Id Trinity | TRINITY_DN44090_c0_g1_i2 |
---|---|
Name Transcript | Ll_transcript_504188 |
Sequence | CTGCTAATAAGATTAATTCCAAATTCTGGACTGATCTTGGTCTTTCTATTTTTGTTGTCAATGAGAGGGACAATCTTTTGCCTAACATTTGGGGATTGTG TAGGATTGGGATGGACCTTACTATAATCTCGAATTCTGCTCAGCATATTGCTATCAGCGTTATTTTTTATGGTAAACAATGTTATTTTAGTGCTTGTTAT GCTCACACCTGCTACATTCAGAGGCGTGTGCTTTGGTTGGAGATTCACTCCTTAATAAACTCTTTTCCTGGTCCTTGGTGCTGTATGGGTTACTTCAATG TGGTGCTTGGAGCTAATGAGTATAAAGGGAGCAGACTTCCTATCACGCTCCCCTCTGCCGAGTTTCAATCTTTTACTGAAGGAGCTAATCTCTTGCATTT ACAAACAAGAGGTAGTGCTTTCACCTGGTCTAATAGGAGAAGGGGTTCGACTCTTATTGAAAAATGTTTGGATAAGACCCTTTGTAATGAAGATTGGCTG AGTATCTGGAATCAAACTAATTGTTGTACTTTGCCTAGAGTCGCTTTGGATCACCATCCTCTATTGCTTTGTTCAGCTGTCTCTAATACTCGTAAGTCCA GCTTTAAGTTCCACAAAATGTGGACCATGCATATGGATTGTAAAAGACTAATTGCTGAGTCTTGGAGCAATGTTGTTATTGGGTGCCCAATGTACATTTT ATCCTAAAAGTTGAAGAATCTCAAGAAGGATTTGAAGAATTGGAATACTAATGTTTTTTGTAATATACATGTTAATGTTAAAAATGCTTGGAAAGCTGTG GAAGATATCCACAATAATAATAGCATGTTCATAGGTGATGATTTGACAGATCATGAGGAAGCAGCGCAAAGTAACCTCATGCAAGCTCTTAATATTGAAG AAGCCTTCTGGAAAGAAAAGGCGAGGTCTGATTGGTTTGTTTTGGGTGATAGGAATATGGGTTTCTTTCATAGAACAACTAAAATCCGGCAAGCAACCAA CTCAATAACTATATTAAAGGATGGTGACAGGTTATTGACCACTGCTGAGGAGATTAATTCTCATGTTTTATTTTACTTTACGGACCTTTTTGCCACCAAC AATGTTGTCACTACCTTCCAATTAATTCAAAAGAATATCCCAGCAATGGTTACTGAAGCTGATAATAGAATGTTGTGTAACATTCCTATTATGGAGGAGG TCAAATGAGCTGTTTTTGCAATGAAATGTGAAGGAGCTCCGGGTCCGGATGGGTATGGCGGTTCTTTTTATCAGACTTATTGGGATATTGTTAGTCAAGA CGTTTTCAACTCCGTTTTACAGTCTTTCGAAAAGGTTGGTTGCTTCCCAATTTAAATGCTAACAATGTTATCCTTGTTCCTAAATTTTTTGGGGCTGATA GAATAGAGGATTAAAGACCTATAGCTCTTGCTAAATTTCAGTTCAAAATCATCACGAAGATTATTGCTGATAGGCTTGCTATTATTGCTGAAAAAATTGT GTCCCCGCAGCAGAGAGGATTTATTAGAAACAGACACATTTCTGATTGTGTTTGCTTGACTTCTGAAGATACTAATATGTTGGACCATAAAACTTTTGGG GGGAATCTGATCCTGAAGCTCGACATCAAGAAGGCTTTTGATACTATGGACTGAAATTTTTTGTTACAAACTCTTACTGCTTTTGGTTTTAGCTCTACCT TCACTGGCTGGATAAATTCTATTCTGCATTCAGCTAGGCTTTCCTTCAATATTAATGGTCACTCGGTTGGTTACTTTAACTGCAAAAAAGGAGTTAGACA GGGGAACCTTTGTCGCCTTTGTTGTTCTGCTTAGCGGAGGATGTTTTTAGTAAAGGTATCACCAGTCTTGTTAATGAAGGGAAGATTAGGCCTATCTCTG GTCCTGCTGGGCTAATCACTCCTAGCCACGTGCTTTATGCCGATGACGTCTTGATATTTTGCAAAGGCATTAAGAGGGATATTATGTGCTTAAACAATCT CATTCAGGATTACTCTCTAAACTCAGGACAAAAACTCAATCTAGCTAAGTGCAAATTTTACTCTGCTAATGTGCTGCCAGGAAAATTGCTCTTCTTTCTT CTTACCTGGGTTATTCAGCAGGTACGCTGCCTTTTATTTACTTAGGAGCTCCTATGTTCAAGGCTAAGCCCAAAAAGCTCCACTTACAACCAATTGCTGA TAGAATTTCTCAGAAGCTGGCTAGTTGGAAGGGAGCTTGTTTATCGATAATGGGGAGAGTGGAGCTTGTGAGATCTGTCATCCACAGTAGGTTGGCTTAT AGTTTCCACTTTTATGCTTGGCCTGTGACCTTGCTTAAGGAGCTTGATAGGAAATTGAGGAACTTCATATGGGCTGGGGATACAATAGTGAAGAAAATTT GCACGGTGGCTTGGCAAAAAATTTGTGCTCCTATTAATATGGGTGGTTTAGGATTAAAATCCATAAAGTTTATGAATAAAGCAACTCTTCTTAAGTTGTC CTGGTTAATGCTTTCCTCGGATCAAGAGTGGGCATCATTCTATAGGTTGAGATTTGGCAACAATTACAATTTATCTACTAGATATTTTAAGTCTTCAATT TGGCACATAATCAAACAAAATTGGTCCTTACTCCATTTCAACTCTATCATTTTGGTTGGTGATGGTAAAAGCACTAATTTCTGGAAAGACAATTGGTTGG GGGTCCCCTTAATTGACTATCTACAAATTCCTAAACATTTGCACTGTTTGCTTCATGCTAAAGTGGCTGATTTTTTGCAGGGACCAAATTGGCTAATCCC TAGTAATCTAATGGCTGCTGTTCCAGATTTAGCAGGGAAATTAAGCAAAGTTATCACAACAAACAACAAGGACAAATTTATTTGGATGGGATCTAGTGAT GAGCAACTGTCTTCGAAGGATGCTTATTTGCACTTATCCCCTGTGGTTCAACAAAGTAATTTGTTTAAGAAGCTTTGGTCCAAAGCCATACCACCCTCAA AATCTTTCATCACTTGGAGATGGATGCACCAGAAATTGCCAACGGATGATAACCTCATGCAGAGGGGCTGTCAAGGGGTTTCAATGTGTTCTCTTTGCTG TAATAATGTGGAATCTTGAACTCATATTTTCTTGATTTGCCCTTTTGTTGTTACTGTGTGGAATTGGTTATCTAATACTCTTCAATGCAATCTAAACCTC AGTTCTATCTCTTCTCTGTTGGATAGTAGTAAATGGCATACAAGTCCTCAATTAAGAGAAACTGTTTTGGTATGCATAATTCTGGCAATTGATATTATTT GGTTTTGTAGGAACTCGACCAGGTTTGAAGATAGAAAAATCACGTACTTACAGGTCATTTCAAAGCTAAAGGCATATATTGCTATCGCGGGGAAATCAAT CTCTTCTTGCTCCAACTCTTCTTTGCTTGATTTTGCAATTTTGAAGAAGCTGGATATTCCCATAAATCATCCCAAGAGTCCTAAAATTTTGGAGGGGCTG TGGAGGAGTCCCCCAACGGGTTGGTGGAAATTCAACACGGATGGTGTTGCGTTTGGTTCTCCAGGGATGGCTGGCGGAGGTGGAATCTGCAGAAGTTTTA ATGATAAACTTGCTAAGTTTGGTGCAACATCTCAAGCTTTCAAATGGTGGACAGTTCCCCCTGCTTTCTTGATTGAGGAATTGGGTAGAAATAGAATGAG TATTCCAAACTATAGATTCCAAAATCTGTAATTTGTGGCTTTTGCTAATGTTCTCCTTT BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_137085; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_504188
Blastp | Putative ribonuclease H protein At1g65750 from Arabidopsis with 25.81% of identity |
---|---|
Blastx | Putative ribonuclease H protein At1g65750 from Arabidopsis with 26.05% of identity |
Eggnog | - |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019460146.1) |
Pfam | zinc-binding in reverse transcriptase (PF13966.5) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |