| Id Trinity | TRINITY_DN51411_c0_g1_i18 |
|---|---|
| Name Transcript | Ll_transcript_380072 |
| Sequence | CTTAGTGTTGCCATAAAAACCGTGTCTGGTGTCTAGAATTAACGTTTTCTTTTCATATTTTATTATTTATTATTTTCTTTTATACATTTAGAAACGCAGT TTTTATTGAAAAAGCTCTGCTTTATTATTTTCTTTTATCCATTTATAGACTCAGATTTTTATTTAAAAAAATAATCTCAGCTTGTTTCTAAATACACTGC ACTTTCATTTTACACACAACAAACAAAATCACTTAACAAATCAGCTTCTGTATCCTTCAGCATCATCCTCTTTCTCTCTCTACAAAAAATTCTCTCTTTT GCACAGAATCTAGGGTTTTTGAACAGTGAATCTTCACCATCACTAAAGAATCTATCACCCCTTTCTGCTCCACATCAAGTTTAGGAGAGAATGTGATTTA TCTCACTTCCATTGCAAAAAAGGGGCAAACTAATCTTCCAGTGGCATGGCAACTGAGAGTCCAATTAGAATCTCAAAAACTAGTGGTAAATGGCCCTCTC TTACGCAAGCTGCAACTTACGGTCCACCATCTCATAATATGGCGACAGAGGATTTGGGTGTACTTTTGAAGGGCCCTAGGTTCCGCGGCAGTGGAAAGAT CGTGGCACCAAATCGCAGCGGCAGTGCACCTCCTAGCATGGAAGGCTCATTTCATGCCATAGAAAACCTGTTATCCCAGCAGAACACCACCCAGAATGCA AGCCTTGCAACTCTAAACAAAGCTATGCAGAAATGTGAGTCTGAAGAACAATTACGAGCTGATCCAGCTTATTTGGCATATTACAGTTCTCATGTCAACC TAAACCCTAGACTTCCTCCCCCACTAATCTCCCGGGAAAATCGTCATATGGGACATCATATTAGTAGTTTTAACAATAATTGGGGATCACCTTTTGCAGA TGATAGCAGTAGAAGTTCTACACATTTGTCCCAATGGACTCTTGCAACACACAAGGAGGAGTCTGAGGATGAATCACCCCAACAGCCATATGATAATGAG TCAGTTAAGACAAGTGACATATGGCCTAGACCGGATGAAGCTTCATCGGCATCTCAGCACAAAAATGTGGTTGATTTAATTCAGGAAGATTTTCCCCGTA CAGTGTCCCCGGTATATAATAAGTCTCTTTCCATAAGTCGCGGACTCGTGGATGAACCAATTGACTTAGGTGCTGGTTCCACTTCTTCTCATGATCCTCC TGTCACTACAGCAGAGGCTGCTAAACCTGCTGGAGGTGCAGATGAAAGAAGTGTTTTACCAACTGTTGATTCTCATGCCCCTGTTGCAAGCTCATCATCT ATTGAATCCACAGGCAGCGTGGGTTTTAGTGACATAGATGTTACGGCTGTTGAGTCTCAGCTAAAGGCTCTTAGTGTATCTAATATACCAAATTTAGAAA GCATGAGTAATGAAGAAAAATGGAAGACCAGCTACCAGAGTAATTTGATGCAACACCAGAAATACCACCAACAAAACAATAAATATGAAACACCTGACGC CAATTCTCAAAGTGTAAATTCTGCCTATGTTGGTAGGGAACAGTTTCCTCGTAATTCCAGCAAGTTCTCTGATGTCCAACCAGTGCTGCAGTCATCTGGG ATTACACCTCCACTATATGCCACTGCGGCTTATATGACCTCAGCAAATCCATACTATGCTAATTTGCATGCCTCGGGCATATATACTCCACAATATGTTG GTGGATACACCTTAAATCCCACAGCTATTCCTTCATATATTACTGCATATCCGCCTCATGGTGCCGTACCACTTGCTGTCGATGGGGCTGCTAGTTCTAG TTATACTCCCCTACCACCAGGGGTTTCAACCAGGGGAAGCGTTTCATATGGAGCTGAAATGGTACACGCAAACAAGTTCCCTGGACACTTTGGATTTCCT ATGCAGCCTTCTTTTGGTGATCCTTTTTACATGCAATGTCATCAGCAACCTTTTGTGGAGGGGTATGGTATTCCTGGTCGTTTTGATCCACTGGCACCTA GACCAAGTGGTGGTAGCCAAATTAGTCCCTTTGATTCGCAGAAAAGTCCCAGTACTGGTGCTTATTCGGATGATAAAATATTGCATGATCAGAGAGCCAG TATTAATATGAATTCAAGAAGAGGAGGATTAACAATTCCTAGTTATCATGGACACCCGCCAAACATGGGTTTTGTAATGCAGTATCCAAGTTCACCACGT CCTAGTCCACGTCTGTCAGGATACCCAGAAGCAAGTCCCGCCCTTCAAGGACGGAGGAGTGAAATGAAACCTTTGCCAGCTTCTGGTAGAAATATAGGTG TATTAATTGGATGGCAAGGCCAGAGATACCTTGACAGTACTCGTGACCCCAAAATTGTTAATTTTCTCGAGGAATTAAAATCTGGCAAAGGTCGCAGATT TGAGCTATCTGATATTATTGGTCATATTGTTGAATTTAGCGCTGATCAGCACGGTAGTCGATTTATACAGCAAAAGTTGGAATGTTGTGGTGTTGAAGAG AAGGCATTGGTGTTCAAAGAAGTTCTCCCACATGCTTCAAAATTAATTACTGATGTATTTGGTAATTATGTAATACAGAAGTTTTTTGAGTATGGAAGCC CTGAGCAGAGGAGAGAACTTGCAAATCAGTTGGCTGGTCAGATACTTACTTTAAGTCTGCAGATGTATGGCTGTCGTGTAATCCAAAAGGCACTTGAGGT TATTGAGCTTGAACAGAAAGCTCAGCTTGTTCGTGAGCTAGATGGAAATGTAATGAAATGCGTTCGTGACCAAAATGGGAATCATGTAATACAGAAGTGC ATTGAATCTATTCCAACCAAACAAATTGGCTTCATAATATCTGCATTTCGTGGTCAAGTTGCTAATTTATCAATGCATCCTTACGGTTGCCGAGTCATTC AGAGAGTTCTAGAGCATTGTACAGATGAGGTTGAATGCCAATTTATTGTGGATGAGATATTGGAGTCAGTTTGTTCTCTTGCTCAGAACCAGTATGGTAA TTATGTTACCCAGGTTAGTCACTCTCTCTCTCCACTTTATTATAATCTTTGACTATTACATTCTAGTATTTATGATGTAAGATAATAGTAGAAAAACTGC GTCAAAGTTGGACGTAGCTATATGCATGTCCCTTTCTATGACATGTAGTCATGTACAATATAAACTACAGTTGCTGTTTAGTGGCTTCCTTAAAGAATAA GCCAGGGTTGTGGCTACAATCCTCATACATTGATGTTGCTGTAAAATAGCATGATTTGTGACACTCTCATCAAGTGTTACTCGACATTGATGTTTCATTC CCAACTTTTACTTTTTCTGTTCTATTTTCGATTTACTTCGGTTGGGACTTGAATTTTTCTTTTTGCCAAACGACATTCTAAGACCTTTCTTCCCAAATCT ATTCATTAAGCTTCCATGCTCTTTTTCTAGTCTGATTTTTTTCCTAATGTGAGTCTAGACGCAACGATAAGGTTGTTGCTTAGTAACTAAGAGATCACTG TTTCAAATCCGAGTAACAGTCTCTGCCTTTCGGGGGTAATGTTGCGTACATCTACCATCTCCGAAACCCACTATGTGGGAGCCTCGTGCACTGGGACACC CTTTTTATTAAAAAATGTATTTATGTATTCTATAGTTTTTAGATATATTTTTCATATTCTGGAGTACAGTTTCGAATAATAACTGTTATGTTATCAAATA TTGTAATTTAAAATGGGATCATTAGGGGTGTATACATGTTCAAATAGGTGAGATTGTTAAAAACCACTGGTATTTTAACATATATTTTTTCGGTATGCAA GTCCTGTGGTATTTTAAGTAGCCATTCAGTGGATAGAATTATGTCGTGTCATTTCGGTCTACATGAGGTGGCATATGATGAGCTTGAACTTTGAGAGAAT GTACTTAGAGGAATGAATTGACCTTTACATCATCACTCCAAATTATTAATTCTTTCAAAATATTATTATGAACTGGACTCGGGTATTTATTATATACTTT AGACAGAACATTTGGTAATCAAAATATAGCATTATACGAAGCAAGTTCCATGTCGAGGTTTACCTCTAAAATAATACCGAGGTTTTTGGTTTTTTAAGTG ATTGTTATATTACCATTTAAAATTTGAATTGTATTGGTTGTTGATGTCATGATTCCTTTTACTCAATTTAGTCTTGCATTTGGAATTGTGTTAATACGTA TAAATTTGAGTAATGATGCCTACGCACGTACTTGAATTCACATACTCCTTTTGAGACATTATATAACATTCTGGGTCTCATTGGAACTTTTTGTGCAAAT TCTCGATTGTGCACATGCATCACATTGGATATAGTGTATACGTACTTGATTATGATTCGCTGCTTGCATATGTCAATTTTCTGTGATTTCCTAAGCAATG TCTTTACAGCATGTATTGGAGAGTGGAAACCGTCAGGAACGAAGCCAAATTATTAGTAAGTTGTCAGAACATGTTGTTCAATTAAGTCAGCATAAATTTG CTTCAAATGTTGTCGAGAAATGTTTGGAGTATGGTGATGCCAATGAACGGGAGCTGTTAATTTCAGAGATTGTTGGGCAAGGCGAGCAGAATGATAATTT ATTGACAATGATGAAAGACCAGTTTGCAAATTATGTTGTCCAGAAGGTTATTGATATGTGTTCCGAAAACCAGCGCGCGAAGTTGCTTTCTTACATAAGA ATCCATGCTCATGCTTTGAAGAAATACACTTATGGAAAACACATTGTGTCTCGGTTGGAACAGCAATTTGGAGATG BLAST |
| Tissue | pods |
| Gene name | LI_gene_184743; |
| Additional information | details; |
| PAB | abscising pods |
| PNAB | non-abscising pods |
| PS1 | seeds stages 1-3 |
| PS2 | seeds stages 4-6 |
| PS3 | seeds stages 7-8 |
| PW1 | pods wall stages 1-3 |
| PW2 | pods wall stages 4-6 |
| PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_380072
| Blastp | Pumilio homolog 5 from Arabidopsis with 42.27% of identity |
|---|---|
| Blastx | Pumilio homolog 5 from Arabidopsis with 41.69% of identity |
| Eggnog | pumilio homolog(COG5099) |
| Kegg | Link to kegg annotations (AT3G20250) |
| CantataDB | - |
| Mirbase | - |
| Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019439368.1) |
| Pfam | Pumilio-family RNA binding repeat (PF00806.18) |
| Rfam | - |
| GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |