Ll_transcript_336522

• Id Trinity: TRINITY_DN48541_c6_g2_i6
• Name Transcript: Ll_transcript_336522
• Sequence: GGAAGATGGAAGAGGCGTGGAAGAGGGGAACGAGAGGGATAGTAATGGGGTTTCAATGGAGTTAATTCTCAGCATTTTTCAAGGCTTGAATTTTCAAATT TGGAGTCAAGTGCTTTTATTATTGAGAATGGAATCTATGAGGAGAGAGAAGGGGGCCGGTGGAAATTAATGTGGTAGATGGGGTGGGTCCCGTTTCTTTG AGGAGAGAGAATGGTTGTTGTGATGATGATGTTTCTATTGATAATTTAATAGGTGGGGACCACGTGGAGAGATAAGAGGGTAAGGTGGCATTTATTGCAA AGGAGGTGGTGGAGAGTGTTTCTCACGTAAGGGAGGATGAATGGGTTAAAGGAAGTGGGGCCCATGGTTCTTTGGATTTTTTGGTGGAAAAACGTGTGGG CCCTACGAATACTTCTTTTTGTGCTTTTAATGCTTGTAATGGAGGTTTGTGTGGTCATAATTGTTTTAATTCCCTTGATATTTTGGGTGACACAAATTTG ACAGAAAAGGGAGATTTGATTTCAGGTGTAGAGATCTTGCCTCCAACAAATAATGGAGTTTGTATCCAACTTGATGATAATGCTACTAATTTTTCTACAC CGGTTGAACCTATAGAAGCAGAAACAAGGTCTAAATTTTCTCTGAAGGAGAGGGAGACTATCATTCAAAAAAAGGGAGACAACAAAAATGTATTAAAAAG GTAAAACAAAAATAAGCTAGGACTGATTGGGATAATTTTTGTGTTGATCTTACAAATGTTCCTTTAATCTCTAATATGGATCAGACTTCATTGTCCTATG TGCATGAGGCTGTTGGCCAACCGGTGTCAAAGTTTTCCAATCCGGCTCTTTCTGCTGTTGTCCCCTTGGTCGTGCAACATGGTCCTTTAGTTGCTGCTCC GAGTGCTGCGAGTGTCAGTTGTGTGGCAGCCTTAGAGGTGTGGAAGTTAGGCGAAAAAATTGGTTTGTTAGGGAATGATAATGAAGATGAAATTATTCAG AAATTGATTGCTGTGGAGGATAGAGACAATGCGAAATTCGAAGATGCTAGAAGGAGGTCAAATGGTTTTGATGATATTAATCTCCATTAATATTCGTGGT CTTGGAGGGCGGTTGAAGAAGAAGGAGATTCGCGACCTTATTCGTAAACATAAGCCTGATATGATTTGTATTCATGAAACTAAAATCCCTGATGTAGACT ACTCTTTATGTTTGTCTCTGTGGGGCAGCGATAATTTTGGGTGGGCGTGCTTACCTGTAGTGGGTGCCTCGAGTGGTATTTTGACTCTCTGGAATAAATC CCTTTTTGTTTCCTACACAGTGAGGTGCAGAACTAATTTTGTGACGGTCAACAGGAAATGGACTCTTCATGATGAGCCTGCTAATGTTATGAAAGTTTAT TGTCCTTATGACCTGGCTGGTAAGCGATTTTTCTGGGTGGAGGCTATTTTAGATTATCGTGGTCATGCTGATGAGATGTGGTGTGTGGTAGGAGATTTCA ACTCTGTACTTAATCAGGAAGAAAGGGTTGGCACTAGTTCTCGGGCGAATAATTCAGAGAGTGGTGAATTTGCTCAATGTGTGGATGATATGGAATTATT CGATCTTCCTCTTGCAGGTTCGAAATTCACTTGGTTCTTATCAAATGGTTTGGCTATGAGAAGGTTAGATCGTTTTCTTGTGAATAATAACTGGTTAATT AATTGGGGACAGATGGTTCAACAATGTCTTAATAGAACTTTTTCTGATCATTGCCTTATCCTGCTTAAAAGTGACGTGCCTGATTGGGGTCCGACTCCTT TTAGAACAAATAACTGCTGGTTTTCTGATGATGTCTTTTATCAGTTTGTGGAAGATGAGTGGAAGTCTTTGAGTGTGGTTGGAAGGGGTTCTTTTGTTGT TAAAGAGAAGTTGAAGATTCTTAAGGGGTTTTTGAAGCGGTGGAATAGGGAGCATTTTGGTGTGCTGGATAGAAAAATTTATGATCAAGTGGCTATTATC AACCTCATTGATGGTAAAGGCAGTTCTGGTGCTCTTTCTAATGAATATATCTCTACTAGGAATATGGCCACTGCTTATCTTTGGAGGTTCGCGAGTCAAA ATGGTAATTTATTACTTCAGAAATCGAGACAGAGATGGCTTCAGGATGGGGATTCAGATTCTAAATTCTTCCATGCAACAATTAACAGGAGGAGAAAGTC TAATGCTTTACTTGGTATGTATATTGATGGTGTATGGGTGGATAATCCTTCCTTGGTTAAAGACTATATCCGCTCTTTTTTTCAGGATCTTTTCTCTGAG TCTAACTGGAATAGACCGACTCTTGATGGTATTGATTTCAAGAGTATCTCTAATGCTGATAATAGTTTCCTCACGTTGAAGTTTGAGGAGGAGGATATCA GAGAAGCTGTTTGGAGTTGCGATGGCGATAAAAGTCCATGGCATGATGGGTATAATTTCTGTTTTATTAAAAAGTTATGGAATTGCGTGAAATCAAATAT TCTTGCTTTGGTGGATGATTTCTACACTTATGGTAATCTTGTTAGAGGTTGCAATGCATCTTTTATTGTGCTGATTCCGAAGAACGACTGTCCACAAGGC CTTGATGAGTATAGGCCGATATCTCTTATTGGTTGTCTTCGGAAAATTATTTCTAAACTTCTTGCTGGCAGAATAAAGAAGGTTATCCACACGGTCATTT CTGATTGTCAGATTGCCTTCATTAAGGGTCGTTACATTATGGATGGAATTGTAATTGCTAACGAGATCATTGATCAGGCAAGGAAAAAGAAGGATCAGAA CTGTTTTATTTTTAAGGTGGATTTTGAAAAGGCGTACGATTCGATGGACTGGAGTTTTCTGCTCTACATGATGGAAAGAATGGGTTTCAGGGCCACTTGG AGAAATTATTTCATACCTTGATGAGTATAGGCCGATATCTCTTATTGGTTGTCTTCGGAAAATTATTTCTAAACTTCTTGCTGGCAGAATAAAGAAGGTT ATCCATACGGCCATTTCTGATTGTCAGACTGCCTTCATTAAGGGTCGTTACA
• Tissue: pods
• Gene name: LI_gene_161925;
• Additional information: details;

Expression of Ll_transcript_336522

FPKM

• PAB: 0
• PNAB: 0
• PS1: 0
• PS2: 0
• PS3: 0
• PW1: 0
• PW2: 0
• PW3: 0

Labels

• PAB: abscising pods
• PNAB: non-abscising pods
• PS1: seeds stages 1-3
• PS2: seeds stages 4-6
• PS3: seeds stages 7-8
• PW1: pods wall stages 1-3
• PW2: pods wall stages 4-6
• PW3: pods wall stages 7-8

Annotations of Ll_transcript_336522

• Blastp: LINE-1 reverse transcriptase homolog from Nycticebus with 23.01% of identity
• Blastx: LINE-1 reverse transcriptase homolog from Nycticebus with 23.01% of identity
• Eggnog: -
• Kegg: -
• CantataDB: -
• Mirbase: -
• Ncbi protein: Link to NCBI protein (XP_019465331.1)
• Pfam: Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family (PF03372.22)
• Rfam: -
• GO: Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology;