Id Trinity | FTRINITY_DN52986_c5_g1_i4 |
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Name Transcript | Ll_transcript_106232 |
Sequence | CTTCTTGTGCATCTGGTTGCTGAATCTTTTGAATTTGTTATTTTGATTGTGATATTCGCAATTAGAGTTGTGAGAATCTATGCATTTGATAGATACTGAG TCACAGAATAGAGTTTAATAGCTATTCTTCATGTTATAACTTGTTTGATTTACTATCATATCGATAGTAAGTTTTGGATAAGTTTGGAGACTTAACTTCT CAATTAAGGAATATGTCACAATGCTTTCCTTTTTATTAAGGACTTTCTTAACCTCGGCCCGAATTCCTTCGGGAAATTCGGGCCGAGGATAAAGACACAT AAATAAATGTTTCTTTGGAAATGATATATTCAGAATATTACAAGTTTTATATCTTTACTTTTTCAATAAAACTTACCTACTTTTAGTTCCTTATCTTCAG CCCGAGGTCAAGAGAACCCTTTTATTAACTTGGTCGGTGGTATGTTCTTGACTCTTGGTTTGTTCTACGAGAATTGAATTGGACAGTGGGATATAGTCTT TAATTCATAGGTTGAGTTTCTGATCAATGGTTTGTGTTAGTGTCCGCTTGATTTCTGTTAATTGTGGCCTCTTCGTGAGTTTTGTGCATATAGTTAAGTT CTTGGCGCAGCGTTAAGGTTGTTGCTTAGTGAGTATGAGGTTATCTAGAAACAACCTCTTCACTTGCGGGGTAAGACTATGTACATCTATCCTCCCCAAA CCCCAGTAAGTGGGAACCTCATGTATTGGACCGCCAAAAAGTCGTGTTCTCGATGTGGTGGAGCCATTTGTTAATTTTGTTGCATTCTAGATGTGGCGGA TCCACTTTGTTAATTTCAATTAAACCTTGTTGGATGTGGGGGAGCCACTTTATTCATATTAGTATTTAGTACATTGTGTTGCTGTGATGTAGCGAGTCAT TGAGCTATTGATGTTTACATTGTTATCATATGGCAGCTACTCTTTTTAGTTTTTGTGATAGTGTAATTTTATATGACGGGGCCTTGTATTTCGGGCACCC AGGTTTGTAATATTATTTTCGAGTTTGTAATAGTTTAGAGTAGTCTTTGGGTTTCAAAGTGCACTATGCATTGTGAAGCCCTTGCATGTGTTAGTTTATG TTTGCATGAGCATATGACAATTGTGCCTTTTTTGGGTTTCCTTGTTTTTTGAGGACACTCCTAGGACCCATGTACCTTGTTTGTTCTCATCAAAAAATGA ATTTCTAAAACCAAAAAAATGAGCAGCTTCTCGCCTTGCTCCTATCCTTCCGTCACACCTTGCATCCAAAGTTTTTAACCTTGATCCCTACAACATCATC CTCGATGTTTTCATCATAGATCTCTACCATTGATTTAAAATTTAAAATTGAGCAACTATACCTGATTTCCAGGTCTCCTATCCATGCAAGTTTGTTTGAT ATGTCAATTTTCAAACTACAACTTCTGTTACCTTTAAACAACCATGCTATTTACTCCAACAGCCTTCTGTTAGTTTTGTAATGAGAAGGATACTTGGGAT TAGTTTGAAATGGTGAACTCTTAACAATTTTGAATATTAACTTAGTATTTGTGGGGTATTTGAGTAGTAAAGTTGGTGGAATAGAAGACTCAGAGTAAAG AAGAGAGAAGCTCATATTGGTAGATACTGCAAAGATTTATCTTCTTCACTATTTACAGCCACTAGCTTTAAAGGATATTACCTGTACTTGTCTTTAGTTT TCTATAATTTTCAAAACTTTTCTAGAAATTGTGCTTTCGTTTAAAAGTTCATTCAGTATTAGTGCAACTGTTGTATATTCATGAGAAAGCGCATTGCCAC AGCACGGCATCATGACAAAGGGAATCTTTTATGTGCATTGAAAATGGTTATGTTTATGCCCTTACTCCTTATAACATTATGTTACTACAAAGCTATTCCG ACATGTAAGTGATGTAACTATGTAAGTGTTTGTTCTGCTATTTCAGTATGTTACTGCGATTTGTTAATGTCCTGCACTCCTGCTATTTTGTTGTTCAAAC GAGGCCCTTATTGAAGATATGATATTTGGCTCTATTTTTAGCAATGAATCATTAATTGAACACTTGATACCTAACTTTTAATCTCGGAAGCTTAAGTTTA ATGGACCTTTTACTTTTCGTCATAAAGAAATACTATAATTCGACATTTATGTTTTATACTCGGAAGAGCACATCCAATTTAACGGAAGTGTGGTACCAAG TCAGCAACACTTCACCGAAACTGTAACACTACTTCGTCCTATGTGTTGGGTTCCCACTTTCTCACCACCCTCCTCCTTCACATAAAGACCACAATCCATT GAAACATTCATTTCAAACAACTATTACCATCTGATTAGGCTTTGGGCAAAGGAATTTAGGAGGGAATTTGATTTGTGATTGTGACTATTAAGACCAGAAT ACTATTGATTATTGTTAAAGTTGGACCTTTCAGGTGTCGCCCATTCATCCTTCACCTCTTACTTCTCATAAGTAACCGACCTCTATCCTGATTCCTGAAG CCCCGTCAGATCACATTCGAAGGAAAATTGTATCAGTTTAAGAACATGCCCGTGAGAGTATTGGAGAACGCTGCACCTTCTCAGGTTTCAGGTGCAAATT CAGGACAAAGTTCATTCCAATTTTGTAGTCTTCTAGGGGCTGGGCAGTTGGAATTGTAGGATGGGAGAGAGGCTGCTTGTTTCCGGTCTTATCAGTGTCA AGAAATAATGTCCTAGAGAAAACAACTGAAACTTGCCTTCTCTGGCACCCAAAATGTATCTAGCCTACAAAAGGATGAAGCTTGGAGAGTAAATGTCCGT ATACAAGGGTGCGACCTTGAGCATGGATATCTATGTGGCACCATGGAAGCCCTTAATGTTCCCATGGCAGACACGCCAGTAGTAACATTTTGGGAAGGGG AGATTGTTGACACCAAGAATTATACTTTCTTCACTGGCAAATGGGAAGCAACACCGGAGGATGATATACGGCACTGGACTAAGTTCCCATCTTTTTCACC CCTCTTGGCCCAAGTGGAGGTTGATGGTGGCAAGACTTTGGACCTAAGCAACTATCCTTACATATTCATGAGATGGAAGGAGCAGTATTTTGTGAATGTT GGAACTGATTGTGGGTTAACCATTGCTGGCTTTTACTATGTATGCTTCTCTTGCAGTGATGGCTCTATCAGTGGGTTCTATTATGATCCCAACAGCAGCC CTTTCCAGAAGCTTGAGTTGAAATCCACAAATGATGGTAGATCAGGTTTCAGTTTTTCATCATATGAGTTGCAATAGACTGTGAGTGAGACATATAGAAC ATGTTAAATTCATCATCTAATTGATCTTTCCTTGAAGTGTTTTATGAATCAAATCAAAATCTGGAAGTTATGCAAGTGTTCAAGACTGTTAGTGTTGTAT ATAAGTGGGAAATGTGAAAATTTGAAGTTTGTGGTTGATTCAGTCATGTCAAAATAGGGAGAATATGATTCTAATTAGTGTTAGTAATATTGTACCCGTC ATCAAACCAATGTATGATGGTATAATAGTTAAACATAACGGTGAAATTAAATATACATATATATTATATACTTTTATTTAAATCATTTGTTAAAACAAAA TGTGTTTGTTCCTGTAGTATTAATAAAGATAATAGTTGTGTGTTTGATTCAAAA BLAST |
Tissue | flowers |
Gene name | LI_gene_29735; |
Additional information | details; |
FPAB | abscising flower pedicels |
FPNAB | non-abscising flower pedicels |
LF1 | lower flowers stage 1 |
LF2 | lower flowers stage 2 |
LF3 | lower flowers stage 3 |
LF4 | lower flowers stage 4 |
UF1 | upper flowers stage 1 |
UF2 | upper flowers stage 2 |
UF3 | upper flowers stage 3 |
UF4 | upper flowers stage 4 |
Annotations of Ll_transcript_106232
Blastp | Glucose-induced degradation protein 4 homolog from Mus with 41.03% of identity |
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Blastx | Glucose-induced degradation protein 4 homolog from Mus with 35.93% of identity |
Eggnog | GID complex subunit 4, VID24 homolog (S. cerevisiae)(COG5073) |
Kegg | Link to kegg annotations (66771) |
CantataDB | Link to cantataDB annotations (CNT0002724) |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019456952.1) |
Pfam | Vacuolar import and degradation protein (PF09783.8) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |