Id Trinity | TRINITY_DN52140_c0_g1_i22 |
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Name Transcript | Ll_transcript_431816 |
Sequence | TCATTGCCAAAAGCATTGAGAAAGCTAAAAGCTTGTTTGAAGAAGGTGGTGATTGGGAGAGGAAGAATCGCCTGAAAGTGTATGAGGGGTTGTACTGCAT GTCAACTCGAAATTTCAAGAAGGCTGCTGATCTGTTCTTGGATTCTATTTCTACCTTTACAACCTATGAGCTTTTCCCCTATGACACCTTTATATTTTAC ACTGTTTTGACAAGCATTATATCTTTGGATAGAGTTTCTTTGAAGCAAAAGGTTGTGGATGCTCCTGAGATCTTGACAGTGATTGGCAAAGTCCCACATC TTTCTGAGTTTTTAAACTCTTTATATGATTGTCAATACAAGTCTTTCTTCACAGCATTTGGTCAGCAGAGATATTCCATATTTTGCTACTGTTGTAGTTA TTTCTTGAAGTTGTTTGATTCTTCAATATCACTTAACACTAGAGTACTATTTTTATATTGTTACACTTTAGATTTTGTTTAACTCATCTAATATACTTCA ATGCTGGCAAATTGCTTATTTTTATGCATTTGAATCTACAATAATTGTTTTGTTCATTAACGTTATTTCAGATGGCTTGACGGAACAAATTAAGTTGGAT CGCTATTTACATCCACATTTCCGGTATTACATGAGGGAAATCCGAACTGTTGTTTATTCCCAGTTTTTGGAATCATATAAGAGTGTTACAATTGAGGCTA TGGCAAAAGCCTTTGGAGTAACAGTGGGTTTCATTGATGTGGAGCTATCACGTTTTATCGCAGCTGGGAAACTTCATTGCAAGATCGACAAAGTTGCCGG TGTTCTGGAAACTAACCGCCCCGATGCTAAGAATGCTCTTTACCAAGCTACTATTAAGCAAGGAGACTTCCTACTAAACCGGATCCAGAAATTATCACGA GTGATTGACCTTTGAAGTCATCTCTTATGATCCTAAATGTTACCTTTTCCCATTGGGAAAACACAGGGGATAAGGAGAATTTGAAGGGTTTCATGTTGAA TGCATTGTATTTGGTGGATATGGCATTTCTATAGTCTATTTGATTTCCAAATTAAGGAACTCTCAAGCTTGGTGAATCCAAGATGTGTCAATTCAATTTC TAACTAGTTTAAAACAGATTAGATAACTAGTATTTTTTGTTTGACAATATACTTGTGTTTAAATCAGTGTTATTAAACTCGGACCGGTCATCGACTCGGT CACACTATTGGGTCAATGGGTCACTGGTCGAACCAGTGAGTCATTGGTTGAACCGGTTAACTCGGTTTTCATCATATATTCATAATAATATCAATAACAA ACATTATTTTGTAGAAAGGTCTTTCAAACTATCACACAAGTAACTTCGTTATGTATGTAATTTTAATATATTACTTTTATTTAGTTAATGCAATATTAGT TCAGGTGACACAAATAAATATGTGGAGGTATGCACAGAACTAATAGCAGCAGAGACAATAAGGATGTAATAGTTATGTAATATATTTTACTTACAATTGA AGGTAGTTATGGCAGCAAAGACAATGATGAAAGATAGAACCAGTGATGATAGAGGCGATAAAGACGGTGGATGCAACAATGGTGCATTAGAACCACTCAT CTAAATTTAAAATTAGGTTTTGTTTTAGGCCTTTTTAGTTTTTTAAATAAGAAATATACACCATAAAACGACGTCGTTTTGCTTTTTTCTTTCAAAAACC GGTTCAACCAAAAACCGGCCGAGTCACCGGTTTTCATGTAACCCGGCCGAGTCTGGCCGGCTCTCACCGGTTCCGAAGCATATACGGTTCAACATATGGC TCGGACCGGTTTGATGGCCGGTTCCCGGTCCAACCGGTTGAACCGGCCGGTCCGAGCCGGTTTTCATAACATGGGGTGGGGGTGATGAATGGGGGAGGTT GAGGGTGATAAATGGAGGAGATTGAGGGTGATAAATGTGAGGGGTTGAGGATATTAATTGTGTAGTTGAATGATTGTTTTAATTAAGAAAAATAAAGTAA ATGTGTTTATTTAAAAAAAAAATTAAATGAAAACATATTTTTTTTTTTAAATTTCTATTTTTTTTTAACTTTTTCCTAGACCAAAGAGAACGTGACACGT GTCATGACAATTTAATTTATTCATACTTTGACTTTGATTGTTCCACTTTCATAAATACTTTAGTTTGACTATCTCATTTTGTTAAATGTTTTTTAAACTA CCCACAATTTGGTAAATACTTTGAAAACTATCCTATTTTCATAATTAATTTTTAAAAATACATTATTTAAGTCAATTTGCCTGATTAATATATATATATA ATTTTATATATTAACTTGACCAACATTTAAAGTCGGGTAAGGGATAAGTCTTAACCCATCACAACCCTACCCGTGTTCACCCTAGCTGGTAGGATATTTA AAATATTTTATAAAGGTGGTTTAAAAGTTTATATAGCTTTAAAAAACACATTTTAAATAAATTTTAAAAAGCACTTTGAAAAGGAAAATATTTTAAAAGG TGATTTAAAAAAACACTTCTAAAATACCTCATATCACTTTTTAAAATTTTAAAACACTTTTTCATAGATAATTTAAAAAATATATTTTATTGAGATAGTT GTTTTAAAATAGTTATTATCTTATTTTCGATTAAAAATCTAATGAGATGAATACTCATCCATTTAAATCCATAAAAATAGAGTCATTAATGCAATGAATG AAATAAATTTTATCTAATAAGTTTGAGTATATATAATGAATAACTTAAAATATGATTTAAATAAATTTTATAGATTGATGAATGACTTTTCACCTTCAAA TTCATCTATTTACCAACTCATAGCTAGAAATCATTCTATCAGGTGGACTTAAAAGTTATTGATAAGGGTTAGTAAAGTGGCCCAACACAAATCTGGGTAC CAACCTTTCTCAATTCATAAATTAGATATAACACTTTTAATTGAGTACTAAACAAATAAGAGAGTAATATAGTATAAAAAATTGTATATAATGAATACAT TCATCATTTATTATAAAAATAAAAAATGAATGATATAATAATAATTTAAAAATATCTGATCCTACAGTTTATATATATTTTTCTCAACAAGTAATTGACA TTCCTAAATGAATGTGCCAGGTATTGGGCTTGGGTGCCTAGGTGGTAGGCATTCTGATAACATTTTTGTTTTGTTTTGTGTAGAATGTTTCTTATTTGTT TTTTTACCTTCTGAATTCAAATTTGGTAATATAATTTTGATTTGACACCAGAATTGAATCTTATGTGCCATTCTTGCTTCCTATATATCCTTTTCATCTT CTTTTTATGCTGTAAGTGCCCTCAACAGATATTTGAATGTTTGGACATCTACCCTCTTTCTATTATTGCATTATAAACTATATAATTAGGATCAAAAAGT GTTTTTACTGAAACAACCAATAATTACCTGTAATAATTAGCATCCAATCCACAACATGAATTCTAAAAAAACTTCTTAGACACCAACAACAAATTTAGAA TTAAGGAAGAGTTCTAAATATTATATTTTAGACTAACATCGATATTCTCTAATTTTCTGATCTTACTATAACTTATACACACAATTTTATTTGGGAATTT AATCTGTGTTATAGTCAACTTTCATTTTGACCCTTTATTTGTTTAAGAAAAAACTTAATTTATTCATTTAATCAAAAAGGAAAATTTAAATTTCCACTGT ATTTTTCAGAAGTTGCAATTAAAAATTTAACTCCTCTAAAATACATTCTATCAACATATACTGACTCCTCTAAAATATTTTCTACAACAATAATCTTAGA ATATATAAAATGGGTTTAAGATTGCTTTTGTTGATGTTGTTTATGCCAAACTCGAACCGTGGCATCGATAGCAGTTGCGGCCATGTTAGAGATGATAAAG TTAGCAAAGCTAAAACAATTGGGTTTATGCAAGTTCAAAAAAGTACAATTTGTGTGAAACGCATATTAAATCTGTGAGAAGAAGAAAACTTAATTATAAA TCATTGGAAATTGTTAGTTTGTAATTCAGCATTTGTAATTCAACATGTGCTCAATTAGTGATAGTTAGAAGACTTTCCATTTATAGTTTTTCAGTTAGTT GAGAAATGTTATAAATAGCAAGTTTGTTGTAAATGATTTACATAAGCAAAGAGCATATACAAGAAGTATTCAAGTATTCTTTCATATAGATCTCTCTTTT CTTTTCTCAATTCTCTCAATCTCTCAATCTATATTTCTTCTTTCTTGCTACTGCAACG BLAST |
Tissue | pods |
Gene name | LI_gene_190392; |
Additional information | details; |
PAB | abscising pods |
PNAB | non-abscising pods |
PS1 | seeds stages 1-3 |
PS2 | seeds stages 4-6 |
PS3 | seeds stages 7-8 |
PW1 | pods wall stages 1-3 |
PW2 | pods wall stages 4-6 |
PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_431816
Blastp | 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 from Oryza sativa with 91.6% of identity |
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Blastx | 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 from Oryza sativa with 91.6% of identity |
Eggnog | Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 6(COG5187) |
Kegg | Link to kegg annotations (4336206) |
CantataDB | - |
Mirbase | lja-MIR7524 (MI0024399) |
Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019434025.1) |
Pfam | 26S proteasome subunit RPN7 (PF10602.8) |
Rfam | - |
GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |