Ll_transcript_415293

• Id Trinity: TRINITY_DN49682_c4_g1_i12
• Name Transcript: Ll_transcript_415293
• Sequence: CATAAATTAGAATCATATTTGGGTTTCATTTTTATATTGGCTTAATTTAATTATCGAAAAATTCTAAGGTCAATAATCTATGGATATCGATAAAATTTTG GGTACTACCAAACCTGCAAGTTTTCCAAGGAAGAGTGCTATTTATGTGTGGGGATACAATCAATCTGGTCAGACAGGGAGAAAGGGGAAACAGGATCAGC TGAGGATTCCGAAGCAGCTGCCTCCTGAGCTGTTTGGATGTCCAGCTGGTTTTAATGCACGGTGGTTGGATGTTGCTTGTGGTCGTGAGCATACCGCAGC AATTGCTTCCGATGGCTCACTTTTTACATGGGGGGCTAATGACTATGGTCAATTGGGTGATGGAACTGAGGAGCGAAGGAAACATCCGAAGAAAGTAAAA CAACTAGGGTCGGAGTTTGTAAAATCTGTGTCCTGTGGAGCACATTGTTCTGCTTGCATTGCAGAACCTCGTGACAATGATGGTACTGTATCTACTGGGA GGCTCTGGGTTTGGGGACAAAATCAGGGATCAAATTTTCCTAGATTGTTCTGGGGGGCCTTCGAACCTAACACGGTTATTCATCAAGTGTCATGTGGAGC TGCCCATGTGGTTGCTTTGTCTGAGGCGGGCCTTCTACAAGCTTGGGGCGAGTCACTAATTGCTTCTCTTTATTTTCTTTCCAATGTTTTGTAACATCAA TGATTCATGATTGCCTTTTACGGAGTTGACATGGTTAAAGACCTTTAAATTTACAGAGCATTGAATGCAGTGAAGTAAACTTGAGCATTCACAAAGTAGG TTTCTTGCCACCTACTAATCGGACTTTTCTCACTGTTTCCATAAACCAGGATACAATGAGTGTGGCCAACTTGGCCGAGGTGTTACTTGTGAAGGACTTC AGGGGGCTCGTATTTTAAGTTCTTATGCTAAGTTCCTTGATGAAGCCCCCGAGCTTGTGAAGATTACCAAAGTGTCATGTGGGGAATACCACACAGCAGC CATTTCTGATAAGGGCGAGGTGTAAGTAATTTGAAGGACATTCTAGTTGGAGATAATCAGATAATTATAATTTTAAGCTTGAGAATTGTGGTTTTCCGCA TGACATTAGGGAATCTGACACCAGGAGACAATATGCAATGGAAATCCTGCATCTATTATGCAAGTTTCTATTCCCTTGGCTTGGTTATACAATAAAAAAA CTATAGTTGACTGTAGTTATATATTCCTAGAGCCAACAGGGTTATCTTCTAAGTTAAGTAACCGTAATATTATCTAGATTTTGTTTGAAAAAGTTTGCAA CAAGATTTTTTATTCTGTTGATAATTTGACATCCACATATGATTTATTGGTAAGTATTTATTTATTATTTTTCATTATAGAATGTTTGTTATGGTGTAAG ATAGTAGTTGCTGAAAACTGGGAGCTTAAAATATGTATGGTAACATTGCATCAGAAATAGGCATATGTTGTTTACGGTGGTTTCCACTCACCAAATTTGC TATTTTGTGTTTGTGATTTTTAATGAAAAAAGAATATGCACATATTATAGAGTGGATGACATCTTTTATTCTTATTGTTGAGACATGTAGACCTCAAGTT ACTTCTTTTCGTTTACCGAGGAATTATTTATTCCAGTTATATGTTAGGGATCCATAAGAATTAATAAATCATGACTACTTATGGTATTTAGCTTGTTGTG ATAATATTTCCTCACTTATTATATTTTCCGTTGGACCAGTTACACATGGGGGCTCGGAAATATGGGTCAACTTGGCCATTCTTCACTCCAGTATGGGGAT AAGGAGCTTCTCCCGAGGAGGGTGGTTTCCCTTGATGGTATTGTCATAAAAGATGTGGCATGTGGTGGTGTACATACTTGTGCTCTGAGTAAAGAAGGAG CACTTTATGCTTGTGGCGGTGGTCAATCTGGTCAGTTAGGCCTTGGCCCCCAAACTGGATTGTTCTCTTGTGTAGCTAATGATTCTCAGACATTTTTCCG AAACATTCCCATTTTAATTGTTCCAAAAGATGTGCAATTTGTTGCATGTGGACATTCCCATACTCTTATTTCTACGAAGGAAGGTCGAATTCATGGGTGG GGTTATAATAATTACGGCCAAGCAGCCAATGAGAAATGTACATATGCCTGGTATCCATCACCTGTTGACTGGTGCGTTGGGGAGATCCGAAAACTAGCTG CTGGTGGGGGCCATTCGGCTGTGTTGACCGATGCTTGTTCATTAAAGGAGCTGTGTGAGTTTGTTCTCGCAGATTGTATGACCTTATCAAATGCTGCTAA GGTCGAGGATATTGCTTCTAGAACTGGATCGGATGCTTTAGCACGCCTTTGCGGAAGACTCAGAGAGTATTTGCTTATTAATGGTGGTGATGATGAAGAG AACGTGGTCAGTAAAATCTGACAATATATGAAGTTAGTATTAATCACAATTTATTGTTGTAATGTAAATCTGTGTATTCAGAAGTTGTAACTATGTTATT ATTCTGTAACTAGTATCAATTGAATAAGGATTTGTACTTGACTATGTATAGACCATGAATATGCCAATATTGAATTTCAAACTTCTTTCTTTCTCTTTTT ATTTCGGGAATAAAGTATCTATCGGTATAAGGAGATATGTTATCTTCTCCTACTAGTGAAAT
• Tissue: pods
• Gene name: LI_gene_171350;
• Additional information: details;

Expression of Ll_transcript_415293

FPKM

• PAB: 0.7
• PNAB: 0.5
• PS1: 2.2
• PS2: 0.1
• PS3: 0.5
• PW1: 0.3
• PW2: 0.6
• PW3: 1

Labels

• PAB: abscising pods
• PNAB: non-abscising pods
• PS1: seeds stages 1-3
• PS2: seeds stages 4-6
• PS3: seeds stages 7-8
• PW1: pods wall stages 1-3
• PW2: pods wall stages 4-6
• PW3: pods wall stages 7-8

Annotations of Ll_transcript_415293

• Blastp: Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC4 from Mus with 38.61% of identity
• Blastx: RCC1 and BTB domain-containing protein 2 from Rattus with 30.17% of identity
• Eggnog: ubiquitin protein ligase(COG5021)
• Kegg: Link to kegg annotations (67345)
• CantataDB: -
• Mirbase: -
• Ncbi protein: Link to NCBI protein (XP_019456541.1)
• Pfam: Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat (PF00415.17)
• Rfam: -
• GO: Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology;