| Id Trinity | TRINITY_DN46591_c4_g1_i10 |
|---|---|
| Name Transcript | Ll_transcript_522179 |
| Sequence | CAAAATAATATTTATTATTAGTTATTGGTTTTTAAGATATATATGATTTTTAGTTTTTCCCTTTATTTTGTGCAATAGGTATATTATTACTCAAATATGT TTTTTTTCCTTAGTAAGCAAGAGGGGTTGGTTATATGAGAGCCGTTGATTTACATAAGAAACTTAGGTGCAGTACTAATGATATAAGAACTAAACTCAGG TGCAGTACTGTGAGTACTAATGATAGAGATTTACATAATGATAACTGACTTATATTGATAATAATGCTCTTAGGTATCACCTCCACTCTCCAAAACGTCA CCCTTTCATCCGAACTGGATCTCCCACCGCCGCTAACAACCCTCTCTCCATCTCCAACGAATCCCTCCACTCCTGCGGCTTCATCTTCTGGCGCAGCCCC GATGGACTCAACCTGGACCACCTAAACACAATCTTCGTCGCGTAGCGTTTTATTCAGAGGCAAGAGTTGTTGGGTTCTATCATTTATTCAGAGGAATGGT GTATTCCACCAAAAACATAAGAGCAGGGGTGGAAAATTATTGACACGTGTCATTATATGGTTGGGTACCAGTACTACCAGTACTTAAGGTGTGGAACTAA TTACTGAACTATTAATAAGGATTTTCATCGTTTCGTCCGACCTGGGAAAAACAGAGGCAAGTGAAGTCAGAAACTTATCGAAACGACAGAGGTTAATGTT GTTGCGCCTTTTCAACTCTTCCTTTTTGACAAAGACCCTTCCCAACTTCAATCTCTCTAAATCAACATCCATGGCATCTTCAGCTATAGAGTGCAGTTCA AGTTGCATGCTGGTTTTGTGCGGAAAATCCAACACAGAAAATGAAGCTGCTAAAGCTATTAAGATCAATAACACTATCAAGCTTTCTCAAAGTGGAGATT TTTCTGTTGTTTTGCATTCTGAATTGGATAAAACAGATATGAAACACTCTTTTCAAGTGGATTCCTTCATGAATTCTCTTTCCACAAACACATTTGGAAG GTTTCTTATCTGGTCTCCACAGTTAGACACAACCCATGATGTTGTTTCAAACAACTTTTCTGAGCTTCCCGTTGGTACAGTTTGTGTTGCTGATGTTCAG ACCAAGGGACGAGGCCGGTCAAAGAACGTCTGGGAGTCTCCTTTAGGCTGCCTCATGTTTTCTTTTACCCTGCAAATGGAGGATGGGCGGGTTGTTCCTT TAGTCCAGTATGTGGTTTCTCTGGCTATCACAGAGGCAGTGAAGGATATCTGTGACAAAAATGGATTACCCTTCCTTGATGTTAAAATCAAGTGGCCAAA TGATATTTACTTGAATGGCTTTAAAGTTGGAGGCATTCTATGCACCTCAAAATATTCATCAAAGAAGTTCAATGTCAGTGCAGGTATAGGCTTGAATGTC AATAATGAGAAGCCGACAACATCTTTAAATTCAGTTCTAAGAGAATTGTCAGTTGAAGGTTACCAATTTCGAAGAGAAGATGTTCTGGCAGCCTTTTTCA ACAAATTTGAGAAATTTTATGAGCTATTTATCAACCAAGGTACTCTGATAATTGTCCCGTTAAATTGTTTTTGTTATCATCTCCAACATCAGGTTCCAAT TCTGATTATCATCATCTTACTGCGCCTATGTTTATCTCTCTCACTGTAAACCCAGATAGATAAAATCTTCTAATAATCTGAAATCAGCATGTGGAGTTAT CCTTCTCATACTTGTGTATTAATCACATTTGAAGATTACAATGGCCTTGGTAGGAAACTGTCGTTTGGGTATGGACCGTTAGTGTAAAGCCAACTTTTTT TTATATTTGAAACGGTCTAAACCCATTGAAATATATAGAGATGGTAATTTGGGAATTTATGTTTGCTAACACATTTTGCATAGCATTTGTCTATCAACAA ATCCTTGGGAGGGAAAAAGGGGTGTAAAGTATAGGACAAAGGATGCACCTTTGCCGTATATAATGACTGTTTCTTGTTTGTTACCCTTACAGGTAGAAAA TTAGCCCCAATTTTCCCTCAGTTTGGATAATTATTTTCCTATTTTAAATGCTTTAGGATTTTCTTTTAAAACCCTGTACTCTTGGCACAATGGTAATGGT GCTGTGTTGAGGTCTTATGGTCACATACTCACATTCTTAGTCATGGAAATATCCTCTCCACTTACAGGTAAGGTTGTATACATTGGACCCTCCCCAAAGG CCCAAACACTCGAAGTGTAGGAGCCTCTTACAATAGGTCACTTGTACCTTAGTTTCTGTCCAAAATGAAGAAGGAAAAAAGAATCATACTCTTAGCTTGT GAGACCTGGATCACATGATGTTTTCATGTTGTCTCCTATTCTTTTCTCGGTCTCTTTTTTCAATCCATAGTCTATGCTTTGTCAGAGGAACTGAAAAGAG CAAGTGTAGATGTCTATTTTGGTCCTCCAAAGATGGACATGCCACTAGGTTTCTACTCCATTTATAAAAACATCAAATTTGTCTTTCAATATCAATTTAT GCTATCAAGTCGGTCTTTGAAGTGACATCAACTTGTCCCCTAAAGAACAAGACTCTTAACTATCATTGGAGAACATGGAAGTCCATTGTGATGTCACAGG CATCTTTAGTGGTCTAAAATAGACACTCCAAAATAAATAATAAATAAATATACAACCAAAATGGTATTTTTCCGGTTAATGTGTTACAATTATGTTGTTT CCAGACTTCAGCAGAGTTTTCTAAAACTTACTGTATTTTGTGTTGATTACTAACCGATGGGCATGTCTCCCGACACTTTTACATAATGAAGGTAATTTTG AACTTTGCTTGTTCTGTTGAATGCAGGGTTTCAAACCTTGGAGGAACTATATTACAAGACATGGTTGCACAGGTATATTGAATCCTAAGTACTCTTGTTT GTTGTTTATGCTGGAAATATTTTTCCCTTCTGTGGCAATTGTCTTATAACTGCTACAGCTCCAAGTAACTAACACCAACTTTTTTGTTATTAACAGATTA GGGCTAATCCTCCACTCTCATATCTATACTATTTGTATAATTTAGTGGCGTAAATTAGCTTATTACTAATAACTTATATTTCCAACTTACATCTTATTCC TATTTTGTATCAAAAATTAAATCTATGATTACCCGTAATAATAAATTTTATACAATTTAGTCTATATCTATATAAATATTATTTATAGTAGTATTAATTT ATTGAATAAAAAAATACTAGTTGACAGTCATGGTAGTGCCACCCTTTCAGCTTAAATACCCCACACTATTTTATTCTCCCTAGAGGGAGCCTCTCATGAA CGAAACACATGATTTCAGAGACTTTAGTAGCTTAGTGGTAGCTACTCAATGGAATCAATGACTATAAGTCGGTGAGACCATGGGTTCAAATCACGGGAGG CTCATTCTTGATACAATAAAATATTACATGGTTTATTTAAGCTTGAAAGGTTACACACTCAATAACTTTAGGAGCTCATTGGGGTTGAATGTCAAAGGCT GTATGGACATTAAATATGGTTATCCTCTCTACAATCATTTTAAAATTACTAAAACCAGCATATAATCACTATTTTAAGTTCTAAACTTTACTCCGTTTTA CTCTTCGCATATGGCAATTTTAATCTTGAAGGAGTCGGAATGAAAATTTCCTAATATATTATCATTATACTGATACCTGAACTTGTTTGGTAAGTTTTAG TTAGCAGTTGAACCATAAACTTAAACAATATGTTGTATTCATTGTCCTGTTTATACTTCTATGTCTACCAAACAAACCTGTTTATGCATATATGTGGAAT GGCTAAATTTTACATTCATCTATATATGAAAAATGTATTGCAGTGGTCAGAGAGTTATCGTACAGGAAAAAAACGAGGATACAGTATCCGAGCATGTCGT AACTATACAGGTATGGCAGATCAAAACTGTTTTTTCCTGACTTGCTGTAAATTTTGGTAGAGTTCACATCTAGTTTGCTTAAAATTTGTAGAGATATAAA AATAAGCAGTTTATGTTTTTGATTACTAATTTATTAGTCACTGGGCTGGGAATGTTGTTATATCAAATGACAACAACCAAGCCTTTATTCCCATGTAGGG GTCGGCTACATGGACCGAATAATGTTGATCCATGTCGTAGAGATTCGATAAAGTTTTATGTT BLAST |
| Tissue | pods |
| Gene name | LI_gene_145725; |
| Additional information | details; |
| PAB | abscising pods |
| PNAB | non-abscising pods |
| PS1 | seeds stages 1-3 |
| PS2 | seeds stages 4-6 |
| PS3 | seeds stages 7-8 |
| PW1 | pods wall stages 1-3 |
| PW2 | pods wall stages 4-6 |
| PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_522179
| Blastp | Biotin--protein ligase 1, chloroplastic from Arabidopsis with 64.5% of identity |
|---|---|
| Blastx | Biotin--protein ligase 1, chloroplastic from Arabidopsis with 65.85% of identity |
| Eggnog | Biotin- acetyl-CoA-carboxylase ligase(COG0340) |
| Kegg | Link to kegg annotations (AT2G25710) |
| CantataDB | - |
| Mirbase | - |
| Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019433158.1) |
| Pfam | Biotin/lipoate A/B protein ligase family (PF03099.18) |
| Rfam | - |
| GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |