Id Trinity | TRINITY_DN48541_c6_g2_i3 |
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Name Transcript | Ll_transcript_336516 |
Sequence | TTGACAGAAAAGGTGAGACCTATAATTAAACATAATTCCTCTACTTTTTGTGATTGTGCTCCACCTGGTAATATTGTTATGCACAAAAATTCCTCTATCT GTATGCAGGGAGATTTGATTTCAGGTGTAGAGATCTTGCCTCCAACAAATAATGGAGTTTGTATCCAACTTGATGATAATGCTACTAATTTTTCTACACC GGTTGAACCTATAGAAGCAGAAACAAGGTCTAAATTTTCTCTGAAGGAGAGGGAGACTATCATTCAAAAAAAGGGAGACAACAAAAATGTATTAAAAAGG TAAAACAAAAATAAGCTAGGACTGATTGGGATAATTTTTGTGTTGATCTTACAAATGTTCCTTTAATCTCTAATATGGATCAGACTTCATTGTCCTATGT GCATGAGGCTGTTGGCCAACCGGTGTCAAAGTTTTCCAATCCGGCTCTTTCTGCTGTTGTCCCCTTGGTCGTGCAACATGGTCCTTTAGTTGCTGCTCCG AGTGCTGCGAGTGTCAGTTGTGTGGCAGCCTTAGAGGTGTGGAAGTTAGGCGAAAAAATTGGTTTGTTAGGGAATGATAATGAAGATGAAATTATTCAGA AATTGATTGCTGTGGAGGATAGAGACAATGCGAAATTCGAAGATGCTAGAAGGAGGTCAAATGGTTTTGATGATATTAATCTCCATTAATATTCGTGGTC TTGGAGGGCGGTTGAAGAAGAAGGAGATTCGCGACCTTATTCGTAAACATAAGCCTGATATGATTTGTATTCATGAAACTAAAATCCCTGATGTAGACTA CTCTTTATGTTTGTCTCTGTGGGGCAGCGATAATTTTGGGTGGGCGTGCTTACCTGTAGTGGGTGCCTCGAGTGGTATTTTGACTCTCTGGAATAAATCC CTTTTTGTTTCCTACACAGTGAGGTGCAGAACTAATTTTGTGACGGTCAACAGGAAATGGACTCTTCATGATGAGCCTGCTAATGTTATGAAAGTTTATT GTCCTTATGACCTGGCTGGTAAGCGATTTTTCTGGGTGGAGGCTATTTTAGATTATCGTGGTCATGCTGATGAGATGTGGTGTGTGGTAGGAGATTTCAA CTCTGTACTTAATCAGGAAGAAAGGGTTGGCACTAGTTCTCGGGCGAATAATTCAGAGAGTGGTGAATTTGCTCAATGTGTGGATGATATGGAATTATTC GATCTTCCTCTTGCAGGTTCGAAATTCACTTGGTTCTTATCAAATGGTTTGGCTATGAGAAGGTTAGATCGTTTTCTTGTGAATAATAACTGGTTAATTA ATTGGGGACAGATGGTTCAACAATGTCTTAATAGAACTTTTTCTGATCATTGCCTTATCCTGCTTAAAAGTGACGTGCCTGATTGGGGTCCGACTCCTTT TAGAACAAATAACTGCTGGTTTTCTGATGATGTCTTTTATCAGTTTGTGGAAGATGAGTGGAAGTCTTTGAGTGTGGTTGGAAGGGGTTCTTTTGTTGTT AAAGAGAAGTTGAAGATTCTTAAGGGGTTTTTGAAGCGGTGGAATAGGGAGCATTTTGGTGTGCTGGATAGAAAAATTTATGATCAAGTGGCTATTATCA ACCTCATTGATGGTAAAGGCAGTTCTGGTGCTCTTTCTAATGAATATATCTCTACTAGGAATATGGCCACTGCTTATCTTTGGAGGTTCGCGAGTCAAAA TGGTAATTTATTACTTCAGAAATCGAGACAGAGATGGCTTCAGGATGGGGATTCAGATTCTAAATTCTTCCATGCAACAATTAACAGGAGGAGAAAGTCT AATGCTTTACTTGGATCTTTTCTCTGAGTCTAACTGGAATAGACCGACTCTTGATGGTATTGATTTCAAGAGTATCTCTAATGCTGATAATAGTTTCCTC ACGTTGAAGTTTGAGGAGGAGGATATCAGAGAAGCTGTTTGGAGTTGCGATGGCGATAAAAGTCCATGGCATGATGGGTATAATTTCTGTTTTATTAAAA AGTTATGGAATTGCGTGAAATCAAATATTCTTGCTTTGGTGGATGATTTCTACACTTATGGTAATCTTGTTAGAGGTTGCAATGCATCTTTTATTGTGCT GATTCCGAAGAACGACTGTCCACAAGGCCTTGATGAGTATAGGCCGATATCTCTTATTGGTTGTCTTCGGAAAATTATTTCTAAACTTCTTGCTGGCAGA ATAAAGAAGGTTATCCACACGGTCATTTCTGATTGTCAGATTGCCTTCATTAAGGGTCGTTACATTATGGATGGAATTGTAATTGCTAACGAGATCATTG ATCAGGCAAGGAAAAAGAAGGATCAGAACTGTTTTATTTTTAAGGTGGATTTTGAAAAGGCGTACGATTCGATGGACTGGAGTTTTCTGCTCTACATGAT GGAAAGAATGGGTTTCAGGGCCACTTGGAGAAATTGGATAAAGAACTGCCTTCAATCAAACTCTATTTCGGTTTTGATTAATGGGAGTCCTTTTATGGAA TTTAATATGTCTCGTGGTTTGAGGCAAGGTGACCCAGTGGCTCCTTTTCTTTTCCTTATAGTTGGTGAGGGCCTTGATGGTATTATGAGATCTGTTGTGT CTAAACAGATTTTCAAGGGTTATTCAGTTGGTAAAGATAAAGTTGTTATCTCTCATCTCCAGTATGCAGATGATACTCTCCTTATTGGGGAGGAATCGGT TGATAATGTTTTGGCTCTTAAATATATTCTTAAGTGCTTTGAGTTGGCTTCTGGTTTGCGCATTAACTTTCACAAGAGTAGCTTCATTGATGTTAAACGA AGAGGTGGGTTTGTTCAGATGGCGGTGAATAAGTTGTTTTGTTATGTTGGTGCAATTCCGTTTAAGTTCTTGGGTATCCCAGTTGGTGCTAATCCAAGGA GGATTTCTACTTGATCCCCCTGTTATTGAGTCTTTCAAAAAAAAGCTTTCCTTGTGGCAACAAAAGTTGCTTTCCTTTGGTGGTCAAGTAACCCTCATTA AGTCAGTTTTGTGCTCTCTCCCTATCTACTTTTTCTCCTTTTTCAAGGCTCCTTCTTCAGTTATCCATGCTCTTAATAAAATTCAAAGAAGGTTTCTCTG GGGTAGGGGTGAGGTAAGTAGAGGTATTAGTTGGGTTAATTCGAAGAGGGTGTGTCAGTCAAAGGAGGTTGGGGGTCTTGTGATTAAAAACTTGAGGGTT TTTAATTTATCTTTATTGGGTAAGTGGCGTTGACAGTTGCTTTTGGAGAGTGAGTCTTTATGGGTGAGGGTGTTTCGTTCTAAGTATGGTGCAGGAAGGG TTGGGGTAGAGGGTGGTTTGTTGGGTTTGGAGGGTTTCCGGAAGGGGTCTGTGTGGTGGCGAGATTTAGGTGGTCTTAGTGATAGTGA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_161925; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_336516
Blastp | LINE-1 reverse transcriptase homolog from Nycticebus with 24.54% of identity |
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Blastx | LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein from Mus with 26.7% of identity |
Eggnog | - |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019429814.1) |
Pfam | Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family (PF03372.22) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |