Id Trinity | TRINITY_DN50411_c0_g1_i5 |
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Name Transcript | Ll_transcript_345195 |
Sequence | GCCAGTTTAAGAAAGCTGTGAAAAAATGATATCTAAATTAATTAATAAGCTGAATAAGGAAATTAGTTAGTGAGATTCAAAAATAATAAAATCTAAGCTT TTATTATTATCATATATTGCAGGTAGATAGAGAGAGAGAGAGGGTGTAAACGCGTATAGCAGTTGAGAAACAGTGATAGATAGATCTGTTTTGGCTTTTG AGAATAAGAAATAATCACAACCGATGGGAGAGGTGGCGCGTGGAGGTGGTTGCGCTCCGATGGATCTCTTCCGTTCCGAGTCGATGCAACTCGTTCAACT CATCATTCCAATCGAATCCGCTCATCTCACCGTTTCTTATCTCGGTGACCTTGGCCTCCTTCAATTCAAAGATCTTAATACAGACAAAAGCCCTTTTCAA CGGACTTATGCTGCTCAGATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTAAATTACGTTTTTTCAAGGAGCAAATGTTGAAGGCAGATGTTTTACCAGTACATT CTACAACAGTGGTTGATGTGAACATTGATGATCTTGAGGTAAAACTTGCTGAAATTGAGTCAGAGTTAACCGAGATGAATGCAAATGGCGAAAAGTTGCA ACGCTCTTACAATGAACTTGTGGAGTATAAGCTTGTTCTGGAGAAGGCTGGTGAATTTTTCCACACTGCTCAAAGCCGTGCCATAGAGCAGCAGAGAGAA AATGAATCACGCCAACTGGTTGATGAATCTTTGGAAACACCTTTATTGCAAGACCAAGAATTGGTAGGTGATTCATCGAAGCAAGTTAAATTGGGCTTTT TAGCTGGTCTTGTTGCCAGGGAAAAGTCTGTGGCATTTGAGAGAATTTTATTTCGTGCCACCAGAGGCAATGTGTTTTTGAGGCAGTCTGCTGTTGAGAA TCCTGTCACAGATCCGGTTACTGGAGAAAAGGTGCTTCCGCCCCCCATTTATTTCACATAAAATCAGGAAATAATAAGTTGTGCAGATGTAGGCCATCCT TAATGCTTATAGATTAACACTTTCATTATACCTTATAGACGGTTCATATTAACATCTTGTCTGGGGGTATGTTAGTCTGGATGCCTCCGATAAGCATAGG GAATATGTTATCTTGGTCAAGCTATTTAGGTTCAACATAGAAATTGAATAGGGGATGAAGTTCATACAGATCACAGGTAGCCTTGTCCTTCTATGACATG GTGCATTGAAAGTGTCCTCAGTTAATAGTGATGTTTCTTTTCAAATATGAACAGGGGGTGAAGTTCTTTAGCTGTATTATGTCTAGGATATTCCATCTTA TTTTGACTGTTCTGTCAATACTAACATATTATCCGGGCCTGTTGGCATTAGCAAATGAAAAAGTACACGATCATTGAGTGATAAACTTTCTATCTCTAAT TATATTGGAAGGCTTGCTACATCTTTTATTATATTTCTAATATGTTCAGTACTTTACCTATGCATCTGGTCTCTATTGAAGATACAAACAACATTTTGCA TTTTTGCCTGTTGCAATATTTTCTTCTGGTTTGTATTCTATGGTCATTGGTGAATGTTAATCTGCAGACTGAGAAAAATGTATTTGTGGTCTTCTATGCT GCCGAAAAAGCGAAATCCAAGATTCTGAAAATATGTGACGCCTTTGGCGCTAATCGTTACCCTTTTGCAGAGGATGTTGGAAAACAAACTGAAATGATAA AAGAGGTATCCCGAAGAATTTTAGAATTGAAGACAACAATAGATGCTGGACTGCTGCATCGGGCTACCTTGCTACAGACTATTGGTGATCAATTTGAGCA ATGGAATCTTTTGGTGAGGAAGGAGAAATCTATTTACCATACCCTGAACATGCTAAGCCTTGATGTGACGAAAAAATGTCTTGTGGCTGAAGGGTGGAGT CCTGTTTTTGCAACAAAGCAGATCCAAGATGCCTTACACCGGGCAGCAATTGACGCTAACTCTCAAGTTAGTGCCATTTTGCAAGTTCTGCATACTAGAG AGTTGCCACCTACATATTTCCGTACAAACAAATTTACTTCCTCATTTCAAGGAATTATTGATTCATATGGGGTTGCGAAGTATCAAGAGGCAAATCCTAC TGTGTACACTGTAGTTACCTTTCCATTTCTTTTTGCTGTTATGTTTGGTGATTGGGGACATGGAATATGTATACTACTGGCTGCTCTATATTTCATAATT CGGGAGAAGAAACTTTCTAGCCAGGTAACCTTTTATTTTACAATGAAAATTCTTCCTTCTATGAAAGTATTAAAAAGAAATGTTATATTTTGATGGGAAA AGTTAGATTGATTTTCTCTACTTTTTGTCTAAAATGTCTTATTAGATGTCTCATGCTATATATGCATGATAGATCTATATGCAGGAACATATTTAGACCA TGTTGGTAAATAATCTTGGTATTTTGACAAGGTTAGAATCCTTATGGATTAATGAAAACCTTTGGAAATCTTTTGTGGTAACAGTTCTTTATGGCAACCA CAGAACTCTTCCATAGCATATTCAGTAATTTAATAATTTTCAAAGGTTCATATTGCTGCCTGATAAGTGAGACAATTTTCAAGTGTGTGGAACACTGCTC TTTTCAACACCATGCACCAAGAGTGCTTGAATTCATTGAAATCAGTGGTTTTTGTTACTGTAAAAAGGCCATATTTTTTGTGTATTAGTTTAGATGGTCA CCCTCCCTATTGAATTTTGTAATTGTTGCAAAATGCAACAGACTTACCAACTAAGGCAACTGGCACCTTTGTCCATATTCCATTGTTGCTATTAACCAGA TGATGAAAAAAGTCTGTAAAATCTGTTGATTGACATTTGACAGTTCGTTTGCCATCAATTTCTGCCCAGTAGTGTTTTATTTTTGTTCCTCTTGCATAAA TATATTTCAAGGCCTTTTTTGTTTATAAAAACAGTTTTCTAACATTAAATCTTTTGGTGATAAACAGAAGCTTGATGACATCACAGACATGACTTTTGGA GGACGTTATGTTATTTTAATGATGGCAATCTTTTCAATCTACACTGGTTTCATATATAATGAGTTCTTCTCTGTCTCATTTGAAATCTTTGGTCCTTCTG CCTATGAATGTCGTGATCTGTCTTGCACGGAAGCTACAACAGTGGGCCTGATAAAAGCGCGTCGTACTTACCCATTTGGTGTGGATCCTGTATGGCATGG TTCACGAAGTGAATTACCATTTCTAAACTCCTTGAAAATGAAAATGTCCATTCTTCTTGGGGTTGCTCAAATGAACCTTGGAATTATAATGAGCTTTTGT AATGCTAAATTCTTTAAGAACAGCGTAAATGTATGGTTCCAGTTTGTTCCCCAGATAATATTTCTCAACGGTCTATTTGGCTACCTATCCCTTCTTATTA TTGTGAAGTGGTGCACTGGTTCTCAAGCTGATTTGTATCATATATTGATCTACATGTTCCTGAGCCCGACAGATGATTTGGGTGAAAACCAACTCTTCGT TGGTCAGAAATATCTGCAGATTACACTTTTGATTCTGGCCTTTATCGCTGTGCCTTGGATGCTGATCCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAA AATAGGCACGGGGTTGAATCTTATGCACCACTTCAAACGACAGAGGAAAGCTTGCAAGTAGAGTCAACTCATGATTCCCATGGTCATGAGGAATTTGAGT TCAGTGAAGTCTTTGTACATCAACTCATACACACCATAGAGTTCGTACTTGGAGCAGTTTCTAATACAGCTTCTTACCTTCGTCTATGGGCCCTTAGGTA TGTCTCTGAAATTTTCCATACAAGCATACACTGCCAAATGCTCTCTATTATAAAATAGCAGCTTCCCCCAGCTCACAAAAAAATAGTAATAATAATCAAA TGCTTTTTGGGGTAAGTGAGGCAATTGTTTATTTTAATAATAGTGCTTGAGTTATGCAATAGGTATGAGGGTGTGAACCTTAGTCATGCCTTTTATTAAA TTACAGTGATCCATTTACTGATACTTTTTTCTTTTTATTTACTCAGTCTTGCTCATTCAGAGTTATCAACTGTGTTCTATGAGAAGGTTCTTCTAATGGC ATATGGGTACAATAATGTGGCTATCCTGATAGTTGGTCTGATTGTGTTCATTTTCGCTACCGTTGGAGTGTTGCTTGTGATGGAAACATTGAGTGCCTTC TTGCATGCTTTACGTCTTCACTGGGTGGAGTTCCAGAACAAGTTTTATGAAGGAGATGGTTACAAGTTCCACCCTTTCTCCTTCTTATTGGTAGAAGATG AGGATGAGTGAATAAGGTGTTGTATTGTTATGTTACTACCTTTGCACCTTTACTTATTATTTCGTATGCGGGGTGTAATGGTGGAATTCTTGGAGCTTTT TGGTCCAACACCATTCCGTATCTTATTTATTTATGCATTTGGGTGGGGAAATAAATATTATATTATGATATTCTAGGCTGGCATGGCATGGCAGTGTAAT AACTACAATATAACTTAATATTTATGTGCTTTTTGCCTTAAAAAATTGATCGATATTTAATATGCTGGTATCATAAGATGCATGCTTTTGTCATAAAAAA GTTGATCTAGTCGTGTCCGTCTATCAACGTGTGGCATCAGCAGTGCCCCTCTTTTATGTACAAAATATA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_177010; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_345195
Blastp | V-type proton ATPase subunit a3 from Arabidopsis with 69.03% of identity |
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Blastx | V-type proton ATPase subunit a2 from Arabidopsis with 78.7% of identity |
Eggnog | ATPase 116 kDa subunit(COG1269) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT4G39080) |
CantataDB | Link to cantataDB annotations (CNT0001114) |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019454213.1) |
Pfam | V-type ATPase 116kDa subunit family (PF01496.18) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |