Id Trinity | FTRINITY_DN52289_c3_g2_i15 |
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Name Transcript | Ll_transcript_29196 |
Sequence | AGCGAAGGGTGTGTGGATAGCAGTAATCTTCACTAGTTGTAAAATTGTAAGAGATTCATTGCTATACGGAAAATAACGCATAAATAAAACATTTTTTCAT TTTCAAAATTTCATTTTATTTCTAAAATCTCAATCTCGTGTCTTCCATTTCACCATCGAATCGAGGGATACAGCAAAAACGGCGATCCAATCCAGCGTTT CTTTTTCACCGAAATCGAAACGCTGTTTCCGAGCATCACTTTCCTTCAGCTATTGTTCCTCGTCAATTCCCAATATTGGAAGGTTTTAATTGTTGATTCT GGTCTAATCAACTTGTGGAGTTTTAATTCAAGTTCCAAACATATAGAGCCATGAGTTTTGTTTTTGGAGGAACAAGAGCAGATATAGAAAATGGATTTCC AGGATTTATACCTCAGAGGCGTACATTGGTATGCATGTTGTGTATCGATTATCTGCATGAGTGATCTAATGTTGATGATTTATTGTTTGTGTTTCCCGGT TTTGTAACTAAAAGCATGATTAGATATGTAGCTTGTTTAACATAAACTAAAGCTTCATATATATTCCAACTTTTTCTTCAGCGTGTTCATGCTGCACGTC CGAGTAATTCCAATTCTCTCACTTTTCTTGTAACAGGTATTAATGTTCTTAGGTATCATGTTTTGTTTTAGCATTTTGTGCAGACCACTTATCTTTTTCT ATATCTTTTTTCCCAATCACAACTTCCTGCTTATATGTTCCAGTTCTCCTGTTATTCATGATACTGAACTCTCAACAAATGTCACCAAATTTCATGGTAA GCTGTTCTAGTATGTAAACAAGGCATGTATGTTTTTTCAATCAAGGATGATATTTTAAATTATTAAAGTGGTTTATGAGGTCTTCTTTTGGTTTGTAGCT CTGGCTGGTGCTTGGTGTTTTCTTGATGGCTACAATGTTAAGGATGTACGCGACATTTCAACAGCTTCAAGCGCAGGCCCAAGCTCATGCCGCAACAGCC AATGGCCTTCTTGGACACACAGAACTGCGGTTGCATATGCCACCATCAATAGCACTCACAAGCCGAGGGCGGCTGCAAGGCCTCAGACTTCAGCTTGCAC TTCTTGATCGAGAGTTCGATGATCTAGATTATGAAACTTTAAGAGCTCTGGATTCAGATAATGTTTCTTCTGGATCTTCAATGACTGAGGAAGAGATCAA TGCTCTTCCTGTCCACAAATACAAGGGTTCTGGTCCCCAAAGCAGTAGTTCCTCAATGCAACAAGCTTCATCTTCCACATCTGCCGAGGTATTAACTTCA TCCTTGGTTATTTGTTTTCCCATTTGACATAAAGAAGTAAATTACACTGCATCTTATGGGAACTCCAGTTCTCTCTTTAGGCCTTGAGGGTATTGCCTTC TGCATGTTTTTCCAGTGATTTTCTTGCACTATTCCTGACATTATGGTGAAGTGCTGATACTTGTCAAACTACATTTTATATGTGATGACTGTGAATCTGT GCTATAAATATTCAGCAGTACAGCATATTTATCCTGGACCTGGTTGAGTACTTCAAAATTTGGCAATAACATTTATATTAGAGTAAATTACATTGACATC TTTGAGATTTAGTCAAACTACACATGTCACCCCTCCCTTTCTTACTCCTACACAAACATCCTTTAATTTATGTGCATCCATTACGCCCTGTACCCCAACC AGGGACGGTGAGTGTAATGTTTGTAATGAATCTAATTTACTTTATGTATTATTTTCTTGAATATCTTATCATTTACATCCATTGATCCACCATTGTATAT TCATATAAATTCACTGGAACTGTCCACTGTCTGATGTTTTCATGGGACTGTTAAATAACAGAAAGGATCGCCAGACATTTACATAGTTAATCTTTTCTTG TTGTGCTTGTAAGTTTTCATATTTTAAGCTGTTATTGTGGAGTGGTCGGTATTTCGTACGAATAATTTATTGGTTTTTTGTGTGGCAGAAGAAGCAAGAT CATTCAAACGCAACTGGGAGCATGAAAGTCTCTGATGATGAGCTCACTTGCAGCGTATGTTTGGAGCAAGTTAATGTTGGAGATATACTCCGTAGCTTGC CCTGCTTGCATCAGGTTAGTTATATATTCTAGGAAGTGAAAATGCCAGTTTCACCCTTATTTAGCTTGCCCTGCTTGCCTTAAGTTATTAAACCCAAATA TTTTGGGTTTTTAGTAAAGTAAATATTGGTGCAAGTTGGGTTGGAAACAATCCGAACCTGGATTCAACTCGATAAGAATCGGCTTAACTTGAAACTCGAC TCGAGGCCGATATCAATTATTTTTCAGCTCGAACTAGACTTTGAGTTCGTGAACTGGTCAACTCATTAGCTTGAGTTGGTTTAGTTCGTTGGGAGATTGT GAACTGTTTACTTCAACTCATTATTTTGATTGGTTCATTTCATCAGTTCGAATGATGATTATTTATTTAAGATATTAAATTTAAAGATTGTATATACAAT CAAGCTAGTTCATGAGTCTAACGAGTTGAACTGTAATTGGCTCAAGTTCTGCTAGTTTATTTAATGAACTCAATTTTTAGCTCAAGTTCAATTCATTTGG TTAATGAACGAAGCTTATCGAGTTAAATAACAAGTCGAGTTTCAAACGAATGACGAGTTGATTCAGTTTATTATCAGTCCTAGTGGAAGCATGCATATGC ATATGCTAATGAACCAATTATTGACTATTATTTGAAGGACTTGAGTAATCCTAAAGTTTGTCTGAAACGTTGGGGACTTGGGGTTGATTTTATGTTTTTA TTTATCAATCTAATGTGATACTGAGACCTCGTTTATGTGTTTTGAAGTTTCACGCTAACTGCATTGATCCCTGGCTGCGGCAACAAGGGACATGCCCTGT CTGTAAATTCCGAGCAGGATCTGGATGGAATGAAAATGGGCATGAGGATATTGCGGACATGGTTTGAATACCTCTATTTTGTATTTATATGCGTGTGATT ATAATATGGTATAGACTGTAGCTTTAACTTACCCTCGTCATGTATAAAAACCGTGGCTTATGACTAGTATTTGGGTAATTAGCCTGACATAGGAATGACA GAAATACCATGTAAAAACTACAGAAGTTCACAGATTTTTTCCCCTATTGTAAGGACCAAGTTTCTTGGGCCATTCTAAAAGTATATAGTATATGTTGTAA CTATAGGTACTTAAAAGTATATCGTTTCAATTTGTACTTAAAAATATATGTTCCAACAATCCTTGCCATACACTTAAGAGAGTGCTGGGAAGTTTGTAAG GAAATGAAAGGAAAGGCATGGTATGGAATTAGGAGGAAGAAAAGGAAGTACTTGCGAGATAGGGAAGGGAGATTGAGATTTTATATCCCATGTTTAGATG TATAAATTTTATAAGGTGAAGAAAGTGGAAGGTTATTTGAGATGTTTTATTTCAGCATCCGCAAGGGTCATACCATGTCATCATCACTCATCAACTAAGC ATGAGAAATCACCTTTTTAAACTGCTATCAATGGTCGCAATTTGCCACTAGCGTCGCTAATGTCGGTGGCTATTTGATACATTTTTTGTAGGAATGTTTT AATAACATTAAATGAAATAAGTCAATTAAGAAACGTGCAATGTTTACTCTAGAAAGTAATTTCAAGAGAAAGTTGACAGAGCTATTATGCACATTCACAT BLAST |
Tissue | flowers |
Gene name | LI_gene_24654; |
Additional information | details; |
FPAB | abscising flower pedicels |
FPNAB | non-abscising flower pedicels |
LF1 | lower flowers stage 1 |
LF2 | lower flowers stage 2 |
LF3 | lower flowers stage 3 |
LF4 | lower flowers stage 4 |
UF1 | upper flowers stage 1 |
UF2 | upper flowers stage 2 |
UF3 | upper flowers stage 3 |
UF4 | upper flowers stage 4 |
Annotations of Ll_transcript_29196
Blastp | E3 ubiquitin-protein ligase SDIR1 from Arabidopsis with 75.4% of identity |
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Blastx | E3 ubiquitin-protein ligase SDIR1 from Arabidopsis with 62.42% of identity |
Eggnog | zinc ion binding(ENOG41121N2) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT3G55530) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019439461.1) |
Pfam | - |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |