Ll_transcript_354679

• Id Trinity: TRINITY_DN49443_c2_g4_i2
• Name Transcript: Ll_transcript_354679
• Sequence: GAACTCTTCTATTATTCCCTCTGTTGGGCAGCCTCTTGTATCTTGGACCAACCCCTTGATTTTGGTCCCTCTACATAAAGCTTTGGAGGATCACTCTCAC TCCTCTCTTTAGCTTGATGATGGTCAGCGTGTTAATGCACCAACTTCTCTTGTTTCTACTGACTCGGTTTCTTCTTCTCCTTCTCTTATTTCAAACTCAG ATTATACTTGTGATAATTATTTAAACTGTGTTGTTGTTCCCTCTGTTGGAGAAGATCAAGCATATGATATTGACCCTTCTGTTTGTATTGAGGTACCTGT GAAGGTATCCCTTGAGAGGTTGGATAAATGGGACTCTTGTACTTTTATAAATGGTAGAAAGCCGAAGTCTAGTAAGAAGGAAAAGAAAAGATCTGAACTT ATTGAATAGAATAATTTTTGTATTGATCTTAGGGATGTTCCTGTTTCTGATAATCCTGGTCTAGCTTCTATTCCTTTGTGTCGTGATGCTGTTAATTCAG GTGTTGTTCCTAGCCCTTCGATTTTGGTGGATGGTAAATGTGACATTCATGGAGAAGTAGAAGAATTATGGAGGATCGGTAAAAATATAGGGGTGTGTGC TAAAGGCAACGAAGAAGAGATTATTCAAAAATTGATGGTTTTGGAGAATAGAGATCGTGACCTTTGTGGTGCTACTAGAAGGAGTCCTTTTGTGTCTAAT GTTAATCATATCAATTAATATTCGTGAACTAGGTGGGCGGCTTAAGGAGAAGGAGATTCAGGATCTCATCCGAGCTCATAATCCTGATTTTGTTTGCATT CAGGAAACTAAACTGCAATGTGTTGATGTCAATCTCTGCTCCTCTTTATGAGGTAGTTATGATTTTGGTTGGGCGTGTGTCCCTGCTGAGGGTTATTCTG GTGGCATCCCGAGTTTGTGGAAAAAAATCTTTATTCGTTTCTGAGGAAGTTAGAGTTGGATCCAACTTTGTGACGGTCAAAGGGCAATGGGTTTTTCATA ATGAGTTTTCTAATATTATGAATGTCTATAGCCCTTGTGACTTGACAGGTAAGCATCTTTTTTGGGAGGAAGCTAAGACTGATTTTTCAGGAAAGTCAGA CGAAATGTGGTGCGTAGTGGGTGATTTTAACTCGGCTCTTCATCGGGATGAGCGTAAAGGCTCAGGTTTGAATGCAGTTAGTTCTGACTGCGTTGAGTTT TCTCAATTCATTGAGGATCTGAATCTTTTTGACCTTCCTCTTATTGGTTCGAAATTCACCTGGTTCTTTCTAATGGTTATGCGATGAGTAGACTTGATAG ATTTCTTGTCAATGACAACTGGCTTTCTCTTTGGGGTCATCTTAATCAGTCTTGTTTGAAGAGAACTTTCTCTGATCCCTGCCCTATTATGCTTAAAAAT GTTGATCAAAATTGGGGGCCTTCTCCTTTCAGATCAAATAACTACTGGTTTTCAAATCCTTCATTTGGAAGTTTTGTTAATGATACTTGGAGTAACCTAT CGGTGCATGGTAGGGGGTCTTATATTCTTAGTGATCAGGTGTCTCTCATCAACTTTATTGACGGTAAAGGTTGTGATGGTTCCCTTTCCGAGTTAGATAT TGATACTAGGAGATCTACTATTGTTGAGTTATGGTGACTCTCTAGTCAGAAAGATAATCTATTACTCCAGAAGTCTAGACAGAGGTGGCTTAAGGAGGGA AACTCAAACTCTAAATTCTTTCATGCCTCTATTAATAGGAGGAGGAGAAGTAATAGAATTCCTGGCTTGCATATTGATGGTAGTTGGGTTGATGATCCGT TTTGGGTCAAAGACCATATTGGTAAGTTCTTCAAGGCTAGTTTTGAGGAATCTCATTGGAATAAGCCATCCCTTGATGGTATTGGTTTCGAGAGAATATC TAGTAATGTTAATGTTTTCCTTACTAAAAGTTTTGATGAAGCCGAGATTAAAGAAGTTGTTTGGAGTTGCGAGGGTGATAAGAGTCCAGGTCCTGATGGT TTTAATTTTACTTTCCTTAAAAATTTCTGGGAGATTATGAAATCTGATATTATTGCTATGGTTGATGACTTTTACCGTCATGGAAATCTTACTAGAGGGT GTAATGCCTCCTTTTCGGTGCTGGTTCCAAAGAATGGATGCCCTCAAGGTCTTGGTGAGTTTAGACCAATTTCTCTGGTTAGTTGCTTCCAAAAGATTAT CTCCAATCTTCTTGTTGGTCGCTTCAAGAAGATTATCCCTTCAGTTATCTCTGAATGTCAAACTGCTTTATTAAAGGTCGGTATATCATGGATGGTGTGG TGATTGCAAATGAGATTATTGATCAGGCTAGAAAGAAAAAGGATGGAGATTGCTTCATCTTTAAAGTGGATTTCGAAAAGGCTTTTGATTCCGTTAATTG GAGCTTCATTCTCTATATGTTGGAAAGGATGGAGTTCTGTTTAAAATGGCGAAATTGGATTAAGAACTGTCTGCATTCTAACTCTGTTTCTATTTTAGTA AATGGGAGTCCTGCCAAGGAATTCTCTATGGCTAGAGGTTTGAGACAAGGAGATCCAATCGCGCCTTTCCTTTTCCTTATAGCTGCTGAGGGTCTTGCTG GGATTATGAGATCTGCGGTTTCAAAGAAGATTTTCAGAGGCTATCTAGTTGGTCAAAATGAGATTGAAATCTCGCATCTTCTGTATGTTGATGACACTTT GCTGATTGGTCAGGATTCTGTGGCTAATATTTATATTCTCAAAAGCATTCTAAAATGTTTTGAGTTAACCTCTGGATTGCGTATTAACTTTCACAAGAGC AGTTTTATTGGTATTAACTCTGGAGTTGGTTTCGTTCAGATGGCGGTTGACAAATTAATATGCAAAGTCGGCTCGGTCCCCTTCAAGTTCTTAGGAATTC CGGTCGGGGCCAACCCTAGGAGGATTTCTACTTGGTCTACCGTCGTTAATTCTTTTAAAAAGAGGCTATCTTCTTGGCAGCATAAACTCATCTCCTTCGG TGGTCGTGTCACTCTCATTAAGTCTGTTCTTAACTCTCTTTTTGTTTTCTTGTTTTCTTTCTTTAAAGCTCCGGTTTCTGTTATTCATGAGCTGGAAAAA ATCCAAAGAAGGTTCCTTTGGGGTCGGGGGGAGGAGAGAAAATGTATTCATTGTGTTAGTTGGAACACGGTGTGTAGGTCTAGAGGGGATGTGGGTCTCG GGATTAAAAATTTAAGTTTGTTTAATCTTTCCCTTTTAGGTAAATGGAGGTGACGTCTTTTGCTTGAGAGAAATGCTCTGTGGGTGATGGTTTTGCGT
• Tissue: pods
• Gene name: LI_gene_169408;
• Additional information: details;

Expression of Ll_transcript_354679

FPKM

• PAB: 0
• PNAB: 0.1
• PS1: 0
• PS2: 0.1
• PS3: 0.2
• PW1: 0.2
• PW2: 0.7
• PW3: 0.1

Labels

• PAB: abscising pods
• PNAB: non-abscising pods
• PS1: seeds stages 1-3
• PS2: seeds stages 4-6
• PS3: seeds stages 7-8
• PW1: pods wall stages 1-3
• PW2: pods wall stages 4-6
• PW3: pods wall stages 7-8

Annotations of Ll_transcript_354679

• Blastp: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein from Homo with 25.09% of identity
• Blastx: LINE-1 reverse transcriptase homolog from Nycticebus with 26.43% of identity
• Eggnog: NA(ENOG410Y9TZ)
• Kegg: -
• CantataDB: -
• Mirbase: -
• Ncbi protein: Link to NCBI protein (XP_019465331.1)
• Pfam: Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) (PF00078.26)
• Rfam: -
• GO: Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology;