Ll_transcript_408644

• Id Trinity: TRINITY_DN51610_c1_g1_i5
• Name Transcript: Ll_transcript_408644
• Sequence: CTTATTGCAAAGACCGAGCCGGGAGTCAGAAGGTGGTCTGATGGTGAAGATGGTGATCCTAAAGACCGAAGTGTAGGAGATTGTGGGTTCGAGTCCCACC ATAGTTAGGATGAAAGAGGTTGATGTGATGTTTCACGCACAAAAAATCCGTCAGGCAAGAAGAGAAAAGGGGAAGGATTGCTTCATTTTTAAAGTTGACT TTGAAAAAGCGTATGACTCAGTGAATTGGAGTTTCCTCCTCTACATGATGGATAGGATGGGTTTTTGCTTCAGATGGCGTTCCTGGATTAAAAGTTGCTT GCAATCCAATTCGGTTTCTGTGTTGGTTAATGGGAGTCCGACTTCAGAATTCTCCATGGCTAGGGGCTTAAGACAAGGTGATCCAATTGCTCCTTTCCTT TTCCTGATTGTTGTTGAGGGTCTTGCTGGTTTAATGAGATCTGCAGTGTCTAAGAACATCTTCAAAGGCTATCAGGTAGGAAGGAATAAGGTTCAAATTT CTCATCTTCAGTATGCTGATGATACGTTATTGATTGGTGAAAATTCTTTGGCTAATATCACTGTTCTCAAAGGCATTCTGAAATGTTTTGAGTTATCTTC TGGTTTGCGGATTAACTTTCACAAGAGCAGTTTCATGGGCATTAACTCTGGTGATAATCTTGTTGAGAGGGCGGTTGGCAAACTTTTCTGCAAAATTGGT TCCGTGCCGTTTAAATTTTTAGGTATTCCGGTGGGGGCTAACCCGAGGAGAATTTCTACCTGGTCTCCGGTTATTGATGTCTTCAAAAGGAGATTATCTT CCTGGAATCAGAAGCTCATTTCTTTTTCTGGTAGAGTCACTCTTATTAAGTCTGTTCTTTCGGCCCTTCCTATTTATTACTTCTCTTTCTTTAAAGCTCC GGTCTCTGTTATTGCTGAGTTGAATCGTATTCAGAGGAGGTTTCTTTGGGGTAGAGGAGAGGAGAGTAAAGGTATTCATTGGGTTAGTTGGGATAAAGTG TGTCGTTCAAAGGGAGAGGGTGGTTTGGGGATTAAAAATCTGAGTCTGTTTAACTTGTCTTTGTTAGGTAAATGGAGGTGACGTCTTTTGATTGAGAAGA ATAATCTTTGGGTGAGAGTTTTACTTTCTAGATATGGGTCTAGACTAGGTCGGGGTGTGGATGTTTTTCTATCTTCTGAGTGCTTTCTGAGAGGGTCTAT TTGGTGGAGAGACATGGGGAGTTTGTGCAGTGTAGTTAATGGGGTTTCTAAGGGCTGGTTCTGTGAGAATGTTCGTAGAAAGGTTGGTGTTGGCAATTCT GTTAGGTTCTGGAGTGAGTTGTGGGTGGGTGAGGTTTGCCTTAAATACAGGTTTCCGAGATTGTTTCAGGTGGCTTCTGACAAAGATGCTTTCGTGTGTT CCATGGGTTTATGGAGGTCTGGTGCTTGGTGCTGGTCTTGCTCTTGGAGGAGATTGCTTTTTGACTGGGAGAAACAAGAAGAATTAGATCTTCTCTTGTG CTTGCAGAATGCTATACTGGATCCTCATCGCGAGGATGGTTGGCTTTGGTGTCTTGCTAAGGATGGTATTTATTCGGTAAAAAATGCTTACACTTTCTTA CTTTCAGAGGTATCCAACACTGATAGTGTCTTCTTCAATCGTTTGTGGAGCTGTAATGTCCTGTCGAAGTTCAAATGTTTAGCTTGGAGAATTGCTTTGG ATGGTTTGGCATCCCTATCTAATCTTGCTTACCGTGGTGTTTTGGGAGTCAACGTTTCGTCTACTTGTGTATTCTGTGGTCTGGAGGATGAATCTAGTGA GCACCTGCTCTTCTCTTGCAATTGGTCGTATGGAGTTTGGCAGAAGGTCTTTGCTTGGTTTGGAATTAGCGCTAACCTCCCTTTTGGTACGTTCTCTAAC TTCTTCTCCTTTTGGGATCTCTTGAGGGTGGTTAAGTTGCATCACCATTTGTGGATGGCTATTTGGTTTGTTTGCCTTTGGTGTATTTGGTTGGCTAGAA ATAAGGTGATTTTCGAGAAGGTTCTTTCTAGTGTTGAGGAGGTCCTATTTTCTATTCACCTTCACTCCTGGAACTTGGTGTTGGCTAGATTTCCCTTCCT TCCTACCCCTTTTTCAGTTTGGGCTTCGAACCCCTCCAGTTCTTTCATTTTTATTCCTATATGTTAGTGGATAGGAGTACCACTTATTCTCCTAAACATC TTTCTTTTCTTATAAATTGTTATTGCT
• Tissue: pods
• Gene name: LI_gene_186305;
• Additional information: details;

Expression of Ll_transcript_408644

FPKM

• PAB: 0.7
• PNAB: 1.4
• PS1: 0
• PS2: 0.1
• PS3: 0.5
• PW1: 0
• PW2: 0.2
• PW3: 0.1

Labels

• PAB: abscising pods
• PNAB: non-abscising pods
• PS1: seeds stages 1-3
• PS2: seeds stages 4-6
• PS3: seeds stages 7-8
• PW1: pods wall stages 1-3
• PW2: pods wall stages 4-6
• PW3: pods wall stages 7-8

Annotations of Ll_transcript_408644

• Blastp: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein from Homo with 28.1% of identity
• Blastx: Putative ribonuclease H protein At1g65750 from Arabidopsis with 30.29% of identity
• Eggnog: NA(ENOG410Y9TZ)
• Kegg: -
• CantataDB: -
• Mirbase: -
• Ncbi protein: Link to NCBI protein (XP_019418409.1)
• Pfam: Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) (PF00078.26)
• Rfam: -
• GO: Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology;