Id Trinity | TRINITY_DN50554_c0_g1_i10 |
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Name Transcript | Ll_transcript_403664 |
Sequence | GCTTATAAAATAAGTAAATGATTCTTTAATTCTTTTATCATATATATGTAAATGATTAATAAATTAATGATTAATAAATTATCTACATATAAAATATTTC ATATGTCAAATTACATGCTCATATTAATAAGTAAAAATAAGAAGAGTTTATAAAAATAGGTATGCATTATCTTTAATCGGGTCTAAGGTTGGGTTCCGGT TCAAAAACTGGCCCAACCGACATGTGGGGTCGTGTTAGCCTTTTAGTTCAAGAAAAAAACAATTTGACTGATATTTATGATCGGGTAAGGGACAAGCCTC ACTCGGTCCAATCTCACTGAGCTCACCCCCACTCAAGGGGGTCTTTATAAATGATAATCAATCCTTGCTTTTCTACATGTCTATTTAGTTCCTTCATAAT CATACTTTGCAAAGTATGACGCATGCTAGTCGGTAGTCTTATCCCTACCAAGGTGAACTCTGAATATATGCAATTAACTTGAGAGTTAAAAACTACAAAC AAAAAAAACACATCAATATATAACTATCTCATAGAGGACTTGTTTAGTGGTAATTTAGTAAAAGAAAAATGATGGACATCAAAGAATATTAAAGATTTTT ATATATTAATGTAGAGTTTATATATTCACTATATATATATATAAATCAATTAAAGTTGAACAAATAATCATAGGTAGATTCTCTCGAGGAGTGTGCAATG TTGTGCTGGTTCAAATCTTAAAACTCTAGGGTTAGTCTAACATACCAGAAAATGTTTGCCTAATAAATATATTCAAAGAGGAGTTTAATGTAAGAGAAAA AATATATATTCTTATGGTAAATAAATTTTATGCATTGTTACTGCATCATCTACCATTTAGGTTTAATTATCATTTACTTTTAAAAAAAATAATATAAATG AATGGTAAATAATATATCGAGTGTAAATAAGTTTTTACACTGACAGTATATATATATTTCATTTCTTAATATAAATGTTGTGTAAAGTATTGAGTACTTT TATTTAAAAATCCATTCTGAAATCTGAATCAATGAATAGTGATTGATAACATACGTTAACATAAAAAACTTTGCCCACTCTATTTTCTAATTGCGAATGA GGGTCTTATACTATATTTAGCGTGGATGTGGTCCTATTTGTATAGAATAATAATGTTTGGACCAAGTAGGATTGAATGTGTTTTATTTGGGTTGCTTAGC CCACTAATGAGGCTTTCTATTAAGTGTCACGGTGAAGACTTGCGTGTTACAGGGGGAGCGAAACCAGATGGTTGTGTGGTCATACCCGCCAACAGCAAGG CAACTGGCGGCCACCGTTACCGTGTTTGTGATTGGAGCTTCGCTCATCAGCGTAGGAGCTTATCTCTCGTACGCTAATATTGCTCCTCAGCAGGCTCGTG CAAAATCTCGCAGTGAAGCAATTAAAAAGCAACTCAGAAAGTTCCTCGATGATTGATGATGGTAATTTATGTAATTTCTGGGCTTACGTGCAATGGAAAC GTTTCAGCTGTGTTATCTTTTTATTTTAGCCACTCATAGTTTTGGATTTGCTGATTTATACTCAACTAGTATTGAAGCTCTTACCACTATTAATTTTCAA TTTGTATCCTATTATTAGTTAAATCATATTATATTCCATTTTAGAGGTTTATATTAAGTTTCAATTATGTGTTGTTTTTTGTTTTTAATTTTGGATTGGG ATATGATAGCAAATAATATTATTAGGGTGACATAGGATAGTGTTGAACTGTTGTTTTTGACTTGACCGCTTAATTAAGTGTTGAAGTTTTATTTTGGAGA AAATTGAGGATGTGAGTTTGTTGATAATGATGAAGGAATAAAAGACTTTCCATTTATCATTGTATTTTATTGATTTAGTTTGGTGTAATGTGGTTCTTTA GTCTTTGGCTGGTTTAAAATTTTACTTGATTGGAAGCCTTGTTGAACAAGTGTGATGGTCAAGGTTTGATTTGTTTGTTTGTACGTAGTGTTGGTGTTAT AACCTGTTTTTAGTTGTGATTTATTTTATAGCTTACTCAATTTATTCTATAATATTGTGCTGCATTGCACATTAGCAGTATCCTAATACAATCACAGTTG GCATATTCAAGTGACAAAGGTCCCTAGCATTATTTGTATATAGAGAGAATTTGCTAACTTTGGTGAAGTAGAATTTTAGAAGTAGGTTATCACAGTACAC CAAAACTTTTACACAAAAATAACCTTCCTACTCTAGTTGCAATAGGTTATAGTAACAAGGGTATTTTCATAATTTGCATTTACAAACAAAAAAATTTACC TCCTCTAACCCTCTTTCCCCTCCCCTCGTCACTGGACAACTGTAAAAAAGGATCTTGAGGTACTTGCAAGGGTCTATCACTCTTGGACTGCTTCTCAAAC CAGCTAATCCTAACTCATCTCTGCTTATCACAGCTTTTTGTGATGTTGACTGGGCCTCTAACCCAGATGACAGGAAATCTATCTCAGGGGCTTGTCTCAT TGTAGGCCCAAATATTGTTACTTGGTGGTCTAAAAAGCAGCAAACTGTTTCAAGATCAAGTACTGAGGAAGAGTACAGAAGCTTAGCACTAGCTGCTCAG GAACTTATTTGGATTGAATCTCTTTTATCTGAATTAAAGTTTCCTCATCAGTCACCTCTTATTCTGTGTGACAATCTCAGTACTGTGGCCATGCCACACA ATCCTGTCCTTCATCACAGAACAAAACACATTGAATTGGACCTATTCTTTGTAAGAGATAGAGTCCAATCCAAATTTTTGCAAGTCAAACATGTACCATC TGAAATGCAGACAGGAGATGCACTGACTAAACCTCTCTCTAACACAAGGTTTATGGCTATAAGGAAGCTACTTCAAGTGGTTGAAAGGTTTTCAACTCAC CCACAGCTTCAGGGGGAATATAAAGATATATTGTTATGTTATTCTTTTGTTTAGCTTCTTGTAATAAAACTAATCCTAGTTGATCAGTTTGTTCTTTTTA GTTGCTTAATTAGCTAGTACAGTTAATGGCAGTTAGTGACAGTTACATTTAGTTTAATTCAGTTTGCTATAAATAGAAGCTAGGTATTCCCCTGTAATTG TAATCTGAAAAACTGAATCAATTCAATAACAGAGATCAGTTTTCTCTTTCCTTCTCCATCATTTTCTTTTCTTTACAAACCCTAGTCCATGAACTTTGGA TAGATCTTTCTTTTTATCTCCGACATCTATCTTGAACTTCTAAGAGCGACTGTTTTTTGTTTGAATTGGTGAAACAAACAGTGTTGTCTTTCAGTTGAGT TTTGGTTTTCTGTTCTCAGAAAGCACGCCCAAGAATGTCCATGGTCCTTTTAGGAGCTAGACATTGGTGACTTTTGGCAGTTTTATTTCTTTTCTTGAGC TGCACTTTGCTGACTCTATTTTTGGTTTCACTTGAACTTCGCAATAAAAACATTCTTACCCTTCTCATTCTTCTGAGCCTTTTTTTTCCATCAGTGCGTC GCTTCTTTGGGAAGACCTAAACTGGCAATGAGATTTTCAAGGCCATCTCCTGTGACTCGTCTAATGTTATTTGCTATATTTAGTTTGGTAGCAGATTCTT GTTGTGCTGACAGTTTTGTTCATGGATCTTATGCTGCATTTTTCTTTGACTTTACTTTTCGTTCAGGATATGCTTAACTTAATCAGTCATGTTAGGTATC AAGGCCATACAAAATAGCTGAATTCGAGATTATATTTGGGGAGGGCGTCAGTAAACTGGGTTGCATTTTAGATTGTGCAGAAATGATGGATGTTGTCTTA AAGAAAGGCTCTTGGTATAGCTATGGGGACCATCGGTTGGGGCAGGGAAGAGAAAAAGCAATACAGTATCTGAAGGAGAACACGCATCTTTTAGAAGAAA TTGAAAAGGTAGTTCGATCATCCTTGTTAGATGGAACCAACCAAACAAGCCATGCATACACGAAGAATAGTCCAGTACTCTATCAAGATGATGATATTTT TAAGGAAAGTCAATGATAACCAAGCAAATTCTTGTCATGTCTGACTAGCTTGGGAGAAACACTGTGAGCAGATAAAGCTGGAAAAATGCTTTCTTCACGA CAAATGAAGATGGGGTTGGCTTTGATCATTAGACCATTTTTTTTGGTTCATCCTGTTCCATTGGTAAATGTTAATGAGAAGCATGAAAAATACAGAAAAG GGTTCAATGTGTGTCAATCAAGGCATCTTGATTTCTATATTTGGTTCCTATTTACTGCCATAATTGTTTCTTATTGCATGCATTTTCTGTTAGTTTTTCC CCTTCTTTTGATCTTGTTAGTTGGGTGAGCCTACAATTGTTGAAGCTAGACCCAACACAGCTACAAAAACTGTCGTTCAGATACTCCCAGAGTTCCAGTA ATCGGTTG BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_178080; |
Additional information | - |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_403664
Blastp | - |
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Blastx | DNA repair protein recA homolog 1, chloroplastic from Arabidopsis with 76.25% of identity |
Eggnog | Can catalyze the hydrolysis of ATP in the presence of single-stranded DNA, the ATP-dependent uptake of single-stranded DNA by duplex DNA, and the ATP-dependent hybridization of homologous single-stranded DNAs. It interacts with LexA causing its activation and leading to its autocatalytic cleavage (By similarity)(COG0468) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT1G79050) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019442250.1) |
Pfam | - |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |