Id Trinity | TRINITY_DN42133_c0_g1_i1 |
---|---|
Name Transcript | Ll_transcript_503575 |
Sequence | TGTGAAGCTGCTAATTGAAAGGTTTGGTGAAGTATGTGATGATCCTATGGTTGAGCTTATGAATCTAAGACAAAAAGGTTTTGCAGCTGATTTTCATGAG GAATTTGATGCCATAATCACACAGTTGGAGCTATCAGAAGAATACACACTGAGTTGCTTTTTGGGAGGCTTAAAGCAGGAAAAATGATGGTGAGGAGAAA ACTTTTTCTTTGGCTAAATTGTATGAGTCTGCACAAAATTCCAGTTCTATGTTGCCTTTTCCTTTCAAAAACAATAAGGGTTTCACCCCTGCAAAAATTA GTACTAGTGTCAAGCTTGCTCTACCAATGGACCCTGGTATTGATGTGCTTAAACAAAAACCTAAAGCTAATAAGAGATTAACCCCTGCTTACATGAATGA ATGACGAGCAAAAGGATTATGCTATTTTTGTGATACTCCCTACACACCAGAACATAGTTTGACTCACAAGAAATTACAGTTGCATGTGATGGAAATTGAA GACAATGTTGAGGATCATACTGATACATGTGAAGCAAAGAATGAGGCTAGGAGTTTTGGTGAGCCACAAATTTCTGTGAATGCTCTTACGGGTATGGCTA GCTTTAGAACTATGAGGGTTACTAGATACTTTAATAAAAAACCATTGCATATTCTTATTGATAGTGGCAGTACCCACAATTTCTTAGATATTCAAAAAGC TAGAACTTTGGGTTGCAAGACCAGTCCATTAGAGCCTTTAATGGTCATTATGGTTAATGGTAATAAACTACACATTTCAGAAGTGGTTGAGGGTTTTTCT TGGTCACTTCAGCATACCAATTTCACATCTGATATGATGTTGATTCCTCTGGGGTGTTGTGATATTGTATTGGGCATTGAGTGGTTGGTCACTCTTGGAG ACATCACTTGGAATTTTGATAAGTTGACTATGGATTTTGTTGTTCAGGGTAGACGACATGTGCTCAGAGGCTCACCAAACAATGGTGTTAAAACCATAAA AAAAACAATTGGAGAAAGCTTTGTCAGAAAGTGTCCAATTGTCCATGTTGCAGCTATGTCCTAATGAGGGTGGGTTGCTGCAATCTCTCACCACTCATGC ACAACAAGCTGATCTTTCTGAACAACTAGGATAGGTGTTGGACAATTTTGTTGAAGTTTTTGAGGAACCATCACAGCTACCTCCTATGAGAGTTGGTCAC AATCACCAAATTCCACTTTTACAAGGTACCAATCCAGTGAATAAGAGACCCTATAAATATGCTAAACATCAAAAAGACATTATTGATCACCTGGTTCAAG ATATGTTGCAATCTGGTATAATTCAAAATAGTTCTAGTCCTTATGCTAGTCATGTTGTTCTGGTGGGCAAGAAAGATGACTCTTGGAGGTTGTGTGTGGA TTATAGAGACTTGAACAAAGGCATTGTGAAGGATAAATTTCATATTCCCTTGGTTGAAGATCTTATGGATGAGCTACATGGTTCAACAATTTTCTCTAAG TTGGACCTAAGAGTAGGTTATCACCAGGTTAGAATGGACCCTGCAGATATTCAGAAAACTGCTTTTAGAACTCATGCAGGCCATTATGAATACTTGGTCA TGCCCTTTGGTTTGACAAATGCCCCAGCTACCTTTCAAGGGTTCATGAATTTTGTTTTCAGTCAATTCCTTAGGAAGTTCTTGCTAGTCTTTTTTGATGA TATCCTCATCTATAGCAAGTCTTTGAAGGATCATGTGGAGCACCTTACTCAAGTATTGTTACTGATGAAGAACAATTGTTTGTTTGCCAAGAAACCTAAG TGTTTTTTTGGAGTGAAAATGGTGGAATACTTGGGACATTTTATTTCAGCAGAAGGAGTTGCAACAGATCCTGCAAAAGTAGCTGCTGTAAAAGAGTGGC CTCTACCTCAATCCTTAAAACAATTGAGGGTTTTTTTGGGTTTAGCAGGCTACTACAGAAGGTTTGTGAATGGATATGGAGGAGTAGCCAAACCTCTTAC TGAGATGCTCAAAAAAGACAATTTTTGTTGGACACCTGAGGCCAAAGCTGCTTTCATTCATCTCAAGCACTTATTGGTGACAACTCCTGTCCATGCTATG CCTGATTTTTCTAAGGCATTCTTGGTTGAAGTGGATGCATCAGGAGTGGGGTTAGGTGTTGTATTAATGCAAGATCATCATCCTATAGCTTATATCAGTA GAGGCTTGAGTCTTCAGCAGCAATCATTATCTACTTATGAGAAAGAATTGATGACGGTGGTCTTTGCTGTTCAAAAATGGAGACATTACTGGCTTAATAA ACACTTTGTCATTAAGACTAATCATAGCAGCCTCAAGTATATGTTTGATCAAAGGCTAACCACTGCTTTCCAACAAAAGTGGTTAGTCAAACTTATGGAG TTTGACTTTATAATTGAATATAAGCAGGGATAACATAGCAGCTGATGCACTCTCAAGGATGGACACTTGCAATGCATTGTTGGTACACAAAGTGGATGAT GCATTGGTGGATAGAATAAAACAATCATGGATTCATGATGAAGGATTGGTGAGATTAAAGGATCAACTTCAGAAGGATCCTTCTTCTCATAAACATTACA CTTGGTTACATGATGAATTAAGAAGGAAGGGTAAGTTGGTTATTAGTAAAGATGCTCAACTCATGGAAGATATATTACAGTGGTTGCATACCACTGCTGT GGGTGGCCATTCTAGTAAGAATGCTACTATACAAAGGTTCAAGGTTGTGGTGTTTTGGAAGGGATTGAACAGATATGTCAAAGCTTTTATCCTTAGGTGT CCCACATGTCAGAAGTGCAAGTATGAGACAAAGACATCCCCTGGTTTGCTTCAACCATTACCTATTCCAGGTCATGTATGGCAACACATCACCATGGATT TCATAGAAGGTTTACCCCTATCTTCTGGTAAACAGGTCATATTTGTAGTGGTTGATAGATTGAGCAAGGCTGCCCATTTTATGGCTTTATCTCACCCTTA CATTGCTACCAATGTAGCTCAATCCTCTCTGGATAATGTTTTCAAGTTGCATGGTTATCCATATTCCATAACAAGTGATAGGGACCCCATTTTCATCAGT AAATTTTGGTAGGAATTGTTTGCTTTGCAAGGTGTGCAACTCCAACTCTCTTCTTCTTATCACCCTCAGACTGATGGGCAATCCGAGGTGGTGAACAAGT GCTTAGAAACATATCTCAGGTGTATGTGTTATGATTCCCCTCAGCAATGGATGAAGTGGTTGTCTTTGGCTGAACGGTGGTATAACACCATATTTCACAC TTCCATTCAAGTTACACCTTATGAGATAATGCATGGCTAACTCCCTCCAATTTATCTTCCTTACTTGCCAGGTGGCTCTAGCATTGAGTTGGTGGATCGC AGCCTAACTAAGAGGGATGAAATGTTGAGATTGATGAAGTTCCATTTGAGAAAAGCTCAAGACCGAATGAAACAATTCGCAGACAAGCACAGAAGTGAAA GAGAATTTATGGTGGGTGATTTAGTTTATGTGAAGTTGCACCCCTATAGACAAGTTTCAGTTGAGCATAGGATGAATGTCAAGCTTGCTCCTAAGTACTT TGGGCCTTATCCTATTGCTAGCAGAATGGGCAGAGTAGCTTATGCATTGGCTCTTCCCTCTAATTCGAAAATTCACCCTGTGTTCCATGTCTCTCAACTC AAAAAGCATGTGGGTTCAGCTATTACTTCTACTGATCTTCCTAATTCGGATGTTGGCAGTGTTTCATTCAAAGAACCAGAGGCTATTTTGGGTAGGATGA CAGTGAAGAGAAGGGGTCAGGCAGTGACAAAGGTGTTGGTAAAATTGAAGCATCAATTGCCCGAAGAAGCTACTTGGAAGTTCTTCTTTGATCTAAAGCA GAAGTTTTCCTCTTTTAATCCATGAGGTCATGGATGTTCTTGTGGAGGGGGTATTGATAGG BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_134198; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_503575
Blastp | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.6 from Sophophora with 40% of identity |
---|---|
Blastx | Transposon Tf2-6 polyprotein from Schizosaccharomyces with 33.33% of identity |
Eggnog | - |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_014490494.1) |
Pfam | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) (PF00078.26) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |