Id Trinity | TRINITY_DN51879_c2_g3_i2 |
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Name Transcript | Ll_transcript_447923 |
Sequence | CACAAAATCAATCACTAATGAAATTAACAAGGTTTATATCCAATTAGTTTTGTTTTGAATATCACAGGGGCTTCAGATTTAGCTTCAATTGACACATTCT ATTTAACACCTTACCAAAAATCCCTGCATGAACACATTCCATTTCTGAAATGGTGATAGCGCACACGGTCTCTCATGATAATCTCACGGCTATAAATTTG AGAAATGAGTTTGAAAGCAGAATGGCAATCCTCACACACCCTTAGATTCTTCACAATGTGCAGAGTTGTTCCTGCTTCTGTACGTATAAGTCCAAATGCA AGTGCAAGTTTTTCACTATGCTGCTTAAGTGCTGTTTCTTTTTCTTCCTCTTCAATATCAAATGATACAATTGATGTATTTGGTGAATACCCTTTAATCT GAAGCTTCTCCATAATGCTTTCTAACATCACATATATCGATTTCATTTCGGGATGTGAACCATCTCCCATTTTAAACTCATGAACTCTGCCATCTAAATT CATCATACTACTTCCCGGAATAGTCTTGATTCCTCTGTCTTTCATCAACTTCCTAACTCTAGTAACATCATCCCATCTACCTGCTTTTGCATAAATGTTC GATAGTAACGCGTAACGGCCGCTGTTTCGAGGCTCCATATCAAGCAAAATCCACCCTACCTTTTCTCCTACCTCAACATTTCCATGTACCCTGCATGCAT TCAAAAGTGCTCCCCAAATAGCTGCATTAGGCTTTACTGTCATAGACTCTATAAACTTCTCTGCCTCTTTTATAAGCCCAGCTCTTCCAAGAAGGTCAAC CACACATCCAAAATGCTCCATCTTAGGTTCAATGCCATAAACTCTATTCATTGAATTCAATAAAGCTACACCACTTTCAACCATGCCTGCATGTGCACAT 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ACCTTCAATGTTTTACTAAGGGAACAGGATGTTCCAGTTGAATAAATTTGCAACAGGTCATTATAATTGTGTATTTGCTAGAATAGAGAAAGCTTTGTAC GAGAGAAAAACACTCTGGGATGCCCTGCATTGAATAACTTTCCATGCGGTTTTATTGTGCATAAACTGATGTTTTGTGGACAGATATTATCACGGTTAGG ACACATGTCCTATGACATTGTCGGGGCACAGATTATCCAAACCGGAATCCCATCATCGAAAGCAAATCTCATTGGGACAACAGAGGTTGCTGTCGCTAGT TTGGCAGAGTGTATAATGTTGGGGGTTGCAATAATTGCAAACGATCCTTCTCATTTTGGAGGTCTGGCAATGTTGTCTCTTATATCAGTGGTTGTTGCAG CATGGATGTTCTGTAGATGGTTGTTGAATCCAACAGATGAACAAAAAGTCCTCTTTTCTTATGATCCTCGGTTTTAATTTTCATGTAAGTGTACTTCAGT AGATCATTGTTTAATACCACATTTTTCTTTATAGCCTGTGCCTTGCTATATATTTTTTTCTTAATTGCTGACACTTTCATTGTTGTTCTATCTCTACTGG TAAAAGAGCAGGGGTGCATGTTTTTGTCATGAATTTCTCACATCAATTTTCTTTGCACAAACACTACAACTATTTATCCAAAGACTTCTCCTTTGGAAAC AACCATAGGTATATGATGAATGATGCGGAAAAGCGGTAAGATGAACAATTCCCTATCTTTATATCCCTTCTTAGTCAATGGGTGTGCCTCAGTACAACTG TAAGGTTATTTGTCTTACAACCTAGAGGTCACGAGTTTAAATTCTGAAAACAATTTTTTCTTGTTGTGAGAAGAAAGCTAAGTACATAACTACATATATC CTCCCATGGCCTCATTTGGTGGGAGCACTCGGCACTCAGCCGCCATTATATCCTTTCATAGTCCAGTATTTACTCATATAAGCTGGGATAATTTGTTTGT CTCATGTTGTCCTTAAAACATGTCTTGTTAAATATTAACCAGTGTTAGGCTGGCAGATGGCACCCATATAAAGGGGGAAATATTAATTCTTCAAAAAAGT CAATAAATTGGTTGAGGCAGGTATTAATGGAGTGAATATCACCAACGGCTGTTGGTTCAAGCGGTATATGTTTGATTCCCCTTAAGCAAGATCTCGGGTT TTAGTCTCGTAGATGGAAAAAATACCCATTG BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_188251; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_447923
Blastp | Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520 from Arabidopsis with 41.73% of identity |
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Blastx | Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520 from Arabidopsis with 41.73% of identity |
Eggnog | Pentatricopeptide repeat-containing protein(ENOG410Z7Z7) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT5G66520) |
CantataDB | Link to cantataDB annotations (CNT0002180) |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019429169.1) |
Pfam | PPR repeat family (PF13041.5) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |