Id Trinity | FTRINITY_DN55199_c1_g1_i11 |
---|---|
Name Transcript | Ll_transcript_20371 |
Sequence | GTCATTTCACATTTCACTTCTTTTTTTTTCATTTATTTTAATTCAAATTTCTTCTTTCTCTTTTCAATTCAATTCTCTTCATTTTCAATTCTTTCTCTCT TCTCTTTCGGTATGCAACGTTTCTCTCAAAACGACTTCGTTTCATTCCATCATTCTCACATTACAATCCAAACCCTAGCTCTATATTCCATTCCATTGCT TCATTATAACTAAATTAAAGCAATTTTTCCTTCAATTGAAAGCAGAATCATAATTGGGTTTCATTTTTTTGTATTGGTTTAATTTGAGTATCTAAAAGTA TGTTTTTTTGGGTTTCATAATTTTGGGATTTTTTTTCCCATCTTATAATCCATATAATGTGTTATAGATCCTTTGTTTCTGAATAGTATAACTGTTTTTA TTCTCATCTGTTTGATATTACTATATTTGAAGAATGGAATGTTTTTTTATGAGTGTGATTATTTTGGGGATTTATTTTGCTATCTTATCATTCACACCAC AAATCAGACTATGTGTGCTTGATGCTATACATAACTCGGATAAAGTGTGAAGGTTGTGTTAGACAATCAACATCGACATAAAATTTGCCGAATCTATATG ATATGGATCACTCATACCATGTGTTATATATGTTTTGTTTCTGTATAATATAATTGCTATTGTTCTCATTGGTTGTGAATTACAAATTTTAGTTGTTGTA TATTGAATTGGTTTATTTGCTTCCTTATTTAGATTCTAAGGTCAATAATCTATGGATATCGATAAAATTTTGGGTACTACCAAACCTGCAAGTTTTCCAA GGAAGAGTGCTATTTATGTGTGGGGATACAATCAATCTGGTCAGACAGGGAGAAAGGGGAAACAGGATCAGCTGAGGATTCCGAAGCAGCTGCCTCCTGA GCTGTTTGGATGTCCAGCTGGTTTTAATGCACGGTGGTTGGATGTTGCTTGTGGTCGTGAGCATACCGCAGCAATTGCTTCCGATGGCTCACTTTTTACA TGGGGTTTGGACCTATTTTTTTGACTCATGTCTGTTTTTCGTATTATTGTCTCGTTCTTTCGAATACTATGTATTTTATAGTGTTAGGACTTTTTTTCCG GATGATTCTTATGCTGTACTTGTGTTATTTAGGTGGTAAAAAGGAATACCTATTAAATAAATTTAGAGTGAAATAGAATTACTTACACATTGTCTCCCAA ATCTAAAATAAAATTTTAGTCCTATTTTTAGAAGTCTCAAGCACTTCCTTTTTTGTTGGATATTATAAAAAACTGGTCGACAATTGACATGTATTTGTTA ATTAGAATAGAAACAGTTCTGTTATTCCAAGTCATTTCTACAGCAAGGATAATTGCGGTTTTATGTCTCTACTCTCTAGTGCAAATTATTACCGTATGGG GCCATTTGTTATGTGTGAACTAAAACCAGGTGTGTTTGGGAAGGTTGAAAGTAGAACGACTACAAGCATAGGTTTAGTTTTTGAGTGTAATATATATGCA CTGACAATATAAATATTTATACACCTTAGGTGCATCATCCATCGTTTATTTGTATTACTTTTATTTAAGAGTCAATGATGATTGGAAATGAATAATGGAT GATGCAGTGACAGTGTAAAAAACTCTTACATTGTCAGTGCATACATATTTTTCTCTTAGCTTTTTGGAGGGCTGTACTATTCTGACAGAGGAGCTCTAGC AGGAAGTGATTAGGAAACAAAAGTTCTAACAGTCTAACACTCATGTATATATTCCATATCCCAGGGGCTAATGACTATGGTCAATTGGGTGATGGAACTG AGGAGCGAAGGAAACATCCGAAGAAAGTAAAACAACTAGGGTCGGAGTTTGTAAAATCTGTGTCCTGTGGAGCACATTGTTCTGCTTGCATTGCAGAACC TCGTGACAATGATGGTACTGTATCTACTGGGAGGCTCTGGGTTTGGGGACAAAATCAGGGATCAAATTTTCCTAGATTGTTCTGGGGGGCCTTCGAACCT AACACGGTTATTCATCAAGTGTCATGTGGAGCTGCCCATGTGGTTGCTTTGTCTGAGGCGGGCCTTCTACAAGCTTGGGGCGAGTCACTAATTGCTTCTC TTTATTTTCTTTCCAATGTTTTGTAACATCAATGATTCATGATTGCCTTTTACGGAGTTGACATGGTTAAAGACCTTTAAATTTACAGAGCATTGAATGC AGTGAAGTAAACTTGAGCATTCACAAAGTAGGTTTCTTGCCACCTACTAATCGGACTTTTCTCACTGTTTCCATAAACCAGGATACAATGAGTGTGGCCA ACTTGGCCGAGGTGTTACTTGTGAAGGACTTCAGGGGGCTCGTATTTTAAGTTCTTATGCTAAGTTCCTTGATGAAGCCCCCGAGCTTGTGAAGATTACC AAAGTGTCATGTGGGGAATACCACACAGCAGCCATTTCTGATAAGGGCGAGGTGTAAGTAATTTGAAGGACATTCTAGTTGGAGATAATCAGATAATTAT AATTTTAAGCTTGAGAATTGTGGTTTTCCGCATGACATTAGGGAATCTGACACCAGGAGACAATATGCAATGGAAATCCTGCATCTATTATGCAAGTTTC TATTCCCTTGGCTTGGTTATACAATAAAAAAACTATAGTTGACTGTAGTTATATATTCCTAGAGCCAACAGGGTTATCTTCTAAGTTAAGTAACCGTAAT ATTATCTAGATTTTGTTTGAAAAAGTTTGCAACAAGATTTTTTATTCTGTTGATAATTTGACATCCACATATGATTTATTGGTAAGTATTTATTTATTAT TTTTCATTATAGAATGTTTGTTATGGTGTAAGATAGTAGTTGCTGAAAACTGGGAGCTTAAAATATGTATGGTAACATTGCATCAGAAATAGGCATATGT TGTTTACGGTGGTTTCCACTCACCAAATTTGCTATTTTGTGTTTGTGATTTTTAATGAAAAAAGAATATGCACATATTATAGAGTGGATGACATCTTTTA TTCTTATTGTTGAGACATGTAGACCTCAAGTTACTTCTTTTCGTTTACCGAGGAATTATTTATTCCAGTTATATGTTAGGGATCCATAAGAATTAATAAA TCATGACTACTTATGGTATTTAGCTTGTTGTGATAATATTTCCTCACTTATTATATTTTCCGTTGGACCAGTTACACATGGGGGCTCGGAAATATGGGTC AACTTGGCCATTCTTCACTCCAGTATGGGGATAAGGAGCTTCTCCCGAGGAGGGTGGTTTCCCTTGATGGTATTGTCATAAAAGATGTGGCATGTGGTGG TGTACATACTTGTGCTCTGAGTAAAGAAGGAGCACTTTATGCTTGTGGCGGTGGTCAATCTGGTCAGTTAGGCCTTGGCCCCCAAACTGGATTGTTCTCT TGTGTAGCTAATGATTCTCAGACATTTTTCCGAAACATTCCCATTTTAATTGTTCCAAAAGATGTGCAATTTGTTGCATGTGGACATTCCCATACTCTTA TTTCTACGAAGGAAGGTCGAATTCATGGGTGGGGTTATAATAATTACGGCCAAGCAGCCAATGAGAAATGTACATATGCCTGGTATCCATCACCTGTTGA CTGGTGCGTTGGGGAGATCCGAAAACTAGCTGCTGGTGGGGGCCATTCGGCTGTGTTGACCGATGCTTGTTCATTAAAGGAGCTGTGTGAGTTTGTTCTC GCAGATTGTATGACCTTATCAAATGCTGCTAAGGTCGAGGATATTGCTTCTAGAACTGGATCGGATGCTTTAGCACGCCTTTGCGGAAGACTCAGGTATT TTGTAGAATTAATAAGGCTCTGCATGAATTAATGAATATGAACAAAGATAAGGTTCTGCATATTTCAATCATTTTCGTAGTGATTACCTAAGATTGATTA ATATGCTTACCCTTTTTCTTACTTTGCTGTCCTTGTTTATGAAACTTGACTTCAAACTCTATTAATGATTTGTGAGAAACAAAAGCACCACATAAAATGA CCCTTTTCATTGATTTGCCTCCTGCAGTATTATGATATAACTGTCTCCCCTTTAGTTTATGTTTCTTTCATAATTTTTGCTTTGATGTTTTCGCAACGAA TCGAATGACGACGATCTTATGACAATTTCGGCGTCGCAGAGAGTATTTGCTTATTAATGGTGGTGATGATGAAGAGAACGTGGTCAGTAAAATCTGACAA TATATGAAGTTAGTATTAATCACAATTTATTGTTGTAATGTAAATCTGTGTATTCAGAAGTTGTAACTATGTTATTATTCTGTAACTAGTATCAATTGAA TAAGGATTTGTACTTGACTATGTATAGACCATGAATATGCCAATATTGAATTTCAAACTTCC BLAST |
Tissue | flowers |
Gene name | LI_gene_49399; |
Additional information | details; |
FPAB | abscising flower pedicels |
FPNAB | non-abscising flower pedicels |
LF1 | lower flowers stage 1 |
LF2 | lower flowers stage 2 |
LF3 | lower flowers stage 3 |
LF4 | lower flowers stage 4 |
UF1 | upper flowers stage 1 |
UF2 | upper flowers stage 2 |
UF3 | upper flowers stage 3 |
UF4 | upper flowers stage 4 |
Annotations of Ll_transcript_20371
Blastp | Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC4 from Mus with 38.61% of identity |
---|---|
Blastx | Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC4 from Mus with 38.32% of identity |
Eggnog | ubiquitin protein ligase(COG5021) |
Kegg | Link to kegg annotations (67345) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019456541.1) |
Pfam | Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat (PF00415.17) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |