Id Trinity | TRINITY_DN48860_c1_g1_i16 |
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Name Transcript | Ll_transcript_285029 |
Sequence | CTCTTTTCATTTTTCTCCAACACTTTTCTTCTTCTTCATTTCAACCTTCAACGTTTCATTTATATGCTAATACTTTCAGATTTCAATTCAATTCATGTTT TATACTAAACATGCTATTGCTATTCAATTTCAGCATTTCAATCTTCCTCTGCTAGTTCCACATGATTCTTCAACCACCTTCTGCGAGTTTCCTATTCTCG CACATTTTCTCTTCTACCCTCTGTCCTTGCACCAATCAAGTTAATCACTTTGTTTCTTTCCCTTTGTCCCGAAGAAGAAGACGAAAACGCTTCATTGCGC ATTCTGGGTGTAGGAATTCCCGAAGAAAATTGACCCTTCGTTTCTGTGCTATTCCACCAGATAGTAGTTCCAACCGAAATTGGAACACGGAATTCGCAAA TTCAGCTAGAAGGGGTGCCAAAAGTATCGTTTTTAATCAGATTAGTAATGAAATTGACGAGGATAATGATAGTGGTGCGTCTCGTTCTCAAGAGTCACAA CAGATTCAGTTAGGTTCGAATTTTACCAATTTTCAAGAAGACCCTATTGTAGATAAGTTAAGAACACAATTGGGGGTGATTCACCCAATTCCATCTCCTC CTATTAACCGCAACGTGGCTGGTTTGTTTGTGTTCTTTTTCTTTGTCGGCGTTGTGTTTGATAAATTGTGGTCTTCAAGGAGAAGGAACAAAGTTAGCAG TGAAGACACCTTGCGTGGCGTGTGGCCACAGGTGCCAACGAGCTTCTCTTTGTTTTTGGAAAAGGATTTGCAGAGAAAAGAATCAGTTGAATGGGTGAAC ATGGTGCTTGGGAAGTTATGGAAGGTTTATAGAGGTGGAATTGAGGACTGGATTATCGGGTTGCTTCAGCCTGTTATTGATGACTTGAAGAAACCTGATT ATGTGCAGAGGGTTGAGATTAAGCAGTTCTCATTGGGGGATGAACCATTGTCAGTTAGGAATGTCGAGCGCAGAACTTCTCGCCGTGTGAACGATCTGCA GTACCAGATAGGAGTTAGGTATACTGGTGGTGCTCGCATGCTATTAATGCTTTCTCTAAAATTTGGCATTATTCCAATTGTGGTGCCTGTTGGTGTTCGA GATTTTGACATTGATGGCGAGCTTTGGGTAAAATTGCGATTAATACCAACACAACCCTGGGTGGGAGCTGCTTCATGGGCTTTTGTTTCTCTTCCAAAAA TCAAGTTTGAATTGTCTCCATTCCGTCTGTTCAATTTAATGGCAATTCCAGTACTCTCAATGTTTTTGACAAGACTTCTCACTGAAGATTTACCCAGACT ATTTGTACGCCCAAAGAAAATTGTTTTGGATTTCCAAAAGGGAAAAGCAGTTGGTCCTGTTGCAAACGATGTTAAATCTGGAGAGATGCAAGATGGAAAC AAAGATTCTGTCGGTGAACTATCTGTTACCCTTGTGGATGCTCGAAAGCTTTCTTATCTCTTCTATGGCAAGACAGATCCTTATGTTATTCTCAGTCTTG GAAATCAAACTATACGCAGCAAAAAGAACAGCCAGACTACTGTCATTGGGCCTCCTGGAATGCCAATTTGGAACCAAGATTTTCATATGCTTGTCGCCAA CCCTAAAAAGCAGAAGTTACTTGTCCAGGTTAAGGACTCTCTGGGATTTGCAGATTTGACTATTGGTACAGGGGAGGTGTGTATTATATGCCATACCATA ATTTTTGTGACTTGTTATTTCACATTTGCTCCACTTAATAGTTTTGTACTTCTTTCATAGATTCTTTTAGCTATTGGATTTTCTTTGAGGTCTTGATACT TAGCTTCTAGTCTACCCTACAGTCGATACTGTTTCATGAATGCTTGTCTAACTAAGAAGTGCTTAGCAGATTCTCCCTCCTTTCCTTGTGGTCCACTTTG AGTTACCTTTCTTTTATTCTTTTTTTCTGATTATTATAAATTATGTTGGATACTAGCTCTTGATCAGCGGTGTTTTTCTTGTGTTGATGGTGAACTGAAT ATTTTGTTGAGGTGGGCTGGAATTGGTTGATGTTTGTGAGTTGATCTGTAATAAGCAAAATAAACCTCATATGATGTGGTGATTGTGGATTGGTGAGATT ACTTTTTAGAAGGGGTCGGTGATTATTTTCTTAGGTTAAATGCTTGAAAGGCTGTTTGTGGATGCACCATATTTTATGCCACTTATTTTGACATCTCCGA TGTATAGGTTCATTGAGTCTTTTGGAGTATTTCAGGAATGGGTGATTATCTTGGAGTGTTCTTGTAATTTTGCGATACCTCTCGCAAACAACTGAAATGT ATAAAAATAAATGAAAAACCCAATGTGTGGACATGGGAAAAAACTGGAATCAAAGGAGTGAAATTGACATCTCTATGTCATCTAACTACACTTTAGCAGA TAGTATATCCACCATTTTCACTGCACCACACCATGAGGCTATGATAAAGTTCCCGTAAAATAATGCTTTAATATGCCAGGGTGCCACGCCTTTCCAACAT TCAGAGAAAATGATATTTTTTCTTAATGCTGTGAAATTATTTCTTTTTATGTCATTAGAGTACTTTCTTGAAAAGTAAGCTATATCTTTTCTATCAGTTG CAACAGTAAAGTTCGGCATGTAGTATAATGTAATATAAAAGTTATTTTAAGAAATAACAATTTCTTTTGTTATTTAAGATTGTGTAGAATCTTCAGTTGC CATGTTTGATTCATATGTTGGATAGTAGGAAGTTGAATGAAAAAATGGAAATATAATTTCGTATTTAGCTCTAGTATATATGTCCATGTGTGTGTGTTTT AATTGATAAAATTTTCAGGTTGATTTGGTATCTCTTAAAGACACTGTACCAACAGACAGGATTGTGGCTTTACAAGGAGGTTGGGGAATTTTAGGAAAGG GTTCTTCTGGGGAGATACTACTACGGCTAACATATAAAGCATATGTGGAGGATGAAGAAGATGACAAGACTGAGATGGATGCCATTGATGTAGATGCTTC AGATGACGAGTTGTCTGATTCAGAAGAAGCCAATGTCATTGATGAGACGAATGAAGGAGATCCTATGTACCGAACTGATAATGAGTCATTTATGGATGTA TTAGCAGCATTAATTATAAGTGAGGAATTCCAAGGAATAGTGGCATCTGAAACTGGGTCTACCAAAATTTTGGATAATAGCTCAAATACAGGCTCCAAAG TATCAAAGTCTACTGTTGCCAATGCTGAAACAATTTCTTCTACTTCTGACAACTCTGAAGGTTTTGTAGGGTCAGCATTATTTTGGTTTGCTGTGATTAC TAGTATATCACTATTAATTGCAATCAACATTGGCGGTTCAAGTTACTTCAATCCTTGAGATGAGTTGGCAGTAGATAATAATCAATTCTACATTGGGAGT TTATTAATATTCTGGTGATGGAGGAAAGCATATAGCGGCGCACATGATTTTTGGCTTTGTTTTATGTGAGCCACAAATTTGAAAAATTCAGCTTAAATAC CTTGTTTATATGTTAGAGTTTTGGACCCACCAAAAATAAAATAGAATCACAGATTTCTTGTTTCTCTCGCCCGAATCTGATTGATGTAAAACATGACAGA GAATTTCTTGCATAATATGAAATATTAATTGCATTGCACCAATCACATCATTGTTGATAGTCTATGGTTGTTGTTAGTTAATAACCACTTCTTTTTCTTC TATGATTGTCCCATGTTAAGGATACTTCACAAAACAATTTTTTATGTGAAAAATTAATGTATCACCTCCCAGGATGTGAAATTTGATGATGATGTTTGGA TGGTAAAAACTGAC BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_164596; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_285029
Blastp | Synaptotagmin-3 from Arabidopsis with 24.65% of identity |
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Blastx | Synaptotagmin-3 from Arabidopsis with 24.65% of identity |
Eggnog | Domain-Containing protein(COG5038) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT5G04220) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019450948.1) |
Pfam | C2 domain (PF00168.29) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |