| Id Trinity | TRINITY_DN52390_c2_g4_i2 |
|---|---|
| Name Transcript | Ll_transcript_487513 |
| Sequence | AGCAGGCTTGATAGGTTTCTTCTTTCTGAGGAGTGGTTAAACATGTGGTCGGAGTCGAACCAAAGAGCTATTGATAGGTATATCTCAGATCATTGTCTGA TTATTCTTAAAATTTCTTATTGCAAGCATGGTCCGTCTCCTTTTAGGTTTAATAATTATTGGCTCTCCCATCATAGTCTTAAGGAGTTGGTGGGTTCTGT TTGGAATGAGGTGGGTATATCTGGTTGGTCAGCCTTTATTGTTAAGGAAAAGTTAAAGTTGAAGCTAAAGGAGTGGAATAAGGAGGTCTTCAGCTGTTTG GATACTAAACTTGGGGAGATATCTAAGCAAATTCATCTGCCGGATATTGAGGGGGAAATATCAGTGTTATCGGAGGATCACTTGTTCTTGAAGAAAAAGC TTCTGGCAGACTGGTGGAATATTGCTAAGTGGAAAGATAGTCTGGTGGTGCAGAAGTCGAGAACATGTTGGTTAAAGGAGGGTGATGCTAATACTTCATA CTTCCATGCTTGCATTAATAGTAGGAGGAGGAGGAATCATATTTTTGGTGTCTGGATTGATGGTGTTTGGGTGGAAGAAGATATGGGACTTTTGGAGGCC ATTGCTGATCACTTTGGAAAGACTTTCTCCAATTCTCTTCCAACCTTACCCAAACTAGATGGTGTGGATTTCAGTCGTCTTTCGGATGATCAGGGTTTTA GCCCAGATGCGGGATTCACTAAAGACGAAATCAAAGAGGCAGTTTGGAGTTGTGCGACTGATAAGTGTTCAGGGCCTGATGGGTTCAACTTCAGATTCTT TCAGGAGTTCTGGGAGACAATAAAGAAGGATGTGGTGAATTTCTTACAAGAATTCCAGGTAAATTGTAAAATTACTAATGGTTTGAATTCCTCCTTTATT GCTCTTGTACCTAAATCCAACAATCCAACAAAGATCCAAGACTTCAGACCAATTTCTTTGGTGGGTTCTCTTTATAAAACTTGGCTAAAACTTTGGCGGG GAGACTAAAAAAGGTGATGCCATCATTGATTTCTGCTTCACAATCGGTGTTCATTCAGGGAAGGAGCATCCTTGATGCTACTATTATGATTAATGAAGTA ATTCATTCGGCCAAGAAGGTTAGAGATGGTTGTATGTTATTTAAAGTGGACTTTGAGAAGGCTTATGACTCAGTTAATTGGGGGTTTCTAGACTATATGA TGTCTAGATTTGGGTTCTCAGAAAAGTGGCGAAAGTGGATACATGTGTGCATCTCTTCTACTAGTATGTCAGTTTTGGTTAATGGTACGCTGTCGCCTCT GTTTTCAGTTACAAAGGGTTTAAGACAGGGAGATCCGATGGCCCCTTTCTTGTTCCTTATGGTGGCGGAAGGCTTTGCGGGCCTAGTACGCATGGCTAAA AATGGTGGTTTTTTGGAGGGATTTAAAATGGGGCCTTCAGAGTTTGTAGTTACAGATCTTCAATTTGCTGATGACACAATAATGGTCTTCATACCTACTA CTCAGAATTTGTGGGGGGTGAAAACTATTATTAGATGTTTTGAACTTGTGTCTGGTATGAAGATAAATGCCAATAAAAGCTCTCTCATGGGTATTCAGGT TCCTAGTAACTTTATGTCTATGGCGGCATCCTTTTTTTCTTGTAAGATTGGCTCTATATCCTTCTCTTATTTGGGGATTCCAGTTGGGGCAAATCCAAGG AGCCTCAGTACTTGGAAGAGTGTTGTTGATTCTGTGGCTGGTAGACTTGCTCCTTGGAAGCGGAGGCATATTTCTTTTGGAGGCAGGGCCATTCTTCTAA ACTCAGTGTTATCTAATATTCCGACGTATCTTTTGTCTCTTTATAAAGCTCCCAAGAAGATTATTCACAGGCTTATTTCTCTTCAACGTAGATTCCTTTG GGGAAACAAGCGTGATAGCAGGGGCATCCCTTGGGTTAAATGGTCTGATGTTTGTAAGCCGAAGAAGTATGGAGGTCTGGGTGTAAAGGACATAGCGAAG TTTAATGAAGCTTTATTGGGCAAATGGAAATGAAGAAGGTTGACGGAAGAGAGTTCAGTTTGGGTTAGAGTGGTTGATGTGAAATATGGCTTTCAATTTT CCTTATCTGGTTCCAGTCAGGCTTCGAAATGGTGGAGGGATTTGGGAAGGATTGGTAAATTGCATGGGAATCAAAGTGGGTGGTTAGACACTCATATGTG GAAGGAAATTGGTGATGGCTCCTCCACGTTGTTCTAGGAAGAGGTCTGGTTTGGTCAACAATGTATAAAAGATATGTTTCCGAGACTGTTTTTGTTAGCG GAGGACAAAAAGGCTCTGGTAGCTGACTATGAAGTTTGAATAAATGACTCGTGGACTTGGAATATTACTTGGAGAAGACATTTGCTTCAACGGGAATAAG TCTTAGTGGCGAATCTATATGATGTGATTAATCCGCATGTGGGTCGTCGGGGAATTCATGATAGATGGAGTTGGGGGTTGGATGCTTCAAGGATCTACAC GGTTAAATCAACTTACATGGTGCAAGTGGATAGAGGTAGTATGGTTCTAGATAATACGTTGAGTAGGTGTTGGATACCATGTGCGCCTTTCAAAGTGTGT TGTTTTATTTGGAAATTGTTGAGGGGACGATTGGCTACGAAGGAGGAATTACACAAAAGAAGCATTGTTAGTGGAGGGGATATGAACTGTGTTCTGTGCA TGGAGAAAATGGAGACAATTGATCATTTGTTCTTAGTCTATCCTTTTGCTAATTCTGTGTGGAAAGGTGTTTACTCTTGGCTACAGGTGCCTATACTTCT TCCTAACTCTATTTCTAATCTTCTGGTGTTGCATGATTCTTTCTACTCTTCGCCAAAAGGTAAAAAATGGTGGAGGATGTTGTGGTTCACTGTAGTCTGG TCAATTTGGCTGATGAGAAATGACGTTGTTTTCTCAGCAAAGGACCCTAGTTTTACTCAGATAATGGATTTGATTCAGGTTCGTTCTTGGACCTGGATTT GTTCTAAAGTGGACATAAGTTGTTTTGATTTTGCTTAGTGGTGTAATAGTCCTAGGTCTTGTATTTTGCAATTCAAAAAGAGTAACTGAATTTGTTTGTT GCTCTTTGTTATATTTGGGTTGACACACCTTGTGCCCTTTAATGAAACTTTTGCTTATCAAAAAAAATTTATACTGACATCTCATAATATGCGTGTGTCA GTGCCAAATGAAATTAAACTAAATCTCAGAGGAGCTTAGGGTAGTTTTTTCCATGAATGGAAGAGTTTTGAATAATGTACTAAGGTTAAGATTGCGGAGT GGAATTCTGAGAAGTACTTGCTGACAATCGTTACTGATGAATCTAACGATGGAAGTATGGAACATTGTCACTCTATGATGTTGAGGTGAGTAATATTTTG TTTGCTCACAAATAATGCATTTTTAATTTAGGGTCCCTGATATGGCTGAACACAGAAAGACGCATTGGTGTCAACCATAAGCCTAACTGATTATCCAATT ATGTGGTGCGAAATTAATGAATGCAATTTTACATTTTATGTATTTTCAGGCCTTATGCTGTTAGCCCATTTGAGGAGATGAAACTCAAGCTCATATATTT AACCTTGTTCCAGCTCATGCATGTCTTTGAATGAAGAAAAATGGCAAAAGATGGCTCATGGAAAAATCAAGAAAAATCCAAGCTGCTCATTGAGCTACTT AGTGCAGGACCTGGTGCGCTAAGCTGACCTGGAGACGTGCCTGGCAGGGTCA BLAST |
| Tissue | pods |
| Gene name | LI_gene_192339; |
| Additional information | details; |
| PAB | abscising pods |
| PNAB | non-abscising pods |
| PS1 | seeds stages 1-3 |
| PS2 | seeds stages 4-6 |
| PS3 | seeds stages 7-8 |
| PW1 | pods wall stages 1-3 |
| PW2 | pods wall stages 4-6 |
| PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_487513
| Blastp | Transposon TX1 uncharacterized 149 kDa protein from Xenopus with 24.01% of identity |
|---|---|
| Blastx | Transposon TX1 uncharacterized 149 kDa protein from Xenopus with 26.51% of identity |
| Eggnog | - |
| Kegg | - |
| CantataDB | - |
| Mirbase | - |
| Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019447318.1) |
| Pfam | - |
| Rfam | - |
| GO | - |