Id Trinity | TRINITY_DN48068_c5_g1_i4 |
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Name Transcript | Ll_transcript_325925 |
Sequence | GATGACGTGGTCCAATTATCTCGTCTCTCATTTTTAATAACTTCTTTATCTCTCATTGAACCCTCACATCAAGCCCATTTCTCCCTCCGCCGTGTCCATT TCCGACCAACCACCTCTATAACCACTGCGGCTTCCACATCACCCACCGCAAATTTCTCTCTCCGCCGCGCAAACCTCCGTGACTAAATCCCTTTCGCACT ATCTCTCTCCTCGTTTTCGTCCTGCTTCAGTTCCTATTCTCTCACCAGGTTTCTTTTTCTTTAGCCACCTTTTTAACTCAGGTAACTTCCTATTCCAGTT TCTAAGTATTTTTCTTTTTAAAGCTTTGTTTGGGGTTTCCGGAAACTGTCAGGTAAGACTGCATATATTTATCTTCCCAGACTTCACTGGGTCGAAGTCT CGTAAACCGGGCGGCCCAATTATTGGTTGGGGTTTAAGCACTTGTTGTTAAATTCGAAAAGAGGCTTGTTGAAATTTTTGGTGCTATGTTTCAATTGATG GCTAGGGTTTGGTTATTGTATGCATAATGGGATTAACTTATTGGACTGCTTGAGAGTTTTTAATGGATTGAAATAAATTGAATTGCCACACTCTTGAAAG TCCATTATCTTCGAATAGAAAATGGATTAAAATTGGTTGAACTGCTTGTTTGGATATTTAGTGGGTTTTGTACTGTGTAAGAGGTTTTGAACATTACTGC TTGGTGGGCTTAGTTTTGTGAAGTGGTGTTAGATGCAATGTTGTTTGTTAAAAATCATTTTGGGTAACCTTGCTTCAGTCGGTTTTGCTTAGGTTATAAG TATCATTCGTTCCCTTAATGTTTGAGAGAGTGACATTTCCTTATGTAATTGTTGCTTGTGCTGTGTGTGGGTTTATAACCATAATTAAATTGGGTTAGAT CTACCATGTTTCATTGGCTATGGTGACTCTAGTACCTTGAAGCATTTAGTTATGCCTTGATCATTACCTCTTTGTTTTGCGCATAAGTGGGCATTTTCTG AATGTGGTGTATTTTTTGTTTGAATTGAGGTGTGATTGTTGAAAAGTATTGATGAACTTGCTCACGACTTGTTATGATTGAGCATCAATGCATGCTTCAA ATGTTCCTGCTTTATTGTGAAAATGATTTGACGATTTGATTAAGGATGCACTCGTGCTAAGTTTGGATGATATGTTGAAGATGGATAATATTGTTCATTT ATGTTGTTTATGCTCTTGCACTGTGATTCTTCATGAATTCCACAACCACATTACCATGCATGGATTTAAGAATAAAGATTATAAAACAACATTGCATGCA ACAGCATGTGAAATTAATCAGAGGTATGCAACAGAAGAAAAAGAGTACTAACATATATTTAACATTAATACTTAAGGTTGAGTTTTCGTTATTTTGTTTA TGTAAAGTTCATGAGAAAACCAGTACAGTTGGCATTTTGCATAGAGAACAAAAGCTGGGTAAAAATTATATTTTTAATGTTTAATTTTTTGGTTTGATAT TTGCTAATATTCAGGTTTCCTTGTACTGTCTCTGTCTTGGGTGCTTGCCCATTTATGGCCTACTCTGATTTCTTGAATTTGTTGTTCGCTATTGGGGTTT GGTGTACTGCTTACATTATTGTTGCATCTATTGCCACTTTTCGAGCCATCACTTTTCTTTGCACTTTCTGAACTTCAGAGGTAAACTTCTTGGAATTTGA TAAGGCTATCATGGGTTATGCTCAACTTGTTATAGGCCCAGCCGGTAGTGGCAAGTCTACCTACTGCTCAAGTTTGTACGAACACTGTGTGGCTACTCGG CGAACGATACATATTGTGAACCTAGACCCTGCTGCTGAAAATTTTGACTATCCTGTCGCGATGGATATAAGGGAACTCATTTCGCTGGATGATGTTATGG AGGAACTTGGATTAGGTCCTAATGGTGGTCTTGTATACTGCATGGAACACCTTGAAGATAACCTGGATGATTGGTTCAATGATGAACTGGACAATTATTT AGATGATGATTACTTGGTTTTTGACTGCCCTGGCCAGATAGAACTTTATTCACATGTGCCAGTGCTTCGGAATTTTGTGGAACATTTGAAACGTAAAAAT TTCAATGTTTGTGCCGTGTACTTGCTTGATTCACAGTTCATGACAGATGTGACCAAATTTATAAGTGGATGCATGGCATGCCTTTCTGCAATGGTTCAAC TTGAACTTCCTCATGTTAACATCCTTTCAAAAATGGACCTTGTGACTAACAAAAAGGATGTTGAAGAATTCTTGGATCCTGAGCCCACCTTTTTACTGTC TGAATTAAATCAACGGATGGCTCCTCAGTTTGCAAAGCTGAATAAATCTTTGATTGAACTGGTGAATAATTATAGTATGGTGAGTTTTATACCACTGGAT CTGAGGAAGGAGAGAAGTTGTCCCCAGGCTTGGAGCTTGTGTTTTCCAGTGCTCTTCGAAACTCTTGACTATAGATGTGACTATATAACAACAACAGGCT TGATCTCGCAAAAGGGCATCTCTAGGTTATTTGGCCAAACAAATAGAAATTACAGTGACTCAGTATGAACTGCTGACTACAGGTTTATGTCGCAAAAGAG TACGATTGATTCGATTTTCTTCACAATCATACTGCCAAAAAGTTTCTGATGTGAATTATGCTGTGCTCTGGATTTGAAATGACAGATTTTCTGTTGTGAT TGTGAATTTTAATTCAAACTTGATAATAGTTCAAGAATCTGTATTTCACTCCATCCTGACCTCCTAAGCATGTCACTCCATTCGCACCTTCAAGGCATCT CAAAAGCTTCTAATAGTTTCCAACTTTTTACTAGAAAAAAATTGCTTCTGGGTATATTGAATGAATCGGTGGAGTTTGATTCATTTGTTTCACCTTGAAT ACAATGCATGGTTTTTCAGATGCTATTGTCCTAGTTAGAGAGAGAAATTAAATAGGAACCTTGAAATGTGGAAACAAGCTTTAGGCACATGACTTTCATA TAAATTGAAGTATGACACAGAGTATATGATGTGTAAGTTTAGCAAGATGCAGATAAACCATATTGGAGAGGTGAAAATTGGATATCATACTATACTAGAA GTCACTATTCACTAATATTGGGTGGATGAAGTGGCTGAGTGTTTTTCAGGCACCACTCAAGCTTAAGAGAATAATTTCAATGTAGCCAAGATGATAATAT TATGTTACATAAATGAAAACAATAGACAAGATAAAATTACAAATGAATGCATTAGGAAGAAAGTTGGGATAACTTTTAGTGTAAAAAAGATGATAGAGTA ACGCCTTAGGTGGTTTCGACATGGGTGGAGGAAATTGTTGGAAACCTCACTGCCCTAGTAAAGAGACTAGATCAAATGAAGGTCAGTCTAATCCCCAGAG GCAGAGGGAGTTCAAAAAAATCATAGGCAAAACTATTAGAAAATAGTTAGAGATTGTTTTGCCAATGGACATGATTGATGATAAAGAATTATGATGTCGT TTGATTCATGTAACTGATCCTTCCTAGTGGGATTAAGGCTTGTTTGTTGTGTTTTACCTTGAATGCAGCTTGAGTGTATCTGTATTTGAAGGATGGGTGG CCTATGAAAGAACTCAATTGATTTATTTTTACAAGGCTATGAAGTGTGTTTATGTTCATTAATTTGAAAAGTTATGCTTATTTAATTCTAATAAGTTTTT TATCAATTAAATCTAGCCCTTGAATTAACCCAAGTATAATAGGTCATCTTTTGGTGAACTAGCCAAGAACTTTGTACTCTACTTGTTATTAAGCACATGG GGTAGTAGTACAAGCCATTAAATTCTATTAAGTTTTCTTTGCTTCATCAACTCAAACCTACACAAAATACAAACTATTTTGCTATATATTTAATTTTGGA TTTTGTCAATGACAGTATACAATATGTA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_157933; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_325925
Blastp | GPN-loop GTPase 3 from Dictyostelium with 52.74% of identity |
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Blastx | GPN-loop GTPase 3 from Danio with 53.14% of identity |
Eggnog | GPN-loop GTPase 3(ENOG410XPBZ) |
Kegg | Link to kegg annotations (DDB_G0285197) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019449856.1) |
Pfam | Conserved hypothetical ATP binding protein (PF03029.16) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |