACAAGAATTCAAGCCAAAATTCATCACAAAAGCTCAAA ATGAATTGCTAAAAGTAATCAAGTTAAGCATGGCATGCTATGTGCTTAATTTGGTTACTTAGACTTGAAGAAATGTAGCTTACTTCGTCTTGAAGAAATC TAAGTTAAGGTAGGCCTAGCAACTTGCAAAAATCAAATGCTTACCTTAACTTGAAGAAAATAGCCCAAAAGTGCCAAGCAACCAACAAAAATCAAGTAAG AAACAAAAGGAAAAAAGGTTGCTTCATCATGAAGAAATCAAGCAC BLAST |
| Tissue | pods |
| Gene name | LI_gene_155643; |
| Additional information | details; |
| PAB | abscising pods |
| PNAB | non-abscising pods |
| PS1 | seeds stages 1-3 |
| PS2 | seeds stages 4-6 |
| PS3 | seeds stages 7-8 |
| PW1 | pods wall stages 1-3 |
| PW2 | pods wall stages 4-6 |
| PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_441237
| Blastp | - |
|---|---|
| Blastx | LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein from Homo with 28.11% of identity |
| Eggnog | - |
| Kegg | - |
| CantataDB | - |
| Mirbase | - |
| Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019418588.1) |
| Pfam | - |
| Rfam | - |
| GO | - |