Id Trinity | TRINITY_DN48230_c4_g1_i2 |
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Name Transcript | Ll_transcript_303796 |
Sequence | GTGAGAGTATAGTGCATTTTTTATAGTTTTCTTTATATACAATTTAGTATTTAATTATGGTTAGCCATATTTTATTCTTTTCACACTTCATATCCCAAAT ATGAGGTGATATTATTCTTAGAGTTGTGCAACTTGCATTCTTTTCTACCTTATATATTCCACCAAAAGAGAATCACACAGAAAACAATATCAAGTACTGG ACACAAGATCATTAGAATTTTCACATGTCTGCAGCCGTGGCTGCCGCTGCTGCCGCCGCCACCTCCGGCTACCACAAGTCCTCCAAGAGAGATCACAGAG AGCAGTCATCATTAACACCACAAGGAGTGCAAGTTTGTGTCCTTCCTACTCTCAATAGGTATGAGAACCAAAAGAGAAGTGATTGGAACAGTTTTGGAGA GTATCTCATAAACCATAATCCACCCTTAACTCTTTCCCTTTGCAATGGTGCGCATGTTCTTGAATTCCTTCACTACTTGGACCAGTTTGGCAAAACCAAA GTTCATGTTCAAACTTGTGCATACTTTGGTAACTCATACCCACCAGGTCCATGCCCATGTCCAATGAAGCAATCATGGGGTAGCCTTGATGGTATTATAG GTCGTTTGCATGCAGCATTTGAAGAGAATGTTGGGTCCTCTAAGATGAACCCTTTTGGTGTAGGTGCAGTGACCCTATACCTTAGGAAAGTAAGGGATGT TCAAGCCAAGGCTAGAGGTATAGTTTATGACAAAAGGTAAAGGATGAAGTAGTCTTATCAATAACACCAAAATGGGTCCATTATGATGATGGAAGATAAT AATAATAATCAACAAAATAATGAGGGTGTGAGTTAAGATCAGTGCATAATTGATATGGATATGTGGTGGTGGTGCCTTTTCTTCTCTTGTCAAATTCTGA TGGGACCATTCCTAAGAAAAAGAATCTTGTGTGGAGGAAAGTTGTTATTTTTGCACTTATATAAATATTATATCACTATATATAATAGATAAAATCGTTA TATCCTTCCGTCTTTTTCATGTTATTTTTGATGTACTTATCTTGTCTTTTTGTGTACTAGAGAGAATCATCACTCTCATTCTTATGGTTGTTGAGGAAGT TTTATATTTCTCATTGTAGTGTATTTTTATCGGGCGAGGATATAGAGAGAAGCAAATACTAAAAAATAACAAACAAAAAACAATATGTTATGTTACTTTT ATTTATACTGAAATTATATTTTTATTATTGAAAATAAAAAGAAAAATAAAAATTTGCTTCTCGAGTTGGAGAGAGCATATTTTTTCTCGTTTTTATTATG GTTACCTAATATGCAATATATATAGATGTGTGCAATTCAACTGTCTATATTTTTTTATCACCAATTATTAGTATGTTAATATTTTTGTTATGGGTGAAAC TCGAATTCTAATTATTAGACTATTTTATAACTCTTATTTTTTATTTTGATGAGACTCAAATCCATAATATTCTAACTTTATTCCTTAAATTCTCATCTTG TTATTATCTATATAAGGTAGAATTTGGTACGCAATAAATAATTATGATTTTAATTATTATGAATTCTTTGGTTGGTAGAAGCTTTGAAATGATAGGGTTG GATGGTTAATCAATGCTGTAAGAGGGTAGGGCTCACATATGCACCAAATGTGGCTATTAATAGCTTATCAGTCAAGTGAAATACTCAAATTTCGTTTTCG AATTTTATGTAAGGTATCCTTCATTTTTATAAGTAAAAAATTAATTATTTTTGATATTCGTAATTGTTCTTTTTAACAAATATCACTATCAGAAATTAAA CCATTGATTATTTGGTCATTTTAAGAATCTAACAAAACTTTATATCATTAAACAAACACTTTGTTAAATTACATAGGATTTAGTGCATGGAAAAAAGATT AAGGAATTCACCTGCCATAAAGATACTATAATTAATCCTATGATTAGTATAATTAACTACTTTAACGCCTCATCTCATAGTCTTAGAAATATTAGAACCA AGTAAATAATGGCTTTGTCCATTATTCAAGTTGAATTGGGATCCTCTCTCCAACAAAAATACGTCTCTTTGTCTCTAACCAATAACATTACATCCAATAA TATAAAATTGTCAATTTTTATTTTTATAAATTTTTATTTTATTCACGTGTTACTTTTCAATTGGTTGAGATAGGAAATAAAGACATAATTGAGAACAAAT AATCTGTGGCCATTCAAGTTCATATAGATTATATATCACCTATAAAAATTCATCATCATATTATAAACATGGTGTCACTGCATATGTAATTCACTTTGAT GGATAAATAAAATATATCTTTAAATTATATTCTATTAAATGATTTAACACATGAGTGACTTTATGATTGCCACACATGAATAAGTGATAAACAAAACTTT ATAATCTTTTGTGCTAAAATGTCTCCATTTTCATTTTAACTACTCCAACTTTTGAGTGTTGGTGAATGAATATAGATAGCATTAAATAAGGAGGCCACTT GCTAATGTGTGGTGTTGAGAACATTTGAATGTTGATGAATGAATATATCATTCTAAGTAAGTAATTAATCCTTTTCCGGAAGCATGGTTTTTTCTCAACA AATGTTGTTCAAAATAATCAAATTTTTAACCTTTTGATTATCTCAATAATCTAGTACAACCTTATATCATTAGAGCAATATATTATTAACTGATGAATGT GTATATATAACATTAAATAAGGAGGTCACTTCCTAATTTGTGGTGTGGAGAACCACTCCTATATACAGGAGTTCACTCACTTAATAACAATTTTTATTCT GAGAAATTAAAACAGTTAATATGAACTATTGATGACCTAAATTTATTATTATCACATTTTTTTACAGGATAGTTATTCTCACTTAATTCACATAACAATG TATTTGTGACACTAATTTGTAGTACTTAATTAGCAGCAGAATCAAACTTGAATGACCTGCACCAATGAAAAGTTTCAGCTTCATGATGAAGCTCCCGATG GAGCAAAAGACGTAAGAAATTAATTTTGAATATGGTGAAATATTTCTCTGATGAAGTATTTTAATATTTTTAACAAAAATCAAATTATATTTCATTAATA AAATTAGAGAATTTTCTCTTTAGGGTGGATTCCAGTGTTATTCTATCTAGTTTGTCGCTTGCAAACTTGTTTTTCATTATTGAATTGGCGTTAACCTTTC CTTCACGCTTCCCATTGCATCAAGTGGTATCAGAGCAGGCTTTCTCCTATTTTTTTCGTAGCTTGAACAATCATGGGAGATCAACCGGTGACCAGAGCAA ATATTTAGGGTTTTACTGTGGCTCTTATCATGACCCTAACTGCTTTTACTGAACAGTTGACAATTTTCATAAATTCCATGGTGAACAATGCAACAATGGG TAGCAACAAAGATACAAGAGAGGAAAACTGCATAGAGTTCCTTGCGGTAACAGTAATCACACTATTATTACGAAAGAGATGGTTGTCCAGCCTAAGTTCG ACTTTATCAACAGTTATCCCCTATCGAGCTGTCAAGGCTCTTCCTATTGTGAAGAAGATCTTGCTCTTGACCTTGGCACGGTTTTGATGAAGACACCAAC ATCACCAAAAAGAAGAAAAGGAAGATTACTTATGAAGACAAAAGAAGATCAAAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_159244; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_303796
Blastp | Protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 6 from Arabidopsis with 66.15% of identity |
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Blastx | Protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 6 from Arabidopsis with 64.93% of identity |
Eggnog | Protein of unknown function (DUF640)(ENOG410YB00) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT1G07090) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019447640.1) |
Pfam | Protein of unknown function (DUF640) (PF04852.11) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |