Id Trinity | FTRINITY_DN53718_c2_g1_i10 |
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Name Transcript | Ll_transcript_123028 |
Sequence | CTATAAACAAACATGCTTAGAGATTTTGCGATGGTTCCGTTGAAACTCTCTTAGTAAAGGATCATGGACCTGCAGAACTAAATTTGAGCCTTTGTTTCAT AAACTCAATTGCAATATGAATTTTTTATTCATATTGTAAATCAAGATGGTATGCTTCTGGAATGATGTCCCTAAAAAGGCCATGATGATATGGTGATATT CACCAGGTGAAAGCAAATGGTAGGTGAAAGCAAATGGTTGGTATGGATCTTGCCTAAATGTAACTGTGTGATTGCTAAATGCAATTATTATAATATGAAA TCGGATGAGAGCAGATCTTATGTCCTAAAATGATACTACTCATGTATTGAGGCACATGGATTGACACGCTTTTTGGGACAGAAGAAATTGGTTGGTATGC GCGATCTTAGTTGCTTATAAATTCAAATGCGAATAAGACCCTATTTTGCTTGGCTGGCCATAAACTTGCAATTGCAATATGAATTACGAATTCTCTATGT AAAATCTGGATGGTATGCTTGAGGTTGTATAAGCATAAATGTGAAGTATATGGTATTTATGTGATTTCCCTTAATCCACTAACCACATTAGTATGTTTAA TATTTGATAAAGCCTAATTGCATAAGCAATTTGAAGTTTTTATTCATGAACTGAATTTTGTATGGTATGTTCAACTCCATTCATCACGTGTCACGAGTTT TGAAGTATTGAGCAAAGTAGTAATTATGATAAATAAGAGTCTCATGTGTTGGTGTTTCTTTCTACATAGTAAACATGTTTTCTTGTCCAGTTTGTTGGTG TTTCTTTTTACTCTGTGAAACCTAACTTTATGGTACAAGAATCTTCTCAGGTGCAACTTGACTTATTTTTTTGACATCATATCTTGTTTTGGCGATAATT TTTTTTGGGTACTGTATTTGGTAAATTACATTTTTGACACAAATATAACATTTGTGTAATTGAGTCATGAAACTGTGGAAGTGGAATTACAAATTGAGGT CAAATTAAAGAACCAAAAGAGGAAAAAAATGTTCAAATTTTGATTCTCAATCCTTATTAACTAGGACGCCCACACAGCTAGTATACAATGAAAGATTTGT CATTGCATACTTTAATAATGATTGAAAATATAAATGAATGATGAGTAATAGGAATTAAGTTACTCCAAGAGTAAGTTTAAAATATTTACACATCATCTTA TACTATCAACTCTAGATAAATTCAATTGTTTGAATTAATAATAAATCTAAATTATTGAATTTCCAATAAATTGATGATATAGATAAATTAAGTCTTTTAA AATTATTAATGAATTAATTTGATCTCCTCCTACTATATTGAAAGCACATAAATGTTTACATGAAAATTTTGTCTACGATCCAAAAAAATTTGCTTTACCC ACATACATTTCTAATGGCTTGGTGGACACTTGCTAACATTATCATTAAGTATTATATTTTGATTTTTCAATTAACTTCAAAATTATATAAATGGGTATAT CCATGTTCATAATAATGCATAACCATAATATGAGTAGGATTTAATATAATATTTCATATTGGAGACTGCTTCTTCTAATAATCGAATCCTCAACCAGACT TATTATATCTTTTTCTCGTTTGGCAAATGCTATAGAAGCAAATATTAGGATAAGCATAATGGTGAACCTGTTGCTTCGCTCTCAGAAGCATAACTAAAAG GTTTACACAAGCTTCCCTTCACATTAACCGAATTCCGATTCCGGTTTGTAAAACCCTCACAATGGGTCTATAGTTTTCAAAGCTCAAAACCTTCCTCAAC TCGATAATTGTGGAGAACTTGTTCTTAATCAAAGACAGGAATATAAAAAAATGGCCTCGGTGGCCGTTGCGGTGGCGTCAGTGTCTTTACACGGTTGTTA CCGGAGCTCCGGCCAAACCACGGCGGAGCGCGCGCTTGGAATCTCGTACTCAGCTATTAACAAGCACTACAATAACCACGCGCCGATTCGGTGTTATCGG AGTTCACATAACACTAAGGCCATCGTCGCCGTTGAAACTAACTCCTCAACAATCGACGCCGCAAACTTAATCGCCACGTCTTCTTCGGAAAGATACCAAA ACTATGATCGGTTACTTCCATGTCCATCGCACAAATCTACACCGAGAGTTGAGCACTTAGTTGTATCAGAAGGAGGAACTGTGTTAGAATTTATTTGCAA ATCACTCCATCTTCCTCCTTTATTTGATCCAATTTGGAGCTGTGCACTACGCTCTTGTATGTCCACCGCCTCCTCCTAATGCTACTGAAGAACAAATTAG GATATTCAAAGAAGTAACGGAACCTTCGGTTTTGCGAAAAAGAGCTTCAATCAAAGGCAAGACTGTGCAAAGGGCACAAAAAACTTTCCGTATAACTAGT GTCGATCAATTTGTTGAGCCGGGAATGTATATACGAGTTCATGTACATCCCAAACGCTTTCCCAGGTGCTATGAGATTGACTGGAGATCAAGGATAATTG CTGTGACAGAACTGTATGTAGTTTTGGATAAACCTGCTGGTACTTCAGTAGGTGGCACTCCCGACAACATTGCAGAACGTTGTGCTACCTTTGCAACTCG CGCCTTGGGCTTGACAACCCCTTTGATGACTACCCATCAGATTGATAATTGCACCGAAGGCTGTGTGGTATTAGCCAGGACTAAAGAGTACTGCTCCGTG TTTCATGGCAAAATCAGGGACAAAATGGTGAAGAAGCTCTATCTTGCTCTTGCAGTTTCTCCTTTGCCAATTGGAATCATTACCCATTATATGCGTCCTA CTAACATGGCTCCTCGACTTGTTTCTGAAGGTAGCCATACTAATTGGAGTGATTAACAAAGATTGCTTGAGAACCCTTAGTAAATAATTGTGCTTTCATT GCCAATAAATAAGTGTGCCTTCATTGACTGTGCTTTTTCAGCAGACTCCTGCAGAATGACATGAGACATTAGCTTTGCCTTGTACTGAAATTCTATATTC GACTCCTAAAAAGAATGACATGAACTTACATGATTGTTATGTTCCCGATGGAGTATAATTTGAATGGTTGGATGTTTATTATCCTATCCTAATGTTCACC GACTTTTTTGTACCCGTGGCAACATGATGTGTAAATTGACATGAGCATTTCCGTCAAAGTGTAAAATTGTGAAACAATTGTTTGCCCTTTGGCATCGGTT TAGTATCCAAATAAGGGTCTTGTTTTGTGGATTCAACCCAGTTGTTTAATTGATTACAGATTTTATTAAGGGGTGGCAGATTTGTCAACTTGAGGTCATG GAATGCAATCAGGTTCCTTGGCCAACTACTGTTATTCAGGATAAATATTGTATTGAAGACTGTGAGTGGCCTTCTAAAGATTATGCCTATGAGTGTAAAA TCAAGCTTCTTACTGGTCGAACTCATCAGGTCTACTAGCTCTCTTTTATGTGTTGTATGCATTTTTATGGAAGGGCCTTTTTAATTATCAAGTTTTAACA CATGAAGATATAGTTGATTGACAATTCTCCTCATGTGAACATTTGAGTGGTTCATTGCTCACTTTATTTTTATATGTTTCAGTCATATGCCTTCATGAGC TGTGGAAGGCTGTTGACCAGCTGCCTTTGTTGATTAAACAATAACTCAGCTGCTACAAATCACAATAGTGCAGACACTATATTGTTCTAGGAATCATTGG ATTAGGAGAATACAAGTGTGACCATGAGAGTTTCCATTTGAAAATATATCCCCTGCCCTCCAATACATATTCTGGATGTTTTCATACGCGAAAATCTGGT ATCAACTTGAATGTTTGATTCTTTTGTATGAATGGTGAATCACTTAGTAACAGTTAGTAGTGTTTCGAATTTATTATAATGAATGAATAAAGAATGTCTT CTTATTTCTATTCTTTGACTATCTTTTAGGAAGAGGAAACTATGTTTTGACTAGTACCTTCCTTTTTAATGCAGATTCGAGCTCAATTTGCTGCCTGTAA GGCTCCATTAATTGGCGATTCTACGTATATGGCAGCGGCGATTGCAGAGATGGCTAATCCTGGACTTAATCCATTTGGAAAATACAATAAAGATTTCAGT TGTGAGAGTGAAAAAGAAACTGCTGTTATAAATTGGATTGCACAACATGGAAATGTGCCAAGTGTTGCAATTGGCCTTCAAGCGTGTCAAATTTCATGGG ATGATGATGAGCACTTCTACAAAGCTGGTTTGCCTTGGTGGAGGAGTCAAATGGCTTGAAATGTGTGCTTGAGGAGAGATATCATGGTTATGATCTTGTT CTGACTCATTTTTTAGTGATGTATAATCATTTAAGGTGAAAATATTTTGATTTATTTGTATGCCTGGAACTTAATTTATATAGGTTTTATATGCAGATAT AATAATATTAAAAGGCATAAAAAGCGGACCAATTTATGTTGGTATGCTCATTAGCGAGGTTTGAGGAGGGTAAATGTACGCAATTTTACCCCTATAAGCG GGAATATTGTTTCCAGGATTTGAACTTGTGACACCATTGTGCCAAGCTCAGCCTCTTTTGTGC BLAST |
Tissue | flowers |
Gene name | LI_gene_36209; |
Additional information | details; |
FPAB | abscising flower pedicels |
FPNAB | non-abscising flower pedicels |
LF1 | lower flowers stage 1 |
LF2 | lower flowers stage 2 |
LF3 | lower flowers stage 3 |
LF4 | lower flowers stage 4 |
UF1 | upper flowers stage 1 |
UF2 | upper flowers stage 2 |
UF3 | upper flowers stage 3 |
UF4 | upper flowers stage 4 |
Annotations of Ll_transcript_123028
Blastp | RNA pseudouridine synthase 6, chloroplastic from Arabidopsis with 78.57% of identity |
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Blastx | RNA pseudouridine synthase 6, chloroplastic from Arabidopsis with 73.71% of identity |
Eggnog | pseudouridine synthase activity(COG0564) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT4G21770) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019418853.1) |
Pfam | RNA pseudouridylate synthase (PF00849.21) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |