Id Trinity | TRINITY_DN46709_c8_g2_i1 |
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Name Transcript | Ll_transcript_316378 |
Sequence | AAAAAGTCTAAAACAGCGATAGGCAAACGAACCAGAGATAGAAGGAGGTTAGCTGCGGGTCCCACTTTCTCTGTCCTTCATAACCAATAATAACAACCAT TCCCAATTTCCACACACCTTAATTCCCTTGCCGACAACCACTATAATAGACTCATTAATTCCCTACGCCACCACCACACCCACCGCCATGTCGACGGCGG AGGCAGAATTAATAACATACTGGTGCCACGAATGCGATATGAGCGTGGCTCTCACTCGCTCTCAATCTCCTTCACCACTCCTTTGTCCCCATTGCCTCAC ACAATCCCTCGAGCTCATGGATTCTCCTTTCCACCAAAACGACGCCGCTTCACCACTCTCAATCTTCGATTCCCCTTTCCTTCATAGCCTCATTTTCACC ACTAACCCAAACGACGCCGTTTCGGGAAACGACGTTGTCGTTGAAGACCCTCTCTCTTTACTCTACCCAACAACGCTAACACCCTCAAAACCACGCGCTT CAGAAACCGTACCTGTAATCGCTGTAACTTCATCGTTGCTCTTAAATCTTGACCCAAACGGCGTCGTTTTATGCGCTGTGTGTAAAGACGACATCGCCGT CAACGATAACGCGATGACTCTTCCTTGCAACCACTTGTACCATTCCGATTGCATCACGCCGTGGCTTTTAAACCATGACTCGTGCCCGCTGTGTCGGTTT CGGGTGGTGGAGGCGGAGGAGAAGGGAGAAGATGGTGGCGGCGGCGGCGATGGTGAGAGGGCTAGGGAGATCAGAAGGCAGTTGACGGTGGCGATGGCGA GGCTTCTGGAGCTGATGGAGGAAGAGGATGAGGAGGATTTGTATGGATTGAGAACTACTCTGAATCACATTGCTTCTAGGAATGGGATTCTTCACGAGGA TTCTGATGGTTCTGTTGTGAATGAGTCTGTGATTGTTAGTGTTGGTGGTGTTGGTGATGGTGGAGAGGAACAGTTACCGTGATTGTGTTGTTGTGTCTAC AAAATCATCAAGGTAAATGATATTTTCTGTTTCTCTTTCTTTCAGGTGTCCGAGTTTTAAATTGCAGTTGCGGCTAGGTTGTATTTGTGGAGACTCTCGA TACCGCAGTATTCGGCTGAAATTATGGTTGTGGACTACAATTTGTAGCCTTCGTGCTATAAGTGTTAAAGTCATCATTTTAAATTGTTGTTGCGATTACA GTCATTGCTATGTGCATTGCGGTGGGTGCTGTGTGAATTATTTTGTAAGCAAAAGATATTTTTGTTATCAATGCGGCCTGATGCAGTTGTGTTGTAGCCT GATATGGCCTAAATGCGGTCTGACGTGGTTGTGTTGCAGCCTGTTATGGTCGCATCATTGTAATTTGGTGTCACACTATAATTGCAGTGTGATGTAGTTG CGATGGTCACCACAACCGCAGTATTGCCGTGGTATCATGTGATGCGGTCCGTAATTTGAAACGCTGGTTAAAGTAATAAAGTTTATATCCGATTAAATCC ATGAGTAAAGAATCTATATAACGATTTTTCCAAGTATGAATTACCTAGTTTTTGGGTGGATTTAAACGTTGTAATTCTAATAGATGAAATGAAACTTTGG GCATATGATTGTAGTTATGTGTTTGTTCAAAATCATGGAGATTGTGTCAATGGGGATCGATTTCGATCACGCTAAACTGCATGGCTTGGCTTTGAATTCA GTATATTCATTAGCAGGTGAATTATAAGTTATAACCAAAGGTTTGAACTAGGAGATTTTTTATCGAGGTGGTCAAAGAAGAAAAATAATATTGAAGGGGG TTATGTTAAAGAATTTAGATTAACTTTTATAAAAAAATGCATATTAAAAACTTGTTTTTTTTTAAATTTTTGTAGTTAAATTTTTTATAGTTATAGCTAC TATATTATACTACCAGCTTCCTCTCCCTAATCGCTGCTGATGGTGGTTTGCCCTGGCATTGGAATGAGAGAGCTCCCTCTTAGCATAAACTTTTGTTTAC TGAGAAAAAATGGAGATTGCTATGCTAATTGTTACTTGATGCTAACAATTTTGGTGGACCTATAGATATTTTAGTATCTGGTTGTAAAATGGGTTGTCTT CTTGTGTTGTTTTAAAGGGATAGTGAATAGTGAATATTGATTTTCAACGAGTAGTTCATTAGAAACTTTCGTTTTGTGTCTACTGGTTTCGGTTCATATT TTGAGTCAAATGGCCATATTCGCATCAATATAATTTTGTTTGCAATGGTATGGTACCACCTTATTGCTGAACAGGGGATTCCATACTATCTGTGCTCTTT ATATTTAACTATAAACTTGATAATAGCTATTTCTTATTTGTGTATTACAACTTATTTTGTTGTTATTGTTGTTGTTTGTCGGCTAATCTGTCATCAATTG CCCCGATATTGCATGATTGACCTTGGAGATCAGTCATTACCACTTCATGCTGCCTCTAGGAAATTACTGGTCGTTAGTCTGTATAAAATACAGAAATATA TTCCAGGCTTTACATTAACCCTATTGATGCAAGGGTTCTAAAGAGCAAATTTGGCATCCCTTTCTTTTGAGTCAAGAGAATGTTACCTTTGTGGAGAGGG AAGAAGGTGAGGGGAGTTAGGAAGGGTTTTAATTGGAAACTAACAGAAGAAGAAAAGACAAACTTGAAGAATCTCCAGACTTTTCATGGATTTGTGATGG TCAGTCACAACTTGCATATTTGCAAGTGTCATAACTCCTTGTCATCATCATGCAGATTATGACATGCATTTGGTTCAAGCTAAAAGGGGATGATTATTGT GTGGTTATTGCATAGTTCGAATTTTCCAAAATCTAACTCTTGTATTATAATTTTGCCAATAAAATGACTGAGTTAGTTGTTTATTGCAAATAATGAAGCC GGGTTTCTGTGTGTATTGTTGCAGAAGGGGAGGAGATCATAACCGATTCGTAGGGTTTGATGTTAATAAATTAGTCTGTGCTATTGTTATATGACAAATT CGAATTGGTTCATCAGCTTTGACTATATTCTGTTTTCTGCATAATGCTAATGTCTTATGGGATGAGCCTACTCTACAGCGATTTTTATTAGCCATTTATC TTCTATTTTGCAACAAGCCCTGCCCTATTGTTCTTTATGAACTAACGTTGTCTTTTCTGATAATTGATTGCAGGTATATAGTGTAATAAAAAAATAATGA AGTTGCATCGTCATTCACCATAGATCGTCTTATCAAGTGTAAATCTGCCCGGACGATAATGTCTCTCTCCTTTCTCCCTCCTTTTTTTTGGGAAAACTCC ACTAGCTAGATGTAGCACCATAGCCAAAACACAATAAACTGGAGTTCACGAGTATCATACATTTTTCTTATCAGCTGCCCATTCTCAATTCTCTCTATGT TGGTCCTCCTTGGAAGTGGATTATCTTACCCAGATTCCCTCCATGCTAGGAAGTAAAATCTGTGTATGGTTTTCACCTTTGATTTTTGCTGTGCCTGAAT TGCTTGTGGATCCTTTCCACTGAATAATTTTGTTGATAATCTTTTTTATTTACAGCAGATGGTAATATTTCCTGCTAAAAATAATTGTAGTTACTGTATG AAATGAAATTGTGGAGGGATTGAATTGGTAATATTTCCTGCTAAAAATAATTGTAGTTACTGTATGAAATGAAATTGTGGAGGGATTGAATTATCTGGGT GTGGTTGTGTAGGAAGAGCCTTGAAATTTCATATTCTGTGGTGTCTGAATTGCCTTATGGTCTTTCATTTCACTTTATTGTGGTATGAGAATATATAAGA G BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_146627; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_316378
Blastp | Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A from Arabidopsis with 45.21% of identity |
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Blastx | Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A from Arabidopsis with 46.27% of identity |
Eggnog | zinc ion binding(ENOG41121N2) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT2G40830) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019456845.1) |
Pfam | zinc-ribbon (PF14369.5) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |