Id Trinity | TRINITY_DN50275_c2_g2_i8 |
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Name Transcript | Ll_transcript_497937 |
Sequence | AGGTAATATATTAGTTAAGAAATAAGTTTAAAACACATTTGTAACTAAAATGTAGTTATTATATAAAATAAAAAAAAATAAAAAATAGTTGTAAGTTGTA ACCCACGAGGCATAAACATAAAGAGCCGGAGAATGAAATGAATGACGGCAAAGGAAGGTTGTGACTCCGTCGAGTGATCCTGATCGTCCATTTTATCACC CTCCAACACAAGATCCAATTCCGATCTGAGCTGCTGCTGATTAATCCCGAACCCTAATTACTGGATAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTA CTAGTACTAGTAGTATGAGGAAGAGTCTTTCTCGTAATTCTACTGGTAGTACTAATAATAATAATAATAATATTAAGGTTGCATCTTCCAATGCATTAAG GCTATCCTCACCTCAACATTCTCTTAGACGATTGGGTTTCTGTTCCCAAATAGCAACCGCAGGGGAGCACGCTTCCCCTATTATCTTCCCGGAAAAGCGC GGCGCCAAATTCAAGGCTGCGAATGACCACGATATAGACACAACGAAGAATTTTGAGTATAGGATTGATGTCGGGGATGAGAAGTCGGATTTATTAGGAT ATGTTGTTCTCTCTGGAAAACTTGTTTTGGATAAGAGAAAGGTTACGCCCGTCGATACCAACAACAGCCAACAAACCTCTTCCGGTATTCCTAACAATCA ACAAGCTGTAGATGCCAAACTAACGAGCAAGGCTTTAGTTTGGGGATCTCATCTGCTCCACCTTGACGATGTTATCTCGGTTTCTTATAATGTGGGTCTC AGACATTTTACAGTGCACTCGTACCCACTGAAAAAGCCTCCATGCACTCTTTCTTGTTTTATAAAATCACGAAGAAGTCGTAAGGACTTTCGCTTTGTGG CTTCTACTGTCGAAGAGGCAGTTCAATGGGTTGGTGGATTTGCAGATCAACAGTGTTTCGTCAACTGTCTTCCCCACCCTCTAGTGTCTTCCAAGAAGCA AGCATCCTCCGAATTGCTTCCTACCGATACCCCTCCTGAGTTGCTCTTCAGATGTAAAACTCCGCCTAAGATGCTTGTCATTTTAAACCCACGTTCAGGT CGAGGTCGTTCAATTAAAGTTTTCCATGGCATTGTCGAACCAATGTTTAAGCTTGCTGGGTTCAGATTGGAGGTAGTCAAAACGACATCTGCTGGGCATG CTAAAAATCTTGCGTCAACAGTGGACATTAGCACTTGCCCTGATGGAATTATATGTGTTGGCGGTGATGGGATAATCAATGAGGTAGTCAATAGCGTGCA TAGCAGAATGTAGCAGGTTTTTGGCCATTCCCCGCAACGCCACGGTGGATAGTGGTGCAAATGGCCGTAGTGCCTGTGGCTGGTCAAATAGTGGCAGAAT TGTGGTTCAAATGAAAATTGCGGGTCATGACCCGCTACATGTTTTGCTGCGAGTGGAACCCTAATTTTAGAGGGAAAAATATTTTTTGCCCCTTTTTAAT ATGTGACAAGTTTTTTCCCTTGGGTTTTAGGTAATTTAACCTCCCCCTTTTTTCCCTTCCACATAACACGTTGATTTTTCTAGGCCACATGATTTTTAAT CGGCTCTACCTTTCTTCTTTCTTCTTCCTAACTCTAGTATACATGTTTGGTTGCTTACTCATTCTTCACCAACATAGAACAAAACTACAAAGCTTTCTAA TTTGCAAACATGCCTTGTCTTAACTCTGCAGGATTTGTCCTTGGCCCCTAATTGTTTGCTCCATCATCTCTATTGATTCTCTTATCAAACTAATTGAATC CGTTTTTGACATCATCTTCGCATGGTTCAATTTCATGAGATACAACACTGTTATGACCTCTAACTTCGATCACATCTAGAATTTGTAATACTCATAATAT TTTATCTTGATTATTAATTAGGAATCTGTCTTTAATATGATATATTTTAGTATTTTTGTATATTTGTATGTTAGACTATAAATTACTTATATATATTTTT CTTAGCTGTAGCGATTGTCCTGCTACCCACTATCCTGCTTTAGTGTTTTTGGGGTCGGCTATGCTTCGCTATCCGTAATTGACTACCTTGTATAGTTATT GTAGGAGCTGGTTCATAATCACACACCAAGTATTGAAACTGATATATTTATCCCCTCTCTTGAACCAATAGCAGGCCAATATTGGATCAGTGGGGTTTAC TATGAGGCAATGGAAACAAAAAAATGAAGATAATCCTTCTTCCCTAATTCCCTCAATGATCTCATTTTTGCCTTTATTTTCTCTCTTCTCTCCTATCTAC AAAGACCATAACAAAATTTCTCCCCTGTCCACAACTCTGCAAAGGTGGAAGCTGTGGTCACAATGCGTCCTTTGCCCAATTGGGCCTTTGATTCATCATG GATCATATTCCCTTTTCACACATATGCATTAGTGCTAGGAGACTTGCTAACATTTTTTAGGGGGACAAAAGTGGAGTTAATAATCTAAGTGGGTTAACAG AATAAGTTACTCAAACTGTTGAAGAGTTGTCTCAAGGTTTCATATTTATTTTTTATTGGATTGTTGTTTGTTCTTTTATTATTTTCCTCCAGCATTTCCT TTTATAGAAAAAAAATAATTAATAATGGCCTAGTTATATGGTATGGTTGATTTGCAGGTCCTTAATGGTCTTCTTAGTAGAGAAAACCAAAAGGAAGGAA TATCTATACCTATTGGAATTATACCAGCTGGTTCTGATAACTCATTGGTATGGACTGTTCTTGGAGTTAGAGATCCAGTTTCTGCAGCAATGGCAATTGT AAAGGGGGGCCTTACTGCTACAGATGTTTTTGCTGTTGAATGGATTCAGACTAATAAAGTTCACTTTGGATTAACAGTTTCATATTATGGTTTTGTTAGT GATGGTAAGTCAATGCTATGCCTAAAATTCTTAAATTCGGACTTCATATCATTATTGAATGCAGTCCATCTGTTATTACTTAAAAAAGGGAAAGCTCTTG GTCTTTACCTCATGGGATCATTGCTTCTTCTTGAGCAATTGTATTTTAATACCTTTTGCAGAACCTGCTGGTCTTAAGAGTATGTGGCTATGCTTAATTT TTAGTTATATGTTATATGATTAAATTGGAGTGTTTTTCTCTTTAGGAACATATTGGAACTTTTAGAAATTAATAGGGCGAATATTCCATTTTATAAAAAA AGTAGTCATTATACCAAATTATATATGCAATACAAGTTGCTTTTATGTGTTGGGGATGCGGGGTGAAGAGATTGAGTGCTAGGAAGAAAGGAGGGGTTTA AATGATGCATTTGAGGTGGATGGATCTCTTTGTAGATTTAACAGTGGGTACTTGGTAGCTGAAAAAAGAAGAAAAAAATAAGAAAGGTAAAGAAAAGAAA AAGCTAATGGAACAATATATAACCTTTATTTAACAGTTGAGGATAGTTGATAAATTCAGTCACACAATTATTAAGGTCCACTTCTGAATGGTTGTTAAGT GCTTATGCATTTTTCGTAATGTAGTGTTGGAACTTTCTGAAAAATATCAGAAGCGGTATGGTCCACTGCGCTATTTTGTTGCTGGATTTCTGAAGTTCTT ATGCTTACCGCAGTACAGCTATGAAGTTGAATATCTTCCAGCATCAAAAACTGAGAGAGGAGGAAATCTTTCAGTTGAAAGTGAAGTGGTTGACATGTCA GATCTTTATACCAACATCATGAATAGATCAAATAAGGATGGGCTGCCCAGAGCATCTAGTCTTTCCAGTATCGACTCAATAATGACTCCAAGTCGTATGT CTGGTGGAGACCTGGATACCTGCACTAGTACTCATGCTAGCACCGAACCTTCTGAATTGGTGCGTGGTTTAGATCCGAAGTCAAAACGCCTATCATCTGG AAGGGTCAATGTAACAGCAGAGCCAGAGGTCATCCATCCACAGCTGCCTCTGTCAACAACTCCAAACTGGCCAAGGACCAGATCTAAGTCAAGGAATGAT AAAGGATGGAGTGGATTGACCACCACACATGATACCTCTAGATGGGGCAATACTGCAGCAAATGATAGAGAGGATATCTCATCAACACTTTCTGATCCAG GTCCTATCTGGGATGCTGAACCAAAGTGGGATGGTGAGGCTAATTGGGATGTGGAAAACCCAATTGAGTTGCCAGGTCCCCCAGATGATGCAGCAGTAGG ATCCACAAAGGAAGTTGTGCCTCGTTTTGGAGACAAATGGATTGTTTCAAAGGGACACTTTGTTGGCATTCTGATTTGCAACCATGCATGCCGAACAGTT CAGAGCTCTCAGGTGGTCGCTCCCAAAGCTGAGTATGATGATAACACTCTAGATTTGATATTGGTTCATGGAAGTGGTAGGCTGAAGCTGTTGAGATTTT TCTTACTTCTGCAGATGGGTCGACATCTGTCACTTCCATATGTTGAATATGTCAAGGTAAAGTCTGTGAGGATCAAGCCTGGGAAGCATACTCACAATGG ATGTGGTATTGACGGTGAGCTTTTCCCACTCACTGGACAAGTAATTTCTTCTTTGCTTCAAGAACAGTGCAGGCTTATTGGCCGTTCTAGTATATGATGA TAACTGTGAGCGAGTTCTTTTGATTCTTTATGATGGATTCTGGGGAATCTCATGTACCTACCTTCTCCTCATATATATGAATTCAGACACCCAACTTGTC TTGTCAACTTGTTGCTTTTAACAGCTGAGCTTTGTAAATCCTTTGTTCCGGTTATATGTATCTCTTGTTGCTTGCTTATCTGTTTTGTTTATTTGTTTTG GAAAGAAGAAAAAAAACATTGCACAACCAACTGATTTGGTATTGAGGGATGTAATTATGTGCTCTTGTTTATTCTGATATCCATCTATAATTTCAAGTTC ACGTTGCTTGGAAGTTGAGAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_175959; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_497937
Blastp | Sphingoid long-chain bases kinase 1 from Arabidopsis with 71.7% of identity |
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Blastx | Sphingoid long-chain bases kinase 1 from Arabidopsis with 70.34% of identity |
Eggnog | diacylglycerol kinase(COG1597) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT5G23450) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019452862.1) |
Pfam | - |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |