Id Trinity | TRINITY_DN50918_c2_g1_i14 |
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Name Transcript | Ll_transcript_388974 |
Sequence | ATTATAGAAAAAATATTTAACCTCAAATAGTCAAATTTATGCTATTCATGGACCATTTATTTTCTTCCTTACAATTGATAATGATAAAAAATCTCCTTGT TTACTTTTGCTTCATATTTTTTTAATTTTTATATTCTGCATTCTATCTGAATCTTCCCACTTGCATTTTCTTCTTCTCTGTGTGTGTTTTTTTTGTGAAA TGCTGAGAGACATTGATTTTGATCAAAGGGTCATTAGTTGTCTGAGAACAAGGTGAGAAAACACAAAAAAAAAAAAAACGTTTTTTTTTATTTCTTTGGT TTCTGGTATCAACACAATAAAAACCCATCCTTTTTGCTCTTGTGTGTTGAAACTTACACAAAGGAATCATACCCAGATGAATATCAACTCACAACATTCC ATTCCACATCATTCTTATTTTTTCTGATGCATCTATCATTATTGGATTGTGTTTTGGTCTGTCTTATCCTTTGTTGTTCTTGATGTTGTCTTTTTAGCTG AAAAGGAAAGAAGGAATGGAATCAGGTAGCGTTGATAATAGTCTATCTTCATTGATCATGATGGATGAAGCTGAGAATCCACATCAGTTTTCTTCAATCA CTACCAAGCTTCATAGTAATGGACCCACTGCTACTAGTGTCCACGAGCTTCTTGAATGCCCCGTTTGCACCAATTCAATGTACCCTCCAATCCATCAGGT CTGTGTTTTTTTCCTTTCAATTTTACTTCATGGGTTGGATTTGGTTCCTGTGATTCTGTTGGTAGTTGTTACCTTGTTTCTTTTTTTTCAAGGTATGATT ATTGCTTTTGAACTGTGCAATTGAGTTTAGGAATTATGGGTTGGATTTTGTTCCATGGATCTATCTTTGCTTGGTGCAATTTCACTATGAATTATTCATT ATGTAAGGTTAAATATTAGGGGGTTGAAATAAGGGTGACAATAATACTATGATTTAATGCTAGGTTCTTGCACTCTTTAACTTTTTTGGGGTTAAGGGTT CCCTATTGTGTCTGGTCTTGTTTGCAGAAGGTAAAGTTATATAATTAGGAATGGATTAAATGGTTCAAGTTTGAGTTGAGCTCTTTTTCTTGTTCATCTA CACCTTTTTCTATGCTATAAGTATGCTTTATGCAATTATCTTGATTAAATTTTAGATGGAGAAAAGGGCTGCTCCATTGTGCTTCCAACAATTTTGATGT GTGCTTGTGTTGGTGGTTTTGGAAGGGGTATGAAAAATAATATATGCAATGAGAGGAATGGAGCAATGGATATTCAGTCCATGGTTTATGAGAGGAATCT ATGGAGGGTTATTCTAAATAGGATGTTGAAAAATATTAAAAGACTTAAAAAAGTATGTTATTTGCAGCCATGGTAGCTATGTATGCTTCATTAAATTTGT TGATGCTGCTAATTAGGCCGAAAATGTGTCATGTAATTAGGGGGTTTAATCATATAGTTTGTGTGACAAGTTCTACATGTTCATTATGTAAAATGCCGTA AGTAGACATATCCATGTCAGATTTGACATATGGAGTTGGGTTCTGTTTGAGTTTTTCCTTTGCTGTGACTATAGGAGAATTTGATGAAACTCATGCAACC AGCAAGGGAAGATATTTAAACTTTCATTTACTTAGTCACAGCATTTTTAGAGTGGCTACAGGATAAGAAAATGTTCACCATCTTATTAATTTCTAATGAA AAGTAACTGGAATGGAAACAAAAGAAGGATCAGATGTTACTGAAGTTTAGAATCCAAAGCATAAGTCCCTTCTCTCATAAAGGGTCTCTCACACATCTTA TGCTTAAGTTTATTTCCAAAGTGATGATGCATCATGATTCATGTCAGATTTTATCTTTATTTTTGTGAAGAACATTTTAGTTATTGAGTTTCTTGTCCTC GAAGGAATACTGGTAAGTAGATAAATTTGTTTAATGATTTCTATAATACAGTGACTAATTCTCAAACCAATCCTTCTTTTTTTCCCGCAGTGCCACAATG GACATACCCTTTGTTCGACATGTAAGACAAGGGTACACAACAGGTGCCCAACTTGTAGACAAGAACTTGGTGATATAAGGTGTCTGGCATTGGAGAAGAT AGCAGAATCACTTGAACTTCCTTGCCGATACATCTCTCTCGGGTGCCCGGAGATATTTCCCTATTACAGCAAACTCAAACATGAGGGTATTTGTAACTTC AGACCCTATAACTGTCCTTATGCTGGTTCAGACTGTTCTGCCGTTGGAGATATTCCATACCTTGTTGCTCATTTAAGGGACGACCATCGGGTTGATATGC ATTCTGGATGCACTTTCAATCATCGCTATGTCAAGTCTAATCCCATGGAAGTAGAAAATGCTACGTGGATGCTCACGGTAAGCGTAACCCTACCACCTCA CCACCACCACCCTAACACTTTTGATGGTTGTTCTACCCATACCGAGTACATACCTGGTACCGGTACTTAATTGGTAACATGGGTATTTACTGAATGCACA GATGATAAGTAGAATGGTAGATACATGATATAACTCAAATACAAGTCATCAATGCATTCAAAGCATCAAGTTTTGTTGCTAAGTTAAAATTTTCCTATTA AATGAAACAAAGTACTATTTATTTTATGATAATTAAACAAACTACAATTTCACTTCCTTTAAATCACATTCCTTCTTTAAATATTTTGGCTTACTTGAAA TACTTTATGGAATTTTGTTGAAACGTTGAAGTTATATTATGATTTAATCACTATTGTTTATATTTCTATATTCTCTATACAATATATCATGTCTTACTCA CACCCTAGTCTTCATAAAATTTGCCATGCGCCGTACCAGTACCCGTATTGGTACTACTGGTGAAGTACCAGTATCAATGCTACTTAGGGTGCTGTGCATG GAATAATCTTGATAAGATATTCACTGCTATGCATTTGAAGCAGATATTTCTTTATTTCATGCATATATACAACTACGTTTTACACATTGAAATCTCATCC AAATTGAAATGGTTGAATCATGTTATAGGTCTTCCACTGTTTTGGTCAGTATTTTTGTCTCCATTTTGAAGCCTTCCAGCTTGGTATGGCACCTGTTTAC ATGGCGTTCCTCCGTTTCATGGGAGACGAAAGAGAGGCACGGAACTACAGCTACAGCCTGGAGGTAGGAGGAAATGGACGGAAACTAACGTTCGAAGGGA GTCCGCGAAGCATTCGAGATAGCCATAAAAAAGTCAGAGACAGTCATGATGGCCTAATCATATACCGGAACATGGCGCTTTTTTTCTCCGGTGTGGATAG GAAAGAGTTGAAGCTAAGAGTAACAGGAAGGATATGGAAAGAACAGCAAAACCCTGATGGTGGAGTATGCATACCCAGCATGTGTGCTTAGGTTGATTGT TGCATCTCTTGAATGTTATATCTAGCTGTAGATAATTTAATGTATCATCTCATTTGAATATCAAGTTTTTGAACATCTTATGTAACATTGCATACCTTTA TCTTTGATTTTCACTTACTTCTTATGTTCTCTGTACACATATTTTAAGAATACATCAAAAAAGCAAAGAGATTCATAATTTCATATGCTGATGTTCAAGA AACACAATTCTTTTGGTACAAGGTTTTAAAAAGTTGGATTGTAAACTTGTTTCTGAAGTGAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_180989; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_388974
Blastp | E3 ubiquitin-protein ligase SINAT3 from Arabidopsis with 96% of identity |
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Blastx | E3 ubiquitin-protein ligase SINAT3 from Arabidopsis with 89.23% of identity |
Eggnog | e3 ubiquitin-protein ligase(ENOG410XVP0) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT3G61790) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019424223.1) |
Pfam | - |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |