Id Trinity | TRINITY_DN48295_c1_g1_i10 |
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Name Transcript | Ll_transcript_304053 |
Sequence | GGTCAATTCAACCATTGTACCCAAAATGCCCTTGCCGTGAGTCTTCTCCTCCGCGCTGTTTAGATGTCAGCATTAGCATAGCACCAACCATTTCAGATAA GCAATTCCCTATCAAACAAACACGTGTCCATTTTTCATTTCATCATTTCTAAATTTCTCTGATATATAAGAATTAGATTTTTATTTTTCATAATTCAGAA ACATCACATACACCATACACTGAATTGAATAGAAAGAGATAAGCCAAAGTTAAAGATGTCTGCAACTTCTCTGTGTTCATCGACCCTTCAATCCCAAATC AATGGAATCAACAACCACCTTCAAAAAAATTCTCCTTTTCAACCCCGATCCCTCACTTTTTCCAGGTATTTATTATTCCTCATATACGAACAAAATATTT TTTTTATTATTTTATTAATTTCACTGTTAAAATTTGTTGGATTGAAATTACAGAATAACCCCATGTATATGGATATAACTTGTCATTGGTAGTAATAGGA AAAAAGTTGTTAAAACCATGATTCATTATCACTTTTTCATACATTTTATGTTATCTTCATTTGATATGATAGTGGTTAGTGAGTTAGGACTTTTTATGCT GTTGCAGAACTCATATTGTTTCGTTTCTTTGCACCCTTGATGTTAGATTTGACTTTGGCTACTGCCTCTGCATGAATGTATATACTGTAAAGGGTTAAAG ACATTATGCATGAATGATGAATGCATTCGCTCATTATGATTAGATTAATTGAAAGATATGTCGTAATATTTTAGTAGGACTTAGTAGGCAAAAGAGTGCT CTTCTCAATGGAGAAATCCCATGTTTAAGTATGTTTTAGTACAATTTGATTTTCAGTCTATATGGTAGTGGCTAAACTATACCATATGAAACATGTTTTG CAGCTAGCAAATCCTAATTAATGAAGGAATCGGCTTTCCAAATTGTACAGCTGCAAAATTTTAAGATGGAATCTAACAATTTTATCGTATCTTAGAATGT CTTAAAAGTTTTGTTACGAGCTCTTTCCTTATTTAACTAATGGATTGATTATGTTATTTTGTCTCGTGTAATTGGTCTATAAATAGGACAAACCTTTTGT TCTTTTGGTTTACCATGAAATACACTAATTTATTCATACCGCCCATTGTTTTTTTCTCCTCTATTTCTCAGTAATTATTACATATTTTAAGTTAGATACG GCTTTGTAGTATTTGAAAGATAATGTACTCTGCTTTAATATCCTTTTGTTACTTGCTATTTTGTGAGTTTAGGAGGAAACTCTCAACCGTGGTGAAGGCT TCATCTCGTGTTGACAAGTTTTCAAAAAGCGATATCATTGTCTCTCCATCTATTCTTTCTGCTAACTTTTCAAAATTGGGAGAGCAGGTTCGATATGTTC ATATTCTGCAATCAGCATCCCATTTTTGGTTAAATTGGTCTAAATTGGTCTAAATTGTTCTATAATATATTCAATATGGTTATATTCTGCAATCAATATG CCTCGCATAATCATCTTCTCAAGTTTGTTAATCGCCAGTAAGTCCTTCCTATTGTTAGTAAGTCACTATCAGTATGCTTTCTGATTCTCAGAAATCCTGA TTGTTGTAGTTTGGGTCATCATCTCTGCAGGTGAAAGCAGTGGAGTTGGCAGGTTGTGATTGGATTCATGTTGATGTAATGGATGGTCGCTTTGTTCCAA ATATTACAATCGGGCCTCTTGTGGTTGATGCATTGCGACCTGTGACAGATCTTCCTTTGGATGTGCACCTGATGATTGTAGAACCTGAACAGCGGGTGCC AGATTTTATCAAGGCAGGGGCTGACATAATCAGTGTTCATGCTGAGCAATCTTCCACCATCCATTTGCATCGTACAGTTAATCAAGTGAAAAGCCTGGGA GCTAAAGCTGGAGTTGTCCTAAACCCTGGTACCCCCCTCAGTGCAATAGAATATGTCCTTGATGGAAAAATTTCAAGGTCACAGTTGATGAAATTCAAGG CGTTAATATTCATGTTTTAAAACTTTGGCACTAAGAGTAAATTAACTACTCGTGAGAAATTCATGGGCATTTCCCCACTCATTAATGAAGTATAAAAGAG TAAAGCAGCTTCTTTCACAATGTACTGTAGTCTATTGAATTAGATATCTTGTAAGTTCTCTTAGCAGTTTGAAAATTGAAGTTGAAAATCTTGTTATTGT TTTGGCAGTGCTTGATTTGGTCTTAATTATGTCTGTAAACCCTGGCTTTGGTGGCCAGAGTTTTATCGAGAGCCAAGTCAAGAAAATTTCTGATTTGAGA AGGTTGTGCGTGGAGAAGGTATCATGAAATCATTGTCTATTACTTTCCCCTCCACTTTATGTCTTGAATAAACTCTAAATGTTCTCTCTCTCTATCTCTC TCTCCAGGGAGTGAATCCGTGGATTGAAGTGGATGGTGGAGTTACTCCACAAAATGCTTACAAGGTACCCTATAACAGAATCATATTTGTCTTCTATCCA TTTATAATTTAGAATGATGTTAATAAGTCTTCTACATGCTGAACCTAATCTTATTGTGCTCAATAATTGCCTTTTCTGAGCAGAGAGTCACAACATAAAT TTTTTTGGTAAAGAACTGCATGTGGCATGTGTATCTGATCATGCACTTCTACCTTATGTTTAAGACTTCTAATCGAGTATATTTTGGTAAAGTGCTTCAT TTTTTTGTTAGAATAAGGACTTACATTTAAAAAGTTATGCTGAAGAACATGTTTATTTATTGTATTTGAATGACTTCTACAAGCCATAAGATCCATTTCG GTTGCAAGATCCGTTCTTTAGTATAATCATTTTTGGCAGGTGATTGAGGCTGGAGCTAATGCTCTGGTTGCTGGTTCTGCTGTGTTTGGAGCTAAAGATT ATGCTGAAGCCATTAAAGGAATCAAAACCAGCAAAAGACCTGAGCCGGTTGCAGTGTGAAATGCCTACATGAAAATATTCATGAGTAAGCAGGCCTACAG GGTATCATAGAAGTGCCTGGCTTGTTGCCACTGATGGCAATTGCTCCTGTGTCCAAGTCTGTTGCTGCATTGCATAGTTTGTATATCTCTTGGAGGTTAA GAACAATTTTAGTTCAAGTTAAAAGTTTCAAACTCTGTATCATCTTGTAGCTATCAGTTATCACCCCCTTATTGTAAAGCAATTGTAATACTCTAATAAA ACAATGTTTTGAAAAAATCAGCTAAAATCATTGTGTATGATCACAGTTGATTGTTCTATGCCTAGTTCTAACAGTGTCCATATACATGCATGGTGGAAAG GACCTCTCAAACATGAAATTTAACCAATTAAAGTGAACTTGTAGTGGCCAAGAAGAAAATTCAACA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_159840; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_304053
Blastp | Ribulose-phosphate 3-epimerase, chloroplastic from Solanum with 91.58% of identity |
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Blastx | Ribulose-phosphate 3-epimerase, chloroplastic from Spinacia with 94.64% of identity |
Eggnog | ribulose-phosphate 3-epimerase activity(COG0036) |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019438542.1) |
Pfam | Ribulose-phosphate 3 epimerase family (PF00834.18) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |