Id Trinity | FTRINITY_DN54194_c0_g4_i9 |
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Name Transcript | Ll_transcript_44490 |
Sequence | TTTTGATTTGTCTTGTAATAAATAAATTAAAAACTTTTCTAATACTTGCCTCTGGGCCCATGTTACAGGTGGCCCAACAGGAAGAAATAAGCCCAATCGA AAACCCTAAAATTGAAATCCAAAGAAAACAATAAGCTTCCTTCTCAACCTTCACCGTTGTGTTCAACAATGGAGGAGTCATTACTACTGTTAGGGTTCAA AGAAGAAAACGAAGACACAAATTCATCAACGTCTCTAAGATTGGTTCCTTGGCTTAACTGGAACGAATGGATTTTCGTTAAACATGCTCTCTTCTCCAAT TCCACTTCCTCTATTGCCTCTGCTCTCAACAGAATATCAGCATGGCGAAGTCGTGGTTCTTTGCCAATTACTGTTCAAATCACTGCTTCCATCATCGAAA TTCAGCTCAAGGATCCTTACTTTCAAATGGTTGATCATGCTTCTGATTCTGATGAGATACTCTCTATGTTATATTGCATGGCAATCACGAGGCTTGTGAA TGGTGTCATTGAGAAGACACGTGTAAAAGAATTGGTGTCTATAGCTGTTGCTGCTGAAGCAATTGGTATTCCACGCACGCTGATCGATATTCGCCATGAG GCGTCGCATCGTGAACTTCCATCACTGAAGGTTGTTCGTACTGCCTCCATTAAGGCACTTGATTGGTTAAAATTTTATTATTGGGAGCCTCAAAGCAAAG CAATTCCTTTTCAAGGTGAAAGAAATGATAAGGTCAAAAAGGAAGTCAAATCTAAAATTCGTGAATTAGCTATCTGCGTGAAAGTCAAAGGAAATCCCCA GCCTAGTACTTCATTACTCAAGGGAAAACGTGTGTAAGCTTTGTTAATTTGTACCATATTACCCCTCTAACAAATGCTTTACTCTTCCTTCTTCTATGTC TCATACGTTCGACCTATTCATTCTGTTCACCTTGTCTATTTCATTTTCGTAATTGCTGTTTCATTCATGCTCATCGAAAGCATGTGATTCATTTAATGTG GGAAGCCCAAAGTGAAACTATGATGGTTGGAATTTGCCATGATCTTATATTGGGCATGATTTGGTTTTCACAAGGCATAATATTGCCTTTTGGCTTCAAA TTTTTATTGGATAAATTAATCTTGCACTTTCCACCCTAACCTCCGAAATGCTGATATTGCTCATGCTTCTTTTTCCTTTTCATAATGTGATGTAGTTTTG ATAAAAAATATTAGATTATACTTTTTGTTTGTTTATCACTTTACCCTCACGTTTTATCGCCCCATCCCAAATAAAATCCTGTGGCTTCATATACTTATGT TAGTGGTTTCTTGCATCTTTTCGATTCACTACCCCTTGGAAGAAAAAATGCCATGCTTTTGTGCTTTGCTTTGTAGAGACGTGCTTCATGTAGTACGTAT TAACACATCTGAAGGCATTTTTTATATGATATTATCCATTAGTAAGCCACACTTCTTAGGTGAAGTATAAAATTTCATTAAAATTTATTGCAATTCAAGA CAATATGGTGTTATTTGTTGATGACACAATTTTCAATTTAGCCTTGCTTTTAAGTTAATGAAGTAGTAATTTGCTTTTAATTTATTTGCTAGTGTTCTAT TAATGTCTCAGCAGTAATGAAGTATTGCTCCCACATGTGATGCAATACATTTCTAGCATCACATGCTTACATCCGAGTTAAAGTATTTGGTTTAGGTTTC TTTTAGTTGCCACTGTTTCTTATTTCTTCTGCTTTAGAGTCTTATGATGTTGAATATTGTATCTTTTAAAGGGTTGAAGCATGGTGAATTGCTCTTAGGG CGTAATAAGCTTTTGAGTCTTACGCTTGGCAAGAGCCAGTCCTCACAGTCTGGAGGTATCAGAATATTAATACATTAAATGTTTACAGTGTTTGTTCATT ATACTTATATATGTGTGTGTCTTTCTCTAATCTAAGTGAGTCTAAGACCACATTAAAAAATCAAAAGGAAAACACAAGAAAATTTGCATGCAACACCATT TCGCGCAGGCATGAACAATTACATAGAAATAAATGGTTCAATTTATAAAACCGATAATATTTGTAGGTCCACTAGCTTTAGTAGATATATCATTGGCTTG CATCGCATGCAATTGTTTGAGTGTTTGTTTAATCAAACTTAGCATGAACCAATTAAATTTCAGGAAACCCAATTCTTATTTTGGCAATTAAAATTGTATT AATCATGTACATGATCATTAAAGTGATTGTGGATTTACATTACCATAGCATGCTGTGAAATATTCTCTACACCCTCTGGTTGTTTCTCCTTCAACTTGGA AAAGGCGAGAAATGAAAGTTTATATATTTACCAGTTTAGGGACTTGGAAGCTTGAAGTACAAAAGAAAGGAATGAAATTTAAATGATCATAGCAGTAACT TCGGCAAGGTGGTTTGTAATTCATTGTTAAGGGCAACTTCATTGTCACCTAAGGATTAGGTTTGGCTTAATGGGTTTGAGGGAAGGACTTTGGTGAGCAG CTTTGTCAATGTTAAGAGGTTGTAGCTGTTTAAGGGGGAGGCTTGTTTTTTTGTTTCACCTCTTTTATAGGATAGACCTGTACTTTAGTTTTTTGTGTGG GTATAGCTAATAGGTTATTTTAGGATTTGCCTAGTCTGTTATGCCAACAGGTTATTTTAGAAGGATTCCTGATTCTATCCAATTTTTGTTTTTTAATTAA ATAAAAAGCTCAAGTATTGCAGTTTGTCTAAAACTGGTCAAACAAATAAGTAATGTTGAATGAGATTCCTAATCTACAATGTATTAGGTTTTTATTTTTT TGTTATATTCTGAAAAGGACGTGTATTCAAGCACTAATGCATCCTGATACTTTCAGGCTCTAAGAAACCAATTGCGAAGATTTTGAAATCTGTTCTTCGG TTGTATTCCTCCTTCTCCTCAGAGATTGTATCTGTGTTGTTGGAGTATTTGCTGAAGGCTATGAGTTCTGCAGAGTTCAAAGAGAAAGCAGATGCTGCTT CTGTCGGTCTAACCATTCAGAGTGTTTTGGCTGATTGGAAGCCTGTCATACTCAAATTGTGGGACAAGGAACCAGAATTACTTGTAAACCTTCTTAAGGA AGTTCTTGATATGATTGAGACTCGGGAAGATATGAAGTGTGATGGAGATAACCCGTGCACTGGGATTTCACACGCAAAGGCAGAGTTTTGCCGAAGTGAT TATCTTTCTTCTTTGTTTGCTTGGCTTGTTGGGATTCTCAGCAAAGTTCCTTCTGCCACAGCAAATGTGCCAAAAAAAGTTTTGCTCGAGCTTCTTCATA AATGTCTTTTAATATCACAACTTTGCAACAAGCAGCTCATGGATTCAGCCCTTTATCTCGCTGAACTGGTGGGTGACAGGTTTTTGTTGGAGAGAGCTAA AAGGCTCTATCTCATTGGTTTGTCAAACTTAGACTATGCAGATGATAAAGCTTCCTCTGTGTTGACTACAAAGAATATTTTCCAATTTGAGGAATCCATA CATGAAGCAGCTAAGAAGCTAGAGTTATTTAAACAACAGATATTGAAAAATAAAACACCAAGGGCTGTGGATTGTGAGAATAAAAAATTACAGACTTGGT CTTTGGCAAAATCATGGAACCCATGTCCTATTGGCATGTTGCCCCGTGCAGTTGGTTCATCTGGTTTTCTCCCTGTTCTTGACCATGTTGATAACCAAAA ACAGAATGTAGTATCAGAAAGGAGAGAGGATCAGAAATTGACCCAACATGGTACCAAGCGAGATGCCACTGAAGACCTTCAACTACTCGATAATTCATCT GTTAAGAAGATGAGGGATACCAAAGAATCTTGTGATTTAAATGATGTATTGCCGAGAGATGGAGTGAAGGGATGCCTCATGGTAGCCGGAGTTTGGAAGA GAGTCGGGGAAGAAGAGCTACAAGCCATTCAGTCTTCTTTGAGGATTTTAGTTTAATTTGATAATTATTGCTTAGCTTGTCAAGATTCAATATGAGGTAT GCTAGTCATTTATACGCATCTTATTTGATCTGATTTATAGAGCATTCACTGAAATTTTGTTTTAGAAGGGGTGTAGTTTGTATCTCCCCCACCCATATCT GATTTATAAAAGAAAAAGAGGAAATTAAATGAAAAACAATCCTATAGTTTAATTACCTGAATTAAATTCATGTAATCAGAATAGTCTTTTATCTTTGTCA GTACCATTTTCATTGTGCTGAGTGCTTGTTCAATCAGTTATGCTAGGATGCCAATGCTGTATTGTGGTAAAGGAAAGTCCAGCAGGGGCGACCTGAGAAC ACGTGAGCTGGGAGGTATTCTGAAACCTCTCGGCAATCTTCATGTGTTCTCAGTACGACCCTGTAGAACCCCTCTACCTCTACATTTTCTGGAAAGTATT TTTTGCCTAAATTGGAACATTGACCTTTCTGTCATGTTTTAGCAAAGTAATGAGTTTCTCATTTTGATTCAATGGATATATAGCCTGAAACTATGTACTA CTACTTCTAGAGGCTAATTTGTACTGCAACAACTACTTTTAGCAGTTTAATGAGTTTTCCTAATTTGTTTCAATATCTGAAACTTAGTATTTCTAGTCGA AAGATGTAGTACACTCAAGTACTTCCTCAAATAAATGACGCATTATGCATGTTTGG BLAST |
Tissue | flowers |
Gene name | LI_gene_40545; |
Additional information | details; |
FPAB | abscising flower pedicels |
FPNAB | non-abscising flower pedicels |
LF1 | lower flowers stage 1 |
LF2 | lower flowers stage 2 |
LF3 | lower flowers stage 3 |
LF4 | lower flowers stage 4 |
UF1 | upper flowers stage 1 |
UF2 | upper flowers stage 2 |
UF3 | upper flowers stage 3 |
UF4 | upper flowers stage 4 |
Annotations of Ll_transcript_44490
Blastp | - |
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Blastx | Ribosomal biogenesis protein LAS1L from Homo with 36% of identity |
Eggnog | - |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | gma-MIR398c (MI0017847) |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019460434.1) |
Pfam | - |
Rfam | MIR398 (RF00695) |
GO | - |