Id Trinity | TRINITY_DN49501_c0_g1_i13 |
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Name Transcript | Ll_transcript_405326 |
Sequence | AGCTAACCCATATAGTTATTTATATGTCCATGTTCATCCACTTTTTCTCCATCCCCTCTTTCACTCTTCACCCATCATCAACACTTTCTCTCTTCAACCC AACCAAAAACATGGCTTCAACTAGATCAAAGACCTTCACCATGATCCTCATCATGCTCACACTCTTAACCCTTTCATCAGCCATAGACATGTCCATAATC TCTTACGACAAAACCCACATGAACAAAAACAACGACGAACTCATGACCCTATATGAAGAGTGGTTAATAAAACATGGTAAGCAATATAACGCACTGGGTG AGAAGGAAACCCGGTTCGAGATATTTAAAGAGAATCTCCGGTTCATTAACGAACATAATAACGGTCTGAACCGGACCTATAAGCTTGGGTTGAACCGGTT CGCTGATCTGAGTAACGAAGAGTATAGGGCTAAGTTTCTTGGAACTAGGCTTGATCCTAAGAGGAGGATGGTTAAGTTGAGGACAAGGAGCAATCGTTAT GCGCCACGTGTCGGTGATGAGTTACCGGAGTTTGTTGATTGGAGGAAAGAAGGTGCTGTTGTTGGAGTCAAAGATCAAGGAAGCTGTGGTAAGCACTATT TTTTTATAGTATTTCATTTTTCTAACTTTTTTATTTCTTCTTTTACTTCAAAAAAGACATAAAAGTATAAAAATATTGATCTATTATAATTATAGTTGTT TTATCCTTTGAAAACATAAAATATGGAAGGAATTGAGCATTTTATGTTGTTGTTGTTGACTTGTTGTTAGAAATATTAAATTATTTATTAGATTATACAA AAACTTGAATGGTAATGGAAAAGAGACTAACAAAGTTTTAATTTTGAAACTCCCCTTTTGTCAGATTTGTATGTAGGATTGTTGATTTTGTTTCATGATT TGACTATATGAAACTATCTTGGATTGAACCTGTTGAATCTTTACGTATGATATGATTTATGATTGTATTTTTTATAAGAGTTATACTTTCTCGTTGTCAT GTTTGCTCAGCTGAACAAACTTCATTGGTAGAAATTAATGAAAAATAGAAGTGTTTTTATTAACCATTGCATTTAAGAACTCCAAAAGAGTAAAGTTAAT ATTGAAAAAGTGAAAACTGATTTCTATTTTATTAATACACCATTTCCAAAGTTAAATTTATTGTTTTGGGTTATTAAGAAAGATAATTGTCACCAAAATC CCAAAATAAATAAAATTTTACCTACAAATCTTTACATTCTCTAAATCAGTGGATTTCCACTGTGATTGCGGTCTGTGGAACTTACCCGAAATTTTTCGTT GGGGTTTCATGATTTAATAAAAGAAAAAAATTGTTTGAGGATATTTTTATGCTTCCAGTATTTGTAATAATCAGATAAATTTTGAGAAAAAGCGAAAACA TTTAAAATAAACTGTTATATTGCTTTTCTCAGAAAAATACCTCCTAAAAAAACCATATCACATAATCACTTATTAGTAAAAGCTAAACAAACTGGTCCAT CACGTTATCAAGTAATATTGATTTTTTGGAAAATGGGACAAATGGGGTTAACATGAAATATTTTTCCTCTATTAAGCCTATCATCATCTAATATTACTCT CTTTAGTCTTTATCTGACCAAAAAAGTGTTTTTACTTGGCAAAGAATAATCAACATGCTTGACTTTTCCCCTACGTAGATTATTAATAACAAAAAAATCC TTTATCCTATGATGAGTAAGTCATGGTTTATATTATACATTTGACATATGATTAATAAACATTGTATGTTTTTTGTTTGTTTTTTGATGTAGGGAGCTGT TGGGCATTTGCAACAATAGCTGCTGTTGAAGGAATAAACAAGCTTGTAACAGGTGAACTGATTTCACTATCCGAACAAGAGCTTGTGGATTGTGATAAAT CATACAATCAAGGATGCAATGGTGGAGTTATGGACTATGCCTTTGAGTTCATAGTCAACAATGGTGGTATTGACTCTGAAAGTGATTATCCCTACAAAGG TGTTGATGGTACATGTGATCAATACAGGAAAAATTCTAAAGTTGTTGTAATTGATGAATACGAAGATGTTCCTGCATATGATGAGAAAGCCTTGCAAAAA GCTGTTGCAAATCAACCTGTGGCTAATGCTGTTGAAGGAGGTGGCCGGGAATTCCAGTTATATGAATCTGGTATATTTACGGGGAAATGTGGAACTGCAT TGGACCATGGTGTTAATACTGTTGGTTATGGTACAGAAAATGGTAAAGATTATTGGATTGTGAGGAATTCATGGGGTCCTAGCTGGGGAGAAGACGGCTA CATCAGATTCGAGCGTAATCTAGCCAGTAGCAAATCTGGCAAGTGTGGAATTGCAATTGAGCCATCTTATCCTGTTAAGAAGGGCCTAAATCCTCCGAAA CCTGCACCGTCGCCGCCGACACCTGTGCAGCCACCATCTGTCTGTGACAATTACTATACCTGTGCTGAGAGCACTACTTGTTGCTGTATCTTTGAGTTTG GAAACTCTTGCTTTGAGTGGGGATGTTGTCCTCTTGACGGTGCTACCTGCTGTGATGACCATACCAGTTGCTGCCCACATGACTATCCCATCTGCAACGT TTATGCAGGAACCTGTCTTAGGAGCGCGAACAACCCATTTGGAGTGAAGGCATTGAAACGAACTCCAGCTTTGCGCCGCAGTTCGGTTGGAGTGGAGAAC AAGATAAGCAGTGCTTAAGCTGTATAAGCAAATGTGTACGTGCAAAAGGAGTGAATAATGAATTCAAGGGAGGATGAAGGACTGCAACTCTAGTTGATAA CTCTTTTCCTTTTGTTTTCATTCATACTGAACTATTCACATAAATCTCAGCCATTATGATACAAATTGATACATGCTGTGTCAAGTTTCAATAACACATT GGCTTTGTACATAGGGTTATTTTCTGTGCTGTATTTGTATTCAAATTTCAAACAAGGAACTTCTTGATTATTGTATGTTTTAAACTTATATAATTATGTG ATCAAGCATCACTAAACTGTTCCTATTCAGTGTGTCCTTTTCTTCATTTGATTATTCTATAAAGTTTCAGTCTTTTTGTATAAGTTTCCAACCTGGTTAT GCTCCAGTTGGCCATAAACAGTAGGGTAAGCAAGAAATTGCGAAGGAAATGTTGTTGTATAATTCAGTTTTAGCATTGTTAGTTAAAGTTGCCATTTATA GAAGGGTAGTTAGTTTTCAGGTTGTTAAAAGTTACTATAATTAGAAGGTGTGTGAAACTCATTTAACACATGTGTAAAAATTGATTGCTATAAGTTTGTA AGCTTTCTTTTTGATGAATGAGATCACATAACAAGTTATCCTTTAAAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_169877; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_405326
Blastp | Oryzain alpha chain from Oryza sativa with 73.68% of identity |
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Blastx | Cysteine proteinase RD21A from Arabidopsis with 72.61% of identity |
Eggnog | cathepsin(COG4870) |
Kegg | - |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019447132.1) |
Pfam | Papain family cysteine protease (PF00112.22) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |