| Id Trinity | TRINITY_DN52431_c0_g1_i2 |
|---|---|
| Name Transcript | Ll_transcript_349851 |
| Sequence | CCAAAGCTGCTATTTCCTCAAAACAATTGGAAAAAAACATTTTCTTTTTCGGCGGTGGTGTAATTGAATCAAACCCAAACCACTCGATTCTCTGAAAACC CTAACAACAACTTTCCCCATCTTCGTATCACAACCCATGGAAATTCTATTCCTTTCTTAAACCCTAAATTCGAATCATCATTCCCATTCCTTAAATTCAA CGTTTCATTCTATTGGCTGCAATCACAACAGGAATGTCTCTCCCACCAGTACACTATCTATACGTCACAGATGATTCTCTTCGCGAATGGAAGAGTGGAA ACCCTAATCTCAAGATCTCAGAACCTGTTCCATTGCTTCGATTCCTCTACGAGCTATGCTGGACTATGGTTCGGGGTGAATTGCCGTTACAGAAGTGTAA AGTAGCATTAGACTCTGTGAGATTCTCAGAGAAAGCTTCCACTGTGAAATTGGCTTCAAATTTTGCAGATATAGTAACCCAGATGGCTCAAGATCATACT ATGTCAGGAGAGTTCCGCTCCCGTCTCATCAAACTGGCAAGATGGCTTGTGGAATCTGAATTGGTTCCAGTTAGGCTACTTCAAGAACGCTGTGAGGAGG AGTTTTTGGGGGATGCTGAGTTGATCAAAATAAAGGCTCAGGATTTGAAGGGAAAAGAGGTCAGAGTTAATACACGGCTTCTATATCAGCAAACCAAATT TAACCTTCTCAGAGAAGAGAGTGAGGGCTATGCAAAGCTGGTCACTCTTCTTTGCCGGGATTCTGAAGTTCCAACTCAAAAGGCATCTGCAGCAACAATT GGCATTATTAAGTCGTTAATTGGCCACTTTGATTTGGATCCAAATCGTGTTTTTGATATTGTTCTTGAGTGCTTTGAACTTCAGCCTGATAACGATTTGT TTTTGGACCTCATTCCTATTTTTCCGAAGTCTCATGCTTCACAGATTCTTGGATTTAAATTCCAATACTATCAGCGCATGGAAGTGAGCAATCCTGTTCC ATTTGGGCTCTATAAACTCACAGCCTTGCTGGTGAAGCAAGATTTTATTGATCTTGATAGCATATATGCACATCTACTTCCTGGGGATGATGAAGCTTTT GAGCATTATAACAGTTTCTCTTCCAAACGTCTTGATGAGGCTAACAAAATTGGAAAAATAAACCTTGCTGCTACTGGAAAAGATCTTATGGATGATGAGA AACCGGGCGATGTCACAATAGATCTCTTTGCTGCTTTAGACATGGAAACTGATGCAATTGAAGAACGAACGGCTGAGCTTGAAAACAGTCAAACTTTGGG CTTGCTTACTGGCTTTCTTTCAGTAGATGACTGGAGTCATGCACATACACTATTTGACCGCCTTGCACCACTTAATACAGTGGAACATAACCAAATATGT GGCAGTTTGTTTAGGCTTATTGAGAAGTCAATTTCACCAGCATATGATGCTATTCGTCAAGCACATCTTCAAAAGTCTGGGCCGTCGATAGGAGGTGGCA CTGATTCTATGGATGTAGATAACTCTTCGCGAAGTGGATCTTTCATTGATCTCCCAAAGGAACTTTTTCAGATGCTTGCTTGTGCTGGACCTTATCTCTA CCGTGATACTATGTTGTTGCAGAAGGTTTGTAGAGTATTGCGAGGTTATTATCTTTCTGCTCTTGAACTTGTAAGCGGTGGGGATGATGCTTTAAATCCT CATATGCACCTGAAGGACACAAGGCTAAGGGTGGAAGATGCTTTAGGAACATGTCTACTTCCTTCTCTGCAGCTGATTCCTGCCAATCCAGCCGTCGCCC ATGAAATTTGGGAACTTATGAGTCTCCTTCCGTACGAGGTGCGATATCGTTTATATGGTGAATGGGAAAGAGATGATGAGCGCTTTCCAATGCTCTTGGC TGCGAGACAAACTGCCAAGTTGGACACTAGACGTATTTTGAAACGACTGGCAAAAGAAAACTTGAAGCAGCTGGGTCGGATGGTTGCAAAATTAGCTCAT GCCAACCCTATGACAGTCCTTCGGACAATTGTTCATCAGATTGAGGCATACAGAGACATGATTACTCCTGTAGTGGATGCTTTTAAGTATTTAACTCAGC TTGAGTATGATATATTGGAATATGTTGTGATCGAGCGATTGGCACTTGGTGGACGTGATAAGTTAAAGGATGACGGTCTTAATTTGTCAGATTGGCTTCA ATCGCTAGCTTCATTTTGGGGTCACTTGTATGTGTATTTTTTCCTTCCCATTTACATTATTTTTATAGAATTGGGATACTGGATCTGGTTTATCATCATC TACTTCACAGATAATTTAAATGGCAACATAATTCATTAAGTCACAAATTGTAATTTGTCCTCCATGTGTTGTTTGGTCAGCTTTTCTGTTTCTGTTTCTT TTGTGATCTGTCTTTTTGTTTTTAAAAATATTTCTGGCAAGCTCTAATTTTACTAGAACTATTTTATTCTGAAGTAATCATTGTTGATAATGGCATTCAT TAGTCTTTTTTGTACATTCATACCATCCTATGGAATTTAGATATCCAGGACGCGTTGTATCAAATTCCAGGTTGCAGATCAACCTTAACGAATGCAGGAT TGGCTTGCCAGTTGGTGGCATGCACATGCAGCTGTATGATGTGTGGTTACTGTTATTCACTGGCAGATTTTTTGGGATGGATTTTTGCCCTTTGTTGAAA GGGTTGCCACTTCTCTGTTGTCCTTTCAACATTTGAACTGCTATTAGCGCCATGTCCATATCCTTTTAAAAGGGATATTTAAAAAGTTGAAATCTTCCTG CAATAGCCACTGCAATGTTTACGGAGAATTATCTGATCTAAATGAAGTTTTGGACCTTCATCCTTCATACGTAGCATGAAAGGCCAGTGCACTTACCAGA TACAATTAGTCAATGAGAATGAATGAATGAGTACATAAGAAGTGCAAGGAAACTGACTGGAAGTCGTTGGGGTTTTATGAGGAATGATCCGTGTTCATAC ATTTCAATTATTTTTGGTCATTTCGAATGTCAATAATGAAGTGGCACCTTAATGGCATTTGTGGGGATAGTAGGGATACAGATCCGTGTATACTGTGAGT CTACCATTTTGTCCATGCTTATTTTGTGGTGTATCTAAAAAAATCGGGGAACAAATTCATATGCTGTTGGTCTTATAAAGAGGGTGGAGCCCTGAACTGT CTATTTTATGTGTTGGCTATGTGATTATTAATCCTCCTAATTAGGAAGATATGTATTATGCTTGTTGGCATGGGTGCTTAATCCTTGGTATTGGGCTGAT GATGCGAAGGTTTTGGGTCTATCTGATGTGACCGCGGCTGATAGTAGCATTGTTGTAAACGGTCTACTCTATTAGCTATCAGTGTCCTCCTGTGATGCTA ATGATGACTGCAATATTCCAAAGAAATCGTTAGCTTTTCCTGAAGCTGTTTGCTGTCTATTTCTACTAACGGACCTAATGCAGTAGTATTGTTAGATAGT ATACTCTTTCTTCAGATAAGAGAGCGGCAGCTTTTCGTTTGACTTTATCATCACTAGTTTGTTTGATCAACTATAGTTGAGGATGGGAGGATCATATGAT TATATTGTCTGTGACAATGAGTTGCCCACCCTCTGAGGAATGGATTACATAACAAGTTTTTCTAATATTTTACTGATGTGTATACTTCAAAAATGAAGAA TGGCGTGCTTGTGCATGCCTTATTTTTTCCGAGCGTACCGGTCAAATCATGAACAACTTGGGGCCAATATTCTGCTAGGAATTTGTTTTTGCTTTGGAGG GATGGGGAATGATATACTTGGAGCAGTTTGGTTTGCTTTTCTTCTCTCTCTCTATTGTATTTCCCCTTTTTATGTATATAATATTGAGTGTGATACTATA AAATGGTTGTGGAGTGGGATGATATAATGTGTTATCTTTCAGACTATTTTTTTAAGAATTCAAGTGTTTGTGTATCTAGTGAATACTATGATTGCAGTTT CTTAACTTTTTGGATGAGTAACTTGTTCGGGTCTTAATACAAGCTACGGTGAATTATACTGGACTTCCCCAAGGTTGTAAATATTTTACGTGGCACTAGT TTCAAAATCTATTGCACTCTTCCTCAAGATGGACCTTTAGTATATTTAATACTACATTTTGGTGTATGGATGTCATGTGGACATGTCTTCTGTTAATATC TTGGGACATATTTGAGTGTGAGTCAAGAAGAGAACACAGATGCTGCTTATAGTTGGTTTGTTAGGATACTTTCCAAATGACTTTTCTAGATTATAATTGG AGAATTTGAGCTGAAGTCTACTTCAAATAATCTGCATCTATTTTTTTCCCAGTGAGACTTATCTATTTTTTTTATTTTTCATACCATGTTAGGATTTTGT TTGTAGCATCCTTCAAATATTGTGAGCAGAACTAAAATTTGGTGTCCATAATGTATTGATTGAACGTAACGTAACACATGTTACGTCATTGAACAAATTC TTCATCCATGAATGAGGAGTACTTGGTTTCCTTTCTGCACTGTGATTCGTCATATTCTTCATATATATTGTAGAGTTCTTGCGATGTGCGGCAATTACTA TGTAATAATGTTGAGAAGGTTTTCACCTAATTTTCCTTGTTTATATTAAGGCCTGCTTATGTGCAGAATTGAGAAGGATCTATGTGATTACTGGTTAATA TAATGTTTTCTTGAACTCAAATCATTTGTCTGTTATAGGTGTAAAAAGTACCCATCAATGGAATTAAGGGGCCTTTTCCAGTATCTTGTAAATCAGTTGA AAAAGGGGCAAGGAATTGAACTTGTTCTACTGCAGGAGCTCATTCAACAAATGGCAAATTTCCAGTACACTGAGAATTTGACCGAGGAACAACTGGACGC TATGGCAGGGAGTGAAACTCTCAGATATCAAGCAACTTCTTTTGGAGTAACTCGAAATAATAAGGCACTGATAAAGTCAACTAGCAGACTTAGAGATTCA TTACTGCCAAAAGATGAACCGAAGTTGGCAGTTCCCCTCTTATTGCTTATTGCCCAGTATCGTTCTCTGGTTCTCATCAATGCAGATGCACCTTACATTA AGATGCTTAGCGAGCAGTTCGATAGAAGCCATGGAACTCTTCTTCAATATGTCGAATTTCTTTGCAATGCAGTTACGCCAGCAACAAACTATGGTGTCCT TATTCCCTCGCTCAATGACCTGGTCCACCTTTACCATCTGGACCCTGAGGTTGCTTTCTTGATATATCGCCCTGTGATGAGGCTTTTCAAGTCTCAGAGG ACTCCTGATGTTTGCTGGCCCTTGGATGATAAAAATTCTGCAAGTGATGCATCTACAAACATTGAGTCTGATCCTGCAGATTATTCTAGCAGTATGGTTT TAGATCTTGGTTCAGCTCAAAATCCTTCAAGGTTATAATCTGAACCTTTTGCCCCCTGGTTCCTCAAAACTTTCCCTCGAGGCTTTGACATAAACTGTGA TTAGTGTTGAAGTCTCCTTGCTGTCGTGATGTGTTAGATGCCATTCCTGGTGATGAACTTAAGTTTAAAAGTCTGGTCAGATCTTCTTAATACTGTTAAA ACCATGTTGCCTTCAAAAGCCTGGAATAGCCTATCTCCTGATCTTTATGCAACATTTTGGGGTCTCACATTATATGATCTGTATGTTCCAAGAAAGCGTT ATGAGTCTGAAATAACCAAGCTGCATGCTAACCTCAAGTCTTTGGAGGAGCTTACTGATAATTCTAACTCAGCAATCACCAAGAGGAAGAAAGAAAAGGA AAGAGTTCAAGAATCCCTTGATCATCTGATTAATGAACTTGATAAACATGAAGAGCATGTTGCATCTGTTCGTAAACGCCTTTCTCATGAAAAAGACAAA TGGTTAAGTTCCTGTCCTGATACCTTGAAGATCAACATGGAGTTTCTTCAGCGTTGTATATTTCCGCGCTGTACTTTCAGCATGCCGGATGCTGTTTATT GTGCTATGTTTGTACACACACTTCATTCCCTTGGAACCCCCTTTTTTAATACAGTCAACCACATAGATGTTTTGATTTGTAAGACCCTACAACCAATGAT ATGCTGCTGCACTGAATACGAGGCTGGCAGGCTTGGCAGGTTTCTGTATGAAACTTTGAAGATTGCTTACTATTGGAAGAGTGATGAATCTATTTACGAA CGTGAGTGTGGAAACATGCCAGGCTTTGCTGTTTATTATAGATATCCAAACAGCCAGCGAGTTACATATGGGCAGTTTATTAAGGTACACTGGAAGTGGA TTCACAGAATAACACGGTTACTGATTCAGTGTTTGGAATCTAGTGAGTACATGGAAATCAGAAATGCTCTCATAATGTTGACAAAAATATCTGGCGTTTT CCCTGTTACTCGGAAGAGTGGGATCAACCTTGAAAAGCGGGTAGCTAAGATTAAAAGTGATGAAAGAGAGGATCTTAAGGTGTTGGCAACTGGTGTTGCA GCAGCATTGGCTGCTAGGAAGCCTTCTTGGGTTAACGATGAAGAATTTGGTATGGGTTTTCTTGAGTTAAAGCCTACACAATCTATAACTAAATCTTTGG CTGGAGCATCTGTACAAAGTGGGATGGGTCTTGGTGTTTCTCAAGCTGAATATTCCAGCGACAAGCATTTGGACTCTGGAAACACAGTCAAAGAGCATAT AATAAGACCAAAAACTGGAGACAGCAAGTCAGAAAGGAGTGAAAGCACTGCTGTAACCAAATCTGAATCTGTTCTAGTAAAACTCAAGGGTGGTTCATTG GTGAATGGATTGGATGCTCATTCATCCTTACCCTCATCTTCTGTACAAACTGGAGTTTCAAAATCTACAGAAAACCAAAAGCAAGCGGAAGAACCCATAA TTAGAGCATCAGATGAACATGTGACAAGAGCTGCGGAGGTTGTATTTAATATCTCAGATGTTCTGTTCAATTCAGCTTTTTTCATTTGTATCCTGGCCTA CTTGCATGGTTCAATTTGCATCACTCATTTTTTTTAACTGGTTATTGCCTCAGCTTACTACTTGAGTTGATGGTGAAGGAAAACAGCTAACTAAATGTGG TCTGAAGAGTTAAAGAACTTCATATAATTCATAATTCATACTAAGAATAGTAGAGTTCAGTCATAAATGTTGGTTAAGAAAAAGTAGTAGTTAATTATTG TGCTATATTTTTGTTTAGGCAGTAAATTAGAATGGTGCCCTTCATAAGTTAAGTGCCGAACATGTTAGTATTAAATAGATTACCCTCTCTGTTTATCTAT TTTCCCTTGAGAATGTAACTTGGTTATTGTTCTTTTTGGGCAGTGCCTTATATTGAGTGTGTGATTCTTGCATAAGACTTTTCCTACTAGTCCTAGATCA TTGTAACTATAGTGAAAGACTGAGGTATGATCTGACATTTTTGTGTCTTTCTCTATCTTCTATACTCGCCCTGGCTACAAGAGCTTTGCATGAGTGTATA TTTTTAACTGATTCAGGAAAGCGGGAGGGTTAAGCTTGAATGTGCTAGGGTAGGCTTCTTGAATGGATATTGGGTATATAAATAGTGTTGGTTTGGAATT TTTGAAATAAAACTAGTCGAATTTTATTATTGATGGTCTCTAGGGCAAAAAGCAAGCGCCAATGAGCTTTCTTGACATCTAAAATTTTTATACTGTGGCA AGAAAATCAGGCATGAGAGTTAAAAAATTGAAGGAAAAGAAGTCCAGAAGATAATGTGAACATTAGAAAGGACCCAAAATCATCTGAATGATATAACCCG AAGTTTTTTTTCACAAAAGAAAGTACAGTTAAAAAGTCCCAAGCCCTAACATATCCCATGGCTTGGGACTGCATAACTAATGATTGATATTGAAATAATA GAACATCTCTATGCTGAGGGTATATTGTTAATCCATAAAATAATCAAGCCTATGCTAAACCTAATTGTTTTAATCAATTATAGTCTGTTAAATTATACAG AGTAATACACAATGTCCCAATTTCCTAAGTAGACCAAAATACTAAAATATTCTATTCTCTAGGTGCAGGTGCCTGCACTGCATTACTAGTATTCGAAAAA ATTAGAGTTGTACCATTCATCATGGTGGAAACCTCTGCAAGTCATTAGTTACTTCTGGTGCTTCTGTCTTAAGTCAAGAAATTCTACAAAACGCTCAGGG CCTGCCGGCTCAGTTTCGAAGCCCTCAAAACAAGATCTTGCAAAAGAGGATGGTAGATCTGGAAAAGCTGTTGCTAGAACTTCTGGATCGTCGAGCAGTG ACAGGGATCTACAAACCCATGTATCCAATGGAAGACAAACTGGAACTACAAGTGTATCTTCTTCAGTCAATGCTAATGGTAGTACTGTTGCAGGTTCTAC AAAAGGCTCTGCTCCATCAGCAAAGATGGATAGTCCTGGTAGTGAATCAAAGGTAGAGGTTGGAGCAGCCAAGTATTCTGATGTTAGGACTTCTGTGGTT AAGGATGACAGAAATGATGTTGCTGACTTGCCAAGAGGATCCTCTTCTCGTGTTGTTCATTCCCTTGGGCATGATATGCCAGTTGTTACTTATAAGTCTA GTGATAAAGTTCAGAAGAGAGCTGGTTCTGCTGAAGAACCAGATAGACTGGGTAAACGGCGGAAAGGGGATGTAGATCTAAGAGAAGTAGAGGGTGAAGT TCGATTCGCTGAAAGAGAGAAGCTGGTTGATCCACGATTGGCTGATGACAGGCCAGGACCTGATGAACTTGGGTTGTACAGGACAGGTGATAAGCCATTG GAAAGGCCAAAAGAAAAAGGAAATGACAGATATGAAAGGGAGCACAGGGAAAGATTGGACCGTCCGGATAAGTCTCATGAAGATGATTTCATTGTGGAAA AATATAGGGATAGGTCAATAGAAAGATATGGAAGAGAAAGGTCTATTGAGAGAATACAAGAGAGGGGTAGTGATAGGAGTTTTAATAGAGTCCCTGAGAA GGCTAAGGATGATAGAAGTAAGTTACGATACAGTGATGCACCTGTAGAAAAACCTCATGCTGACGATCGTTACCATGGGCAAAGCTTGCCTCCGCCACCC CCTTTACCTCCTAACATGGTTCCACATTCTGTTGGTGCGAATAGGCGTGATGAAGACTCTGATAGGCGATATGGAGCTGCAAGGCATTCTCAAAGGCTTT CTCCTAGGCATGAAGAAAAAGAACGGAGGCAGTCTGAAGAAACTGTGGTTTCTCAGGATGATGCCAGGCGCAGAAAGGAAGATGATTTTCGAGATCGGAA ACGTGAGGAACGAGATGGATTGTCAATGAAGGTGGAAGAGAGGGACAGGGAGAGAGACAGAGACAAAGCAAACCTTTTAAAGGAAGATTTGGACCTAAAT GCTGCATCCAAGAGGCGTAAACTTAAGAGGGAGCATCTACCAGCAATTGAACCTGGGGAGTATTCACCAGTGGCCCCGCCACCTCCTCTCCAGGGTGGTG GTATTTCACAAGCATATGATGGAAGAGACAGGGGAGACAGAAAGGGACTCATAATTCAGCATGCAAGTTACATAGACGAACCTGGTCTCAGGATTCATGG TAAAGAGGTTGCCAGCAAGCTGAATCGCCGTGATCCCGATCCCTTGAATGACCGAGAATGGGATGATGAGAAGAGACAAAGGGCTGATCAAAAGAGAAGG CACAGGAAATAGCACATCAAAGTTGAGATTTAACCTTTTGGAAGGTTCACCATTTCTTGAAGCTAATGTTCTGGGTTCACATTCTAGCTGCTACCCTCTC ATTTATGTGTTTTATTTAAAACAAAGTTTCAGCTTTTCATATTTATTTTTTCTTTCTGAAGTCAATGAGAAGAAATTGTGAACCGACTTGTACACTTGTA TATATTGTGTTGTATAATTTGGGTAACCAGTGATCAAATGTACACTGTGACAATGTTAATTAGTTTGTCTGAATCCTAAGTTAAATGAGTGGTCCAAACG AGGAAACTTGCATGTTAGCAACACTTATTTTTGTCCTAACTATTTTATTATGATTGAAAGATAATAAAAGATTGGTCTTTGAAAAAAA BLAST |
| Tissue | pods |
| Gene name | LI_gene_192654; |
| Additional information | details; |
| PAB | abscising pods |
| PNAB | non-abscising pods |
| PS1 | seeds stages 1-3 |
| PS2 | seeds stages 4-6 |
| PS3 | seeds stages 7-8 |
| PW1 | pods wall stages 1-3 |
| PW2 | pods wall stages 4-6 |
| PW3 | pods wall stages 7-8 |
Annotations of Ll_transcript_349851
| Blastp | THO complex subunit 2 from Arabidopsis with 73.73% of identity |
|---|---|
| Blastx | THO complex subunit 2 from Arabidopsis with 73.73% of identity |
| Eggnog | tHO complex(ENOG410XQ2A) |
| Kegg | Link to kegg annotations (AT1G24706) |
| CantataDB | - |
| Mirbase | - |
| Ncbi protein | Link to NCBI protein (XP_019446194.1) |
| Pfam | THO complex subunit 2 N-terminus (PF16134.4) |
| Rfam | - |
| GO | Links to GO: General; Genes and gene products; Annotations; Ontology; |