Id Trinity | TRINITY_DN46314_c1_g1_i3 |
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Name Transcript | Ll_transcript_364701 |
Sequence | CCAAAACCACACGTCGTCGTTTCATTTCATTTTCATTCTTCTCAACACACACATTCTCTCTCTCTCTGCGTTTTGGAGCTTAGTAGTGTCGTTTTTCAGA TCAGAGTTTTCTCGCCATGAACGGAAACAAAGCTATGGAAGACGCCAACGTTGAAGTGATAGAGTGCAACGAAAAAATGGTGTACATGTGGGGATACCTT CCCGGAGCTTCATCGGAGAAGATTCCGATACTCTCTCCGACGCAAGTTACGCTCTCTCTGCCTTCAGATTCGTGGAAAGATGTGTGCGGAGGTGGCTGTG GATTCGCTATGGCAATCTCAGAGAAAGGGAAGCTCATAACGTGGGGTTCTGCGGATGATGAAGGCCAAAGCTATTTGGCTTCAGGGAAGCATGGGGATAT TCCAGGGCCTGTTCAGCTTCCCACTGAGGCTTCAGTGGTAAAGGCTGCTGCTGGTTGGGCTCATTGCGCCTCTGTTACCGAAGAAGGTGAAGTATATTCA TGGGGCTGGAAAGAATGTGTGCCTTCTGGAAAAGTTATTATTGATTTCACTACTGGGGGAAGCCTGCAAAAGGATGTTGCTGGGAAACAAAGCTCACCAG TAGCTGAACAAGGAAGCCCACAAAGCTCAAACACTAGTAGCGGGTCGGATTCTCATCATGATAACAAGAAAGTTGGAGCAGATGTTGTGAAGAGAAGGAA GATCTCATTTGCCAGACCGGAATCTGACAGTCCAGCATCTGGAGATGAATTCTTTACTATGTCCCCTTCTCTTGCTACCCTTGGTCATGGGGTGAAAATT ACCTCCGTTGCAGCTGGTGGGCGTCATACCTTGGCTCTGTCAGATGTGGGACAGGTCTGGGGTTGGGGCTATGGAGGCGAAGGACAGCTAGGTTTGGGTT 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ATTTGTTATTAGCATCAAGGTGGGTTGCACAGTTTTGATAGGTTACTGACTAGTCCTCATTTCATCAGTGGAATGCAGATATGTCCAAAATCACCAAACA TGTTTCCTGGTTTGTTTTCTTCCCTTTCCATTTCTAGATTGTAGCTTAGCTGACATGTATTTATGGCTTTCTTACAGACAATAAGGGTTGCAATAGTGTT TATTATATGGTTGTAATTTACAGCACTTGTTGCGCCCTTAAATTGAACCTTTGCGTGCAATGATGTGACAAAATATTCTAAGTTTTAAATGTGTCACTAT ACTGATGTTCTAAACTCTTGAGAGTCTTAATTTGAGTCTTGGTGAGTGGAATACTAAAATGGTGTCAAAGAAACAAAAAAGTTTATAAGTTGGTACATTT GACCTTTTTTTATGATGTAACTGACATACCTAATGGAAATAAGACTTTGTTTTTGTTTATTGAATGAGTTTCAAGTAAATTTCAAGTGGTTCATGCTTGA TTTCCCTTAAGCAAGATTTCGGGTTCGAGTCTTGTGCATAGGAAAAATGTCCGCTGGAAGAGTTAGTCCAACATATCTGTGGATGTTTCCGGTTCGGAC BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_143709; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_364701
Blastp | Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC3 from Homo with 26.21% of identity |
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Blastx | RCC1 and BTB domain-containing protein 1 from Mus with 51.72% of identity |
Eggnog | ubiquitin protein ligase(COG5021) |
Kegg | Link to kegg annotations (8916) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019460943.1) |
Pfam | Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat (PF13540.5) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |