Id Trinity | TRINITY_DN52136_c0_g2_i7 |
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Name Transcript | Ll_transcript_431942 |
Sequence | CTTAAAGGAAAATAAAACATGTAGTCAAATTGGATAGGTGATATTAAATCATAAAAATATATAGAAATGAAATTGGCAAGAATAAGGAGGAGGAGGGATA TATAACGTGTGTGATGAGTCTATTATTGATTGTCCCCTTCTCGGTGTGAAGTTAAAATCCCTCTTTTCCTCTCACAACAACTGAACCCAGGTTTGAGGCC TGGTTCAAGCACCACCATCACCCGAAATTCTAATCTCACGTGCCCCTCTTACCCATTGTGGCCTGCTGATTCTCTGTTCAGATGTCCAATAATCCGCAAT TTCCGGGCCTACAGCCCCTTCGGCCTCCCATAGGTGGTTCTGGGGATCCTCAACGCAATTTTGCTCCACCCATGCATATTCAATACCGACATGTTGTTCC TACTCAGCAGTCACAACAGTTCATTCCCATGCCTTCTCAACATTACCAACCTACTGGCCATGGAGTTCCCATGATTAACGTTGGAATGCCTCCTCAAAAT CCAAACCCCCAATTTTCTCAGCCAATTCAACAGTTGCCTCCAAGGCATAGTCAGCCAATGCCACTCCCACCACAGGCAATTCCATTGCCAGCTGCTAGGC CAAATCTGCATATGTTGTCAGAACCAAAAATGGCTCAGGCTGATTCTCAAGCTCCAAATGGCTACACACCAGGTTTAGGTGGCTCGGGAACGCCACTCTC TTCATCATATACGTTTGCACCATCCTCTTATGGTCAGATGCAAACTAATTTTGTTTCTACCGGCCAATACCAATCTGTTCCTCACACTGGTTCTTCTCAG AGCATTACCTCTGGCACATTTATTCAGAGCAACGGCGAACAACCTTCAGTTACAAATGCCATGGCTTCAGCAACCAATCTCCAGCCTCCCCCTGCTATGA 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GCAGATGATTTCTTTCATCTACTAAGTTCTATTAAGGTGCAGTTTTGTGGGCTGATAATTAGTGATGCATAAGGAATATTGCTTATGGTTTTGTTTTGTG TACTTTGTTGCAGGACATTACTGCATCTTCAAAGTGGGAGGACTACAGACCACTTATCGAAGATAGTCAAGAGTTCAGATCTATTGGAGATGAGAACCTT TGCAAGGGATTATTTGAGGAGTACATTATACAGCTGAAAGAAGAGGCAACAGAGAATGATTGGAAACGGAAAGAGGAGAAGGGGAAGAAGGAAAAGGATA AGGAGGAAATAGAAAGAAGGAAAGGCAAGCAAAGAAGAGAAAAAGAGGGAGGGCGTGAAAGAGAGAAAGGGGAGGCACATGTGAAGGATAAAGCAGAGAG TGATGGCGCGGACAAAAGGTCTGAAGATGGTAGTAGAAAACGGCGGAAGCAGCATCAAAGTCCTGAAGATATTTCTCATGAAAAGGATAAAGAGAGGTCT AAGAAATCTCATGGGCACAGTAGCAGCCGCAAGAAATCAAGACGGCATGGTCATGAATCAGATGAAAGCCGACACAAAAGACACAAGAGAGACCACCGCA GCGATTCTCACAGAGAAGGTGATTATGGGAATCTTGAAGGTGGGGAGCATGGTGATAATGTGGTGGATAGATGGTAGTCATTTTCTTCTATCCTAACTCC CGCCGTTACCTATTGTTTTATTCAATATATGTATTGTGCAACTCAAATGTTTTAAATATGAATACAAATTTTCTAGTAAACTTGTTGTATTGTAATGTCC TACAGTTAAGAATTTGCTACTAGGATGAAAGTTAAAATTCTGACAAGGGTCCGGATAGCTGTAAACTTGCATTTAGTATACAAAGGATTTTTGCATACCA AAATTCTTATACTGGTTTTACATTGGTTAATTTGTAAATTTGCCTAGTTTAACATACATGGATGGAGAAGATATGTGATTATTGGTAAA BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_190362; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_431942
Blastp | Pre-mRNA-processing protein 40A from Arabidopsis with 59.57% of identity |
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Blastx | Pre-mRNA-processing protein 40A from Arabidopsis with 52.13% of identity |
Eggnog | PRP40 pre-mRNA processing factor 40 homolog(COG5104) |
Kegg | Link to kegg annotations (AT1G44910) |
CantataDB | - |
Mirbase | - |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019428120.1) |
Pfam | FF domain (PF01846.18) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |