| Id Trinity | TRINITY_DN49176_c0_g1_i9 |
|---|---|
| Name Transcript | Ll_transcript_292788 |
| Sequence | TTTCAGCTTTATTTTTAAAATCATGGGTTTCAGATTTCTGTGTTTTGGATAAAGTGGATGAAAGTTATAATTGTGGCTTCATGCACTTGATTACGTGGGT GGAACTTATAATTGTGCATGAACCTGAGCCAATGTATGGCACTCCCTCTATACTTAAAAGATGATTTGCATCTTCTCGGAGTCTTTCATTTGATGCACTA GGAAGAACTTCTAAGCCCTTACCACCCACCCCACTGGGTCAGTACCATCAAAACAGGGCAATTCTACTTTCTTTGCCAAAGACCGGTTGCTTCCTACCCT TGAATCTTCCCATTTAGAATCTTCCCATTTAGAATCTTCTTGCACTTTTGGAACCGACTTTTTGGTTGATTCGTCGTCATGATGAGACCTGAATTCATCT TCATCTTTGTTGACAAGGTGTATTTGGCAGTAAATAATTCTGACTGTATATAATATTTTGTTTCCTATCTTGTTTGGTCTATTTTAAGTAGTTTGTTATT GTAATTTATTCTCTCCTTAACTTAGAATTTCCTTCCTTGATTCTTGTCAATCACATATTGTATTTTTCTCTATAAAAAGAAGGAATCCCTGTACAGTTTA AGATCATAAATAATATTCCAAATATTTGAATTTGACATCAGAGCAAAGATCACTGCGCCTCTGATTTGCGGTAATGGCTGACAGTTCCTCAACCACCAAA GACTCGCAGCCTCCAAGACATGAGCAAAGAGTTTTTTTCGGTGAATCCCATTCTGTCCAAATCACCACCTTTCGACTCAATGGGTCGAACTATTTCCGGT GGTACCAATCTGTCCAGATGTATATGCGTGGCAGAGGAAAACTTGGATACCTCACTGGTGAGCGACCCAAACCAGACACCGATGACCCACATTATGCTGT TTGGGATGCTGAAAACTCCATGGTGATGACGTGGCTGATAAACTCCATGGAGGAGGACATTAGCAGCAATTACATGGGTTATTCCACAGCCAAAGAGCTA TGGGATAGTGTCATGGAAATGTATTATGATCTTAAAAATAAATCTCAGATTTATGAACTCACCTTGCTAGCCAGAGAAATTCGGCAGGGAGGTCATAACG TGACGAAGTATTTCCACTCTTTGAAACGGGTATGGCAGGACCTTGATCTCTTCAACGCTTATAAGTGGAATTCAGCAGAGGATGCCAAACACCATCACCA GACAGCGGAAGAAGGTAGAATATTTCAATTTCTTGCAGGTCTAAATGAGGAGCTAGATGATGTTCGTGGCAGGGTCATTGGGAGGACAACCTTACCTTCA TTAGGTGAGGTCTTCGCTGAAGTTAGAAGAGAGGAAACCCGTAGAAGTGTGATGATGGGAAAGATCAAATCTGATCCACTTCCTCCTGAGACCAATGCTC TTGTTGTAGAACCTGCTGCCTTTAAGAGTTCAACCAACCAGAAGAACTTATCAAATCTTTGGTGTGACTACTGCATTAAACCACGTCATACCCGAGAGAA TTACTAGAGAATTCATGGCAAACCAGCACATCTAAAGGGCAACAAATCTGGTCCTAAAGTTCACAAGCCCTTCCCTATAACTCATGAGGCAGAAAAGACC TCATTGAGAAAGGAACAAGTTGAGGAACTTATAAGGTTGTTAAACTCTAATTTTTATCTGGTACTCCTAGTGGTTATGTGGCACAAACAGGTAATTTAAG TACCCCTAGCTCCCTCAACTGTACCTCAAATATGTGTGTACCATGGATCATTGATTCAGGTGCTTCGGATCATATGATCTGTCTTTCTTCTTTATTTAAA ACTTATTCTCCTAGTTCTGGAAATGAAAAAATTAGAATTGCAGATAGTAGTTTTCTGTAATTGAAGGGAAAGGGAAAATTACCTTATCTAAAACCATTGA ATTAAAAAATGTTTTACATGTACCCAAACTTTCCTATAATCTTCTCCCAGTTAGCAAAATCTGCTACGATTCCAATTGTAGTGTAAAATTCTTTGACACT CGTTGTGTTTTTCAGGACCAGATTTTGGGGAAGATGATTGGCAGTGCTAAGATGATGGATGAACTTTATTACTTTGAGGATACTTTCGAAAATAAAGAAG CTCAGGGCCTTAGTGGTATGAGTTCCACCCCTGTTAAAGACCGAATAATGCTCTGGCATAACAGACTAGGGCACCCAAATTTTCAATATCTCATGCATTT GTTTCCGGATTTATTCAAAAATATTGATTGTTCTTCTCTTAAATGTGAAAGTTGTGTTCTTGCTAAAAATCAGAGAGCTCCTTATTACTCTCAACCTTAT CATGCATCTAGACCTTTTTATTTAATCCATAGTGATGTTTGGGGTCCTTCAAAAATAACAACTCAATTTGGAAAAAGGTGGTTTGTAACTTTTATTGATG ACCACACCCGGTTATGTTGGATCTACCTTATGCATGATAAATCTGAAGTTCCAAATATTTTTAAAAGTTTTTCACAAATGGTAGAAACTCAATTTGACAC AAAAATCTCCATTTTGAGGAGTGGCAATGGACTTGAATATTTTAATAAGAATCTCAATGAGTTTCTCAAAAATAAAGGCATTCAACATCAATCGACATGT CCAAATACTCCTCAACAAAATGGCATTGCTAAAAGAAAAAATAAACATCTCCTAGAAGTAGCTCGTGCCATTATGTTTGAGAGTAATCTTCCAAAGTATT TTGGGGGGATGCTGTCCTAACAGCAGCCTATCTCATCAACAAAATGCCCACTAGTGTGTTAAATTATCGCACACCTTTGGACACTTTCAAAACCATTTTG CCAACATGTCGATTACATACTGATATGCCTTTAAAAGTGTTTGGTTGTACTGTTGTTATCACTACACCCTCCGCATCTCGGTCTAAACTAGACCCAAGGG CAGAAAAATGCATTTTTGTTGGATATTCTCCAAGCCAAAAAGGATATAGAGTCTTTAATCCGATTATGATGAAGCTTTGTGTTAGCATGGATGTTACCTT CTTAGAACATCAACCTTTTTTTCAAATAAATTCTCTTCAGGGGGAGAATGATATTGTGAGTGAAGACAATTTCTTAATTTTTTTACATTTGCATGAACCA TTGCCCATTCCTATTTTACATACCGAGAATACAGATTTAATTGATAAAACAAGTGTGGAAGAACATGTGGAAACTAGTCCTAAAATTTCTAAAGAAAATC TTATGTCAGACTTAGATGGATCCCGAGCAGGGAAAGAAATACCACAATCAAAAGAGGAGTTTCGTGTTTATACTCGGAAATATCCTAAAAGGATCAAAGA CCAATCCATCATCTCTGCACCAAACCAACCAGCAATCCCGGAAGAAGGCCAAGAAGGAATACCACGAGAAATTCAAGGTAACACTGAAATTCCCACTTCT AATATTGAACTGCCCATAGCTATTAGGAAAGGAACTAGAACCTGCACCCAAAAATTAAAAAAACCTAGCACAAGTCATCCCATTTCCCAATATATTTCCT ACCAAAATCTGTCTCAAAGTCACAAGGCCTTTACCTCAAAAATAACAAACATGTTTGTGCCTAGAAACATTAAGGAGGCATTAGATGATCCTAATTGGAG TTTAGCAGTCTTAGAAGAGTTTCAGCACTAAAAAAGAATGGAACTTGGGAGATTGTTGACCTGCCTCGTGAAAAAAAACAGGTGGGGTGTAAGTGGGTAT TTACCATTAAGTGCAAGGCTGATGGAAGTATAGAAAGGTACTAGGCTAGATTGGTAGCAAAGAGATTTACTCAAATTTACGGAGTAGACTATCACGAAAC GTTTGCTCCAGTCGCTAAACTTAATTCTGTTCGGATTCTTCTATCTCTTGCTACGAATTTTAATTGGCCTTTACATCAATTGGATGTAAAAAATGCTTTC TTCAATGGGAAACTAGAGGAATAAGTGTTTGAGTCTTCCCCCCGGATTTGAAGAAGAACTTGGAAGAAATAAGGTGTGTAAACTAAAGAAATCATTATAT GGGCTGAAGCAATCTCCAAGGACAAAGTTTGAGAGGTTTGGAACAGTGGTAAAAAGACTTGGATATATCCAAAGCCAAGCTGATCACACATTGTTTTATA AACATTCAGCAAATAATAAGATTGCTATCTTGATTGTATATGTTGATGATATTATTTTGACAGGAGATGATAGCTTGGAACTCAAAAGTTTGAGGGAAAA ACTTGCTAAAGTTTTTGAAATCAAGGAACTTGGTCCATTGAAATACTTTCTTGGAATTGAATTTTCAAGATCAAAAGAAGGTATCTTTATGAACCAACGA AAATATATTCTAGATCTTTTAAAAGAAACAGGATTACCTGGATGCAAAGCTGCAGAAACACCTATGGAACCTAACTTAAAGCTGCAACAAGCTGAAACAG AAAATCTGGTGGACAAAGGAACGTATCAGCGACTAGTGGGAAGGCTAATATACCTACCTCACACTCTTCCAGACATAGCATTTGCTGTAAGCATGGTAAG CCAGTTTATGCATGCACCAGGTCATGAACACTTAGAGGCAGTTTTTAGGATCCTAAGATACTTGAAGGGATCACCTGGAAAGGGACTACTTTATAAAAAC CATGACACTTTTAGGTAGAAGCCTACACTGATGCAGATTGGGTTGGGAGTGTGACAGACCGAAGATCAACATCAGGCTATTGCACTTTTGTTGGAGGAAA CTTGGTTAGTTGGAGAAGCAAAAAACAGAACGTGGTAGCAAGGAGTAGTGCAGAAGCTGGATTTAGAGCAGTTGCTCATGGAATTTGTGAGGCAATATGG GTGGAAAAACTGTTAAAGGAATTAAAGGTTTACAATTCTCCTCCAATAAAGCTATATTGTGATAACAAGTCTGCAATATCTATTGCACGCAACCCAGTCC TACATGACAGGACCAAGCATATAGAAGTTGATAAACACTTCATCAAGGAGAAGATAGAAAGGGGGCAGATATGTATTACATATGTTCCCACTGCAGAACA ATTAGCAGACGTCCTAACTAAAGGATTACCCAAGAAATCCTTTGACAACATAACTAGCAAGCTGTCTATGGAGGATATCTTCAAGCCAACTTGAGAGGGA ATGTTGACAAGGTGTATTTGGCAGTAAATAATTCTGACTATATATAATATTTTGTTTCCTATCTTGTTTGGTCTATTTTAAGTAGTTTGGTATTGTAATT TATTCTCTTCTTAACGTATGATTTCCTTCCTTGATTCTAGTATCACATATTGTATTTTCCTCTATAAAAAGAAGGAATCCCTGTACAGTTTAAGATCATA AATAATATTCCAAATATTTCAATTCATACGTATACATTGTTGTTGATCCTATCCAAGGTATTCAATTTACTACTTTACACCTTTGTGCGTGTTATGAAAT TTTATACTCTATGGTTGTGTTTTGAGTCATTTGGTAGATGAAGCAATTTTGATTACTTGAAAATTGGGTTTCAGTTGGAGGATGTGATGTTTATGTTAGA ACACTTCTGAATGAACTTGTGAGAGTGGTATTTCTTTTTCTTGGCTGGTATTTCTTCCAATACCAGCAATGCCTTTTAAATAGGCCCGAGATACCATTAT TTTTTGAATTGTTATCATGTGAAGGCAGCTTCAGAAAGGGACTTTCGACCAAGTAGGATGGCTGTTATTGGGAAACAGGTTGAGACATTTATCAGGGAGT TCTTTGATCAAAATCCACTTAGTCATGTTGGTCTGGTGACTATAAAAGATGGAATTGCTCATTCCTTAACAGAGCTTGGTGGCAGTCCTGAATCCCACAT CAAAGCTTTGATGGGTAAACTGGAATGCTCTGGTGATGCCTCCCTACAAGATGCACTAGAGCTTGTTCTTGGTTCTCTAAATCAAATTCCATCGTATGGT CATCGAGAAGTTCTGATCTTATATTCAGCTCTCAGTACATGTGATCCTGGTGATCTCATGGAAACCATCCAGAAATGCAAAAAGAGTAAAATAAGATGCT CTGTCATTTGTCTTGCTGCTGAAATGTTTATTTGCAAACATCTATGCCAAGATACTGGAGGAACTTATTCTGTGGCATTAGATGAGGTCAGTTTGTTGAT TTTGATGGAAGCCATGTAGTGCAAATAGAAATTATCTTGTATAAGATTGATTGATTTTTTTGCAGTCAAGCAACTCTGCTCTGAACAAGTATTTAGAATA TTGCTGATCACCTTAGAATGTTTGCCATTTTTAGATGTTAGTTTGTATATTCATTTAGTTATGTACATCTCATGCAGACCCATTTTAAAGAGTTAATTCT TGAGCATGCACCGTCACCTCCGGCAATAGCAGAGTATGCTACAGCTAATTTAATTAAGATGGGTTTTCCACAAAGAGCAGCTGAGGGTTCTGTCGCAATT TGTACATGTCATGAAGAGGCTAAAACCGGAGGGGGATACACTTGTCCAAGATGCAAAGTTCGTGTCTGTGAGCTTCCCACTCAATGTCGCATCTGTGGAT TGACCCTTATTTCTTCACCCCATTTATAACAGTTTCCCAAACACTTGTTTTGGTTGTCAACAAAGTCTTCTTTCTCAGGGAAAGTTTCTGTAGATAGGCA GTCAAGGTTGTTATTCTTCATACATTTGCAATTTTGACAATGCATATAATTTATCATCTTGGCCAACAATTTCTGTCAAATATAGGACTCTTTAAGGGTA AAATATCAGTAAAGATAGCAAATAGAGATGTAATTTCTTAAGTTAATCCATAGGGTTTTATCTACCAGATATTGTATAGAAAATTCATGAATTGGTAATG GAAGTAATTTCAGGCTTCTTGTGTATACAACTTTATTAATTTAGCAGATCTTCATGTTAAAAGGATCTAGCCGTAGTAAGAGATTAGCAGTAGTACTATG TTACTATGAAGAGATGAAATTGGTTTTCAATTTATAAATACATAC BLAST |
| Tissue | pods |
| Gene name | LI_gene_167143; |
| Additional information | details; |
| PAB | abscising pods |
| PNAB | non-abscising pods |
| PS1 | seeds stages 1-3 |
| PS2 | seeds stages 4-6 |
| PS3 | seeds stages 7-8 |
| PW1 | pods wall stages 1-3 |
| PW2 | pods wall stages 4-6 |
| PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_292788
| Blastp | - |
|---|---|
| Blastx | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 from Nicotiana with 37.93% of identity |
| Eggnog | - |
| Kegg | - |
| CantataDB | - |
| Mirbase | - |
| Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_020998746.1) |
| Pfam | gag-polypeptide of LTR copia-type (PF14244.5) |
| Rfam | - |
| GO | - |