Id Trinity | TRINITY_DN49630_c3_g1_i2 |
---|---|
Name Transcript | Ll_transcript_416186 |
Sequence | TGCACATTTTTTATTTCTGAGTCTTCTTCTGAACGTTTCTTCTCTCTTTTCTGAAACCCGTTGGTTGAAAGTTGTTAGTGAATAATGGATTTTGATGCAG ATGATTTTTTCAGAGACGATGACGATGATCTTCATAATCAATTCTCTCTCGAAAAAGAAACAAGCAAAGAATTCGTGGTTTACCTAGTTGATGCTTCACC CAAAATGTTCACCACTACTTCTCCTTCGGAAGAAGAAGGAAAAGATGAAACTCATTTCCACATTGCTACCAGTTGTATTTCTCACTCATTGAAGTCTCAG ATCATTAACAGATCCTATGATGAAATTGCCATTTGCTTCTATAACACAAGGGAGAAGAAGAATATACAAGACTTAAATGGTGTTGTTGTATTTAATGTTG CCGAAAGAGAGTTTTTGGACAGGCCAAATGCCAGGCTCATTAAAGAATTTGACTCTATTGAGGAAACTTTTTCTAAAAACATTGGAAGCAAGCAAGGCAT CGTGTCTGCGACTCGAGAAAATTCCCTCTATAATGCTATCTGGGTAGCACAAGCACTTCTTCGTAAAGGGTCAGCAAAGACAGTAGATAAGCGCATGCTT TTGTTCACAAATGAAGATGATCCTTTTGGGAGTATGAATGGGGCTATAAAATCAGACATGACAAGAACGACACTGCAGAGAGCTAAAGATGCACAGGATC TTGGCATCTCTATTGAACTTCTTCCCTTGAGTTGCCCTGACGAAGTATTCAATGTTTCTCAATTCTATGCTGATTTGATTGGGCTGGAAGGAGATCATCT TGTTGACTTTATGCCATCAGCAGGAAACAAATTGGAGGATATGAAAGATCAGCTAAGAAAACGCATGTTTACAAAGCGCATAGTCAAAAGGATTAAATTT ATGATAGCGAATGGGATATCTATAGATCTGAATTCATATGCCTTAATTCGTCCCACTGTGCCGGGAGCAATCACATGGCTTGATTCTGTTACGAATCGTC CTTTGAAGAGTGAAAGAACTTTCATTTGTGCTGATACTGGTGCCCTGGTGGAAGAATCTTCTAGACGATTTCATCCATATAAAAAGTATTCGTTTTTCTA AGAAGATTGGACTTCGCTAATTATAGCAACCCTACTAAGTAGGCCATCACTTTGCTCTGACAATAGGAGTTTCTTGGATGTTGATTACATTGGGTTCTAT GTTGTGGGAAAATGTTCTCTATAAAAAGCAGGAAGTGAAATGACTTTATTAATTAGGAAATTCCTTTGAGTGATAATTCTTAGTCCGTTTCATTTTGGCA TTATGTTCTTGATAAGGTCTCTAAGAATTTGGATAATTGGAAGGGTGTTTTTTCTGGTTGGTCTACGGTCATATTATTATATTCTGTCCTGCTTGTTTAG TGACACCTTTTATTTCTTTTCCTCAGATAGTACTTGGAGAGAATCATAGGTTGGACAATTATTCTGGGTTTTCTGTGGTCATGGGTGAGGGTAACAATAG TGTCTTGTTATGGATAGATCTAGTTAGAATTTAGAAAATGTTTTTTTTTATTCTTACAAAAAGAAGCTAATGCTCTTTGGAATGGTTTGTTTGCATTTGT TGATGAAGTAGACTGACTACTCATAGGCAAGATTGGGGTATCAGGCTACAAATCAAACTTATGAGTTTGTTGAAGCCGAGTGCTTTATTGGACACTCACA TAAATTTGCTTGCTAACTACATCTGCCTGGGGGAATACCTCGAATGCCCTTATTCTAATTTTTGAAGTTGTGTTGTTTCCTTTTGTTTTTAGTTATGATG TAACATTTATTTGTGTATATTTTTCAGCCAGAATATTACATTTTCAATGAAGGAACTGATTGAAATTAAAAGAGTTTCTACTGGACATCTACATCTTTTA GGGTTCAAGCCACTAAATTGTTTGAGAGATTATCACAACCTGAGGCCATCAACTTTCCTTTACCCAAGTGATGAGGTTATTGTTCTTCTAGTCATCAATC AAACCATTGATTGCATTTTTAGTCATCAACAATTTTTGGTTTTAATTGCAGTTTGCCTACCTGGCACTGCTTTCTTATCCCATTCTTTTAATAGTTTAAT TTTGGTAACAAATCATAATTATACCACTTTAAGCTTCCTTCAAGTTATCGTTCCATGTTAAAGCATATGATATATCCAAATCATCAAATGAGTGCTTATA CTGTCCTAGTGTCCTATTGGACAATGAAAGTTACAAAGCTCATCAATAAAAATATCAGAAAATAATATGTCTTTTTAGGGTGAGACGCAACGCATCAGTA AGGTTGTTTCCTTGTAACTTGGAGGTTACAAGTTCAAATCCAGAAAGGCAGAGACACCTTTGCTAGTTTGCTTGCGAGGTGAGTTTGCATAAATTTCCCT GTCCAGACCTCACCATGTGAGAGCCTAATGCACTGGGCTTCCTTTGTCCATACTGTATCAGACATTCTAAACTGTGAGCACTTAATCCTTATGACAGTTT ACTTCAATACAGTTTTCTGTTGGTCTCATTAGTACAAAGGATTTTATAGTGATAATTCTTTTGTGTTCTTACTCTGATATTCTTTCAACTTTTTGTCCTT TGCTCATGTTCTTCTTTCACCAGTTCCTCTGCCCTCAGTTTAAAACTAACATAGATCCTTTTAATTTAGACATTTTAGAAACTTGTCTTGATTTATGGTC GAACCAAAAAACTAGTTGAAGGTGTTGATCATGTCTATCTTCCAATTTATGGTAGACAACATGAAGTGATATTCTTATATACTGACCTGTCTGTATTATG CAAAAAAATTGTGCAGTTAGTAATTGTTCCCAAGTGTATCTTATATGCTTCTCTTTTTTGTATTATTCTCTATTTATTATGTCCTTGTAATGTCTCATTT TGTTTTGCAGGGTATGGATGGTAGCATGTGTATCTTCGTTGCCCTCCATAGGTCCATGATACAGCTCAATCGGTATATTTGAAACTAAGGCTTTACATAT CTGTTGAAATTGTATATGTCTAGGATCGTAAAACAGCATTTACGGACACTAGACACTTATTGGAAGTTAAACGAAAAGGACTCCCCCTAATAGGGAACCA TAAGACAAACACATCTGAAAGAGATAACGGAAAAAATGAACCATCATATCTGTCCCAAAACCAACGAAGGAATTCCCCTCCCCAAAACCATATTTAACAA AACTTTCTGATCAAGCTTCCCAGATATCTGCATTCTCTTTTCTTTTCTCTATGAGGGGGATTTGTATAAAGCTGTAATCCATATCAAGTTAGGCAGTGTA TATTTACCAGACATAAAAAGATATCAAGGTCTTCTTACTAATTTAAATAACACATGTAGTATTGTAGGTTTTTTAATTTTAACATTGCTTATTGTTAAAT AGCTTTCTGATCAAAGTAATGCATGGTGTGTCTCAGTTTTGCGCTTGCATTTTATGGTAGTTCCTCTAGACCTCAAGTGGTTGCCCTTATTGCACAGGTA TGATATATTTACTGCTCGAATTTTTTCGTGTGATGATTAATAGTTGTTTTCTTGAATTCAAGAGCTTGCATGTAATGTTTTAATTCAGCAGACGTGTTTT TAAAGTTTGCTATGCTGCCAATGGTTGCTTATATCAATGTATTTGGATAATTTGTCTGTATGGCAGAGTTGGGTTAGGCTTTTTTGGGTTCTTATTTTAT AAAAGGGATTTGGTTGTTATGAATTAAATTTATGCTTTGAGCTTTCACAAACTTAAAATTTCAGTAGTAGTATATCAGTACTCTAATCAGGCATTGTGGT TTTGTCAGCTTGTTTTCATTAGTAAGTTTTAGTTAAATTGCAAGTCTATCAAGTAAATTGGAAATTTTGGATCTCTGTTGTGCTTTCATTTTATTTGAGT TTTTAACATTCTTAACTTGTGTCCATGATTGTAGGATGAGGTTATCCAATCAGGTGGTCAGATTGAGCCGCCTGGAATTCACATGATTTATCTTCCATAT TCTGATGACATCAGACTTATTGAAGAGGTAGGGGGCTGCAATTGTTGGACTAATGTTTAAACTTAAAATGTTATAGTATAGAATAAGCATACAGTTTTAA GTACGAAGTTATTGGTAAAAGGTGTGGAGGATTTTTTGCAGCGTTTTTCAGATTCTAGTGGGATGGTGCCTAAAGCAAGTGATGATCAAATAAAAAAGGC AGCTGATTTAATTAAGCGTATTGACTTGAAAGATTTTTCTGTATGCCAATTTGCCAACCCTGGTAAGCTTCTTCTCCTTCAGTGGCTCACCACCTCGGAA ATCTGAATGTTCTGTTTATACTTCTAGCAAGCTTCATTTTGGAATGCTGTATTGGTCTCAATGTTACAATGATATCATGTGATTCATAATAAACTACTCT TACCC BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_170952; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_416186
Blastp | ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70 from Arabidopsis with 70.87% of identity |
---|---|
Blastx | ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70 from Arabidopsis with 71.61% of identity |
Eggnog | X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6(ENOG410XNXU) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT1G16970) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019441578.1) |
Pfam | Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain (PF03731.14) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |