Id Trinity | TRINITY_DN51609_c2_g1_i8 |
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Name Transcript | Ll_transcript_410704 |
Sequence | TAAATATAAAGGGTGAAGATGCAATGACAGTGCATAAAACTCATACACTGTCAGTGCATACATTTTAACTCTTATTAAAATGAGTTGTTCTATTTTGACT TTACCTTTGTATTTGCTCCGACATAGAAGAATCAGAACTTTGTTGTCATTTTCCCTTTCCTATGATTCTTTAGACTTTGCACTGGGATATTTTCATATTA AATTTTTGTTTTTTTATTGAATTTTATCTCCCCCCTTTTGCTTTTATTCTCTATTGCTTTTGGTGCTTTACTTTCATGTAGTGGACACTGTGAACCCCAC CAATGGAATAAATTGATTACACAGCTTCTGTCTTTGTTGCAACTTTCTTTTTTCCACCCCTAACATGATTTAGTATTTTTTGTAATAGGTTATTCTGGAA ATTCTTGATTTACTGTGTAATTATTCTTTAGATTGCAAATAGGCAAAATATGATGATTTTGTTTGTTTAACAAAAATGACATCAAATTCATGCTACAAAA TATAATGATTTTGTTTCTTTAACAAAATGGCATCAAATTCATTTTTTACAGTTGAAGTCTTAAAATATGTCATAGTCATGGTTGAGGATTAGAATATAGG GAATATAATCAGGGTGGTGATTTACAAGACATGTAAATTTACTCCCTTGATGTGTTCCTTGAAGTCCAAATTCTAAGGAGCTTTATTTACTTGTTTGCCA TTGTAATTGTGCTTAAATGCTAAAGTTTTCTAATTTTCTTTTTCTTTTACATTGGGTTCCTTCTTTGTGTTGAACACACCATGAGTAAGTGATATTTCAA ACTTCAAAGCTGCCCCTGATGCATTTGTTGAAGAGAATGTCAAGTTGTTTCTGGATCATGCCATTAAGAAAGTTTGAATAGCTAAACACAATTTGGACTT TGAATGATGCTTTGGGTTGTTATGATCTTATGTCGGTTAAATTGTTAGAACTTAGAAGTTAGTAGTAGTGGAACTTCTGAGTTCCTAAAATCAACTGTAG TTAAATTCTTAACTGTCTAATAGTGGCAATATAATTCCTAAAATCAAGTGCATTTCTCATATATTAGGATTTATGCACTTGTAGTACTTTTATTTACTTT GTTTTTAGGTTTCTAATCTTTCTTTTTATGTTTTTCTAGTATCTGGACTTTCCGGTACTGCTGAGACTGCTCAAAGTCAGGTCTCTGTTGGAATGGGTCT GCTAGCTGGGTCAACAGTTATGCTTCTGACTGTAATATGGGGGACCTGTGTAATTGTTGGCAAGTGTGACCTTGAAGGTTCAATTGCAATAGATTCGCGT GATACCAGGGGATTTCATTTAACCAGTTCTGGTGTTAGTACTGATATTTGGACAAGTTATGCTGCTAGGATTATGGTTTTATCTGTCATTCCATTTTTGA TCGTTCAGTTACCGCAATTGCTCAGCTCAACTTCAGGAAGGCACTTCGCTATTTTGATTGCTCTTGTTGTCTCCATCTGTTTATTGATTGTGTATTGCCT TTACCAGGTAAATTTCTTTTTATGGTGCAATTGTTTTTCCTTCTGCATTCTGATCTCTTTCTATATCCAAACACTTCTAGTTTTGTTGATAGTATTTTGT ATATATATATGTACATATACATTTCACCAATGAAGAAATGGGTAGTGTAGGACTTCAGTCTTTTGTTATAGTTAGGTTTCTTTTATTTTTTATCATGATT TAATGAAATTAGTTTTAATTGATATCGACCTGCACTGTTGTGCTTAACTCTGATGACACATTCCATGGATGTTATGGTTAGAACTTTCAGTAGCTGTATT TGGACGAATGTTTATTCTCTATTATTTGGACACCTCGTCAGTCTTTTTATTATTTTAAAAATTGATAAAAATTTAATAAAAAAATGGTACAGGTTTTCCA GCCCTGGATACAGAGGAGAAAACTTTCATATGTTAAACACAAACATGTAATCTTAGGACTTTTGAAACATTTGAAGCAACGTGCATTGGGAAGGCTGCTA ACAGAGAATGGTGAACCTAACATAAAAATTATAGAAAAGTAAGGTTATCTCTCCTTTTTGCTTTGACTTCAGAGATGTTACTTACAAAGCATACATTGTG GTCTTTTCATATGTTCATCCATTTGGTTTTCTCTTCCTTCTCAATGGAATATACAGGTTGTTTGATACAATTGATGAGAATAAGGATGGTGAACTTTCTC ACGGTGAATTGAAAGCGCTGGTTGTTGGAATTCAATTTGAGGAGGTTGACCTGGATCATGAAGATGCTGTGACAAAAATAATACAGGACTTTGATGTTTC GGGTAATAATCGTGTTGATAAAAAGGAATTTATTAGTGGCACTTGTAGATGGCTTCAAAAGGCTAAGGGTTCTCGAGTTGCATCTGGTGATGCTGGTGCA CACACAATGAAGTTTTTAAGTGACTTTCACGATGAAACAAGAAGGGAGCATGATCTTCTGGATGTGGGGGGTCACGATGATGAAGTTGATGAGGGTGTTG GAAATGCTGGATGGACTTCCATCAAAGCAGTGCTTCTGCTTGTGCTGGGTTCTCTTATTGCTGCTGCATTTGCTGATCCTCTGGTTGACGCAGTTAATAA CTTTTCTAATGCTACAAGTATTCCTGCTTTTTTCATTTCCTTCATTGCTCTGCCTTTGGCAACCAATTCAAGTGAAGCAGTATCAGCAATAATTTTTGCT AGTCGTGATAAAAGGCAAACTGCCTCACTAACATTTTCGGAGCTATATGGGGCAGTGACAATGAATAATGTGCTTTGCCTATCAGTATTCTTGGCTCTGG TTTATGCAAGGGGGTTAACATGGGACTTCTCTTCAGAAGTGTTGGTTATTCTGGTTGTCTGCATTGTAATGGGTGGCATTGGCAGTTTCAGGACAACATT CCCTCTATGGACATCTATAGTGGCTATCCTTCTTTATCCCTTTTCCTTGGCATTGGTCTATGTTCTTGATTATGTATTTGGTTGGTCATAGACCATAGTT TAATGATGCTTTCTATGTTAGTTTGGACTTGTATGGCTCTTGAACTTCTTGGGGTGTATGCTTAGTGTAGTTTCTTTCTGAGATATTGTATGGTGTTGTT GATTCCTAGTTGGGAATGACATCCATTTGAGACTTTAGATTTTAACTGTGCCATTTTCATGCATTTCATTATTGATTTAATAATGGTTGATCAGGTACAG TTTTGACTCAATTTACCCACAATTAGAGCTATTTAAATAAATAAATTACAATAAAAAAATAAAAAAATGTGTTGCAATGTTATTTATTGATTTTTATCGT TTAGAACAGAAATTTTGATAGGATGAGTTTAGCTTGTTTCCAATTGGTCATGGTTTAAATGCATTTTTATGGCACAGTTTGCACATAAAGAGAGTATAAC TAATCTATTAAGTGTGAGAGTCTCATGACTTAAGTATTACATTAAGTTTGTTATGTTATCGAATGCAAAATTCCTAATATTACTGTCCTTTTAAGTGTCA GAGTTCATTACGATTTTCACTTTATCGAâBLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_186301; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_410704
Blastp | Sodium/calcium exchanger NCL1 from Oryza sativa with 72.02% of identity |
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Blastx | Sodium/calcium exchanger NCL1 from Oryza sativa with 63.93% of identity |
Eggnog | Calcium-binding EF hand family protein(ENOG410ZVKW) |
Kegg | Link to kegg annotations (4325568) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019443893.1) |
Pfam | Sodium/calcium exchanger protein (PF01699.23) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |