Id Trinity | TRINITY_DN48644_c4_g1_i8 |
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Name Transcript | Ll_transcript_368775 |
Sequence | TTTCACTTATTCTCCAACTAAATGATGTAGTTTGTTCTATTTGATTTATTCTCCTACACGTAAACGTGACGAGGCTGAAGTTAACCCACATAGCGCACAG TTTATCCTTCGCACCCAAAAAACACGTATTTTAGCGTAAAACTTTTTTCAAATTGTTTTCTCCATTGTTACTGAATCTTCTTTGACTCTGAGGTCGGGTT ATGAGCTTATAACCGTTTCAAGATGCACATTAAGCAGATTGTGATTGAAGGCTTTAAGAGTTACAAAGAACAAGTTGCAACAGAGCCTTTCAGTTCTAAA GTTAACTGTGTCGTTGGTGCTAATGGATCTGGGAAAACAAACTTCTTCCATGGTAAGAACTAAGAAAGTCCTAATTTTTTCCTATACGACTCTATTTAGT CTGACTGGATTTATTCATTGAAAAACAACTGAAATCTGATATATCTCTGACCTATTATCTACTGATCTTTCCCCTTTTTGTATCTAGCCATTCGTTTTGT TTTAAGTGATCTATTTCAGAACCTACGCAGTGAGGATAGACATGCACTACTCCATGAAGGAGCTGGACACCAGGTTGTATCTGCATTTGTGGAGATTGTG TTTGATAATTCAGACAACCGTATCCCGGTAATGATTTGATAATTTCTTTTTCCAGTAAGTTGCAGAAGGAGGATAATTTTCAATTTTTTAATTGTTTCTT AAACTTTGTTTAAACATCACTTAATGCATATTTTCTTTTAGGTCTAGATAAAATAATGATGCTATTTTTTTTGTAGTAAACAGTTTATAGCAAAATCATG ATTGCTATGGTGAGGAAAGTATAGCCTTATTTGACAGTTATTCTATTTCAATCACAGGATAAATTGTCTAGTGGCTGTTATGGAGCATATTCTCATGGGT 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ATTGCATGTTTGATTGGGAGAAGTATATTTTAGCTTTGATATTTTTCTATGAATGAGGGGTTATTGCTTTATAGCAAGCATGTTTCTCTTGATCTTATTT AGGGCTTATCTATACTGGCGATCAGTACGTTTTGAATGGAGAAAGGTCGGGAACTATTTACATTGAGATATTGGTTTATGGTGATATTTAAATATAAAAG TTCATTCATATTTAGTTGTTTAGTTGTTTACTATATTTTGATTGGCATCTTGTGTCTTTTATACTGTTGTGCCTTTGAGGATTCTTAACTTCCGTAGATA TGATCCGACGCCTGGCAGACATAGCAAACACACAATTTATCACAACAACGTTCCGCCCAGAGCTTGTCAAAGTTGCTGATAAGATATATGGAGTGACTCA TAAAAACAGGGTCAGCCGTGTTAATGTCGTGTCTAAGGAAGACGCACTAGAATTTATTGAGCACGATCAGACACACAATGCTGAATAAGGTCTTACTAAT GCTAGGACATTTTGAGGAGTAAGGGGCGTGGCTGGTTGTGATGTTGTCCATCTGGGACATTCAAGAGTTAGGTGCTTCTGAATTCCATGTTGTCAACCAC ATAAAAGTAGATTGCAGACTCCAGTTTGTCTTAATTCTTCAATCTGTTCTTCCTAGATTTATATAACCCAGTATTGCTTCTCACCTGCTCTCTATTTGTG TAAATTCATTGGACTTTGTTAACATCAAAATGTTGTGCTTGTTGTGGTAAATTTGAGTTTGTTAACCTGCTCTCTCTATTTGCTAATACAATGTTTTAAA TTCAGAGTTTCATATATGTATAAATTTGCATGTTATCTGAAAGCTTACTCACATTTTTATACAAGTCTTTGATCCTTGTGCTTTTTCCTGATAGAACAAT TGATATGTTTGTTGGTACATTTTAGTGTCAGAAAACATAATTCTGACTAATGTTGTTCTTATCGTGCATAATGGCCAACCCGTCTTTAATGTTGG BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_162895; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_368775
Blastp | Structural maintenance of chromosomes protein 3 from Arabidopsis with 69.14% of identity |
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Blastx | Structural maintenance of chromosomes protein 3 from Arabidopsis with 69.57% of identity |
Eggnog | Required for chromosome condensation and partitioning (By similarity)(COG1196) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT2G27170) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019434196.1) |
Pfam | SMC proteins Flexible Hinge Domain (PF06470.12) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |