Id Trinity | TRINITY_DN50872_c0_g1_i16 |
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Name Transcript | Ll_transcript_516370 |
Sequence | CAAAATCTTCAACTTATTTGCATTCTTCAATTCTCAACGTTTTCTCTTTTCTTCATCACTTTCACTAATGCTTTTCATACTACTACTTATTACTCATCTT CATCCATATATGCATCTCTCACACTACAATTTTCAATTTTACATTTTTTACCATTTTACCCTATATCTCTTCTTTACAACACTTTTTTTGTTGCGCACTT GCTTCTGGATTTTTGTTAGTTCTGGTTCATTATTTATCTTTTAAAATAAGAAAATTTATTTTTCAAATTCAAATAATTCTTTTACAATTTGAATAAATCT ATCACTAGTGGTAAAATTTAAAAGAAACAAATATTATGCCTTATTTTACTAATTTAAACTAGGAAGTATTATCAGTGAAATGGATTTTTATATATTTCAC TTTCTAATTATAAAATTAAGTATATTTATGAAAATATTGAATGTTGTGTTTGAAATTATGAAACGAAGTTTGTGATAATGATATTATTTTATAGGAAGAA AGTGAGTTTGTGTTTAATAAACCGTAAAGTGAGCATGTAGAGTGTATTATAAGGCTTCTTATTCACATGAGAGTATAAGGCTGGGAATATCTACATGTTT AGACCCAATTTCATGAATAGTTTAATTGGATTATTCTATGTGATGTTAATATAGTTGAAAAAATGGTGGGTTATGAGCTAGAGAGAGTGCAATTATGTAA ATAGTAAATTGTAAAAGCAGAAAAGTCCCTTTCATGCTGGTTTTATATGTCTTTTCCCACTTTACCTGTCTATATATCTTTACCGGTCTTTGCAAAACTG TCTTTTCCAAATTCTGGATAATTTGAATATAACAAACTAGAGCCTTCGAGTTCCAAATTATTGTAGAGCTTCTTCCCTAGGAAAATATTTTGTGCCGGTT TGTAGTTGCAATTTTGTAGCTAATATGTTTTCTGTGTTTTATTCCAGCAGGTCGAGTATCTTGAATTAGAGAAGTTTAGAGATGGATTCTGTTACGTTCT AAATTTCTTCGTCGTACGCACAAAAGTTTTACCAAATATGGAAACTAATCATTCAAAAGCTGAAGAGTTCAAACTCCTTGCCAATGAAGCATTCGGTGCT CGGAAATATGCCCAAGCTATTGAGCTATATACAAAAGCAATTGAACTGAACAGTCAAAATGCAGTTTACTTGGCCAATCGTGCCTTTGCCCATCTCCGGC GTGAGGAATATGGTAGTGCAATACAAGATGCTACAAAAGCGATTGAAGTTGATCCTAAATATTCGAAGGGTTATTACAGGCGAGGTACTGCTCATCTTGC CATGGGAAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTCAAGAAATTGTGCCCAAATGATCCTGATGCTACAAAGAAATTGAAGGAATGTGAAAAA GCTGTTATGAAACTTAAGTTTGAAGAAGCAATTGCTGTTCCAGAATCTCAAAGGCGTTCAGTTGCCGAATCCATAGATTTCCACTCTATTGATGTGGAGC CACAATATTCAGGAGCAAGAATAGAGGGGGATGTTGTTACTTTGGATTTTGTGAAGAATATGATGGGTGATTTCAAGAATCAGAAGTTCTTACATAAGCG GTATTGAAACACATAAGTTCCATTGTATAGCTGTTAGTTTTTTGAAGTGTTATTGACAAGTCTTCATTCTTTTTGTTCTGCTTCATTATTATAGTTATGC ATTCCAGATTGTTTTGCAAACACGAGAGATATTGCGAGCCTTGCCTTCTCTTGTGGATATAAATGTTCCTACTGGCAAACTTTTTACTGTCTGTGGTGAT GTGCATGGTCAGGTAACTTGTTTTTATATTTTCTTTGAATCTATTTTGTTTGTTATAAGAGAACTTAGTTTTACCAAAAAAGAGAGTATGGTGGGAGAGT AGGGTGCTTGTGTGTAATTTTAAGTAGAAAATTTTATTTTTAATAAATTAGGAAATAAAACTCTAGAAAAAGATTTTATGTTCCATGATACACTCCAGAG AATTTCTCATAAGAGTTCAAAAACTTTAGGTAATTTCTTAACGGAAAAATTAGGCTCAACAATGATGTGGATAGCATTACCACAGTAACATTGAGAATTA AAAATAATGCATAACTCAGTTTGGCGTATTTTCTCTTGTTTCATTTCTCTCAAACATGCTTGAATGTGAAAATATTTTCATTGAGTAATTGCTTGGCTTT AATGATTTATTTTGTAATTTGTGTTTCTCCTTCAATTATGTTTCAAATTTTTATTTCCTTTCTTGACTTCTTCAGTACTATGATCTCTTGAATATTTTCG AGCTTAATGGGCTTCCTTCAGAAGATAATCCTTATCTATTTAATGGGGACTTTGTGGATAGAGGATCCTTTTCTTTGGAAGTCATCCTCACTCTGTTTGC ATTTAAGTGCATGTCTCCTTCAGGTAAGCCCTGAATGTCTACCAGTCTATCATATTTTATAGATACATTATGAATTTATCTCTTGAGCACCCCAATACGT GTTAAGAATTGTTAGAATCAAAAGGATGCTCTTAATTGCATTGTAAGTTCTAACTTATGTTTCCTTTTGAAATTGACTCATAAATTGTTATTTTTAGTTC TGTTGTTTGTTCAATTGAATTTGCATGAATCCTTTGGTACTCCTTTCTCACTTTCTGAGAGACCCTCAGTAATAATCTATTTTCCTCTGGGATATCATCT TATTTTCTTGTCATATAACTTTCAGCGATTTATCTAGCTAGAGGAAATCATGAGAGCAAGAACATGAACAAGATATATGGTTTTGAGGGCGAGGTGCGCT CAAAATTGAATGAAACATTTGTGGAACTGTTTGCGGAAGTATTCTGCTGTTTACCTCTGGCTCATGTAATAAATGAGAAAGTTTTTGTAGTTCATGGAGG TCTTTTTAGTGTTGATGGGGTCAAACTCTCTGATATCCGAGCAATTGACCGGTTTTGTGAGCCTCCAGAAGAAGGATTGATGTGTGAATTGCTTTGGAGT GATCCACAACCTCTCCCTGGCAGAGGTCCAAGCAAGCGAGGTGTAGGTCTTTCTTTCGGTGCAGATGTGACAAAAAGGTTTTTGCAGGAAAATAATCTAG ATTTAGTTGTGCGATCTCATGAAGTAAAGGACGAGGGCTATGAGATTGACCATGATGGTAAACTCATAACTGTTTTTTCTGCTCCGAATTATTGTGACCA GGTAACTAAAACCTCATACTTCTTTTCCCCCAGATTTTTTTTGTAACAAGTTTAAGGGATGGACTTGTTTGTGTCTGGAGATTTGATGGGAATTGTTTTT TTCCACATTATTGAGTTATTATTACTTGTCATTTATTCCAGTCTGTCAATATTAATCATCTGCTTAGTCTGAGCTTTGTTTATGTGAATTTGTAAAACTC GAGATAGGTTTAAAAAGATAGGTGATGAAATTAGTGTTTTACCAGCTCCTTTTCCTGTATACTTTTTCTATCACAGAAAAACATACTGCTATTCCGCCTT GTATTGTTTCGTTTGTTGCTTGGCATGCTCATATAAGTTATTACTTAATTATATAATACCTAGGAATCACTTTTGCTGCTATGAAGTATATTTTAATTTT GGGGTTAAAATCTATTTTTTTTCATTGTATGCTGCAGATGGGTAACAAGGGTGCCTTTATTCGATTTGAAGCACCTGATTTGAAGCC BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_180642; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_516370
Blastp | Serine/threonine-protein phosphatase 5 from Arabidopsis with 61.76% of identity |
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Blastx | Serine/threonine-protein phosphatase 5 from Lycopersicon with 92.22% of identity |
Eggnog | serine threonine-protein phosphatase(COG0639) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT2G42810) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019461786.1) |
Pfam | Tetratricopeptide repeat (PF13181.5) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |