Id Trinity | TRINITY_DN51955_c1_g1_i13 |
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Name Transcript | Ll_transcript_397093 |
Sequence | GTGAGTTTAACCGAACACAAAGCACAGAGCAACAACAACAATGGCATCGTCATTCGTCAAACTCGATGATTCTCCAATGTTCCAGAAGCAGTTATTTTCT CTTGAAGAAACGACTGACGAGTTAAAGGACCGGTGCCAGAAACTATTTAAAGGGTGTAAGAAGTTTATGACAGCTTTGGGGGAACAATATAATGGGGAAA TTTCCTTTGCTGATTCATTAGAAGCATTTGGCGGTGGCCAGGATGACCCTGTTAGTGTATCAATTGGAGGGCCGGTCATATCTAAGTTTATTACCACACT GCGTGAGCTAGCTAGTTTTAAAGAGCTTCTTCGTTCACAGGTGAGTCGTCAAACCAGATTGCTGCATTTTTTCTCAAGAGTTTCAATAGTGACTGTGACT GTGGCACTTGCTTACTCTAGTCTCTAAGTGTGTTTTACTCGAGGGCAGAGGTTTTTTTTCTGTTTATTCAACTAGCTCAAATCATTTGAAGTAATAATCT TTTTCAGTTTGCTAATATGTATATATATTTTTTTTCTCCCTTGCCATCAATTGAATCATATTAAGTTTGTCTGGCTGATAAGTTGATTTAATTTAATATG TACCCAGTTGCTGATGGCGTTCAAAGATTTTGTCGAGATTGTGTAACTCATCCATAAACTTATTATTCATGTAGCAGTAAAATAGCAATTATGTGGCTCA TTCTCTCTACGTTGCTTTGTAGTGCATCAGTTCATTCAGTTGTGTCATGACAAAAGCAGGCCTAAGTTGAAGAAACAAAAAAAAACCAAGAAGTCCACTA GTCCATTCTTTTAAAAATCTTGAAAAATCAATGGAACTTAAACAACAGTTTCTTGATCGAAAAAATCTGGAGCAGCATGCTAATAACGACTAAACCTATG GAGTTTCCAACTTAACCTTTTTACCCAAAGAGCAAAGGTTCTGGAGATTCCAACCTTGCAATAAAATTGAACTCTAGTTGGAAATTCTTTCCCTATATAA ACTAACTTGCATACTTAGTTATGGTTAACAATCTAGAAAGCCATGACCCTCATATTTTATTGATATGGATTTTTTGTTTCAACAATTACTTGACAGATTT CTTGTATAGGTAGAGCACATGTTGATTGACCGGCTGACAGAGTTTATGACTGTTGATTTGCAAGATGTGAAGGTTATTTTTTTACTTTTTTTTTCTGTAG GGTTAATATTCCCGTTGTAGAATTTAATTGTTGTATAATTTTAAAAAAAATATGTGCTGGATATGGTTGGTTAAATTTCTTCAACTCTCTATCCTGTTTT CCATCCATTCTTGCTTGTGTCAGGATTCTCGTCGACGTTTTGACAAAGCTGTGCATTCTTATGATCAGGTATTGAGAAAATAAGAATTACCTTTCCAGAG TTGATAATGATATTTTGACATAATTTGTATATATGCAATTAAAAAGGTCGGTCCAGTGGATGAAGCTCCCACCTAGTGGTGTCAAATTGATGTTTATAAT TCAATGTTTTAATTGTCCTTGTGATGTTATCTATTCTTTCAGTTAGTTCAGTGCTTGGTACACTGTCTAAATGATAATTCATTTCCTTTTCTGTTTCCTG AATATTCTTTATGTGATGTCTAATTTGGGTATTCATCCATTTATTTTACTTTTTTTTCTTCTTTTCCTTGTGGCCATTTAGTTATTCCTCAGCTTTTATT ACATGGATGCTTTTAGTTCTTCCTATGGTAAACTTGTCTTGCATAAGAGTTTTAGCTTCTAAGATACTTGATCATGGTTTATGCGGGCTTCTCATTTTTG CAAGTATTTCTTAAGTCCTATTTTGATTCATTTGTCTTTTGACCGAACTTACAGTTGTTAATGGTAAATTATACTTTGATGAAGGGTTTAGCTAACTTCA GTAAATTATACTTTGATATCTTTGGAGATTAAAACATTTTTAAGTTCATCAAACTGCTACTTTTGTATTAAGAGTTCTCTTGTAGGCATTGTGGTATTGC TTGATTAATTCCACAATGGCTTAAGTTGAGTGCCAAAAAAATCATCTATTTTGCATAAAGGCAGTTCCATTTTTCTCTTGAGTGGTTCTTCTTGAATGCA ATAATTTGCTCACGTCTTTGACTTCAACATCGATCATCTAATCATCTCATATCTATTTGGACTTATATGAATCAAATTGCTCACAGTTGCTATTAATTTG TTTTCTAACATTACTCTTGTAACCTCTTGTCTCCAGTCACGAGAAAAGTTTGCGTCTTTGAAGAAAACTACACCAGGAGACGTTGTCATTGAATTAGAAG AGGTTTGCTTAATCAATTTGTCAATGATTAGTAGTTTCTTGAATTTGATGCAAAGTTTACATTGATGAGATCAACATTCTTTTTTAATGTGAAAGTTTTA ATCTGAAAGGAGCTCCAAAGCCCATGATGAGTTTTGAAGTGTATGGCACATATATCATTCCCACATTGATTCTGAATCCAAATTTGTGACAATCACTATC CTAAAGGGATAAAATGCATCGTGTAATATTGAAAACGGAAAATGTAACTTTGTGGACAGTGTTATGGGCCCATTACGCATACCTGTATTTCCAGCAAGAG ATGTCTTATCTTTTTGAGCCTCTATGCAATGTATTTTATTACCTTGTTGATCTCCATTCATGGATGGCTCTACATATTTGTTCACAGGGCCATTTAATTC ATCTTGTTCTCTTCTATTATTACTGTTAAAAAACATTATTTTATGACTATTTGTGAATCAAAATTATTTAATCAATTATCTCACTATTATGATCCCTGAC AGGATCTACAAAATTCAAAGTCAGCATTTGAAAAAAGTCGTCTCAATCTAGTGAACTCTGTCATGAACATTGAAGTTAAAAAGAAGTATGAGTTCTTAGA GTCCTTTAGTGCAATAATGGACGCTCATCTGAGATATTTTAAGTTGGGTTATGACTTAATGAGGCAAATGGAGCCCTATATTCATGAGGTGCTAACATAT GCTCATCAATCTAAAGAAATGGCTAATATTGAGCAAGATAAGCTTGAAAAACGAATCCTGGAATACCGAACTCAGGCCGAGCTGGAAAATATACGAGCTT CTTGCAATACAGAACCCTTGCCAGGTGCTGATGGCACCCATGTTGTAGGCTTGAACTCGTACAGATGTTTTGAAGCAGGGTTGCAGTCTGCAACCAAAGG GGAGGTTCAAACAGTTAAACAAGGCTATTTGTTGAAACGATCATCAAGCTCGCGCGGAGGTTGGAATCGGAGGTTCTTTGTACTTGATAATCGAGGGAGT TTATATTATTACAGAGTGAAGGGATGCAGCATGGGCTCTGGTGAGCAAAACATTGGCATGTTTGGTAGATTTCGTTCAAGGAACAACAGGGTAGCATCGC TAAATGAGGATATTTTGGATTGCTGTGGAGTTGATCTCTGCACATCCACTATAAAGATGGATGAAGAGGATGCTGATCTACGACTTTGCTTCCGTATAAT TTCTCCCTCAAAATCATATACACTGCAGGCCGAAAATGAAGCTGATAGGATGGACTGGGTAAACAAAATAACTCGAGCCATCACATTGCTTTTCAATTCT CAGTTTATTCAGCCTCATTATGGTAGATTACATTTTGAAAATAAAAGCTCAGAAGGTGGTGCTTCCTTAGCTAGCCAAACAGAGGATAGTAATATATCTC TGATGGAAGTGGTTAGTGTCTCCAAGATTTTAAGGGGAATTCCTGGGAATGGTATATGTGCTGAATGCAGTGCTCCTGAACCAGAATGGGCATCTCTAAA TCATGGCATATTACTGTGTATTGAATGCTCTGGGGTGCATCGAAATATTGGAGTTCATGTCTCCAAGGTGCATGCTTTCATATATATAAATACAAACCAT TTATTTTACTTGAGTTTACAATGTGGAAATAAGAAACTTTTTGTAATTTGAGTGAAATTTATTTTGAATCCATCCTTAACATTGAAGTATCCAAAATTTG AGAATGTAAAGACTTGATTCTATTCCTTTGAAGTGCTTACAGATCTTTGCAGACTCTTTCTTTCTTGTGCAAAGGGCTTTCACTTTAAGTTCAAGAGTCT TATTAGTTTTAGAAAATATAATGAGTTGTTGTTTATCTTTATAATTAACCGAGTCAATCTGCATAAATAATGTGTTTTTTATTTGGTATTAACTAACTAT ATCACTTTCTAGATGTAAACATCTGATCTGCTAACTGCAGGTGAGATCATTAACATTAGACGTTAGAGTTTGGGAACCTACTGTTTTGGAGTTATTTGAT AACTTGGGTAATGCTTATTGTAATTCTATCTGGGAGGGCTTGCTTGTAGTTGATGATGAAAGAGTAGCTGAGTCAAATGCGCCTATGAAACCATGC BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_188870; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_397093
Blastp | ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD2 from Arabidopsis with 57.71% of identity |
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Blastx | ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD2 from Arabidopsis with 59.03% of identity |
Eggnog | domain, ankyrin repeat and PH domain(COG5347) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT1G60860) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019450952.1) |
Pfam | BAR domain of APPL family (PF16746.4) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |