Id Trinity | TRINITY_DN49587_c0_g1_i8 |
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Name Transcript | Ll_transcript_407751 |
Sequence | CTAGTGTCGAAAACCCAACGACAATGTTTCTATTTATAATCCCCTTTTCCTTCACTACAAGTTGTGTAAAATCGAGTTAGGGTTTCATTTCTTCTTCACC GCACTGCGTTAACCCATTTCTCTCTCACCTTAACCACTCTTCTCGTCTTTACTCGTTTCCCGCCATCTAACCACTGCTATTTTGAATATTAGCCGTTAGA TCTGCCATTTTTGTAGTATCAGTGAAAATGTCTTCTTCTTCTTCTTCAGCGCTTAAGGAAGAGAAGGAAGATGAAGCGGTTAAAGGGGGAGAGCTAGTGT TCTGTGGTGCCACGTGTTGGGATATGATTGGTCGTAAAAAAGGCATCGAAGGTAACTTGGTCTCCCCCACGCGCCTCCGTCCTCTCATCGGCGTCGATAT TCGCTACGTCGTCTCCGGTTGCGCATCGTGTCATTGCGTTGCATTGGATGTTGAAGGGCGTTGCTATACATGGGGCCGTAACGATAAGGGGCAACTGGGT CATGGAGATACCATTCAGCGCGATAGGCCAACTGTGGTGTCTGGACTTTCTAAATACAAGATTCTCAAAGCTGGATCAGGGAGGAGTCATACAGTAGTTG TTACAGATGATGGAAATTCCCTAGCCTTTGGATGGAACAAGCATGGACAGCTCGGTGTAGGCTCTGTGCGAAATGAAATTGAATCATCTCCTGTTCGCTG TCTTGTGTCTGAAGTAACATATACTACTTGTGGTGGTGACTTCACCGTGTGGTTATCTTCTGTTGAAGGATCTTCTATACTGACTGCTGGGCTTCCACAG TATGGACAGCTTGGACATGGAACAGATAATGAGTATAATTCTAAAGACGGTTCTGTAAAGTTGGTTTATGAAGCCCAGCCACGTCCTCGGGCAATTGCAT CTCTTGCTGCTGAAACTATTGTCAAAGTGGCATGTGGAACAAATCACACAGTGGCGGTGGATAAGAATGGCTGTGTCTACACGTGGGGTTTCGGTGGTTA TGGAAGACTAGGGCATAGGGAGCAGAAGGACGAGTGGGCCCCTCGCCGTGTTGATGTCTTCCAGAATAGAAATGTTTTGCCTCCTGATGCAATTATTTCA GCTGGTTCTGTGAATTCTGCATGTACTGCTGGTATACCTCACATCTGGTCTTTTGTTCAATGACTACTTTTTGTTGATACAATTAATCTCGTTCATGGTT GTTGTTTCTGTTACTTTCTGGTAATGTATCTGTTATGAACTGATGCTATTGGTAGAATTATGGTTTCTTATCTAAGTTTCTAGCCTCTAAGCCTCTTGAA GAATTTGATGCTCGATCGACCTTGAAGATTCGAACAATTTGAGTACAGTAAGATGATTTGTGAAAGTTCTTTTTTTTGGATAAATAAAGAATTTCTTTAG ATGAGAAAAAGAGAATTTATGAAAGTAGAATTACCAAGTTCCTCTGATTTACGTTTATCATGGTCCATGGATGTACTGCATCCTTAATTGTACATGTTAT GTTCCCAATGTCCCGCAGATACATGAGCAAAACAGCATGGAGAAAAATATGAAAACACAACATTTTTCTTGAGTTGATACATATTGGTTATAATTTGTTG AGTGGTTATTTGTACATTGAAAAAGAATCCAAGCTGGAGAAAGTTTGAAGCCTGTTGCCAAACCTCCCTACCTTGTGTTACCCATATATCTGGACATCAG CAAGTCACGTTTTAACTTTGCCAATGGCCTAACGAATTTTCACTACTGATTACTTTTATCAGGTCTAAAAAAATTAATCGGTTTACCGAACCGTAATTTG CCATTTTATCAGTTGAAGTAGCACAACACCCTTATTAATGTCACTGGAGCTAAGATATTATAATTTGTCTGAGTTAGGAAATCCCTATCTGGTGTATTTT AATTTGTTTGGATATTGTCCAAAGAATAGCAATTGGTTTCAGTGCTAGTTTATTTGCATTTCAGCTGGAGGGCAGTTGTATATGTGGGGCAAATTAAAGA ACAATGGTGATGACTGGATGTATCCTAAGCCCCTAATGGATTTAAGGTTGTGCTTTATTTCATGGTTTGAATAATAATTCCAAGCACATATCTCCGGCCT AATTATTTTTCTCTTTATTGGGTCTTGCTAACGAGTGCCCTAAAGCGACTCTTCAAGGAATCAAGAAAAAAGTTGTGTCAAGGGAAGCTGGGTATAATGT GTTTCAATGTATTTAATACATCATTTCCCATATACACTTTCTCATTGATTCCTTAAAGAGTGCCCTTAGGGCGCTTGTTAGCATCCTCCTTTTTAATTTG TTGGTTTTGATAAAATTATTCCATATTGACTTTGGTAAATAGTGGCTGGAACTTACGATGCATGGATTCAGGCGGTATGCACCATTTTGTTGGGGCTGAT TCCTCATGCATAAGCTGGGGCCAAGCTCAGAATGGAGAGCTGGGATATGGACCTATGGGACAAAAGTCATCAGCTCTACCTAAAAAAGTGGATATACTTG AGGGCATGCATGTTATGAGGTAGGTATTAAGAACCGGTTCCTCACCTCTTCTTTTTATCTATCTTGCTTCCTTCTGTGGATGTTAGGTTTTGTATATTCC ACTTAAATAAACATTTTTCTCCAGTCATAATCTGTTGGGTAAATTACAGTGACCTCCCCTAGGTTTAACTTATTTATGCATGACACCCTTCTTGTTTTAG AAATTACACTAACTTCCGTTAAAGTTTATGTTATCATTACACTAATGGGTGATATGATTAAAGTTGCATGGATGGGGATGTGGATTAGTGGATATAGTTT TTGAAACATGAGTACATTATGTAATTAAATCAAACTCTAAGGGAAGTCTGTAATGTCCCCTAATTTGTTTGTGGTAATAGCCAGAATGGTCATAGCAGCA CTAACTGATTATGGTTTGATTCAATAAATTTTATATAAAACAGAAACTACTTTTAAGTGATGTGGTAGCTTATGCAGAATTAGATTTTTATCTATTTACA AAGCAAAATGAGAAGTGATCTAAATATCTTTTCTTATTTGGAAGTGTTGCTTGTGGTATGGCCCACTCCATGGTTATTGTGGACAGAACAAATGTTGCTG AACGACTTGACCAGCTTGATGTATATGATGGAAAAGCTTTTGGTGAAGGGAATGCACCTGCAACCGAAACTCCAGTGCCTAAACAGACTGCAAAAAAGGG TGCAAAAGAAGCCAACAATTCAAAGAAGAGGAGAAAGGCAAAAGATTCATCGGAAGAGGATGAGGAAGAGGATGAAGATGTCGAAGAGAGTGACAATAGT GATGAGGATCAAGCCAATGGCGAGGCTAAGGTAAAAAGGGCAGGTAGAGGCCGAGGTAAGGCATCAACATCCAAAAAGTCAGGTACCGACGGAAAAGGTT CTGGCCGTGGGCGTGGTCGCCCTCCAGTAAGAAATAAGAGCAGTTCTAAGTCATCTCCAGTGAAATCAACTGGCAAGAGAGGAAGACCTCGCAAGTCGTC ATGACATGGTTTGTTGTTGGAAACTTTGTTCTCTATACCTATAGAGATTGTAACATTTTTAATCCATTGGCCGGTGATGTTAACTAGTATTTTAGTGTTA TTAAAAATCTTCTCCCTCAATTTAATGCATTTTTTTGGATAACATGTTTTGTGTAACTGTGTAAGGGAAAACTTCCATTGCCTCACTCTTTGGATATGCC TCTAAAAGATCTTACTAATGTACTGAACTGTTGACTCAATATTTGTTGAAGCTGGAGGATGATTAAATTTATTATTTTAATCTAAAAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_170605; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_407751
Blastp | Protein RCC2 from Homo with 39.15% of identity |
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Blastx | Protein RCC2 from Homo with 39.15% of identity |
Eggnog | regulator of chromosome condensation(COG5184) |
Kegg | Link to kegg annotations (55920) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019415445.1) |
Pfam | Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat (PF00415.17) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |