Id Trinity | TRINITY_DN49915_c1_g1_i4 |
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Name Transcript | Ll_transcript_457683 |
Sequence | CCCTGAACAGAGGTTCTCATTTCCCAACAACAATGGCGATTTCCCTAAATTTCTAAAACCCTAAAACCCTCTTTTTCTCTGAATTCGCCATGAACTTCGA TCCTTCCTCCGCTTCATCATCACAAGCTCTCAACACTATAAAGGAAATTTCATCTTCCTCGCGAAACATTCCTTCCGACAAGGACTTCAAATTATGCTAC ACCTCCGACGAGTTCAAACGCCCTATCGATGAAATCGCCAGAAAATCGAACTCAATGTTGCAAAAAATCGGCGCCGCGAAGCATATTTGGGGCTCGGAGG AAGCTGGTTTTCCCGTCGGAATCGACGACGCGTATGAATGGCTTGTTGATGTGAATCAAGAGGTTTTTGGACGGGTTGATGAGTCGATTAAGGAGTTGCA GAAGATTATGAAGTTTGAGGATGATGAAATGGAATTGGAAAATGGGAAGAAGAAAAAGATGAAGAAAGTGAAAGTGGAAACTAAGGATAAGGAGAAAGTT TCGTTTCATATATCGGCGATTGAGAAGCCTCAGAATAAGTATAACTTTTTGGTTAATAATGCAAACCAACCTTTTCAGCATGTTTGGTTGGAGAGGAGTG ATGATGATCAGAGGTTTATTCATCCATTGGTTGGTTTCACTGAACATGGATTTGTTGATATGTTATGTTGAAATTATGTTGCCTTTTGAGTTTTAACGAT TTTAATGTGTTGTTTTAATTTTAATTAATGTTTACTTTGCTAGTTTATCATTATAATGTTGGTGTTCTGGGAAACTCTTCCTGCATGTTTCTTTTTTTAT GTCTTTCTTCTTTTGCACTCTTTGTAATTCTTTCTCTACGTCTTGATTAAAAGGTTATTTAAAAATAATGGGTTCAGAGGTGGAAAAGTTTTTGGTATTT ATTTGTGAAGTTAATTCATGGTATAGGAAAATAAATGCATATTTCTAATGAGTTGGTCAAGCAAGTAAGCAACTTCTACTGGTGCCATGGTCGTATTGAT GTTTTGACTTCTTTTTTAGTTCTCTGGCATGTGTGATATAATGTTCAAATTGTTAACTGTTGATTTTGCTCTTTAAGATAGACTTCACTGTTCTTTGGTG TATAACTGTATTTGTCTGGAACTCTGGATAGGCCTCAATGGCTTCTTTTGTTAAAAAAATATTATTAGAATAGAAAGGCCTCAATGACTCGTTTTCTACC TTAGACATCATTTGGGATAGGGTTATACTGCATGCACACACACATGCTTACCGACATGTAAATGCAACATGAATGTCAGTACTATTTACTATCCATGATG TTGTTAGAAATTAAGAATTTGAATGGAAGGAAAATTGTGGTTTGATATGGACATTGTTTATCCTTGAATATACTTCTCCTTTCAATCAAGAGGAGATAAT GATGCAAGTTGAATGGGGTATGCCTTACTCCTCCTCCTGAACTTCACACTGACTGTTTTATCATTTTGCCACCCTTTTTATCCTTTTCAGTTGTAATATT GTATGTCCTTTAACAGTCGTGAGTCTTTGTGGATTTAACAAGCCTTAATGAAATTGTCTTTCTTACACATTAATTACGGAGTCCTTTTTTGGTATTAAAT CTTGATACTGGCAGAAGTACCCTTTTTGTTCTGAACTTGTTTTGCATTAGTAATCTACAGTTCTACTTTTATATTTCTTCCATTAGTATGAGTGTGTGAT AGCAAAAATTTTTCAGAATTTTGCTTGTGTTCAGTTGGGTTGTCTTTATTTTATCGTGTAATTAATTAATTATTTTTCAGGAGAAACTCTCTGTTTTAGA TTTTGTTGATAAAGATGTTGAGGATCTTGTGCCAATAGAACCCCCCTCATTAGAAAGCACCCCTTTCAAGCTTGTGGAAGAAGTCAAAGGATTGAAGGAG TTGGCTGCTAAGCTTCATTCCGTTAATGAATTTGCGGTGGATTTGGAACATAATCATTATCGGTCTTTTCAAGGTTTGACTTGCTTGATGCAAATCTCAA CAAGGACTGAAGATTTTATTGTAGATACCCTGAAGCTTCGCGTTCATGTTGGACCTTACCTGAGGGAACTCTTCAAGGATCCTACCAAGAAGAAAGTCAG ATGCTCATGATTGATGTTTCTTTTCATTCAACAGAGTTGTTTCTTTTCTCTTGATCATATTTATGGTTAATTAGGTCATGCATGGAGCAGATTCAGATAT TGTGTGGTTGCAACGAGATTTTGGCATTTACGTTTGTAATTTGTTTGACACTGGCCAGGTTTGTTTGAGAAGCTCTGGATATTCAATATTGAAGTTAATT CCCTGATTAATTATCAAGGAAAGAAAATTCTATAATGAAAAATATAGTTGTTATTCAATATTGTTTAAAATAATTGATCTGATCAGTCTTTGGGTGATAA GGTATGTCTGTTTGCTGCAGTCTTGTAGAAAATGCTTGAAATGCGCCCCATCATGATGTCCATGTGGCTTTGCTTTTGATTGAGCTTTTGCTTGCTATTC TGATTTAATGACTGTGGAGTTTCTGTAAAAAAATCTTTTCATTTTGGTATAACCGGAAAGCTTTCCAGGGTTTATATTTTCATGCAATGTATGTGTTGAT CTGTTCTGTGGCATTAGAAATGTTGAAACAAACTTTCAAGTTCTTCCGATGTAGATTGTCCTTGTCATAATCTATCCTGCATGCATGTTAGGAATTTATT TTATAATCTTGTTTTTTTATCAAACAAGACTAATATATATTTTTATTGCATTGTTCAGGCTTCAAGAGTGTTAAAATTGGAGAGATTTAGCTTGCAATAT CTTTTGCTTCACTATTGTGGGGTTACTGCAAACAAAGAATACCAGAAAGCAGATTGGAGACTACGGCCTCTACCCGATGTCATGCTGAGGTGCAATTTTT TCCAAGCGTGTCATATTTCATCCTTTTTTATTCTCGTGGTTGTTTCCTTTTCTTATCTTTTATTCTTTATTTACTACTGGCTTTTTAATGTGTATTTTAG CCTCGACTAATAATCGCAGGGTATATAACCTAGATTTCCGGGTATGGGTTTGATTGGTTATTTTAGTTACCATTTTCATCGTACATGGAAGCATTTCACT TAAGACTAAAGAATTTCATATATATTTAAGTAGAACCAGCCATGATCATACATATAGATACAGGAATATGTTTCATAATGAAGCTTCTATTCTTTAGGTA GCATCTTCAACACTCAAGGATTTGTGAGCTAGTGGCTTGGATGTGAGCATCCGAGTTAACTAAGAGGTTTTGTTCATATGGGGTTCTATTCTGAAAAGTT ATGACAATTTGTCATTCATATGGGATTCATTCTCATTCTAGAAAAGTTAGTAAATAATTTCCTTGTAACAACTTGGCTGCTTGCTAATAATGAAGTCACC ATGATGGATATGAAATGGGAATCATGGGGTGTGACTTGTGAGAAAGGAATATGTGGATTATGGAAATAAAGTATATTTGTGCTTATGGAAATTAGTTGTA AGATGTATGTTGAGTATTAATTAAAATATATTTTGTTATTTCTATTTGAAATTTGGACTACTTGACTATCAAGTTGGGTTATTTTTTATTGATAGTAGAG TTTCACTGTTTACTTGTTCTCTTAGATACTGAGCCTATGTATTGGAAATATGATTACTATTTAGTTATTTCTGATTCCCTCCTTTCCATCTTTAGACTTT CCTTCCGTAATCTTTCTTCCTAGTGTCTTTTCCTTTTCCTCTACTGTGTCTATTTGACCCAAGGCACATCTTACATTGGATTATTTTCAGAATTATACCT ACAGTGTGAAAAAAATGGACTAGTTACAAGAATTGGTGATTTCTACTGTTATAACAAATCTCTGTATAAATTATAATTCCTCCTTGTCTCTCTTCCCTTA ATAAAATGAAAAACCAGAACAGTAGTCGAACATTTGAGCTCGTTCTTTTTTATTCATTTGTGAGTTTTGATTGTAAGCCTAAGGTCTTATGCGGTAATTG ATTGTTAGAGGGTGAGCCTCGGCACAACGGTAAGGTTGCTTGCCTTGTGACTGGAAGGTCATAGGTTCTAAACCCGG BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_173247; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_457683
Blastp | Protein RRP6-like 2 from Arabidopsis with 43% of identity |
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Blastx | Protein RRP6-like 2 from Arabidopsis with 78.3% of identity |
Eggnog | Exonuclease involved in the 3' processing of various precursor tRNAs. Initiates hydrolysis at the 3'-terminus of an RNA molecule and releases 5'-mononucleotides (By similarity)(COG0349) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT5G35910) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019458438.1) |
Pfam | - |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |