Id Trinity | FTRINITY_DN56441_c3_g1_i2 |
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Name Transcript | Ll_transcript_202249 |
Sequence | GAACACGTATGAACAGGTACTGTTTGGGATCCTTATTATATTGCATTTATTCAGTTTGGTTGATTGTTCTCACATATATTCTATCTCAGTTGGTATTGGT TATTAAAAATAACAGTAGTGGCAATTAGAATCACATTTTGTCATTGAGCATCATGAAGTTTGATAACATCTTTATTTGGTACATTTTACTTTCCAGTGAT CTTTTATATTGAATGTAAGCCACTTACTACTCTCACTCTGCTACTGTGTGGAAGAGCAGACAACATCTAATTACATGATAAAACTAATGTATTCAATTTT GAAATTTAGGGCAGTCAATTGTGAGTGCTGATTCTTTGTAACTTCCTCAATCATAGATCATAGTGACAATAATAGTCAATAAATAGGGGTGGGTGACAAT TACTATTGTTAGTACTTGCTGCATTGAACAGTGATAAGAGGGCTTGGGTTAACCGGGATCTGGCTTCTCTGAAGTGAATGGCAGCGATGCATATTGTGCT TATATTATAATTTCCAATATAGTCATTTGTTTGGACGAGGATGATATTCATACACTTATTTTGGTATATGGTTACAGCTTACCAAATATCTGGTCTATGT TAGTGCCGGTGATTGAGCAAATATTGCTGTGTGGTTGTGGTAGTAATGGTCACCTGATCTCTGCTGATAGTTGTACCATGAAATTTTCTCTTGAATAATC GTGTCAGAAAACAATATACCGTTAGATTTATAAATTAATTCATGCATGTTCTCCTTACTACCCATGCTTTTGGGACAGTTGGTTCATGACATTGTATTGA AGTCTTTGTGACGAAGTGATCTAGAGTTCTGTCCATGTTTCAAGCCAAAAAGCCCTGTTGTATGAGGGGGGTGTTAAATTAAATACCATTCATGTGCCTT CATCCAAAACCTTAAATTTTTTGGGATAGTTGGATTGTGAAAATACTAATGGTTATGGTAGTGGGTGCTGCAGAGGCTGTGATGGCTTTGGTGGAAAAAT GGATGCTGGTGATGGTGATTATATGATTGTACTGATTTACATATTTTCGTTAAATAATAAGAGAATGAGGATCGAATAGAATAACTGAACTATATTCTGT GGAACAAGTGTTTTTTCCAAAAGAAAATTTAACGCCATTGTAATTCTGTTATAATGCATGTAGAATAAGCTACTACCTGTTATTTACTTATTTTTATTTA AATAATTTAATCAACTAAATATTCACTATTATCAAAAGAAGTGAGAATCTCCTTCCACTTTTGATGATAATCGTATCATCCTTGCCTTTCAGCCTAATCC GTTTAGCACGTAATCTGTAGTCCGATCGTCTTACATATTCCAGCATATGTATTCCAGCAGTTGGTAAGTAGAGCGTTGGCTAGGCGATTCCTTATATACG ATAGCATCACGCCTTTCACCAAGCCGACCCTCAATGTGGATGAAGCTGCTTATTTTGCGTTGACTTCCGTCCGATGATGTGTATATCAACGTAGAAAAGA TTTAGTGAAATTTAGATCTACCTTATTTTATTAGTAACTCAAATAAAAGTGGAAACTCAGTTTTTTCCCTTTATTCAAAGCAGGAAGCTGTCACTCAATT ATTTACAACTTCAAGCTGCAGGAGCTAAACAATACAAGGATGATGGGCCTAGAAAAAGGAATTCACGGAGACGAGGAACTCACACAAGCTATGATAGTGA TGGTAGCATGTTTGAGCAACGTTCTCTTTCAAAGAATAACATAAATGCAATTCGTCGTTCCCAAGTTCCTCAAGTAGTTGATACGTTATGGCATCTTCAG TCTAGGGATATGCTGCCAGCTGTGTGGTTTATTTTTAGCAGAAAGGGTTGTGATGCAGCTGTGCAATACCTTGAAGATTGCAGACTATTAGACGATTGTG AAACAAGTGAGGTTGAGCTAGCCTTGAAGAGGTTCCGCATTCAGTATCCTGACGCTGTCAGAGAAACAGCTGTGAGAGGACTTCTGCAAGGGGTTGCTGC ACATCATGCTGGTTGCCTACCTTTGTGGAAGGCATTCATAGAAGAACTATTTCAAAGAGGACTTGTCAAGGTTGTTTTTGCTACAGAAACCTTGGCTGCT GGAATCAATATGCCTGCTAGAACAGCTGTCATTTCGTCACTTAGCAAAAGAAGTGACAGCGGACATGTCTATTTAAGCTCAAATGAACTGCTTCAGATGG CTGGGCGTGCTGGACGCAGAGGCATTGATGAGCGTGGTCATGTAGTCCTCATCCAAACACCTAATGATGGTGCTGAGGAGGGTTGCAAGGTCTTGTTTGC TGGACTTGAGCCTTTAGTGTCCCAGTTTACTGCCTCATATGGAATGGTATTGAATCTTCTTTCTGGTGTAAAAGCCATTCGGTCAAATGAACCAGATGAA GTGAGACCTTCATCAGGAAGAACTTTAGAAGAAGCTAGGAAGTTAGTTGAGCAGAGTTTTGGAAATTATGTTAGTAGCAACGTTATGCTGGCTGCCAAGG AAGAAATTAAAAAAATTAAGAAAGAAATTGAATTGCTGATGTCAGAAATCACTGACGAAGCCATTGATAGAAAAAGCAGGAAGGCTTTATCACAGTGGGA ATACAATGAGATCACGGAGTTACAGGAAAATTTAAGGGCAGAAAAACGTGTTCGGAGTGAATTGCGGAAACAGATGGAAGCAAAGAGAATTTCTGCCCTG AAACCTATACTGGAAGACCCTGAAAGGGAACATCTACCATTTTTGTGCTTGCAGTATAGAGATTCTGAAGGAGTTCAACATTCAATTCCTGCAGCATATT TGGGGAAGGTTGACTCCCTAAATGCTTCAAAACTCAAGATCATGATTTCTTCAGATGATTCTTTTGCGTTAAATTTTTTAGATGAAGAGCCAACAGGTGT TACTGATTCTTCATTAAATAAAAATCTTGAACTATCATATCATGTGGCTCTTGGTTCAGATAACTCCTGGTATCTATTTACAGAAAACTGGATTAAAGCA GTATATGGGACAGGCTTTCCTAATGTTCCATTGGCTCAAGGGGATGCTCTACCTCGAGAAATTATGAGTACTCTCCTTGATAAGGAGGAAATGAAGTGGG ATAAGGTTGCTCAATCCGAACATGGTGGTTTATGGTTCGTGGATGGATCTCTAGAAACATGGTCTTGGAGTTTGAATGTTCCTGTTTTGAGTAGCTTATC TGAAAATGATGAGCTACTTTTAAAGTCTCAAGTCTACCAAGATGCCGTTGAACTTTACAAGAACCAAAGAACTAAAGTTGCACGCTTGAAGAAAAAGGTA TCCCGTACTGGAGGGTACAAAGAATATAACAAAATCATAGACGCTGTCAAGTTTACTGAGGAGAAAATCAAACGGCTGAAGACTAGATCAAAGCGCTTGT CTAATCGTATAGAACAAATTGAACCCGCAGGATGGAAAGAGTTTATGCATGTTAGCAATGTCATACATGAAACCAGAGCTTTAGATATTAATACACATGC CATCTTTCCACTTGGCCAAACCGCGGCTGCAATTCGAGGAGAAAATGAGCTTTGGCTTGCAATGGTTCTTCGCAATAAAAGTTTACTGGAACTAAAACCT GCACAACTTGCTGCAGTTTGTGCAAGTTTAGTGTCGGAGGGTATCAAAGTCCGACCTTGGAAAAACAACAGTTATATTTACGAGCCTTCTGCAACTGTAG TCAATTTCATAAGGTTGTTGGATGAGCAAAGAAAGGTCCTGATGTCAATTCAGGATAAACATGATGTAACAATATCTTGCTGTTTGGATAGCCAATTTTG TGGCATGGTTGAAGCCTGGGCTTCTGGTTTGACATGGAGAGAAATAATGATGGATTGTGCTATGGATGATGGTGATCTAGCTCGCCTCCTTCGTAGGACC ATTGACCTTTTAGCCCAGATTCCGAAATTGACAGATATTGATCCTTTGTTGCAGCGCAATGCAAAAGTTGCATATGATTTCATGGATCGGCCTCCAATAA GTGAGCTTGCTGGGTAATAGTAGTGTCTTTGTTCTCCTGTCCTGTGCTCCATTTGTAAATATTATTGTTGTATGATTAATTTCCCTAAATTATTTTCTTC TTCACAAAACCCACTTTTCAGTTAACTTAATTGTTTTTATTATTTTGATCTCTCCTCTTCTTCTTTTTTGCGCATTTTGGTATGTTAACGCAATTTCTGT TAGTGTATTAGTCACTCTTGTCAAAAAAAAATTGTAACCCGGCTATTTTAGAGCTCCATGGTGTTCTTCTTAACAGAATAAGAACATTTTTACTCTATTT TCTATTGTGGGATTCTTATTTTTTAAGTTTTGTTTTTAAATAAGAATATTTTTTGTTGTAACTAAGAGAAGTAATGAGAGAGATGTTGTAAGGAAAATGT AGATATTGTTGāBLAST |
Tissue | flowers |
Gene name | LI_gene_60179; |
Additional information | details; |
FPAB | abscising flower pedicels |
FPNAB | non-abscising flower pedicels |
LF1 | lower flowers stage 1 |
LF2 | lower flowers stage 2 |
LF3 | lower flowers stage 3 |
LF4 | lower flowers stage 4 |
UF1 | upper flowers stage 1 |
UF2 | upper flowers stage 2 |
UF3 | upper flowers stage 3 |
UF4 | upper flowers stage 4 |
Annotations of Ll_transcript_202249
Blastp | DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH15 chloroplastic from Arabidopsis with 68.37% of identity |
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Blastx | DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH15 chloroplastic from Arabidopsis with 67.12% of identity |
Eggnog | helicase(COG4581) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT1G70070) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019445516.1) |
Pfam | Helicase conserved C-terminal domain (PF00271.30) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |