Id Trinity | FTRINITY_DN52625_c4_g1_i1 |
---|---|
Name Transcript | Ll_transcript_207989 |
Sequence | CAAGTTTATGCACTGTTCTTCTCCACTCCTCCTTGTCTCATTACCCTGAACCTCTTCATTAGGGTTTTTCCGTTCTCTCTCATTTCCAACACCAAAATGG GAACTCGCTACACCCTCGCTGGTAAGGAAGTCCCCATAACCGGAAGCGACGCCGTTCGCTGGATCGAACTTTCCATTCCCTCTTCTCCCAACATCGCTGT TGACGGCGCCGCCGCCCCTCTCGCACCTCTCACCACCGACGACCGGGCTTCCTGCTTCGTCACCGACAATCCCGCTTCTTATCTCCTCTGGAGAATTCAC CAGACGCAGCCTCATGCTCTCGAGTTACTCGAGCTCGATGCTTCCAAAGAAATCCCCAAAGTTGGACTTAGGTTCAATTTCCCCGTCGCGCTCTGCCCCT TTGCCTTTATCTGCAAAAACCAGATTACTACTGGCTCTTCTATATACCCTTACTCGCTTTATGTGCTGACTGTGACTGGTGTGGCCTATCTTTTGAAAAT TCGAAAAGTTTCGGTATATGCATCCAGCTCCAGCACCATTTTACCAGTGGATGAACTTTTAGAGCTTGATTTGAAAGATTATATTCCCTATAATGTGACA ATAACCGCCATCGCAGCTACTACCGGGTGTCTTGTTATTGGCAGAAGTGATGGTTCTGTTTTCTGTTTCCAACTCGGTGGACTTGACCCAAGTGCTCCTG GTTTTGTGCATGAGCTGAGAGATGAAGCTGGAATCAGCCGTTTATGGGGTCTCATGTCACGGGGTAAACCGGTGGGTACTGTACAAGACATGGTTATATC CGATTTGGATGGGAAAAGATTTGTGTTTGTACTTCATTTGGATGGGACATTACGAATTTGGGATCTCGTGTCTTATAACAGGGTCTTTAATCATACCATG GCAGGTGCTATGTTTTTAAGGTTATGGGTGGGTCAATACAACCCTGATTCAAGTACATTTCTGTTGGCAATCTTGTACAGGGATACTTTGGATGAAAACT TGGAGATGATCTCTTTGCATAGCATCCAACTTAATTTTGGGGATAGAATTGTTTTCTCTATGGAGCCTCCAGTAAAAAATATTCCATTAGACGAGGGACG ATGCCTTGATGCTAAATTGACGATGGATAAGTTATGGATACTGAAGGATGATGAATTAATATCACACACATTCTCTACAAATATTGACGAGTTAGAAGCA CTGTCCTATGCTTTACAGGAAGAATTTGTTGCTGACCAGCTATTTCAAAGTTCAGAACATCTTGCAGATGAAATTATGCGGATTGGACATTCAATATTTT CATCTTCGAAGGATGATATTTTGCCATTTGTATCATCTATTTTCTTACGCAAGCTGCTTCTTCCTGGGGTGCATCATAATGCTGCTTTGCATGCAACTCT TGTTGAGTATGGCAGGCATTTAGTTGAGTCTGAGTTACAAACGTTAACTGCTGATGGGCTAAAAAAGGAGATACTTTCACTTATAGAACATGAGGTTGGT GCTGGAAAAGTGTCCACATTGTGTTGCTGGAAATCTTTTTTCACCCGCTATTTCCATAATTGGTGCAAGAGCAATGCCGTATATGGTTTGCTTGCTGATT CCTCTGTTGGTGCTGTCGGTCTAATAAGAAAAAGTTCAGTCTCACTTTTTCGGTCTTTGGAAGATATTGAGCGGATTTTAGAGGGCTCTTCAGATGAAGT GGGTGCGCTCACGGGCATTGTGGATTTATTTGATGATGATCATGATTGTGAAATTCTGACTGAATTGCTTAGATGTGTAATAAGTTTCAGCCAACAGTTG GGCAAAACTGCTTCTTCCATATTTTATGAGTCACTTTTAACTGCACCAGCAATCTCTTCTGATGATATTATTCGCTGTATAGTAAAAATTCTACAAACTG GGTATTGCATATCAAGTTCAGTTATCGCTGGGGATAGTTTAGTTGTTCTGGATAATGAGCTAGCAGATCATAAAAGTTTGAGGAAACTTTCGGTTGACAT GTTCTTGACACTTCAAGGCTTGTACAAAAAGGCTTCTACATGGGGCAGAATTTTAGATGTGATCGAGGGTTTCCTGAAATTTTTGGTTCCACGAAAAATC ACACATAATTTTGATACTGAAATGCCATCAAATATAAATTCCTCTATTGCAGTTCATACCACTTATCAGATTGCAGAAGTGATGTTTGAATCTGCCTGGG ATTTTCTTCTATTTTTAAGCTATCTGGTGGACATCAGTGGTCAGGTCCATTTGTCCCATGATGATATAACGCGAATACAGCTCGAGTTAGTTCCAATGCT TGAAGAAAATATTTTTGAGTGGTTAATCATCATCTTCTTTTCCATCACACCGTCTGCTCCAGCTGCAATTGAGGACTTCAATTTTAAACTTTCATCATTA CAAATAGATGGAAACATGGGGAAACGATTATGGAATGAGAAGCTTGGCCAATGTGACTTCACATTGGCTTTCATATTCTTTCTAAATGCTGGAAGTTCAT CTGCAGACCATAACCACTTTTATTCAGAACGTTTTTCAAATATGCAGAGCTTTATTAATAGGACAAGAGACTTTATCAGTTGGATAATATGGGGCCAAGC TGGAGGATCTTCTACTTTCTTAAGCCGTTCAATTGATCTTGCCTTTATCCTTTTCAAGCACGGCCAGTATGGTGCTGCTGAGCAATTACTTATGATGGGG GAAACACATTTGCTAAAGGAGAGAACATCCCAAAGTATTCAAGATGCTGATGGTGGATGGTGCATACGTCATCACCTTATAGGATGTTGCCTACTTGCCC AGGTGCAGTGTGGATTGCATGCAACCCAAAAGGATAAGAAAGTCTATGATGCCATTCGCTGTTTCTTTAGGTCTTCATCTGGAAATGGTGCATCTGAGGC TCTGCAGAGTTTGCCTGATGACATAGGAATTCCATTTCTTGGTTTTAGTGGTTGTGAATCATCTGCTGCATGGAGGCTTCAGTATTATCAATGGGCAATG CAGTTATTTGAACGATATAATATTAGTGAAGGTGCTTGCCAGTTTGCTCTTGCTGCACTCGAGCAAGTTGATGAAGCTCTTTGTAGGAAAGATGAAAAGT TCATGAGCAACTCAGTTGACGAATCAATGACGATCAAGGGACGACTGTGGGCAAATGTCTTCAAATTTGCATTAGACCTTTGTCGCTATTATGATGCGTA TTGTGCAATAATTTCAAATCCAGATGAGGAGAGCAAATACATTTGCTTGAGGCGTTTCATAATTGTTCTTTATGAACAAGGTGCTATAAAGATTCTATGC CGTAATAAAATTCCCCTTATTGGTTTAGTGGAAAAGGTAGAGCAAGAGCTTGCTTGGAAGGCTGAACGGTCAGATATTTCTGCGAAGCCAAACTTGTATA AGTTGCTCTATGCGTTTCAAATGAATCAGCATAATTGGGGACGAGCGGCAAACTACATGTACCTTTATTCAGCTCGTTTGAGAACTGAAGCCGCTTTGAA AGATCACCAAGGTGGTTCCTTGATGTTGCAAGAGAGGCTTAATGCACTTTCTGCTGCTGTCAATGCACTGCATCTTGTTCATCCTGCATATGCTTGGATT GATCCACCGTCTGAGGGAAGTTCTGCTTTGAGTGAACATTATCCGAGCAAGAAAGCAAGAATAACACCAGATGAACATTCTGATAATGATTTTGAGTCTC AAAGCTGGAAGCCCTCTATCGATATTGAAAAGCTTGAGAATGAGTTCGTTCTAACTTCAGCAGAGTATATGCTGTCCCTGGTAAATGTCAAGTGGACATT TAATGGAAAACATGGAGCCCTATCGGATTTGGCTGATCTTCTTGTCCAAAACAATTTATATGACATGGCCTTTACAATTGTTCTCAGATTTTTCAAGGGT TCAGGACTGAAGAGGGAACTGGAAAGAGTTCTATCTGCCATGTCATTGACATGCTGTGTTGATAAAGTAGAATCCACTCGGGTTGAGGAACATGGTCATT TCTTGACATCATCAAAGCTTGAGATGGTTGTCCATGGTTCACCTGTTACAGGTCCTACAACTCCACAAACTGACAGAAATAGCTTTTGGGCAGCTCTCAA GCTTTACCTCGTTCGTATCTTCTCCATCTTCTAATGTGCTGGCCCTTATTAGATTTTAGCCTGTTTGTCAGCCTTGAAGGGACGGCGGATGCATGATTGG ATGAAATTTCACACCATACTGCTCCAACCTTCTCCTCTCTTGCCTTCTGATTCCTTTTGAAATTCTTAATTCTTTGGTTTTTTACTTAGTAGTGTTTTTG GCACATGATATGGTTAGTATATGATATTATATTAGGTGAATAAGGCATAAATCGGGTGTTAAAAAATTGGATTTAAGCCAGATTCACAGCAAAGATCATC ATATACCTTCTCAAATCTAAACACTTACATAACTAGATTGAGTGCATTTAGTTCTCAGATAACTCAAGATGATCTAGACTCTGGAGTCTATCATTCACAA GGATTCCATGGTCAGGTTATTCAATAGGCTTTAGTTATTTTAATGGTCTACTATCCGACTTAGATATGTACATCTAGCTTGTGGAAAGAGATGGTTGGAT TGGATCAGAACCACCATGATTTGTTTTTTGGAATGATAATTTGGTTTGGAAGTTTGAGACATTTCTTATCTTTCCCCCTATCATCATCGTGATGCTTAGA CTATTCAGGACTGGTTTTCTAATTGGTCTTTTGCCTTATTCAATGAATAGTGAATGTCCCTTTACACACTTGGGCATCTATAATAAGATTATTGCAGTCA TCTGGTGTATCATGTTTAGATATATGTTCTTTTTCAGTAAACATTAGCATTTGCTAGGACATTGTCATTTTCATTTAGGCTTGTTCGAAATTCATAATGG TTGTCTTGATACTTAATAAGTTGGTCCAGGACTTGAGTTTCTAGTATTTCACCCATACATTTAAAGGATGTAGTGTGAAACTTAATCCGCTTGCAACTTG TTGTATTGGAGAAAATGTAAGTCCTGCTCCATGTCAGCAAGACGATATTCATTAGAATTGCATTCAGCCATGTAGATGGTTACAGATGAAGTATTCCACT ATTAAAAGGTTTTTCTAGTTTTGTACCAGTTACTCAATAGGTTTTCTTCATTTTAGGCAACCTCATGTTATTTTGTTGTGGTGGTGGGGTGAGATTGTTT ATGTTGAGATTTGTTAAGACTTAAAATTGATGATATCATTATCCGATTCTGTTATTGATTAGGATATGATTATGTAATTATCTGTGATTCTTTTCCCTAA AGTCAAGGGATTTATGCTTGTATCCTTGTATTATAAATAGAGAAGCTGTGTACACAAACTACTCAAGCCATTCAGATATATTTTTCATCCCTCTCAAGTG TTTAACTCACATGTGTATCTCTGCTTAAATTTTTCTGTGTCTCTGGTTCACTCTTTCCTTCGGATTTCTAAATTGCAGGAAAAGTATAAGGAGTATCATG GTAGATTACCAGTTATTGTTGCTGAAACTCTTCTACGCACTGATCCACAAATTGAATTGCCTCTTTGGCTTGTTCAATTGTTCAAGGAGGGTCAAAGGGA AAGGATGTGGGGAATGACTGGCCGGGAGTCAAATCCAGCATCCTTATTTCAGCTTTATGTTAACTATGGTCGATATGCAGAAGCTACTCATCTTTTGCTA GAGAGCATAGAATCATTTGCTTCAACGAGACCAGCAGATATAATTAGAAGGAAAAGACCATTTGCTGTTTGGTTCCCATACACAACAATTGAGCGTCTAC TGTACCAACTTGAGGAATTAATCAAATTGGGTCACATGGTAGATCAATGTAACAAGCTCAAAAAGATGTTGCATGGTTCTTTACAAAATCACCTGAAGAC GTTAAAGGTGGACTCAGATGATGCAATTTCTGCTTCTTCTTGACTGCATCTTTAAACTGGTTACTAAAGGCTCTTACTGATAGATATACAAGTATATTCA TTCTGCTCTGGTAATGCTTCCCAAAGATGACTATTGTGTTAACATGTTTGTCTTTTTTGTTAATGCCCCGGCCAGTTGTTTCTTTAGTTTATTTTCTTTC GGATACTTATGGTTTACGGTGTGTTCCAGTAGGTGTTGATCTCTCTGCTGAACAGCATAATATCCAATGTGAAGTGCTAGACACATAATGTTAAAATTGT GGTGGAAGAACCATGCTCAAACTAAATCACCCTCTTACCACAGAAACAACAAAACTAATCGAATTGCGGCCGCCTCATCTTCTCAGGAGTAGGAGGTGTA CTAGTCTCCAGGGAAACTCGTCCGGAAATTGTATGTGCGTTATCTGAAAATTGTATGTGCCTTTGTTTGATCTTCGATGTTATGGCTATATTGGTACAGT ACAGTTCAACTGATTGCTGGGAAATTTTGATTATATAATTATTTGTGTATGAATATGCGTCTTATTCCACCTGATTCCTGGGGCTGGCTTAATGCGATGA TGTGAAAATCACAATTTTAACAATTTTAAAGTGATGTGAAAATCAACTCAAAAATATGTAAGTCTCTATTTGGATAATCAAAAGGAGAATTTGGCAATTC TGATATTTTTāBLAST |
Tissue | flowers |
Gene name | LI_gene_26964; |
Additional information | details; |
FPAB | abscising flower pedicels |
FPNAB | non-abscising flower pedicels |
LF1 | lower flowers stage 1 |
LF2 | lower flowers stage 2 |
LF3 | lower flowers stage 3 |
LF4 | lower flowers stage 4 |
UF1 | upper flowers stage 1 |
UF2 | upper flowers stage 2 |
UF3 | upper flowers stage 3 |
UF4 | upper flowers stage 4 |
Annotations of Ll_transcript_207989
Blastp | Nuclear pore complex protein NUP160 from Arabidopsis with 45.44% of identity |
---|---|
Blastx | Nuclear pore complex protein NUP160 from Arabidopsis with 45.4% of identity |
Eggnog | Nucleoporin 160kDa(ENOG410YYM5) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT1G33410) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019461186.1) |
Pfam | Nucleoporin Nup120/160 (PF11715.7) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |