Id Trinity | TRINITY_DN45545_c0_g1_i6 |
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Name Transcript | Ll_transcript_426442 |
Sequence | GTTCGTTTTGAAGGACACGTGGTAAACAAAATTGTGGCTGAAATCCACATGAAATTAAACGACAAACCACGAAGAAACAACCAAGAAAAAGGACACAAAA TGCACACTTAGGTTTGGAAGTTTGATTAGATAATTGTTGTGAGACTCTTTTGAGCCACCTGCCCCTTTCTTATTCTTCATCCCCATCAAAGGTATAACCC ACTATCTTTACTTTCCAAATTTCAATTCTTTTACAATTAGGTCTCAATTGCCCCAACTTAATTCAAACTTTTATTTCACCCCCGCTTTCATTTTTTAATC TTTGCGCCTCTATTTGGTTTTGATTCTCAAGCTGCTGTTGTGTATATATATATATAATGTTTACAGAGGGGCTATCTAGTTTGTTTTTTTCTTCAGTTTT TCCTTTTTAATCTTAGTATTTTACGAATTAAACTGTTTCTTTCTGTGGTTAAGAATTCAGGGCTAACTAAGATTTTTGTGTATAGGTTGTTTTGAACTTT TGATGCTAAGTTAGATGGCACTGCAAGGGAAACAATAAAAATGGAATTTTGAGTATTGAATAGGTTGATTCATGATGATTTTGTTTCAGTTTAGCTATTA ACACAACAGTAGTTGATTTGTGCCGAAAACTTCTACACACAATCTTCCACCAGATGTTTAGACATAATCAGATATGCAGGTTTATATTATATGTGTTGTG ATCAGATTTCGGTCATTCGGGAGTCTGGAGATATACAATTTTTCCACCCTTCTAGAATTAAGGCCCATAAAGAAAAACTAAAAATGTACATATTTGATAT CCTAACCTTTGACGCTTTCATAATTATTATCAGTTTAACCGCAGGAAGCTAAGATTATCAAAGTCGATTTTCACCACTTCATCTGTATAGACGATATTGA ATTGTGTTCAAGTCTGCAATAGTATAAAATATTGTTTCTACACGTCCTTCGGCTGCTTGTGAGACCCCTTGGCTATCCATTTGGATACTATGATGGCTCT TCCCGGCTCTTTGCAGATGTCCCATGGACTGGGACTTTGCTATAATATGGGCTGCAATAAACACCCGGGGGCAACAGGAAGAGGAAAGATATATTTATTG AGTGCAGGTCCTTCATATCCTGTTTCGTTCATGAAACAGGGTTGCTGGGGTTTCCAACACTTCCATCAAATAGGCAGGCCGACACGTACATTATCTTATA AATCTCGCTCTTTTAGGTGCCATTCTTTTTTAGTGCCAGGCCAACCAAGTGAGCTACCTGTTGTCAAGGTGGCTGCTACCATGTTGGTGAGGTCCTATAA TACGCTACAAAGCAGTCCTGTCGTAGTAAAGTTGATTCCTGCAGTTGGTATTATCATTTTTGCACTGTGGGGTTTAGGCCCATTTATGTGTCAGACAAGG AAACTTTTTTTTCAGAGGAGTGATAATGGTTGGAAGAAGAGTACCACACATTATATAGTAACTTCTTACATTCGGCCATTACTGTTATGGACTGGAGCAA TACTTATTTGCAGAGCATTGGAGCCAGTAGTTCTACCTACAGAAACTGGCCAGGTTGTTAAGGAAAGGCTTTTGCACTTTGTAAGATCATTGTCAACTGT ACTGGCCTTCGCCTATTGTTTATCAAGGTAAGCCTATTTCCTTGCCTTCACATGATCTCTAGAAACTGGTCAGGGTGTTGGTCTCTTGAGTTAATGATGC ACTTAATAACCTCCATTTGAAATAATTTGTGCTTAAACTCTTGGTTTTTCTTCCTTTTTTATTAGAGAATTCAACTATCATCACAAACTGTGATTCCTTG AATATTTAGTTTCACTTTTTCTTATATTCTTTATTGGACCCTTCACCTGTATTTTTTATGAAACAACATTTTTGTAGCTAGCTTGAGTACTTCAATCTGA TTTTTAATTCCTTACAGTGATTACTAAGTTTTACTTCCATATGTGCAATACTCTTCTGCAGTGTGATTCAACAAGCACAGAAATTCTTAATGGATAACAC TGATGCAAGTGAGACAAGAAATGTATGTATGTTTTCTTTATGTAACGGAAACTAACATTCTCTTCAAAAAAAGAAACTACTGTTATAGTCTAGTTTGAAG TTCAAACATGAAAAATATACTATCAATTCCATTTATTACCCTTCCACTGTCATAAATTTAATTGCTAGAATGTCTCAGTTAAAGTTTGATATTCGGACCA ATTAGCTGGCAATATTGGGCAAAATGGCCAAGTAGATGGTGTGTAATTTTTCAGCTTTTGGATAACAATTTCTCCTTATCAATCTACTAGGTCAATTTTT ATTTGCAGGAAATCTTTTGAACTGGTAGTACTTGAGTACACGAGGGCTATATAATTTGCATGTTTATTGGCTAAAGGCATTCATTATGGTCGTGCATGTA TTTATATAATACTCATTTATGGAAGACACATAGCTTGGCAACTGCAATGTAGTGAAGAGAATACTTGTAAAATCCTGGATTCAGTATAATGACTGGTTTT ACTTGTGGTTCAAATTTGAAGATATAATAAATTGTCTGTGTTTTATTTCCAGATGGGATTCCAATTTGCAGGCAAAGCTGTTTACTCTGCAGTATGGATT GCTGCTTTTTCACTGTTCATGGAATTGCTGGGCTTCTCTACCCAGAAATGGGTGACTGCAGGAGGTCTTGGGACAGTTCTGTTGACTCTCGCTGGTCGTG AGATATTTACAAATTTCCTTTCGAGTGCGATGATTCATGCAACTCGACCTTTTGTGGTTAATGAATGGATTCAAACAAAGATCGAAGGATATGAGGTTTC CGGTACTGTTGAGCATGTTGGGTGGTGGTCACCAACAATTATAAGAGGTGAAGACCGTGAAGCTATCCATATTCCAAACCACAAATTTACAGTTAATGTT GTACGAAACCTCAGCCAGAAAACACATTGGCGGGTCAAAACCCACTTAGCCATTAGTCATTTGGATGTAAATAAGATTAATAACATAGTTGCTGACATGC GGAAAGTATTATCCAAAAATCCTCAAGTTGAGCAGCAGAGGTTGCATAGGAGAGTATTTTTGGAAAACATAAATCCTGAAAATCAGGCTCTTTTGGTTAG TATTAAATGGCTAGAATATCGTGCAATTCAATGATTCTGTGATTGTTGACAGGGATCTTAAATGAGATTTTATTCTTTGTTCCTCTTTTCTTTAAGTAGA TCCTTGTGCCGTAAACAAGATAGAGGCAAGCATATTATGTATTAGTCTATGCTTGCATATATTTATATATAAGGTGTAATGTTTTTTCTATTATTTTCAC AGATTCTGGTGTCTTGTTTTGTCAAGACCTCACATATTGAAGAATATTTGTGTGTTAAGGTAAGAATACTTCCTTATTCATCTACAAGATGCCATGTCAT GTGATGCTGCCCTCACACAGTCATAATTCAAAACTGAGAAATAGAGCTTTGTAAACTAGTGCTAGAATTCTGTCAATTAAATAAAGCAAGAACTTCTTGT GCGAAGCTCTTTCAGAAGTTAAAAAATTCATCATAAATATATTTGAGTAGAAGCTCATGAATAATTCCCCTTCCGTGTCCATTGTGTTGAGGCATGCAAT CAACTTTTTTAATCTTATATTCTTGCTTGCTTAGTCTTTTGTATGCTTTAAGTCTATGTTTTAGTTTGTGATATTTCAGCAGTGGATCAATTTTGAAAAT AAAATAAAAGATCCTAGGTACTTTGTATTTTGATGATGCAGCTGAATTATCCTAATTTTTGTTAGTGGATTATATTCTTTTAGAAACTTGTTTCGTGTAT ATGAGACTCCATTTATGTTTATGCATTTGATTGGCTGTGAGATAAATATTTCATAAGCTGATTCTTGTTCTGTAGAATGTCCTCATATTTTAGTGATATT GCTCAATAATCATTAAGCTGATTTTCCATGCATTGATTCTGAAAATTAGGAGGCTATACTATTGGATCTTCTCAGAGTTATTGGACATCATGGAGCCCGA CTTGCAACACCAATTCGTACCTTGCAGAAAACATACCGTGGTGCTGCTGACTTGGAGAACATACCATTTGCAGATTCCACATTCAGTGGTAATGGACCAG TATCTAACCGGCCATTATTAATGATTGAATCCGCTTACAAGATCAGTGCAGATGATAAGATGAAAAGTCGGTCAGCACGCCCAGCTGGTGACCAAGATAA CAAAACAACTGTTCGAACCAAACCTGACAGCAAGACAGACACCAAGGTTAGTGACTCTGAGGTGGGCATGCCAGAAGAAATGTCCTTCTCTCAGAAAGAC ATCAATGTCAAACAATCTAAGAGTCAGACAACTAACAATGTCAATCCAAACATTGACACTAACAACATCGTTTCCTCGTCGTTGACGAGCACTGATGACG GTGGACTTCCTACGATCATGTCAACAAAACAACAAGGGGAAAAGAAACCAGCTTCACAGTCTCATGCTTCCAACAGGCCTGTTCTTGAAGAGAATATAGT GCTAGGTGTTGCATTGGATGGATCAAAGAGGACCCTTCCTATTGATGAAGGGATTGATAATGCTGCTACAACTCGCGAGGCAAAGGAAATGGCTGCATGT CAAGGTGGAAATGGATCTCCAAAGGGTACAGATGGGAATGACAAGATTGCAATTGCTCCAACCTCAAAGTGATGTTGTAATCACTAACGAGTGAGTTTAA TTAGTTAGTAATTTGAAGGTTGTGTTCCAGAATCCACACCCATGATGTTGTATATATTATAACTTCCTTTGTCATACACCATTCATTACGCCCTTCTTAC AACCATATTGTTTCATTAATTTGGTTGTGTTCATTATAACTTCCTTTGTCATACATTTTATTAAGTATTTATGTTCCCTATTCATTAAATGAGTTCATTT TCTGTCAAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_139943; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_426442
Blastp | Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic from Arabidopsis with 38.76% of identity |
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Blastx | Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic from Arabidopsis with 90.76% of identity |
Eggnog | Mechanosensitive ion channel(COG0668) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT5G10490) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019421403.1) |
Pfam | - |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |