Id Trinity | TRINITY_DN50933_c3_g2_i3 |
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Name Transcript | Ll_transcript_388546 |
Sequence | GAAGAACTTGGAAGATATTTCCGAAATAAGATATATTCAGTGTATAACGCCATGATCGCCACCAACACTGTAACGCTTCAGTCATCATCTCCGCCATTCT TTCCTTCCCCTGCCTCGCCGCTTCAGGCGGTGTCCACTCCTCTGGTGCTTCCTCTTCCGTCGATGAAATTGACAGAGAAGAATTATTTGGTGTGGCGACT CTTTATGCTCGCAACCCTAACTTCGAAACGAGCGAATCAATTCGTGTTAAGGACTGAAATTCCTCATAGATTTATGAGTGAGGATGATGGGCTCAAAAAT CGGGTGAATCCAGCATATCTTCGTTGGGAAGAGCTTGATCAAACCGTATTTTCATGGATTCTGAATTCTCTCTCTGAAGGTCTTCAACCATGTGCTGTTG GTTGTGTGCACTCATGGCAACTTTGGGAGGAACTTGACTCTTTCTACAACTCCCAAACCAAAGCACGTAGTCGGCAATTGCGATCACAACTTCGTTCTAT TTCTCAAGGTTCAAGCTCTATCTCTGATTTCTTTACGAAAATCAAGGGACTTGTGGATGCATTGATCTCCATCGGCACTCCTATTTCAACATCGGAACAC ATTGATTACATTCTTGATGGGTTGAATGAGGAGTATCAACCAGTAATCACATCTATTGAAAGTCAAATTAATCTTCCATCCATTCACAAGCTTGAGTCAT TCTTGCTAAATTTTGAGTCTCGACTTGAGGAGAAGAAGAATAAAGTATTGTCTAATGCTCTCTCTACCAATGTAGCCATAGGTTCTGCTTCACCTCCTCC GTCAAAGCCAATACATTCATATTCGCAACAAAATCCTCTCACATCGCAAGTGGTGCTATCACTTTACTCTTCATGCCCTAAATCGCAAGTTCAAGGGTAT TATGGTGGATATGGTGGCTCTGGAGGCTATCGTGTCAACCGTGGAGGTCGTCGTGGAGGTCACAATAGAAGTGGAAGAGGTTCAGGCCGTTCTTCGCCTG TGTTCTGTGTCTACTGCAACCGCCATGGACATGAAGTTAACTCTTGCTACTATGCTCCGCAAAATTTTGGTGTATCACTACCTCCTTTTTCGTATAATAT GCCACGTCAGGAACAAAATTATTTTCGGAGTTTTAATGGGCCACAACTACGCTATCCAGTCCACTTCTTTCCAGAATTTACTGACGACTTCTATTTGGGG TATTCGCCACCCTCACATCATTGTGGGCCCTCTTATTACCCATCACAACACTTTAATGAAGACTCTTTACATAGGCCTGACCCATCCTATCCTTCAAGAC AACCTTTTCAACCTTATGCTATGACAAATTGTATTCTTAACAAAGCAATTCCTTCTACGAAGAACTTTAGAAATGTCACATGGTACCCTAATTCTGGGGC GACCAACCATTTGACAATGGATCCAGCCTTGCTGCATGAACCTGTGGAGTCTTTTGGTTATGACCAGATATTCATGGGTAATGGCATTGGTATCTCTATT CAGTCTATTAGTAATTCTCATTTCACTTCTTCTCTTAACTCAAATATTTCTTTTCACTTAAATAATCTTCTTCTTGTTCCTTCTATCACTAAGAATCTAA TTCGTGTCACAGTTTGCCAAAGATAATTCCTGTTATTTCGAATTTCATCCTAATGTTTGTCTTGTGAAATCACAGGAAATTAATGAGATTTTACTCCAAG GGTCTCTCACCAAGGAAGGGCTCTATGCTTTCCATGGTCTTCTTCGCAATTCTTTATCTTATCGTGCATTAGCTTTTACGATTTGTCAAACTTCTAGTTG TAATCACTTACCAATATCTAGTCTGGTATGTCTAATAAGTCTAGTTTTCCTATTTCTATTTTTTTGGCACTATAGATTGGGCCATCCTCATAAGGCCCAT GTTAAACATGTTTTAGCTGGGTGTAAAATTTCACATGTTAATAAAATTGTGTTTGATTTCTGTTCATCTTGTTGAATTGACAAATCTCATAGACTTCATT CTCCTACCTCCTCTATTGTTTATAATTGTCCTTTTGACTTAGTCTATGTAGACCTATGGGGCCCTGCACCTATTTACTCAGGCACATGATTTTGTTACTA TTTTTCTATTGTGGATACTTTTACCAAGCATACATGGATTTTTCTGCTTAAAGAGAAATCTGTGACACTATCCCACTTTCAGTATTTTATGAAATATGTT AACACTCAATTTAATCACACAATTAGAGTAGTTTGAAGTGATTAAGGGGTCAATCCAGGCCCTTTAGCAATTTTCTCAAAACCGTGGGATTGTACATAGG ATTTCATGTCCTCATACACATCACCAACATGATATTGTAGAGAGGAACCATTCGCATATAGTTGAAATTGGACTAACCTTGTTGGCCCATTGTCATCTTC CCATGACTTATTGGGATCATGCCTTTACAATAACTGTTTTTCTCATTAACAGTCTTCCTTTAGTCACACCCAATCTTTAATCTTCTCCTCAACTCCCTTG TTACCCTGATGATGTTTCTTTTCATTCCTCCTTATTACCTCCCTTTCAAAACACTACGTCTCATTCTTTGCCTTCTAGCTCATCCTCACCATTAGCTCCT TGTCTTGTACCTATTGTTTTTTCTCACCCTATGCAAACAAGGTCTAAGTTAGGAATCTACAAGACCATATACCCCAGTGTTCATCTTACTCAATGCGAGT CCGTGAGTGCCAAAGCTGCCTTAGCCAATACTGTATGGTAGTAGGCCATGCAAGCTAAATATGATGCTCTTATGACCTTAGGCACTTGGTTTGTAATGCC TCTACCTCCTCATAAATAGGCAATTGGGTGTAAATGGGTTTTTAGAAATAAGTGCAAAGCTAGACTGGTTGCAAAGGGGTTTCATCAAAAACATGGAGTG GATTACAATAAAACTCTCTCCAATTGTTACTCATGTCACTATTAGAGTTTTACTCTCTCTTGTTGTTTCTCATCATTGGATGATTGAACAACTTGACATC AATAATGCATTTTTAAATGGCTTTCTTGATGAAGAGGTCTATATGACTCAACCATTGGGTTTTCATCAACATGATAAAACTTTGATTTGTAAGCTACATA AAGTAATCTATGGGCTCAAGCAAGCTCCAAGACAATGGTTTGAAAGGTTAAAGGGTTCTTTACTCAAACTTGGGCTTCAAGTCAACAAATGTGACAACCC ACTTTTCATTCATACCTCTTTGCCCTATAAAATTTATGTCCTAGTCTATGTTGATGACATAATTGTCACAGAGTCATCTTCTTCACATGTTCAAAAGCTT ATCAAGGATCTGAATTCCACTTTTGCTCTTGAAAAGTTGGGTCCTCTTGACTATTCCCTTGGCATAGAGGTCAAACACAAAAAGGATGGTACTTTGTTTC TATCTCAGTCCAAGTATATCAGAGATCTTCTAGAAAAAGCACATCTCACTTCAACTAAAGCTCTTCCAACTCCTATGGCTAGAACTGCAAACTTACAAAG CATGGAATTGATTTCTTTGAAGATCCTATCTTTTATAGGTATATTTTGGTGTTCTAATACCTTGTAAGAAATGGAAATGAAAAGTGAGAAATGGGAACAC GAGAGAGTGAGAGAAGAGGCAGAGAATTTGAGAGACAAAGTAGAAGAGAAAACAGAATTCTTATTAATGAAAGTTAGTTTACAAAGAGAAGAGCTAGGCT CTTTATATAGAGGTACATTTAAGTGTGCTAGTTTGAAGTTAACCTTCTAACTAATCTAACAAACTAACAATCTGTTGCTGAAACAGCTAACTGAATAACA GAAACCACAATATTGTAATATTGCACAGAATAACTTTACGAGCTCTATGTATTGGTTTTTCCTAAGACATTTGGTCTTCATACTAGAGTACTATGAATAT GTGTTTTATAAAACTTTCTTCTTTCCTGCCCTGCTAACCCAAAAGTTCTGTTAGCATGCCTTGAAAGTTGGGAGATAAATTCAGTTTTATAGTTATGCAT TTAACATTTCAGCATATAAAACAGAATATTCATTTTCTAATATGAATGGTTTCTTTAAGAACAGTTTATACAATTTTTCCAGTTTAGGTCTTGTGTTAAG GTATTATGGCTGACTGAGACCTCTTATTTCCTATTTTATTAGAGTTTTATCTTGGCAGTTATTTTCAATTTATTTCCTGATTATTCTTATTTTACGTGTG GGTTGAGCTTGTACTCGCAAAGATGGCCAGTGACCTCCTTTCCAGATTAATCTAATCTATGTGCTTTGGTTCCACCACTCGACAGGCTGTTTGGCCATAT ATCCACTAAGACTTATTCTGTTTGGGTCTTCTGAGGTTTGGATGTGTGGTCCCCTTGATATGCTGTAGTTTTACTAGCAAAGAGCTGAATAGGTGAAATA GGGGAGGGCAAGTTACAGGCTGTTCCAGCCAGCTAACAGCAAAGGAGGGTCTAAAAGGGGTGAGGAACAAGCAAGGGGGTCGCCAAAATATTCTGGTGGC TGGAAATAGTTGCCAGAAGCAAATTAGTGCCAAGATATGTCATGGAGAATGGAACCACATTGATACCATGTTGAAAAAGAGAGACGTGATGGAATTGCCT GACTGATTGTGCTTAGGATATAATATTTATATGTAGGACCCTATTATTCCCAAATCCCAATGCATCATTTATTGCATGATGCATTTCCAACATTAGGAAT TAGCTTGTACTAGTTGTACTACACTGCACTTGACCTAACTACTAGGATAATTAGGATCATTGTGCTAGTAATTTGTTGCACATCATCGTACATGAGAATA TTGCTAAGAGTTTCGTTATTATGTTGTTCAAGTAGGAGAAGGTACAGGGTTGCTTCGCCTCCATAGTACATACCGCCATGATCTTAAGATTT BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_181123; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_388546
Blastp | - |
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Blastx | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 from Nicotiana with 39.38% of identity |
Eggnog | - |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019447442.1) |
Pfam | gag-polypeptide of LTR copia-type (PF14223.5) |
Rfam | - |
GO | - |