Ll_transcript_381528

• Id Trinity: TRINITY_DN51416_c5_g2_i5
• Name Transcript: Ll_transcript_381528
• Sequence: AGTAAAGTAAGTGGGTGCTCCTCTTGCTGGGTGGAGTGGAGCTTTACGCAATTCCATTATTACACACTCCATCCACCAAAGAATCTTACTTTCTCTCTGT CTTATCTAATTTCCATTATTATTATTTTCTCTATTTTTTAATTCCATTTCCATTCCACGTTCCTTCTTATAATCATTACATGCCAAATCTTCTCTCAAAA CCCTTCTCTTCTCATTTCAATTTTTATAGCTAAATCATGATAACAGAAGAAAATTTATAAAAAAATAAAATAAAATCTTCTGGTAAGTTAGGTGAAAACT TTCTTCTCCATAATCAATGGGCAACGTTGGAAGTAGTAGCGGTGTTAACAACCGTCGTAGATCTAGCGGCAGTGGCAGTGGGCGACGGATTCATCCGCCG CCTCCGCCACCAGTGACGTCTCAGCCGGAAACCACGGCCAACCGGTACATGTACCCGGCGTCTGCCACCATGCCGTATCACAACTACCCTGGCTACTATC CCCCTCCACCGCCAACTATGCCGATGCCGTTGCCGGCTCCGTATGACCACCACCACCACCGTCCGGTGATGGACCCAATGTGGGGGCGATACCCGCAACC GCAGCTGCAAGTGCCGCCGCAACCGCCTTTGCCCTATGTGGAGCACCAGAAAGCGGTTACAATAAGGAATGCTGTTAACATTAAGAAGGAGACTCTGAGG ATTGAGCCTGATGAAGAGAATCCTGGGCGTTTCGTTGTGTCGTTTATGTTTGATGCCACCATTGATGGGAGGTAATTCTGTTTTCCCTTATTTGATGGTA AGAATTCGTGAGATATGAGCCTTACCCACAAGTGAAGAGGTTGTTTCTGCTGTTGGGATTTGAACTAGTAATACTAATATAACTAACAAGGTTTGGTATA ATGGTGTAAGACTCTGCTTGATCCCAAAAAAACTAAAAGGTTCAGAGTTCGATTTCTGTGAGCGACACTTGTTAGTAGGGACAATCACACACTCTGGAAC GGATTAGTTCCTTACCTATGGAGTAAGGGATACTCTTGGTAGTACCAAAAAATAATAAAAGTAACATAAAGAAGTGCTGCCCAGTAGATCATGCTCTCAC TTACCGGGCTCTGAGGAATATAGATGTATGCAGCTTTACCCTAACAATCGGGAAGAGAGGCTGATTCCAGAGTGACAATAATAACACTGGACAAAATTTA GTGCTGTTTTTTTGTGTGCTTGCCATGCTTTCCAAGAAACATGCCTAACATATATCGTAGACATGTTATATTATTATATTTTTATTGGAGAACAACACAA GTAGTCAAGCACAAAAGAAAATAATATGGATTGGGGTGTGGTTATTTGTTGCATCCATAGTCACAAAAGAATCCTAATGATGCAGCTTGCATCATTTGAA TGCTAATTGTGTTCTAGATTCAAAGTTTTGGAGAGCTTGTTGGATAGGAATAGGATGCTGTTAGAGTTAAGCTCATCGAGATTATACATGGTTTAACTAC TTACTTTACTTACTAGCCATCATTTTTCACTGCTGTATGTATATGCTTTTTAGGCTTGTCACTATGTCATAATCTGTATTGATATGCTCAACTATTTAAA CTCTAATGGTAGCTAGAATTTTTAAGAAATGGGCTTTACAAGTTACCAGTTAGGGAAGTATGGGTTTTTATGTACTTATCAGAACATCTTAGTGTAGGTG GCATAGAAAGTGTAAAAGTGGCTTGTGATGTAAAGATGTCCAAAGAGTAGCATTTCCAAATGAAAAAATAGATATAAGCAGATATCTACTTCAAATAACT TGGTATTTTATAGTTGAGACTTTAGATAGCTCATTGACTTTTATGTAGCTGAGTAGCTATTGTTTTTGTTTTGCATCTATGTTGTGATTTAATGAATAAG CATATTTATGTGTTGCTACTTGCTAGGGTTCAGTTTCCTCTAAGAATCTGGGGAGTCCGATTGAACAGCAGAGTCAATTGTTGCTAAAAGTTTCCAGCAG GACAGATTATCTTCATTTCATAATCAACATTTCTTATAAGTACTATTTTGTGTGCTTTTTATAAAAAAATCCATTTGATATATTCTGGATTGCAATCTAA TAACTCATGGTTGCATCTATTTGCAAACGTCCACTCAGTTTTTTGAGAGTACCTTTTTAATCCTTTTCACTTTTTGGAAGTGAAGAAATTATGTATTCTA TTTTGCATGAACTGGTGTTTTTTAACAATTGAAAGTGAACTTATTTAGTACACATTAATGGCAAGTATGATGGTTTTGAGAAAATAGTTGTCAATATTGC TTTAGTATGCTTGAAAGCAGAGGTTTATTGTGCCTGAACATTGGTTTATAGACCATGTACTGTCTGATATACTTATGCTAATAGCTATTGTTACTTTCAA ATCACTAATCTTGGAGTGAATGCTATTTCTGTCGGTTTAACTGCAGTTTTGTTTCCAGTAACACTGACTAGTTAAGACTGGAAGGAGGCCTTATTAAAAG GAGAAACTGCTTCTATAGTAGTTTGATTGTTTGAGGTTTAATTTTGAACTGACAGGGCACAATGAGAAATTGGTAGATTATAGAGTATTATGTGCAGTGA GTCAGTGACAAGGCACAATGAGGTTCTATGTCAATTACATTGTTGGATAGTCTGGTCCCTTTGTATTGAAGGATGTGCATGTAAAATACCAGCATAATCA TATTTACTTCTGAAAAATACATGTTCAAGGATTTTAACATTTATTGTCCACCCTAAAGGTAATTCTCTGCATCGCCGATTGTTATGCCATTTCTGTGGTT TTTTTTTCCATAACCTCATGATAAAGATTTTGAATGTGGACATTTTGTCCACTCTAAAGGTAATTCTCTGAATCATCGATTGTTATGCCATTTCTGTGTT TTTTTTGCTATAACCTCATGATAAAGATTTTGAATGTGGACATTTTGTGCTATAGTTCTTTATTTGATCTGAAGGTTTTACTTTCTTTTTATCTCCATAA CAGCATCACCGTAATTTTCTTTGCAAAAGAAGGTGAAGGGTGCATCCTTACACCAATGAAGGAAGACAGTCTTCCACCTGTGACTGCAAATTTTCAGCAA GGTCTCGGGCAGAAGTTTAAACAGCCTGCTGGAACTGGTATTGACTTTTCAATATTTGAGGAGTCTGAGCTGTTGAAAGTGACTGACATGGATGTCTATC CTCTAGCCGTTAAGGCAGATGCATCCTCTCACGATGGTGATGGATCAAATGAAACTCCAACATCTGGTAGCACAAACTTGCAGATAACTCAAGCTGTGTT TGAGAAGGAGAAAGGTGAGTTCCTTGTGAAGGTTGTAAAGCAGATCTTGTGGGTGAATGGAATGAGGTATGAGCTGCAGGAGATATATGGCATTGGAAGT TCAGTGGAGAGTGACTTGGATGGAAATGATCCAGGAAAAGAGTGTGTTATCTGCTTGTCAGAGCCCCGGGACACAACAGTCCTTCCCTGCCGCCACATGT GCATGTGTAGTGGATGTGCTAAGGTTTTGAGGTTCCAAACAAACAGATGTCCAATCTGCAGACAACCAGTTGAGAGGCTTCTCGAGATCAAAGTGGGTCC AGAGCCTGAAGAGTGAAGATACAAGTGTTTGTGACTCAAGCTTCCTGTACAGTCCAATTGTAATACTTAAAACTTTTCCCTTACCTTCAAAAAAGTGAAT AATGGAATTTATATATATGTTGTTTGACATGGAGGCGTTGCTCCTAACTTGTATAATTCAATGCCTCCACTATGCTTGTTTGGTTTTACTTCTAATGTTT ATATTGACATTCCTTCTAAATATAGTCAAATGCATTATTCACCTTCTCTTGGGACTTGACATCTTTCGGTTTTTCCTTTGTAATTGCATGTTTTGTAATC TTCAAAGAAGGATTGATATTATGGCTAGTATTTTATTATGTCTTCTTCAGATATCTTTTCTAGTTCCAG
• Tissue: pods
• Gene name: LI_gene_184771;
• Additional information: details;

Expression of Ll_transcript_381528

FPKM

• PAB: 5.7
• PNAB: 4.5
• PS1: 5.9
• PS2: 8.8
• PS3: 12.1
• PW1: 2.8
• PW2: 3.7
• PW3: 3.5

Labels

• PAB: abscising pods
• PNAB: non-abscising pods
• PS1: seeds stages 1-3
• PS2: seeds stages 4-6
• PS3: seeds stages 7-8
• PW1: pods wall stages 1-3
• PW2: pods wall stages 4-6
• PW3: pods wall stages 7-8

Annotations of Ll_transcript_381528

• Blastp: Probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2 from Arabidopsis with 68.66% of identity
• Blastx: Probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2 from Arabidopsis with 68.66% of identity
• Eggnog: RING finger(ENOG410XRAE)
• Kegg: Link to kegg annotations (AT3G09770)
• CantataDB: -
• Mirbase: -
• Ncbi protein: Link to NCBI protein (XP_019432624.1)
• Pfam: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) (PF13920.5)
• Rfam: -
• GO: Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology;