Ll_transcript_413263

• Id Trinity: TRINITY_DN45612_c0_g1_i8
• Name Transcript: Ll_transcript_413263
• Sequence: AATAGTTACTAACAAATCAATGATAGATTATTTGCTGATGGTGTATAAAACACTTACACCGTCAATGTTTATCGCTTTACTACGAACTCTCCGAATTCCT CAAGAGAAATGGGGGGAAATTGGTAGCAGAAACAAGTGTGTTTTCAAATTCAATTTCGCCCAATATTCGTGTCTTTTCAATTTCAATTTCAATTTCGCCC AATATTTCTATAACACCTCAAACTGAAAGAAAAAAACAAGTAGCTCAGAAACTGAACTATGGCTTCTGCGGTTACGAACAATGGCAACGAAGTCAACGGT CAACGACGTGTTGGTTTACTCTACAATGAAAAAATGTGCGACCATTTCAATTTACACGATCCTCACCATCCCGAAGCCCCTGACCGAATCAGAGTCATAT GGAACAAGCTTAACAAAACTGGTATCTGCGATCGATGTGTGATATTGGATGCCAAAGAAGCTGAAGACAAATATATACAATTGGTGCATTCCAAAAGTCA TGTAAATCAGATTAAGCACATCAGCACAAAACAATACGATTCTCGAAGGCATAAGATTGCGTTAAAACTGAATTCTATATATTTTAATGAAGGTTCATCA AAAGCTGCTTATCTCGCTGCTGGCTCTGCTATTGAGGTTGTTGAAAAAGTGGCAAGCAGGCAATTGCATTCTGCTGTTGCTATTGTGAGGCCTCCAGGTC ATCATGCTGAACATAATGAAGCCATGGGATTCTGTCTATTCAACAATGTTGCAATATCTGCTTCTTATCTCTTAGATGAAAGACCAGAATTAGGTATCAA GAAAATTTTAATTGTGGATTGGGACGTCCATCATGGAAATGGTACTCAAAAAACGTTCTGGAATGATTCCCGTGTCTTATTCTTCTCTGTTCACAGGCAT GAGTTCGGAACTTTTTATCCATGTGGTGATGATGGCTCTTATACCATGGTTGGAGAAGGAGCCGGGGCTGGATATAATATAAATGTACCCTGGGAGAATG GGAGATGTGGTGATGCTGATTATTTTGCAGTGTGGGACCACATTTTGCTCCCGGTTGCCAAAGAATTTAGTCCAGACATAATTATTGTCTCTGCTGGATT TGATGCAGCTGTTGGTGACCCTCTGGGTGGATGTCGTATCACACCATTTGGTTATTCTGTTCTGTTGGAAAAGTTGATGAATTTCGCTGAAGGTAGGATA GCACTGGTTTTAGAAGGAGGATATAATCTGGACTCCATTGCAAACTCAATGCATGCTTGTGTTGAAGTTTTGCTTGAAGGCAAACCTGTTACCGAATCTT CAGAGGCTTACCCATTTGAGTCCACATGGCGTGTGATTAAAGCGGTTCGTCAGGAGTTAAGTCCCTTTTGGCCTTGTCTTGCTAGTGAATTACCAAAGGA TTTAATTTGTCTAGTTGCACCACCTCCGGTAAAGTTCTTGATTTTTCATTTTTTTGGTAGTTAGTTTGATATCATATACTTCTTTTTTCATTTTATGTAT TTGTGTATCTTGCTTTCACCCTTTGTATTTGAATATATCCTCATTAAAATAATTTTTGCTATACTTTTCTTTTGCCCTTAAAGCATAATCTTATTTCAAG CTCTGACTCTGAGACGGAGGGTGACATGGATCCCCTCAATTCTGATAACCTTGAAGAGCTTCTTCAGGATGTCATAATACCACTATCTAACCTGAAAGTT GATACAGGTACACCCATGGTTTTATTTCCCCATCGCGATATAGATTTAAAATTTGAAAAATGCTCATCAAGTTTGACCTTTTTGTTCGTAAAATAAAATT TGCGCCCCATTAATTTTTATATCATCTTTCCTTTTAAAAACAAAATATTTTCGTTGACATGGGTGATTATGATAGACAATATGCAAGAAATTAAAGCTGA ATTGGTAACAATATATTAGATATTGGGACCATGTTAGCAACATTGGAATACGGAAGTTAGCTTAGAGCAAAAAGTAGATAAAAAACCACATGCATATTGG TTTGGGTTCACAAGCTAATCGAACCAATTCACATGTGTTGACCTTCAGCGTAGCAGGTCTTGACCTGTCGCTTCGTCCTTTCCCTTAGTTAGGCCAGTTA TCTGGGCATGATTGACAGTCTTGAAGCATAAATCTTGTCTGCCTGGGTATGATAGACCATTGTGTGAACTAGATCTTGTATGGCCGGTTGTTGGTCTCTG ACCCGTTCCCGTTACCAGGATGGAACACACCTTAAGTAGATGGCTATCGCTTTAGACCATGTGACTGGGTTGATCCTCTGGATTGGCTGTGTCCAATCTC CAACTCAGTCCATACAGTACAGTGGCAAAGAAATTATACTTATATACCACTTGACAAGCTCTATATTTTATGCAGATCAAGAGATTGGTACTTCTAATAC TTGGCGATCAGAATTGTCAAATACTTACATATGGTATGCCTCTTATGGATCAAATATGTGGAAATCAAGATTCTTGTGTTATGTAGCAGGTGGACAGGTG GAAGGTATGCAAAAGCACTCTTCTGGTGCAGTGGACAAAGCTCCACCAAAGGAAATCCTTTGGAAGACTTTCCCTTGCCGTATATTTTTTGGCCGCAATT CTTCCAAGTCATGGGGTCCTGGAGGGGTTGCATTTTTTAATCCTGAGAGAACTTTTCAGCACAATACCTACCTATGCCTGTACAAAATTTCGCTAGAGCA GTTCAATGATGTTTTACTTCAGGAAAACGGTTTAAGCCTTAATGTGGGTTCTCCTTTATTTGATATAACTGCCCTTAATGCTATCTCAGAGAAGGAGTTC AATTCTTCAGAGGCTGTGAAGGGTTCTTGGTATGGTGATGTTGTCTACTTAGGAAAGGAGCATGATATCCCAATTCTTACCATGACGTGTTCATTTCTCG ATATCCAACGCTTTAAAACGGGGGAGCTGCCACTGAATGCTCCTAATAAAGCTTATGCCAACACCTTAATCAAAGGGTTGGTAGAGGGAGAACAGTTTTC AGAGGTGGAAGCCATTGCTTACATAGAAGAAGCTGCTGCTAAACCCTTATAATTTGGACATAGGTGTGTTATTTCCTCTGGCAGTGCACGTTCTGTAACA GCTTTGTATTACAGAAGAGTAGGATATATTTGTAGTTGACGAAAACCCTTATGGTATGGCTTCAAGGATCATAACAGCGTTGGATTGCATATATAGTTTT GAAGGGCATTGATATTTGCCCCTAATAGTTAGGGTGATTGGTAGTGTTGAAATCTTGATAACTACGCTCTCTTCCGCTTACTGTAATATTCAAAATGATT GAATTGCATTTATGGCCTTCTGTAGTTTTTCTAAAAAATGCTCATTAAATTAT
• Tissue: pods
• Gene name: LI_gene_140116;
• Additional information: details;

Expression of Ll_transcript_413263

FPKM

• PAB: 0.1
• PNAB: 0.3
• PS1: 0.5
• PS2: 0.6
• PS3: 0.4
• PW1: 0.7
• PW2: 0.3
• PW3: 0.7

Labels

• PAB: abscising pods
• PNAB: non-abscising pods
• PS1: seeds stages 1-3
• PS2: seeds stages 4-6
• PS3: seeds stages 7-8
• PW1: pods wall stages 1-3
• PW2: pods wall stages 4-6
• PW3: pods wall stages 7-8

Annotations of Ll_transcript_413263

• Blastp: Histone deacetylase 5 from Arabidopsis with 67.02% of identity
• Blastx: Histone deacetylase 5 from Arabidopsis with 67.02% of identity
• Eggnog: Histone deacetylase(COG0123)
• Kegg: Link to kegg annotations (AT5G61060)
• CantataDB: -
• Mirbase: -
• Ncbi protein: Link to NCBI protein (XP_019451711.1)
• Pfam: Histone deacetylase domain (PF00850.18)
• Rfam: -
• GO: Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology;