Id Trinity | TRINITY_DN46057_c0_g2_i1 |
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Name Transcript | Ll_transcript_417460 |
Sequence | AAACCACATTGCACCTATCTATCACCCCGCCTCCTTCTCTCTCTTCTTCTTCCTCCTCTTCTATTCTCTCCTTCAATCTTCTCTCAATTTTTCACAGATT CAATTCTCACACACTGAAAAAAAGTTAAACTTTTCATCATCTTCATAAAAAAAATCACTTTTTTTTTCAATCTCCATGTTTTGGAGCTCCTAATTGGGTT TCATGCATGGATCATTCATCACTTTCTTCTTATACCCAAAGATGAAATCTTTGACCTCATTCTTCATTCCCAGAAATACCCTTTTCATCATTCACCTCAC CAAATCAATTTCATCCATTGCTTCACTTCCACACACCGTTACTACAGTGCACCCTCACCCACCCAATGATATCCCTTCACATCTTTTCACAATTCTTTCA CAACCCAATTGGCAAAACAACCTTAATCTTAAAACCCTTGTCCCTTATATAAACCCTTCTCATGTTTCAACCCTTTTTGGATTTGGGATTTCTCCGAACA CTGCATTGGATTTCTTTAACTGGGTTGCAAGGAAGGAACATGGGTATAGGCACAGTGCTCATTGCTATGCATCTTTGCTTGAGATTTTAGTTTGTAATAG TTTGCCACGTGTCGCGGAGAATGTTCGGATTTCGATGATTAAGTCGTCTGATTCGGTTGAAGATGTGAGGTTTGTGCTGGATTTTTTGAGGGGGATGAGT TTGAATTGTGATGTAAGGTTCAAATTTAAGCTTACTCTTAAGTGTTATAATTTGCTTCTTATGTCATTGTCAAAGTTTTTGTTGGTTGATGAAATGAAGT GCTTGTATTTAGAGATGTTGGATGATATGATTTTACCAAATATATATACTTTTAATACAATGGTAAATGGGTATTGTAAGTTGGGGAATTTGGTTGAGGC AAAGATATTTGTTAGTAAGATTTTGCAGGGTGGTATGTCGCCGGATACTTTCACATATACTTCGTTGATATTGGGTCATTGTAGGAATAAAGATGTAGAT GGTGCTTACAATGTGTTTAACCTTATGCCCTCTAAGGGCTGTCGAAGGAACGAGGTTTCTTATACCAATCTCATACACGGCTTTTGTGAAGCCGGGAGGA TTGATGAGGCTATGAAATTGTTCTCGCAGATGGGAGAGGATAATTGTTATCCCACTGTTCGAACTTATACAGTTTTGATATGTGCTTTGTGTGATTTAGG TAGGAAATCGGAAGCCCTAAAATTTTTAGGAGAAATGAGAGGAAGAGGTTGTGATCCTAATGCTCATACTTACACTGTTTTAATTGATTGCTCGTGTAAG GAAAATAACCTTGATGGTGCCCGGAAACTTCTAGATCAGATGTTGAACAAATGTTTGGTTCCTAGTGTTGTCACATACAATGCCTTAATTGATGGGTACT GTAAAGCGGGAAGGACCGCTGATGCATTGGAAATTTTGGGTCTGATGGAATCAAATAATTGTAGTCCAAATGCTCGCACATACAACGAATTGATATGTGG ATTTTGTAAAGTTAAGAATGTGCACCGGGCAATGTCGTTGCTTCATAAGATGGTCGAGCGCAAGCTATCACCAACCCTTGTTACATATAATTCCCTAATT CATGGTCAGTGTAGAGCAGGTCATCTAGATAGTGCTTATAGGTTGCTTAATTTGATAGAGGAAAATGGTCTTGTTCCCGATCAGTGGACTTACAGTATTT TTATAGACACTCTTTGCAAAAGCGGGAGAGTGGAAGAAGCTCGTGCACTCTTCAAGTCATTCCAGGAGAAAGACCTTAAGGCAAATGAAGTAATATATAC TGCTTTGATCGATGGATTCTGCAAAGCTGGAAAGGTTGATGACGCCCATTCTTTGTTCAAAAGAATGCTCGTTGAGGAATGTCTTCCAAACTCAATCACT TACAATGTCTTAATAAATAACTTGTGTGCAGAGAAAAAACTGCAGGAAGCTTTACTGCTTTTGGATGAAATGATAAAGATTAATGTGAAGCCCACGGTTG AAACATACACAAATCTCATTGTGGAAATGTTGAAAGACGGTGATTTCATTCGTGCTGATAGGACTCTTAACCAAATGGTATCCTTGGGATGTCAGCCTGA TGTATTTACGTATACAGCATTCGTTCATGCATACTGCAGTCAAGGAAGGTTAGAAGAAGCGGAGGATGTGATGGCTAAGATGAAGGAAGTAGGAATTGTT CCCGATTCATTGACATACACATTTTTAATTGATGGATATGGCCACATACAATCGACCGATTGCTCTTTTGGTGTTCTCAAGCGAATGTTTGATGCTGGTT GTGAGCCTTCTCATTATACATATGCATTTCTTTTAAAGCATTTTGCAAAGGAAATGCAAACGATAAAAGATGGTTGTGCGGTTGATGTTTCATTTGTTCC AGGTGTTGTTCAAAACGATTTAGCTAATATCTGGAAGATAATTGATTTTGATATCATATTTCTACTATTTAAGAAGATGCGTGAACATGGTTGCATACCT AATATTAATACCTACAGCAAGCTTATTACCGGACTTTGCAGGGTGGAGAACGTGTATGTAGCACTAAGGTTGTTGAATCACTTGCAAGAAGCTGGAATGT TTCCGAATGAGCTTATTTATAAAGAACTTCTTTGTTGTTGTTGCAAGTTGAAAATACATGTGGAAGCATTGAGTTTGTTAGATGCCATGGTTGATAATGG CCATTTGCCACATTTGGAATCGTACAAGATGCTTGTTTGTGGGCTATATGATGAAGGAAGAAAAGACAAGGCTGAATCAGTATTTCGTACTTTGCTTCGT TGTCAGTATAATTATGATGAAGTGGCTTGGAAAGTTCTTATCGATGGCTTACTTAAAAGGGGCTATAATGATGAGTGTTCTATGTTTCTGAGCCTTATGG AGAAGAAGGGTTGTCAATTTCATCCTCAGACATACGCAATGTTGATTAAGGGACTTCATGGGACATAAGTCGTTGGTTAGTGGTATTATTTTCTGCTGGT CTTATGTCATTAAGTGGTTTTCCAAACTATTTGTTTATGAGCTAGCTATTGGACAGAACGAACATCAAATTCTTTTTATTCTTTGAATACGAATATGATC AACACCGAAAATTCATTCTTTCATGGATGGAGCTACTGCTTCTTGAAATGCACAATGTTCAGTTGTTTCCACATCTACTTGTATCTGTGGCACCAAAAAT CAGCTTGAAGATCAGGACTCGCATCAAGAGCATGGGTGAAGGTTAAGTCGAGCATGTGGGTTTATTTCTCTAGTGCAAGATGCTAGATCAAATGAGTGGC CAAAGCTGCTTAGAGGCTCTGACAACAAGGTTCCGGACCATGCTAATGAGACGAATACTGCTTTCGGCTAGCATAAGCAGTCGATACAGCAACCTATGCC ATTTCAACAAGCTACCCTTTATAACAGGTTAACTCTACAGTGATGATATTGGAAGCAAAAGGTGAAGAAAATGGAAATGGAACTCATGTTAAGAGAGACA CAAACACCATAAATAGATATTCAAACACATTTTGAGGATCTATATCTGGAAGGAAAGATTAAGAAGTACCATAATCTCCAAAAGGGTTCTTTAATTTGTT TACTTAATGAAGTAGATACTTCATCATAAAGTAGCCTAACACATTAACATTATTATACACAAATGCATTCCTAAGTCAATGTTTTGCAGTTTTGGGTGCA TGTTTTATTAGGGAAATCTTTGAAAACAGAAAATTTATGTCATTTTTTGTGTCCAAATAATAAGTCCTGCACAGCTGCATAGATATGATAGTATGAAGAG GTTGTTATAGAATTGATTCTGTAAATTCCATTTGTTAATTTTAGATGTGTTGATCATAGTAATTCAATTTAGTTTTCAATAATGTTGCATGGGACCATGG C BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_141999; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_417460
Blastp | Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560 from Arabidopsis with 52.16% of identity |
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Blastx | Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560 from Arabidopsis with 53.13% of identity |
Eggnog | Pentatricopeptide repeat-containing protein(ENOG410Z7Z7) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT5G65560) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019460676.1) |
Pfam | PPR repeat (PF01535.19) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |