Id Trinity | TRINITY_DN48903_c0_g2_i8 |
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Name Transcript | Ll_transcript_436292 |
Sequence | CTTTCTATATATATGACATCAAAAGAGGCCAAGTTCAAGAAAAAGCATGTCATTCTTGTGGGAAAGAGAAAATCTAAGTTGAAGATAGTAGATATGAAGA GTGAAAAATAAAGTGTGTGTGTGTGTGGAATAAGCATGGGAAGAGGGAGAGTTATTGTGGAGAGAATAGAGAACAAGATCAGTCGTCAGGTAACATTCTC AAAGAGAAGGAGTGGTTTGTTGAAGAAAGCTTTTGAGCTATCTGTGCTATGCGATGCTGAAATTGCTCTTATCATCTTCTCTAGTCGTGGCAAGCTTTTC CAGTTCAGCACTTCTGACATTAACAAAATCATTGAGAAGTATCGTCAATGTTGCTTCAACATGTCACAGACTGGAGATTTAGTTGAACATCAATCATCAC AGAACCTATACGAGGAGGTTTTGAAATTAAGAGCCAAGCATGAATCTCTTGAGAAGACACAAAGGATTTTTGAAGGAGAAGATCTAGGGCCACTTAGCAT GAAAGAATTGCAGAGTCTTGAGAAACAAATTGACAGAACGCTCTCACAAGCACGACAACACCATATGCAAAAGCTGACTGCACGAATTGATGAGTTACGC CAACAGGTTCAGAATCTGGAGGGGGTTAACAAACAATTGGAAGCCAAGGAAACGGATAAACTCACCCACACCATTGGGGAAGTTTCTAATAACTCGACCA CGTCGGTTTGCAGTTACAACGATATTAGGTTGCATGATGTACAACCCAAACACTTTGAATCTGGGACAGCCTTACAAACATGGTGTGCACTTTATTATAA TTTTTAGTCTTTTTATTTTACTTTAATTTATAAATATGTAGATGCATTATTCTCCTGGCTAAATTTAACTTGGTTTCTGCAACACCACATATAGTCCATT GCAATGTCTTGACTGCAGTTTTAAGTTTTGGCAATTGCATGTCTTGAAGAATATGTGTACATAGAGTATGCAGTCAACTATAAATAAATGTGTTATTGTC TATTTTTTGGTATAATATTATCTATTCAGATTGTTATTTTAATGACACAAATTTATTTCTTAATTATACCTAATAAGCTAGTGTCTATATAAGCTTTGTC ATGTGACCTACCCGGTGCTGATGGCCATATTCACATGCATCTTGTTAATATGAATATGGTAATGGATTTTTTAAGCAGAAAACTATTTTATTAATAAGAG AGAGACGTTTGATAACACTCATCTCAACTAAGTCAATCACCATATTTTGCAAAGAGTGGCCTAAGAAGAAAGAACTAATAGATAGCAGGTTAGTATTGTT GGAAAGTAAGTTTTACATCGCCTATCTCATCATTGTCTTGAGAATAGTTTAAATATCTGTTAAACTACTTCTTTCATTACCAATTGATTCTGAGAATAGA ATACGATGATAGCACGTTTGGTAACATGCATCTATCTCAACTTGTTTGTTTGTTTTATTTAAATAAATTGTTGTTGCAGTTGGTTTGGGCATAATCATCA GCAAGCTGGTTCAAATGTAAGCAGGAGTGACACAAGGAGCGAGCTAGGCCAAAGCAGTCATAACAATAACAATAACAATGGATGGCTGCTTTGAATAATA TTCATGTTAATTACAAATAATCAAACAAAAAATGTTCATGTTATTATTGCTTGTTATGTGTATCAACTAAATTATAAACTTGTACCAGTAAGTCTCATAA AAATATCTATAATTGATGGATTCCATTGCAATGTAGCCAGCCCAAAATTAAATTATATGTTTATGTAGACAATATAGCAATTCCAAAAACAAAAACTATT GCCATGTACCCTTATAACTAATCATTTAAGTTTGATTTTACCACAGGGTTCTAAAATTGATTATTGATTGAACAATGGATAATTAATGTATGATTTCAAT TTGAATATTTAAAATGTATTTAAAATGGGGCATGCGGTGCAATGAGAGTTGAGAAATAGATAAGCTTTATAAGAGGGTGAAATTGATGATTAATGATTAA TTAATTGGTGAATGGAATCTCTCTCCTTCCATGCCTGCATAGTAATAATAGTGATAAAGTAAAGATCTGATTTTGCATTACTCATCCTCTTTCTTTCAAA CCAAATCCATCCTCCATGGCAAATATTACCCCCTCAGGTAAATATGATAATGGCACAAAAGGAGAAAGCAAAGAAACAAGCGCACTGGTTGTTTCCTTTG GTGAATTGTTAATAGACTTTGTGCCAACAGTGACCGGAATATCACTAATTGAAGCTCCCGCTTTCAAGAAAGCCCCCGGCGGCGCTCCTGCAAATGTGGC TGTTGCCATCTCTAGGCTAGGAGGTTCATCTGCTTTTGTAGGGAAGGTTGGAGCAGATGAATTTGGGTATATGTTGGCTGATATTTTGAAGCAGAACAAT GTTGACACATCTGGCATGCGGTTTGACTCTAATGCAAGAACTGCATTAGCTTTTGTTACACTTAGAGCTGATGGTGAGCGCGAGTTCTTGTTTTTCCGAA ATCCTAGTGCTGATATGCTTCTTCATGAATCAGAGCTCGATAAAAATCTCATAAAGCAGGTGGTTTTAAATTTGTTTTTTATTTATAAAAGGCAGCCCAA TACTTTGATTAAAGGCAGCTTACTCTTGGTATTGATCACAGGCTAAAATATTACATTATGGTTCCATCAGCTTGATTGATGAGCCATGCAGATCAGCTCA TCTTGCTGCTTTGAGAATTGCTAAAGACTCTGGTTGTATTCTCTCATATGATCCAAATTTGAGATTGGCACTATGGCCATCAGCAGAGTCTGCCCGGGAA GGCATAATGAGTATATGGGATCAAGCTGATGTCATAAAGATAAACGAGGATGAGATTACATTTTTGACTGGTGGTGATGATCCTTATGATGATAATGTAG TACTAAAGAAGCTTTTTCACCCTAATCTCAAGCTTTTAATTGTTACTGAAGGATCAGAGGGTTGTAGATATTACACCAAGGATTTTCGGGGCAGGGTTGC GGGCGTTAAAGTCAAACCTGTTGACACAACCGGTGCTGGTGATGCATTTGTTGGTGGCTTTATCTACAGCATAGCTTCTGACCAAAATGTTCTCAAGAAT GAAAAGCGTCTCCGAGAAGCTCTACATTTTGCAAATGTATGTGGTGCCATCACAGTAACAGATAGAGGGGCTATTCCTTCACTACCTACAAAAGAAGCTG TCCTTCAATTCATGTTAGAAGCCACTACAATATAAAAAAAATGTAACCATTTGTTGTTAAGCTTATATAGCTTAGTTCATGCTAAGCTTCTTGTATCTTC ATGCTTGGTGTAATTTTGTGATATAACACTGAAGGTTCAATTTGCATTGCTCGCTCAGGTTATAGCAGTTGAGCATACATTTTCATGTTTTGTAATAAAG CAAAGGCATTGATTTTAAAGATCCCTCACAAGCTTTGTGAGTTATGATTGTTATTCACACTGACAGACAAAGCTTATTTCATGGCAGGGCATTAAAAATG AACTTGTAAAGTATTGTCTTTTATTGTTAAGAATGAACTTGTAAACCAAAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_164941; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_436292
Blastp | MADS-box transcription factor 17 from Oryza sativa with 57.31% of identity |
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Blastx | Probable fructokinase-7 from Arabidopsis with 72.96% of identity |
Eggnog | Transcription factor(COG5068) |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019442167.1) |
Pfam | SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) (PF00319.17) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |