Id Trinity | TRINITY_DN46972_c2_g1_i11 |
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Name Transcript | Ll_transcript_313405 |
Sequence | CTTCCAATGCAGGATATCAACGGTTTAAGGTCCTCCACGATCTCAGATATCAACCTTTAGTTATAAAGACACCGTATGGCTGCCATTCATGCACGATTGT CACGTTTTCACCGTTAGATATAAAATAATCAAACGGCTACGAGTTGTGCATTAGAACAGCAGAACATGCGCAGCGGAACATTCAACTACTGAAGAGAGAG AAAGAAAGTTGAGTTGGAGAAGAAGCAAGATGAAGCAAAGTGGAGGAATGGGAAATGGGTCGCAGGAAAGGAACCAACTTGTTCGAGCTAGTCATGGTTC AGATAATGGGTCTAATAAACCCTTGAAGAATCTGAATGGTCAAGTTTGTGAAGTATGTGGTGATACTGTTGGATTTACCACCACTGGTGATGTGTTTGTT GATTGTCAAGAGTGTGGCTTCCCACTTTGCCATAATTGCTATGAATATGAGCTGAAAAATGGGAACCAATCTTGCCCCAAGTGCAAGACTAGATACAAGA GTCACAAAGTGATTCCTCAATTGGGGGGAGATGATCAGGACGATGATGTTGATAATCCAGAGAATGAGGCCAGTTATGGACAAGGAAATACTAAGACAGG GCTGCAGTGGGAAGAAGAAGCTGACCTATCTTCGTCTTCCGGACATGATTCTCAACAACCAAAATCCCATCTCACAAATGGGCAGCTGGTAATGTACTGA ACTTATTTTTGCGACTCTTAACTTGGGAAAACTGATGAGTTTTACAGCAAAAATGGGTCAACTTAGTTATCAACTTAATTGGTCAAAACCTTGCTTTGAC TCAGTTGCATTTACACAAACATGAGTGAACTTTGAAAATTATGAAACTTTTGAAGATCTTGCTCTCCTTTTTCCTTCTTGACATTGTGATTTGCCTGCAA TAGTCATGTTGCTTGATTAGACATTTAATATTAATGTGACATTAGTTGTTTCAAAGTTTGTTATGCATTTTGGTTATGGATGTTAACATAGCATTGTTTT CATGGACACTAACATTTATAATGTTGGCTAACTTAACAAGTTTATGATTCAAGTGTACCCACTCTCCAAAAGTTTACTTAAATAGCCTTGTGAGTTTCAC AACTTTGCTCGTCGCTTGTCAAATGTTGTCAGTGTTCTTTAATCTTTATCTGTGATGTAAAATTGGGATCTCTTGTTTAAACTTTAAAATAAGTGAACTT TAGATTATGTAAACAAGTGATTATAGTTTATAGGTTCTGGTGTAAAGAAGAAAGCTAAACTCAAAATGTCAAAATTTGAGATTCTAATTAAATTTGGTTA AACCCAAACAGTCAATTTTCTTCTCAAAATTATCAGAAATCTGATTATTCTGGGGTTCTGAACTTCTGATTATTGTAAATATCTTATATGTGATATTTTC AATAAAAAAATGATTTTTATAAAGACATAATCCCAAATGGGCTCTTGATCAAACATAAAAAATGTCCAGATGAACTTCTTTTTCATTTTTAATTGTCTGT AATCAGTACTACATATGTTCTACAGGTAAGAGTATATGCTACATAAGTTACTTGTAGGCTTTGTTGACAACCAATTGACAAATAGTTCCGTGTTCATACT GGTGGGATTATTTAGTTTGCAAGAATATTAACTAATAATTAGTGCTTTATATGGTCAGATGTCTGGTAAGATTGCATGTGCTACTCATAAAAATCAATCT CTGCGAGCCACATGTATTCCTTTGGGTCCATCTGGAAGGGTTCACTCACTTCCTTATATTGATCCAAAGCAACCAGGTATGTAGTTTACTTGATGCCATT GTTGCATATCACCTACTATGGATATTATTGATTCTCAATTCAATATATCCTTATTATTGTAGTTCTAGCAAGAGTTGTTTACCCATCAACAGACTAAACA TTCTTATTTTCATTTCCTTAAATATTGAAATAATGGATGGAAGTCTTTTTTTATTTATCAGAAGCTCCTAGTATTGTTTTATGGAATACCTACACTTAAA CTAATTAAAAATAAATTTTCGAAGATTCTTTTTCAATGTCCGAACTCTTAAGTAATGAATGATTGAGAGTGTAATATTAAAATTTTACACTTGGTATATA GGCTTTATGGTATTGAATATTTCCTTTTCTATACCCAGTCTTATTTTCCTGAAATCTACTTCATCGAAAGAGCTCCTTAAGTCAATTTATCATTGTTGTC TGTTGTTCTCATAAACTTGAATAAAATGATTATCTTGATTCTCCAGATAATTTACTGGGGTTTGAACTTCATTGAAATTGGCATAATCCAGGTCTTGAGA GTGATGAGGAGATCAGAAGAGTGCCGGAGATAGGAGGTGAATTTGCTGGAACATCAGCCGCTCGCCCAGACACTGGTTCAACCATGGCTCCTGAAAGTGT TCATGGTACAAGAGAGGGTCAGAGGAAGAGAGGGAGAAACCCAGCTGACAAAGAAAGCAAGCGATTAAAGAGGCTACTGAGGAACAGAGTTTCAGCTCAG CAAGCAAGGGAGAGAAAAAAGGCTTACTTGAATGATTTAGAAACTAAAGTCAAAGACTTGGAGAAGAAGAATTCCGAGCTCAAAGAGAGACTATCTACTT TGCAGAATGAGAATCAAATGCTAAGACAGGTATGCTAATTTTTCAAATTCAATTACCATGTTTTCATCATCATCATAATGTTTTACATGCTATCTAAATC ATCAATATCATCATGATGTTTTACATGCTCTATGGTCTGCACCAGCTTATCGCTAGTTTGATACTACCTTTCGCTCTTCTTTCGCTTATGATATGAACCA TCATATTTCATAGTTTATGTATTATGTGTGATTGTTCTTTTGCAGATACTGAAAAACACAACAGCTACCAGGAGAGGGAGCAATAGTGGTGCCAATGCTG AATGAACTTGATGAGAAATATGGATTACCAGATAAAGTTATAGGTATTGTAGATGTAGAGTGTGAAAGTGAGAGAGGAGAGTAAACTAGCGAGAAAGGGA AAAGTAATAGTGAAAAATTAGTTTTGATAATTCTTTAATGGTGTTTGGTTGTAATATTATGCAGTGCTTTATCCTAGGATATTGTGATGTGTGTAATATA TATGCACTTTCCGTGTAAAGATTTATAGACGGTCACTATGTTATACACTATTCATTTGGATTAGTTTTTTTGAAGAGTTAATGATTATTAAATATGAATG CTGGATGATACAGTGTCAGTGTATAAAACTCTTTTTTTTCTCTTGTGATTTGATGTGAATTTATTCATTGTTTT BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_148691; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_313405
Blastp | Probable cellulose synthase A catalytic subunit 10 [UDP-forming] from Arabidopsis with 52.03% of identity |
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Blastx | Transcription factor HY5 from Arabidopsis with 69.83% of identity |
Eggnog | Glycosyl transferase, family 2(COG1215) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT2G25540) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019437116.1) |
Pfam | Zinc-binding RING-finger (PF14569.5) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |