Id Trinity | TRINITY_DN51962_c1_g1_i5 |
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Name Transcript | Ll_transcript_399659 |
Sequence | GTTGATTAAGTCCTACTACTACCAAAAGAAAGAGTAATCAGAAATAAATACTCCTACGAGTTAGATATAAACAGAACAAGTTCAGCGATATTACTATTCT CTATCACTTTTGCATTTTCCTTTGAATCACACAACACGAAAATTATGGACAAAGCCATTAACAGACAAAAGGTTCTTCTTCAACATCTCAACCCTTCATC ATCCATCTACGCTAACGAATCATCATCCCTCTCTGCTTCAGCATGTCTGGCGGGGGATAGCGCTGCTTATCACAGGACATCTGCATTTGGAGATGATGTA GTGATTGTGGCAGCATATCGGACTCCTCTTTGCAAAGCGAAACGTGGTGGTTTCAAAGACACGCACGCTGATGATCTGCTAGCCCCAGTTTTGAAGGCTG TAATAGAGAAAACCAACTTGAACCCAAGTGAAGTTGGTGACATTATTGTGGGTACTGTATTGGCACCTGGATCTCAAAGAGCTACTGAATGTCGAATGGC TGCATTCTATGCTGGTTTTCCTGATACTGTGCCTATTAGGACAGTTAATAGGCAATGTTCTTCTGGGCTCCAGGCTGTTGCCGATGTAGCTGCAGCTATA AAGGCTGGATTCTATGACATTGGAATTGGTGCTGGTTTGGAATCAATGACAGCTACCCCAATGGGATGGGAAGGATCGGTCAATCCCAAGGCAAAACTGT TTGAACAAGCTCAGAATTGCCTTCTTCCAATGGGGATTACGTCTGAAAATGTTGCACAACGCTTTGGAGTGTCAAGACAGGAACAAGATCAGGCTGCTGT TGAGTCTCATAGGCGTGCTGCTGCAGCTACTGCTGCTGGTAGATTTAAAGATGAAATTGTCCCAGTTACCACTAAGATCGTGGACCCAAAAACTGGCGAG GAGAAATCTGTCACCATTTCTGTTGATGATGGAATTCGACCTAATGCATCAGTGGCTGATCTAGGGAAGCTCAAACCTGTGTTCAAGAGAGATGGAACCA CCACTGCAGGTAATTCTAGCCAGGTTACTGATGGTGCTGGAGCAGTTCTGCTGATGAAAAGAAGTGTTGCAGTTCAAAAGGGGCTACCCATCCTTGGCGT ATTCAGGACTTTCGCCGCAGTTGGTGTTGATCCTGCTATCATGGGTGTTGGTCCTGCTGCTGCAATTCCAGCTGCTGTCAAGGCTGCAGGCCTAGAGCTC GATGACATTGACCTTTTTGAAATTAATGAGGCATTTGCTTCCCAGTTTGTATATTGCCGTAACAAGCTCGGACTTGATCCAGAAAAGGTCAATGTTAATG GAGGTGCAATGGCCATTGGCCATCCTTTGGGTGCAACAGGGGCTCGATGTGTTGCAACACTACTGCACGAGATGAAGCGACGGGGAAAGGACTCTCGATT TGGAGTGATATCTATGTGCATAGGTACTGGAATGGGTGCAGCTGCTGTTTTCGAGAGAGGAGATAGCGTTGACGAACTTCGCAATGCTCGGAAAACGGAA GGCAACCGTTTCTTATCTAAGGATGCTAAGTAAAATTAGTTATAACTAATCATGATTTGATTTCGTCATCAACCATGACGTCTTAAATAAAGTGTGTCCT ATGACAGTAAAAATGTCTAAAAGTCAATAATACAATCCTTTGTATTCATTATAAGACTTGCATTAGTTTGAGTTATTCTTATTTTGACCATATCATTGAA GCCTGTGTTTGGATAGAAATATTGTACCAAAAGGGATTAATGCAATGCCATTTGGTATTTCTCAGCATATGATTTGTTGGGTCCTCATGTACTAAGTTCT ATATTGGTAGCATGCAAAAATAAACCGGAATAGAAAGAATAAAAGATTTGAGTGAAGTTTGACACTAAGGTATACATAAATGTTGTGTTTGGCTAAAAAA TTATTGTATTGTTTCAACTTTCAAGTATTTCCTAAGTTTAGTATCTCTACACTAAAAGAAAAGACTAGTTTGCAAAATGAAGTTCTAAGATTTCAAGGCT TTGCTTCTGTTCAATATATAATGACTGAGGCTAACTTTGGTTGGTTAATCCGATCAGTTCATCGATGGTCGGCAAGTATGATGGTCTTAATGATGATCCT GCACGTATTTCGAGTGTATCTCACTGGAGGTTTTAAAAAACCTCGCGAATTGACTTGGGTTACGGGTGTTGTTTTGGCTGTATTGACCGCATCTTTTGGT GTAACTGGTTATTCCTTACCTTGGGACCAAATTGGGTATTGGGCAGTAAAAATTGTAACGGGTGTACCAGAAGCTATTCCTGTAATAGGATCGTCTGTAG TGGAGTTATTACGCGGAAGTGCTAGTGTGGGACAATCTACCTTGACTCGTTTTTATAGTTTACATACTTTTGTATTACCTCTTCTTACTGCCGTATTTAT GTTAATGCACTTTCTAATGATACGTAAGCAAGGCATTTCCGGTCCTTTATAGAGAGTATAGTCTGGATCGTAGATATTTGTAATCGAGCATCTTTCATTT GGGGGAGGAACAATAGTATTTCACTGCTACAAATATGTCTTATTTAAAAGAATAAGACATATATTTGGATATTTCCCTTCAACTATTCATGTATGTCAAA TAAAATAGAAAAAAAATAATCTAATTTTGTTAAGTTGAAGGGAATTCTCCGAAGAAACAATGGATTATGGGAGTGTGTGACTTGAACTATTATTGATTGG ACCGCGCAGATATATATATGACTTTATCTGCCACATTTGAATTTACAATTAAATGTGTCTTTGTTCCAACCCCCGCGCAAAAGCCCCCTACAGACAGAGG ATAGGCCGGTTCCTTTGAAGAGAATCTTTTCTATGATCAGACTCGACCAATCATGTACTGCATGAACTGGCTCCGTAAGATCCAGTAAAATAAGTGATGT GATATAATCCAGATTATGTCTTATCTCTTTCACTTAACTTAATAGTATGAAAATGTATTTATTTCCTATGCATTGACTCGATTTATGATACTATCGGAGT GAAACAAGTAGATCTAAAGAAGAACAGGGGTAAGATTATATTAGTAACAAGTAAAGCCTTTGTATGTAAAATATGTAAAAAGTCCCGATATTTTTTTTGG GGGGGGATAACAATCGTAACAAGGTCTGAGATAACCCAGAAAGCACTATCAACTTTTTTTTTTAGCATACTTGGGTATTTAGCATTTACTTAATAAAAAT TGAATTATAAGAACTTTATTTTTTGCCATGGATATAACTGTAACTCCGTAAAAGAGAATCGGGTCCTTTTCTTACACAGAATCCATATGTGGATACCATA GAATTTTGTTCTATGGATACATTAAGTTCGTTTGATTCGTGCTTGAGCCGTATGATGAAAAATTATCATGTTCGGCTCTTTCGGAGGATGGATCTATAAG ACTTCACCTATCCCAATAACAAAAAAACCTGACTTGAGTGATCCTGTATTAAGAGCTAAATTGGCTAAAGGAATGGGTCATAATTATTATGGAGAACCCG CATGGCCAAACGATCTTTTATATATTTTTCCAGTAGTCATTCTAGGTACTATTGCCTGTAACGTAGGTTTAGCCGTTCTAGAACCATCAATGATTGGGGA ACCCGCCGATCCATTTGCAACTCCTTTGGAAATATTGCCTGAATGGTATTTCTTTCCCGTATTTCAAATACTCCGTACAGTGCCAAATAAGTTATTGGGC GTTCTTTTAATGGTTTTGGTACCTACGGGATTATTAACAGTACCCTTTTTGGAGAATGTTAATAAATTTCAAAACCCGTTTCGCCGTCCAGTAGCCACAA CCGTCTTTTTGATTGGTACCGCAGTGGCCTTGTGGTTGGGTATTGGAGCAACATTACCTATTGAGAAATCCCTAACTTTAGGTCTTTTTTAAATTGATTC AATTATGAAATAAAAAAAAATATCATGCCATGTGATTGTGACCTAGATACATCCGGTCCTGAACTATTCCGAGTATATGGATTTGTGCTAAAGATTTAAA CCCAGTTTTTCATCTTTATTTTCAGAAAAATAAAGATGAAAAAATACAACGGATTAAAAATTTATGTAAAATGCTTTTCGATTTCTAAAATGTCCAAT BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_188924; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_399659
Blastp | 3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal from Arabidopsis with 85.93% of identity |
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Blastx | 3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal from Arabidopsis with 85.93% of identity |
Eggnog | acetyl-coa acetyltransferase(COG0183) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT2G33150) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019432803.1) |
Pfam | Thiolase, N-terminal domain (PF00108.22) |
Rfam | Intron_gpII (RF00029) |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |